i*****i
发帖数: 154 | 1 老板想做有一个基因的mutation analysis，该基因编码区1.5kb。
大概有200个病人的DNA。
我想请教一下版上的牛人，目前比较认可，比较流行的方法是什么？
1. direct sanger sequencing 太贵了。
2. NGS做单一基因的分析有些太浪费了。
3. sequenom不知道是不是有一些out了？
谢谢 |
s******s
发帖数: 13035 | 2 sanger不贵啊。一人两个applicon，也就四块板子，一千多。
你搞NGS multiplex做死你，而且贵的多。
【在 i*****i 的大作中提到】
: 老板想做有一个基因的mutation analysis，该基因编码区1.5kb。
: 大概有200个病人的DNA。
: 我想请教一下版上的牛人，目前比较认可，比较流行的方法是什么？
: 1. direct sanger sequencing 太贵了。
: 2. NGS做单一基因的分析有些太浪费了。
: 3. sequenom不知道是不是有一些out了？
: 谢谢
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s******s
发帖数: 13035 | 3 而且都是一样的primer做pcr和seq, 排枪加加，也就
几个小时的活，有空研究其他技术，还不如早点做出来move on
【在 s******s 的大作中提到】
: sanger不贵啊。一人两个applicon，也就四块板子，一千多。
: 你搞NGS multiplex做死你，而且贵的多。
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s******a
发帖数: 252 | 4 PCR + Sanger sequencing.
At most a few grands. |
u*********1
发帖数: 2518 | 5 如果你不是做技术开发，就直接的PCR+sanger sequencing
尤其因为你的样本不多，而且只做一个基因（当然一个基因或许有multiple的exon）
如果你要做比如3000个sample，同时做40个基因，那这个方法肯定就不行了，
最先进的办法请看：
Multiplex Targeted Sequencing Identifies Recurrently Mutated Genes in Autism
Spectrum Disorders
http://www.sciencemag.org/content/338/6114/1619.abstract
当然未来whole exome测序的成本变得非常非常低的时候，这方法估计也要淘汰
btw，上面的science paper测了几千个样本的44个基因，最后也就发现6个recurrent
de novo mutated gene，也只能解释1%的sporadic ASD，所以我觉得disease genetics
还是任重道远
【在 i*****i 的大作中提到】
: 老板想做有一个基因的mutation analysis，该基因编码区1.5kb。
: 大概有200个病人的DNA。
: 我想请教一下版上的牛人，目前比较认可，比较流行的方法是什么？
: 1. direct sanger sequencing 太贵了。
: 2. NGS做单一基因的分析有些太浪费了。
: 3. sequenom不知道是不是有一些out了？
: 谢谢
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j****x
发帖数: 1704 | 6 可见的未来，whole exom测序成本就算再低，我觉得也不大可能直接应用于数千级别的
样本量，Multiplex Targeted Sequencing的策略应该很难被淘汰
Autism
genetics
【在 u*********1 的大作中提到】
: 如果你不是做技术开发，就直接的PCR+sanger sequencing
: 尤其因为你的样本不多，而且只做一个基因（当然一个基因或许有multiple的exon）
: 如果你要做比如3000个sample，同时做40个基因，那这个方法肯定就不行了，
: 最先进的办法请看：
: Multiplex Targeted Sequencing Identifies Recurrently Mutated Genes in Autism
: Spectrum Disorders
: http://www.sciencemag.org/content/338/6114/1619.abstract
: 当然未来whole exome测序的成本变得非常非常低的时候，这方法估计也要淘汰
: btw，上面的science paper测了几千个样本的44个基因，最后也就发现6个recurrent
: de novo mutated gene，也只能解释1%的sporadic ASD，所以我觉得disease genetics
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a***y
发帖数: 19743 | 7 毫无疑问PCR sanger
又快又准确。
【在 i*****i 的大作中提到】
: 老板想做有一个基因的mutation analysis，该基因编码区1.5kb。
: 大概有200个病人的DNA。
: 我想请教一下版上的牛人，目前比较认可，比较流行的方法是什么？
: 1. direct sanger sequencing 太贵了。
: 2. NGS做单一基因的分析有些太浪费了。
: 3. sequenom不知道是不是有一些out了？
: 谢谢
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b****r
发帖数: 17995 | 8 1.5kb，理想的话一amplicon就扩了，从两头测，一边读800bp正好读完
一块板子送agencourt测，大概150刀，200个人5块板子搞完，加上试剂成本，大约一千
刀，2千怎么也打住了 |
f*******2
发帖数: 14 | 9 Using PacBio RS. PCR multiplex all sample. A single sequencing run could
have enough coverage for the mutation detection. more info:http://www.pacificbiosciences.com/applications/target/
I can work with you for your sequencing project. total price would be less
than 1000
【在 i*****i 的大作中提到】
: 老板想做有一个基因的mutation analysis，该基因编码区1.5kb。
: 大概有200个病人的DNA。
: 我想请教一下版上的牛人，目前比较认可，比较流行的方法是什么？
: 1. direct sanger sequencing 太贵了。
: 2. NGS做单一基因的分析有些太浪费了。
: 3. sequenom不知道是不是有一些out了？
: 谢谢
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G***y
发帖数: 1082 | 10 How's PacBio's accuracy now? How much coverage would be needed for mutation
detection?
【在 f*******2 的大作中提到】
: Using PacBio RS. PCR multiplex all sample. A single sequencing run could
: have enough coverage for the mutation detection. more info:http://www.pacificbiosciences.com/applications/target/
: I can work with you for your sequencing project. total price would be less
: than 1000
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f*******2
发帖数: 14 | 11 Raw single pass error rate is about 10-15%. since the errors are random
distributed, they can be corrected by increasing the coverage. with 30X
coverage, accuracy can be Q30 with no systematic error or GC bias.
more info here:http://www.pacificbiosciences.com/applications/target/index.html#tab-2
If you need to run samples please let me know.
mutation
【在 G***y 的大作中提到】
: How's PacBio's accuracy now? How much coverage would be needed for mutation
: detection?
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