S*M 发帖数: 10832 | 1 帮朋友问个问题
已做了细菌的whole genome的RNAseq
得到上千个mRNA的sequence,另外每个mRNA都得到了一个我们感兴趣的数值(scalar)
不知道有什么算法,能够在这些mRNA里寻找sequence motif,来解释这个scalar的变化
我好像听说最简单的machine learning可以用来预测binary的变量
我们感兴趣的是个连续变量,不知道有没有问题?
另外不知道是不是要把几千个mRNA先align一下(比如Transcription Starting Site对
齐)
才能进行motif finding?
问的比较外行
多谢指教! |
g********i 发帖数: 207 | 2 你朋友用什么方法做的sequencing?是把cDNA的小片段加上tag以后直接测序吗?如果是
这样的话,当然要先做mapping,计算每个transcript的表达量。挑选出显著变化的基因
或者是transcripts,将相应的sequence拿去做motif分析。网络上有很多工具可以做
motif分析。
【在 S*M 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 帮朋友问个问题 : 已做了细菌的whole genome的RNAseq : 得到上千个mRNA的sequence,另外每个mRNA都得到了一个我们感兴趣的数值(scalar) : 不知道有什么算法,能够在这些mRNA里寻找sequence motif,来解释这个scalar的变化 : 我好像听说最简单的machine learning可以用来预测binary的变量 : 我们感兴趣的是个连续变量,不知道有没有问题? : 另外不知道是不是要把几千个mRNA先align一下(比如Transcription Starting Site对 : 齐) : 才能进行motif finding? : 问的比较外行
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M*P 发帖数: 6456 | 3 我朋友的一个软件可以干这个:
Manuscript:
http://genomebiology.com/2010/11/2/R19
Software:
http://www.genome.duke.edu/labs/ohler/research/transcription/cE
【在 S*M 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 帮朋友问个问题 : 已做了细菌的whole genome的RNAseq : 得到上千个mRNA的sequence,另外每个mRNA都得到了一个我们感兴趣的数值(scalar) : 不知道有什么算法,能够在这些mRNA里寻找sequence motif,来解释这个scalar的变化 : 我好像听说最简单的machine learning可以用来预测binary的变量 : 我们感兴趣的是个连续变量,不知道有没有问题? : 另外不知道是不是要把几千个mRNA先align一下(比如Transcription Starting Site对 : 齐) : 才能进行motif finding? : 问的比较外行
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h*********c 发帖数: 78 | 4 Your questions is so not clear, what is "scalar"? How does it related to
sequence motif?
In general, you definitely need to align RNA-seq reads to the genome, that's
the very first step for further analysis. You also need to consider
possible mutations when searching for motifs. |
S*M 发帖数: 10832 | |
S*M 发帖数: 10832 | 6 我说的scalar(vs vector)就是对应每个transcript,都有一个实验测得的标量
现在想找到一个sequence motif来解释这个标量的变化
我们想干的好像类似预测transcription factor binding site的motif
不过后者里,sequence motif解释的因变量是discrete的
's
【在 h*********c 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Your questions is so not clear, what is "scalar"? How does it related to : sequence motif? : In general, you definitely need to align RNA-seq reads to the genome, that's : the very first step for further analysis. You also need to consider : possible mutations when searching for motifs.
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j*p 发帖数: 411 | 7 我所知道的通过RNAseq来找motif,多数是这2种情况:
1. 两个sample,control/treat,跑两个RNAseq,找differential expressed genes
,拿到这个gene list,问,这些gene有什么共同点,例如,gene promoter有没有已知
的TF 的motif,这样可以至少给出几个candidate TF,可以接下来做故事;或者这些
gene sequence本身有什么motif(如果gene又长又多,技术上很难算,当然我遇到这种
情况较少,或者基本不work)。
2. 两个试验,一个input,一个pull down,例如做RNA methylation,RNA-RNA
interaction,等等,通常这种情况是找出RNA中某些位点,信号enrich over input (
如果没input,就是over nothing)。 问题是,这些enriched sites有没有motif(
sequence similarity)。
请问你是哪种情况,如果都不是,不知道能否把你的问题问的清楚些。
【在 S*M 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我说的scalar(vs vector)就是对应每个transcript,都有一个实验测得的标量 : 现在想找到一个sequence motif来解释这个标量的变化 : 我们想干的好像类似预测transcription factor binding site的motif : 不过后者里,sequence motif解释的因变量是discrete的 : : 's
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b****r 发帖数: 17995 | 8 你的问题确实看不太懂
什么叫做whole genome的RNAseq
细菌的genome都是DNA,不是RNA
另外我认为不管是RNA 还是DNA,肯定要先align好。现在的测序平台错误都很多,如果
我是reviewer看到有人直接拿原始的测序data来往后推,肯定把这文章打回去 |