u*********1
发帖数: 2518 | 1 估计每个学校都有自己的sequencing core；但测序的质量和产量都ok吗？
有人去找别的学校之外的地方测序么？比如BGI？ BGI都开到boston来了。有人去BGI测
过么
另外不晓得Hiseq2000的100PE的一条lane一般的产率是多少？我在网上看的也众说纷纭
。我两个sample，一个是95 million read pairs；另外一个只有65 million read
pairs
如何提高产率啊？学校的sequencing core扯了半天，测一次我说低，然后他们就再想
办法提高一下。难道sequencing core不是用standard pipeline么？还要通过每个不同
的library来做不同的尝试？
另外自己做的library construction，有什么需要注意的么？如何才能达到optimal啊
。。。
因为要做high-coverage的whole genome的测序，所以对一条lane的产率还是要求很高
的，不想浪费钱 |
a**m
发帖数: 184 | 2 BGI测序要帮你分析的，然后会霸占一作甚至通讯作者
Illumina (solexa) 要patent的，大部分人付不起
【在 u*********1 的大作中提到】
: 估计每个学校都有自己的sequencing core；但测序的质量和产量都ok吗？
: 有人去找别的学校之外的地方测序么？比如BGI？ BGI都开到boston来了。有人去BGI测
: 过么
: 另外不晓得Hiseq2000的100PE的一条lane一般的产率是多少？我在网上看的也众说纷纭
: 。我两个sample，一个是95 million read pairs；另外一个只有65 million read
: pairs
: 如何提高产率啊？学校的sequencing core扯了半天，测一次我说低，然后他们就再想
: 办法提高一下。难道sequencing core不是用standard pipeline么？还要通过每个不同
: 的library来做不同的尝试？
: 另外自己做的library construction，有什么需要注意的么？如何才能达到optimal啊
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d*******j
发帖数: 64 | 3 cluster不是越多越好，太多的话每个cluster信号强度降低，会造成质量下降。core的
改进可能是调整加样的量。样品不多的话没啥好优化的，多测几次把数据合并就可以了
。如果想省钱，可以加index，把多个样品放一个lane，控制每个样品的coverage。
bioanalyzer或miseq可能优化加样的量
【在 u*********1 的大作中提到】
: 估计每个学校都有自己的sequencing core；但测序的质量和产量都ok吗？
: 有人去找别的学校之外的地方测序么？比如BGI？ BGI都开到boston来了。有人去BGI测
: 过么
: 另外不晓得Hiseq2000的100PE的一条lane一般的产率是多少？我在网上看的也众说纷纭
: 。我两个sample，一个是95 million read pairs；另外一个只有65 million read
: pairs
: 如何提高产率啊？学校的sequencing core扯了半天，测一次我说低，然后他们就再想
: 办法提高一下。难道sequencing core不是用standard pipeline么？还要通过每个不同
: 的library来做不同的尝试？
: 另外自己做的library construction，有什么需要注意的么？如何才能达到optimal啊
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j****x
发帖数: 1704 | 4 在欧美市场就是纯公司化运作吧，应该没你说的这回事，当然如果你提出以共同署名合
作发表为条件降低费用就是另一回事了
【在 a**m 的大作中提到】
: BGI测序要帮你分析的，然后会霸占一作甚至通讯作者
: Illumina (solexa) 要patent的，大部分人付不起
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u*********1
发帖数: 2518 | 5 恩，got it
的确cluster太多，每个cluster的信号会降低，detection system就识别不出来，最后
会导致没有data产生。为了防止没有data产生，core的staff会很小心很小心的从low
starting material开始
另外，我是要测high-coverage，一个sample就要至少5个lane。。所以加index没意义
吧。。
【在 d*******j 的大作中提到】
: cluster不是越多越好，太多的话每个cluster信号强度降低，会造成质量下降。core的
: 改进可能是调整加样的量。样品不多的话没啥好优化的，多测几次把数据合并就可以了
: 。如果想省钱，可以加index，把多个样品放一个lane，控制每个样品的coverage。
: bioanalyzer或miseq可能优化加样的量
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l**********1
发帖数: 5204 | |
