S*M
发帖数: 10832 | 1 帮朋友问个问题
已做了细菌的whole genome的RNAseq
得到上千个mRNA的sequence，另外每个mRNA都得到了一个我们感兴趣的数值（scalar）
不知道有什么算法，能够在这些mRNA里寻找sequence motif，来解释这个scalar的变化
我好像听说最简单的machine learning可以用来预测binary的变量
我们感兴趣的是个连续变量，不知道有没有问题？
另外不知道是不是要把几千个mRNA先align一下（比如Transcription Starting Site对
齐）
才能进行motif finding？
问的比较外行
多谢指教！ |
g********i
发帖数: 207 | 2 你朋友用什么方法做的sequencing?是把cDNA的小片段加上tag以后直接测序吗？如果是
这样的话，当然要先做mapping,计算每个transcript的表达量。挑选出显著变化的基因
或者是transcripts，将相应的sequence拿去做motif分析。网络上有很多工具可以做
motif分析。
【在 S*M 的大作中提到】
: 帮朋友问个问题
: 已做了细菌的whole genome的RNAseq
: 得到上千个mRNA的sequence，另外每个mRNA都得到了一个我们感兴趣的数值（scalar）
: 不知道有什么算法，能够在这些mRNA里寻找sequence motif，来解释这个scalar的变化
: 我好像听说最简单的machine learning可以用来预测binary的变量
: 我们感兴趣的是个连续变量，不知道有没有问题？
: 另外不知道是不是要把几千个mRNA先align一下（比如Transcription Starting Site对
: 齐）
: 才能进行motif finding？
: 问的比较外行
|
M*P
发帖数: 6456 | 3 我朋友的一个软件可以干这个：
Manuscript:
http://genomebiology.com/2010/11/2/R19
Software:
http://www.genome.duke.edu/labs/ohler/research/transcription/cE
【在 S*M 的大作中提到】
: 帮朋友问个问题
: 已做了细菌的whole genome的RNAseq
: 得到上千个mRNA的sequence，另外每个mRNA都得到了一个我们感兴趣的数值（scalar）
: 不知道有什么算法，能够在这些mRNA里寻找sequence motif，来解释这个scalar的变化
: 我好像听说最简单的machine learning可以用来预测binary的变量
: 我们感兴趣的是个连续变量，不知道有没有问题？
: 另外不知道是不是要把几千个mRNA先align一下（比如Transcription Starting Site对
: 齐）
: 才能进行motif finding？
: 问的比较外行
|
h*********c
发帖数: 78 | 4 Your questions is so not clear, what is "scalar"? How does it related to
sequence motif?
In general, you definitely need to align RNA-seq reads to the genome, that's
the very first step for further analysis. You also need to consider
possible mutations when searching for motifs. |
S*M
发帖数: 10832 | |
S*M
发帖数: 10832 | 6 我说的scalar(vs vector)就是对应每个transcript，都有一个实验测得的标量
现在想找到一个sequence motif来解释这个标量的变化
我们想干的好像类似预测transcription factor binding site的motif
不过后者里，sequence motif解释的因变量是discrete的
's
【在 h*********c 的大作中提到】
: Your questions is so not clear, what is "scalar"? How does it related to
: sequence motif?
: In general, you definitely need to align RNA-seq reads to the genome, that's
: the very first step for further analysis. You also need to consider
: possible mutations when searching for motifs.
|
j*p
发帖数: 411 | 7 我所知道的通过RNAseq来找motif，多数是这2种情况：
1. 两个sample，control／treat，跑两个RNAseq，找differential expressed genes
，拿到这个gene list，问，这些gene有什么共同点，例如，gene promoter有没有已知
的TF 的motif，这样可以至少给出几个candidate TF，可以接下来做故事；或者这些
gene sequence本身有什么motif（如果gene又长又多，技术上很难算，当然我遇到这种
情况较少，或者基本不work）。
2. 两个试验，一个input，一个pull down，例如做RNA methylation，RNA－RNA
interaction，等等，通常这种情况是找出RNA中某些位点，信号enrich over input （
如果没input，就是over nothing）。 问题是，这些enriched sites有没有motif（
sequence similarity）。
请问你是哪种情况，如果都不是，不知道能否把你的问题问的清楚些。
【在 S*M 的大作中提到】
: 我说的scalar(vs vector)就是对应每个transcript，都有一个实验测得的标量
: 现在想找到一个sequence motif来解释这个标量的变化
: 我们想干的好像类似预测transcription factor binding site的motif
: 不过后者里，sequence motif解释的因变量是discrete的
:
: 's
|
b****r
发帖数: 17995 | 8 你的问题确实看不太懂
什么叫做whole genome的RNAseq
细菌的genome都是DNA,不是RNA
另外我认为不管是RNA 还是DNA，肯定要先align好。现在的测序平台错误都很多，如果
我是reviewer看到有人直接拿原始的测序data来往后推，肯定把这文章打回去 |
