q****r
发帖数: 26 | 1 生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！ |
s******9
发帖数: 283 | 2 "转目前比较热门的NGS测序数据分析和软件开发方向"
要有预见能力和具体计划。大家都看得见的或者容易的方向一般都饱和或快饱和了。对
于postdoc而言，programming的能力只是其中一环。 |
q****r
发帖数: 26 | 3 你的意思是NGS测序数据分析和软件开发方向很快就饱和了？我现在还看不太出哪个方
向位置更多一点。求指点？
最近看了NGS相关的文献，对这一块基本有了了解。具体转的话应该需要有project做才
行吗，不然根本就不知道怎么下手，如何做规划？
能否再讲的细点，除了programming外，什么方面的能力对博后更重要呢？
【在 s******9 的大作中提到】
: "转目前比较热门的NGS测序数据分析和软件开发方向"
: 要有预见能力和具体计划。大家都看得见的或者容易的方向一般都饱和或快饱和了。对
: 于postdoc而言，programming的能力只是其中一环。
|
b****r
发帖数: 17995 | 4 我一直是做遗传的，对计算机只是略懂，对计算机模拟结构也只是稍有接触，所以意见
只能供大概参考
我感觉结构和遗传两者需要的计算机技术还是非常非常不一样的
遗传需要的计算机技术似乎并不复杂，只是在调试方面可能会需要计算机人才和遗传学
人才很多的交流调试。对数学要求可能会比较高。人DNA就四个编码，和2进制可能更接
近，和氨基酸之类大分子差别可能反而大很多
我觉得NGS最需要的是超大规模数据库 基本运算能力和存取能力（接下来NGS的数据越
来越会以T衡量了，民用计算机已经越来越无法处理了，哪怕是继续以摩尔速度发展）
。等这个问题基本能解决了，才有比较大的空间讨论算法，结构那些东西 |
b****r
发帖数: 17995 | 5 我一直是做遗传的，对计算机只是略懂，对计算机模拟结构也只是稍有接触，所以意见
只能供大概参考
我感觉结构和遗传两者需要的计算机技术还是非常非常不一样的
遗传需要的计算机技术似乎并不复杂，只是在调试方面可能会需要计算机人才和遗传学
人才很多的交流调试。对数学要求可能会比较高。人DNA就四个编码，和2进制可能更接
近，和氨基酸之类大分子差别可能反而大很多
我觉得NGS最需要的是超大规模数据库 基本运算能力和存取能力（接下来NGS的数据越
来越会以T衡量了，民用计算机已经越来越无法处理了，哪怕是继续以摩尔速度发展）
。等这个问题基本能解决了，才有比较大的空间讨论算法，结构那些东西 |
y***j
发帖数: 11235 | 6 估计饱和还不会，如果能搞算法很好，如果就搞搞帮别人弄个pipeline，做做应用，没
啥太大意思，一般的master就能干。
【在 q****r 的大作中提到】
: 你的意思是NGS测序数据分析和软件开发方向很快就饱和了？我现在还看不太出哪个方
: 向位置更多一点。求指点？
: 最近看了NGS相关的文献，对这一块基本有了了解。具体转的话应该需要有project做才
: 行吗，不然根本就不知道怎么下手，如何做规划？
: 能否再讲的细点，除了programming外，什么方面的能力对博后更重要呢？
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a*******n
发帖数: 156 | 7 从Bioinformatics跳到分子模拟这个坑里面来真是吃饱了撑的 |
f*******e
发帖数: 628 | 8 感觉你要是会 wetlab 可能性还挺大。还有 ngs 似乎不怎么用 java.
【在 q****r 的大作中提到】
: 生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
: 有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
: 些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
: 分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
: 向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！
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s******9
发帖数: 283 | 9 你要说说你打算用NGS做什么应用，大家才好给你做参考。
和NGS相关的可以从做底层的仪器研发，图像处理，一直到各种具体生物应用。只做
programming很难走得远。
【在 q****r 的大作中提到】
: 你的意思是NGS测序数据分析和软件开发方向很快就饱和了？我现在还看不太出哪个方
: 向位置更多一点。求指点？
: 最近看了NGS相关的文献，对这一块基本有了了解。具体转的话应该需要有project做才
: 行吗，不然根本就不知道怎么下手，如何做规划？
: 能否再讲的细点，除了programming外，什么方面的能力对博后更重要呢？
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q****r
发帖数: 26 | 10 以前硕士做过一些生物实验，就是想不做实验转到Bioinformatics。NGS什么语言用的
最多？ 目前看到的软件大部分是C/C++,不过也有用到java的比如samtools的java版本
Picard。用java因为java比C/C++简单，容易上手。
【在 f*******e 的大作中提到】
: 感觉你要是会 wetlab 可能性还挺大。还有 ngs 似乎不怎么用 java.
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|
|
q****r
发帖数: 26 | 11 从我的经验来看，做结构算法的需要很强的物理和数学知识，没有多少年的沉淀很难独
立开发新算法和软件。通常大型软件如蛋白结构预测软件rosetta，分子模拟软件amber
都需要多个groups联合开发十几年。最重要的是目前蛋白结构相关软件的精度还太差，
还不能足以指导实验研究，所以用处不大。并且能够再做的新领域不多，因此感觉短期
来看这个方向没有什么大的发展前途了。
测序就不太一样，数据分析是必不可少甚至比本身的实验还重要的一环。感觉做序列分
析的地位要比做结构信息学得高好多。搞结构信息学说实在可有可无，但做序列分析的
却不可缺少。而且测序的应用远远强于做结构，能够直接跟疾病，遗传，发育等关联，
感觉用处很大。目前就是苦于没有办法转到NGS这个领域，主要是没有机会去做这个领
域的东西。所以希望大家能给点建议。
【在 b****r 的大作中提到】
: 我一直是做遗传的，对计算机只是略懂，对计算机模拟结构也只是稍有接触，所以意见
: 只能供大概参考
: 我感觉结构和遗传两者需要的计算机技术还是非常非常不一样的
: 遗传需要的计算机技术似乎并不复杂，只是在调试方面可能会需要计算机人才和遗传学
: 人才很多的交流调试。对数学要求可能会比较高。人DNA就四个编码，和2进制可能更接
: 近，和氨基酸之类大分子差别可能反而大很多
: 我觉得NGS最需要的是超大规模数据库 基本运算能力和存取能力（接下来NGS的数据越
: 来越会以T衡量了，民用计算机已经越来越无法处理了，哪怕是继续以摩尔速度发展）
: 。等这个问题基本能解决了，才有比较大的空间讨论算法，结构那些东西
|
q****r
发帖数: 26 | 12 跟一些疾病相关联的应用吧，比如癌症。从基因水平分析疾病的原因给治疗提供参考，
不是说以后医疗要向personalized medicine方向发展吗？当然programming只是手段，
非最终目的。
【在 s******9 的大作中提到】
: 你要说说你打算用NGS做什么应用，大家才好给你做参考。
: 和NGS相关的可以从做底层的仪器研发，图像处理，一直到各种具体生物应用。只做
: programming很难走得远。
|
x******m
发帖数: 736 | |
N******n
发帖数: 3003 | 14 方向不一样呀，做MD的用到的tool少，比如charmm, 后续的分析少，应用的范围就小。
做科研，编程是次要的，主要的是algorithm,或者是 multiple source data
integration.
当然，做MD的也可以做bioinformatics, 比如：Wang Wei in UCSD.
【在 q****r 的大作中提到】
: 生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
: 有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
: 些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
: 分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
: 向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！
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q****r
发帖数: 26 | 15 生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！ |
s******9
发帖数: 283 | 16 "转目前比较热门的NGS测序数据分析和软件开发方向"
要有预见能力和具体计划。大家都看得见的或者容易的方向一般都饱和或快饱和了。对
于postdoc而言，programming的能力只是其中一环。 |
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发帖数: 26 | 17 你的意思是NGS测序数据分析和软件开发方向很快就饱和了？我现在还看不太出哪个方
向位置更多一点。求指点？
最近看了NGS相关的文献，对这一块基本有了了解。具体转的话应该需要有project做才
行吗，不然根本就不知道怎么下手，如何做规划？
能否再讲的细点，除了programming外，什么方面的能力对博后更重要呢？
【在 s******9 的大作中提到】
: "转目前比较热门的NGS测序数据分析和软件开发方向"
: 要有预见能力和具体计划。大家都看得见的或者容易的方向一般都饱和或快饱和了。对
: 于postdoc而言，programming的能力只是其中一环。
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b****r
发帖数: 17995 | 18 我一直是做遗传的，对计算机只是略懂，对计算机模拟结构也只是稍有接触，所以意见
只能供大概参考
我感觉结构和遗传两者需要的计算机技术还是非常非常不一样的
遗传需要的计算机技术似乎并不复杂，只是在调试方面可能会需要计算机人才和遗传学
人才很多的交流调试。对数学要求可能会比较高。人DNA就四个编码，和2进制可能更接
近，和氨基酸之类大分子差别可能反而大很多
我觉得NGS最需要的是超大规模数据库 基本运算能力和存取能力（接下来NGS的数据越
来越会以T衡量了，民用计算机已经越来越无法处理了，哪怕是继续以摩尔速度发展）
。等这个问题基本能解决了，才有比较大的空间讨论算法，结构那些东西 |
b****r
发帖数: 17995 | 19 我一直是做遗传的，对计算机只是略懂，对计算机模拟结构也只是稍有接触，所以意见
只能供大概参考
我感觉结构和遗传两者需要的计算机技术还是非常非常不一样的
遗传需要的计算机技术似乎并不复杂，只是在调试方面可能会需要计算机人才和遗传学
人才很多的交流调试。对数学要求可能会比较高。人DNA就四个编码，和2进制可能更接
近，和氨基酸之类大分子差别可能反而大很多
我觉得NGS最需要的是超大规模数据库 基本运算能力和存取能力（接下来NGS的数据越
来越会以T衡量了，民用计算机已经越来越无法处理了，哪怕是继续以摩尔速度发展）
。等这个问题基本能解决了，才有比较大的空间讨论算法，结构那些东西 |
y***j
发帖数: 11235 | 20 估计饱和还不会，如果能搞算法很好，如果就搞搞帮别人弄个pipeline，做做应用，没
啥太大意思，一般的master就能干。
【在 q****r 的大作中提到】
: 你的意思是NGS测序数据分析和软件开发方向很快就饱和了？我现在还看不太出哪个方
: 向位置更多一点。求指点？
: 最近看了NGS相关的文献，对这一块基本有了了解。具体转的话应该需要有project做才
: 行吗，不然根本就不知道怎么下手，如何做规划？
: 能否再讲的细点，除了programming外，什么方面的能力对博后更重要呢？
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a*******n
发帖数: 156 | 21 从Bioinformatics跳到分子模拟这个坑里面来真是吃饱了撑的 |
f*******e
发帖数: 628 | 22 感觉你要是会 wetlab 可能性还挺大。还有 ngs 似乎不怎么用 java.
【在 q****r 的大作中提到】
: 生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
: 有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
: 些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
: 分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
: 向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！
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s******9
发帖数: 283 | 23 你要说说你打算用NGS做什么应用，大家才好给你做参考。
和NGS相关的可以从做底层的仪器研发，图像处理，一直到各种具体生物应用。只做
programming很难走得远。
【在 q****r 的大作中提到】
: 你的意思是NGS测序数据分析和软件开发方向很快就饱和了？我现在还看不太出哪个方
: 向位置更多一点。求指点？
: 最近看了NGS相关的文献，对这一块基本有了了解。具体转的话应该需要有project做才
: 行吗，不然根本就不知道怎么下手，如何做规划？
: 能否再讲的细点，除了programming外，什么方面的能力对博后更重要呢？
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q****r
发帖数: 26 | 24 以前硕士做过一些生物实验，就是想不做实验转到Bioinformatics。NGS什么语言用的
最多？ 目前看到的软件大部分是C/C++,不过也有用到java的比如samtools的java版本
Picard。用java因为java比C/C++简单，容易上手。
【在 f*******e 的大作中提到】
: 感觉你要是会 wetlab 可能性还挺大。还有 ngs 似乎不怎么用 java.
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q****r
发帖数: 26 | 25 从我的经验来看，做结构算法的需要很强的物理和数学知识，没有多少年的沉淀很难独
立开发新算法和软件。通常大型软件如蛋白结构预测软件rosetta，分子模拟软件amber
都需要多个groups联合开发十几年。最重要的是目前蛋白结构相关软件的精度还太差，
还不能足以指导实验研究，所以用处不大。并且能够再做的新领域不多，因此感觉短期
来看这个方向没有什么大的发展前途了。
测序就不太一样，数据分析是必不可少甚至比本身的实验还重要的一环。感觉做序列分
析的地位要比做结构信息学得高好多。搞结构信息学说实在可有可无，但做序列分析的
却不可缺少。而且测序的应用远远强于做结构，能够直接跟疾病，遗传，发育等关联，
感觉用处很大。目前就是苦于没有办法转到NGS这个领域，主要是没有机会去做这个领
域的东西。所以希望大家能给点建议。
【在 b****r 的大作中提到】
: 我一直是做遗传的，对计算机只是略懂，对计算机模拟结构也只是稍有接触，所以意见
: 只能供大概参考
: 我感觉结构和遗传两者需要的计算机技术还是非常非常不一样的
: 遗传需要的计算机技术似乎并不复杂，只是在调试方面可能会需要计算机人才和遗传学
: 人才很多的交流调试。对数学要求可能会比较高。人DNA就四个编码，和2进制可能更接
: 近，和氨基酸之类大分子差别可能反而大很多
: 我觉得NGS最需要的是超大规模数据库 基本运算能力和存取能力（接下来NGS的数据越
: 来越会以T衡量了，民用计算机已经越来越无法处理了，哪怕是继续以摩尔速度发展）
: 。等这个问题基本能解决了，才有比较大的空间讨论算法，结构那些东西
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q****r
发帖数: 26 | 26 跟一些疾病相关联的应用吧，比如癌症。从基因水平分析疾病的原因给治疗提供参考，
不是说以后医疗要向personalized medicine方向发展吗？当然programming只是手段，
非最终目的。
【在 s******9 的大作中提到】
: 你要说说你打算用NGS做什么应用，大家才好给你做参考。
: 和NGS相关的可以从做底层的仪器研发，图像处理，一直到各种具体生物应用。只做
: programming很难走得远。
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x******m
发帖数: 736 | |
N******n
发帖数: 3003 | 28 方向不一样呀，做MD的用到的tool少，比如charmm, 后续的分析少，应用的范围就小。
做科研，编程是次要的，主要的是algorithm,或者是 multiple source data
integration.
当然，做MD的也可以做bioinformatics, 比如：Wang Wei in UCSD.
【在 q****r 的大作中提到】
: 生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
: 有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
: 些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
: 分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
: 向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！
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h*********c
发帖数: 78 | 29 data mining (machine learning)
high dimensional data analysis
probability theory
statistics
graph theory
popular programming/analysis tools:
python, matlaab, r, java, perl (less popular), c++
most of the NGS software is written in c++, java and python.
Some p[ossible directions if you are interested in software development:
RNA-seq data analysis
ChIP-seq data analysis
data visualization tool
server-based data analysis pipeline
user-friendly GUI development --- for bench folks |
b******y
发帖数: 627 | 30 I think it is a good idea. Much better than MD simulation, which is pretty
much useless. Even the stuff from David Shaw is so so, in my opinion.
【在 q****r 的大作中提到】
: 跟一些疾病相关联的应用吧，比如癌症。从基因水平分析疾病的原因给治疗提供参考，
: 不是说以后医疗要向personalized medicine方向发展吗？当然programming只是手段，
: 非最终目的。
|
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q****r
发帖数: 26 | 31 要学得东西还真不少。关键是如何能够先找一些projects先做做？在做projects的同时
学这些东西，要不真不知道怎么学，也学不好。
【在 h*********c 的大作中提到】
: data mining (machine learning)
: high dimensional data analysis
: probability theory
: statistics
: graph theory
: popular programming/analysis tools:
: python, matlaab, r, java, perl (less popular), c++
: most of the NGS software is written in c++, java and python.
: Some p[ossible directions if you are interested in software development:
: RNA-seq data analysis
|
q****r
发帖数: 26 | 32 同感！
【在 b******y 的大作中提到】
: I think it is a good idea. Much better than MD simulation, which is pretty
: much useless. Even the stuff from David Shaw is so so, in my opinion.
|
c********e
发帖数: 598 | 33
NGS的工资太低了，linux or Java 精通一样就行了。
你应该好好学Java, LAMP, database 找web develop 工作.
【在 q****r 的大作中提到】
: 同感！
|
c********e
发帖数: 598 | 34
You can learn all these skills without a lab. Just retrieve raw data from
NCBI and run pipelines by yourself. But if you do not know what research
question you want to answer, it is so boring!
【在 q****r 的大作中提到】
: 要学得东西还真不少。关键是如何能够先找一些projects先做做？在做projects的同时
: 学这些东西，要不真不知道怎么学，也学不好。
|
q****r
发帖数: 26 | 35 好好研究一下你说的东西，谢谢！
【在 c********e 的大作中提到】
:
: You can learn all these skills without a lab. Just retrieve raw data from
: NCBI and run pipelines by yourself. But if you do not know what research
: question you want to answer, it is so boring!
:
|
w********m
发帖数: 1137 | 36 如果core java的基础不错，可以考虑看一框架了，比如Struts2， Spring，
Hibernate。有服务器的话，自己搭一下。
后台的数据库，比如MySQL，oracle，一定要熟悉一种.
前台的jQuery, HTML5可以了解一下 |
l********7
发帖数: 5 | 37 目前这一领域过热，请慎重，已经有很多人在做了！预计很快会饱和。 |
t*****2
发帖数: 213 | 38 问题是ngs这风马上就结束了啊，哪有那么多病需要做测序的？测完了就完了，不会有
第二个人再做一样的病。 |
x******m
发帖数: 736 | 39 无语了，genetic variation不考虑了？一个样品测完了，这个病的机理就清楚了？
【在 t*****2 的大作中提到】
: 问题是ngs这风马上就结束了啊，哪有那么多病需要做测序的？测完了就完了，不会有
: 第二个人再做一样的病。
|
q****r
发帖数: 26 | 40 MySQL看了一些。Struts2，Spring，Hibernate重要吗？ 主要用在什么方面？
【在 w********m 的大作中提到】
: 如果core java的基础不错，可以考虑看一框架了，比如Struts2， Spring，
: Hibernate。有服务器的话，自己搭一下。
: 后台的数据库，比如MySQL，oracle，一定要熟悉一种.
: 前台的jQuery, HTML5可以了解一下
|
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l**********1
发帖数: 5204 | 41 one Bio/Medi application,
Bio macromolecular 3D/4D/5D ?? backbone docking simulation,
pls check,
protein-ligand docking soft,
http://docking.sce.ntu.edu.sg/covcloud/jobs/new/
or
http://docking.sce.ntu.edu.sg/covcloud/
or other bioinformatic application,
likes disease gene identification,
http://www1.i2r.a-star.edu.sg/~xlli/PUDI/PUDI.html
more pls go to,
http://www.ntu.edu.sg/home/asckkwoh/
or refer David Baker his ‘Rosetta’
http://depts.washington.edu/bakerpg/drupal/
which noted on one former post of mitbbs Bio Ban,
http://ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31631075/
【在 q****r 的大作中提到】
: MySQL看了一些。Struts2，Spring，Hibernate重要吗？ 主要用在什么方面？
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o********r
发帖数: 775 | 42 Picard is a commonly used java based SAM manipulation tool.
【在 f*******e 的大作中提到】
: 感觉你要是会 wetlab 可能性还挺大。还有 ngs 似乎不怎么用 java.
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l**********1
发帖数: 5204 | 43 Sure !
plus RedeR
PMID 22521049,
cited
Here we present RedeR, an R/Bioconductor package combined with a Java core
engine for representing modular networks. The functionality of RedeR is
demonstrated in two different scenarios: hierarchical and modular
organization in gene co-expression networks and nested structures in time-
course gene expression subnetworks. Our results demonstrate RedeR as a new
framework to deal with the multiple network levels that are inherent to
complex biological systems.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22531049
【在 o********r 的大作中提到】
: Picard is a commonly used java based SAM manipulation tool.
|
W***o
发帖数: 6519 | 44 thanks for the info
【在 l**********1 的大作中提到】
: Sure !
: plus RedeR
: PMID 22521049,
: cited
: Here we present RedeR, an R/Bioconductor package combined with a Java core
: engine for representing modular networks. The functionality of RedeR is
: demonstrated in two different scenarios: hierarchical and modular
: organization in gene co-expression networks and nested structures in time-
: course gene expression subnetworks. Our results demonstrate RedeR as a new
: framework to deal with the multiple network levels that are inherent to
|
w*******w
发帖数: 36 | 45 Do you mind sending me a copy of your CV? l*****[email protected]
We have one opening in NGS. Depending on the competence, previous experience
with NGS is not the most important thing.
【在 q****r 的大作中提到】
: 生物信息硕士。博士是生物物理方向，主要做分子动态模拟，自由能计算相关的课题，
: 有五篇一作的文章，影响因子不高（2-4）。熟悉linux，以及脚本编程。用java写过一
: 些中小程序。感觉蛋白结构方向发展已经比较局限，想转目前比较热门的NGS测序数据
: 分析和软件开发方向，但没有相关的publication。求问转行是否靠谱，如何获得NGS方
: 向的博后offer，或者其它好的建议？万分感谢！
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