u*********1 发帖数: 2518 | 1 估计每个学校都有自己的sequencing core;但测序的质量和产量都ok吗?
有人去找别的学校之外的地方测序么?比如BGI? BGI都开到boston来了。有人去BGI测
过么
另外不晓得Hiseq2000的100PE的一条lane一般的产率是多少?我在网上看的也众说纷纭
。我两个sample,一个是95 million read pairs;另外一个只有65 million read
pairs
如何提高产率啊?学校的sequencing core扯了半天,测一次我说低,然后他们就再想
办法提高一下。难道sequencing core不是用standard pipeline么?还要通过每个不同
的library来做不同的尝试?
另外自己做的library construction,有什么需要注意的么?如何才能达到optimal啊
。。。
因为要做high-coverage的whole genome的测序,所以对一条lane的产率还是要求很高
的,不想浪费钱 |
a**m 发帖数: 184 | 2 BGI测序要帮你分析的,然后会霸占一作甚至通讯作者
Illumina (solexa) 要patent的,大部分人付不起
【在 u*********1 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 估计每个学校都有自己的sequencing core;但测序的质量和产量都ok吗? : 有人去找别的学校之外的地方测序么?比如BGI? BGI都开到boston来了。有人去BGI测 : 过么 : 另外不晓得Hiseq2000的100PE的一条lane一般的产率是多少?我在网上看的也众说纷纭 : 。我两个sample,一个是95 million read pairs;另外一个只有65 million read : pairs : 如何提高产率啊?学校的sequencing core扯了半天,测一次我说低,然后他们就再想 : 办法提高一下。难道sequencing core不是用standard pipeline么?还要通过每个不同 : 的library来做不同的尝试? : 另外自己做的library construction,有什么需要注意的么?如何才能达到optimal啊
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d*******j 发帖数: 64 | 3 cluster不是越多越好,太多的话每个cluster信号强度降低,会造成质量下降。core的
改进可能是调整加样的量。样品不多的话没啥好优化的,多测几次把数据合并就可以了
。如果想省钱,可以加index,把多个样品放一个lane,控制每个样品的coverage。
bioanalyzer或miseq可能优化加样的量
【在 u*********1 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 估计每个学校都有自己的sequencing core;但测序的质量和产量都ok吗? : 有人去找别的学校之外的地方测序么?比如BGI? BGI都开到boston来了。有人去BGI测 : 过么 : 另外不晓得Hiseq2000的100PE的一条lane一般的产率是多少?我在网上看的也众说纷纭 : 。我两个sample,一个是95 million read pairs;另外一个只有65 million read : pairs : 如何提高产率啊?学校的sequencing core扯了半天,测一次我说低,然后他们就再想 : 办法提高一下。难道sequencing core不是用standard pipeline么?还要通过每个不同 : 的library来做不同的尝试? : 另外自己做的library construction,有什么需要注意的么?如何才能达到optimal啊
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j****x 发帖数: 1704 | 4 在欧美市场就是纯公司化运作吧,应该没你说的这回事,当然如果你提出以共同署名合
作发表为条件降低费用就是另一回事了
【在 a**m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : BGI测序要帮你分析的,然后会霸占一作甚至通讯作者 : Illumina (solexa) 要patent的,大部分人付不起
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u*********1 发帖数: 2518 | 5 恩,got it
的确cluster太多,每个cluster的信号会降低,detection system就识别不出来,最后
会导致没有data产生。为了防止没有data产生,core的staff会很小心很小心的从low
starting material开始
另外,我是要测high-coverage,一个sample就要至少5个lane。。所以加index没意义
吧。。
【在 d*******j 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : cluster不是越多越好,太多的话每个cluster信号强度降低,会造成质量下降。core的 : 改进可能是调整加样的量。样品不多的话没啥好优化的,多测几次把数据合并就可以了 : 。如果想省钱,可以加index,把多个样品放一个lane,控制每个样品的coverage。 : bioanalyzer或miseq可能优化加样的量
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l**********1 发帖数: 5204 | |