s********8
发帖数: 619 | |
D****g
发帖数: 275 | |
s********8
发帖数: 619 | 3 试了下,找出来一堆啊,这个会不会有很多false positive?
有没有人用过这个Mulan:
http://mulan.dcode.org/
It identifies transcription factor binding sites evolutionarily conserved
across multiple species.
但是我没搞明白怎么用啊,请高手指点.
【在 D****g 的大作中提到】
: Try this one:
: http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
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y***j
发帖数: 11235 | |
s********8
发帖数: 619 | 5 所以要结合genome alignment以后才比较准确吧.那位同学做过类似的分析的说一说该
怎么弄? |
S*********s
发帖数: 304 | 6 这玩意确实有很多false positive
一般不用它做discovery,只能用于验证，或者candidate approach.
流程如下：
1.如果我要找的TF，或experimentally有点hint在mouse, human,rat等都conserve
那么我就在conserved region找conserved promoter region
UCSC genome.ucsc.edu
2.还是用TESS,或者原来的Transfac
google transfac，transfac是德国哥廷根大学bioinfo系主任wingande拉了一些做
motif识别的人搞的，一般就用他们的academia version.
他们有个收费的professional version，号称有很多实验
验证过的数据，穷人没用过。
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
这个把transfac前几版本的数据库都包括了，可用。
找出一些candidate之后，再到UCSC里面去看，现有有一些Ch-IP的data available,再
筛一下。
或者你觉得可能是哪几种TFBS, 把conserved motif找出来，看看是否在你的promoter
region,这个region是否conserve.
最后还是有实验数据里的hint,再来找。
不过，基本上很困难。可以做Figure7，补补data。
Good luck.
【在 s********8 的大作中提到】
: 在线的线下的都行.多谢了!
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j*p
发帖数: 411 | 7 你要找的TF有没有人做过ChIP-seq or ChIP-chip？有没有motif？ |
s********8
发帖数: 619 | 8 先谢谢楼上各位的回复!找到了一些ChIP的data,照这个找到了我感兴趣的TXN factor的
两个potential binding site. |
s****x
发帖数: 5 | 9 推荐MEME，
meme-chip找chip-seq的motif挺好用的
MEME本身是C/C++写的，但meme-chip是perl写的，很方便改
【在 s********8 的大作中提到】
: 在线的线下的都行.多谢了!
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