现在到底能否做蛋白和小肽的flexible docking? - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 现在到底能否做蛋白和小肽的flexible docking?

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V**3 发帖数: 12756	1 只知道Zdock是rigid body docking, 其实以前所谓的flexible docking 也就是动动蛋白的side chain 而已现在到底有没有能把小肽的构型改变都考虑进去的真正的flexible docking software?
n******7 发帖数: 12463	2 这个可能要做MD吧
d****e 发帖数: 34	3 有阿，有同时考虑蛋白和与药的形态的方法，像medusadock. 快速的md方法也有，参考 structure上关于peptide docking最近的文章。
t******e 发帖数: 142	4 看看Rosetta? 我记得应有flex protein-protein docking.但要generate足够多的 model才能找到好的pose. software? 【在 V**3 的大作中提到】 : 只知道Zdock是rigid body docking, : 其实以前所谓的flexible docking 也就是动动蛋白的side chain 而已 : 现在到底有没有能把小肽的构型改变都考虑进去的真正的flexible docking software?

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