m***m
发帖数: 1228 | 1 我现在这学校竟然没有这项服务,我想测测细菌16S rRNA 宏基因组,学校里只有
illumina,大家有没有比较推荐的公司或者学校,先谢谢了. |
b******n
发帖数: 4225 | 2 454最近市场竞争力下降很多了
我们学校有454 GS FLX测序服务，
大概5000左右每1/2个plate，近400bp的read length（非paired-end）,400Mbp左右的
数据
【在 m***m 的大作中提到】
: 我现在这学校竟然没有这项服务,我想测测细菌16S rRNA 宏基因组,学校里只有
: illumina,大家有没有比较推荐的公司或者学校,先谢谢了.
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j****x
发帖数: 1704 | 3 成本高通量低，唯一的优势long read length也迅速被竞争对手赶上甚至超越了
这也就是为什么roche非要强娶Illumina的根本原因吧
【在 b******n 的大作中提到】
: 454最近市场竞争力下降很多了
: 我们学校有454 GS FLX测序服务，
: 大概5000左右每1/2个plate，近400bp的read length（非paired-end）,400Mbp左右的
: 数据
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m***m
发帖数: 1228 | 4 谢谢 一个plate可以测几个sample。
【在 b******n 的大作中提到】
: 454最近市场竞争力下降很多了
: 我们学校有454 GS FLX测序服务，
: 大概5000左右每1/2个plate，近400bp的read length（非paired-end）,400Mbp左右的
: 数据
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m***m
发帖数: 1228 | 5 我们学校现在开始用miseq了，这个东西可以做细菌16S吗。
【在 j****x 的大作中提到】
: 成本高通量低，唯一的优势long read length也迅速被竞争对手赶上甚至超越了
: 这也就是为什么roche非要强娶Illumina的根本原因吧
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b******n
发帖数: 4225 | 6 4个lane，可以测4个样品
如果barcode可以测更多
【在 m***m 的大作中提到】
: 谢谢 一个plate可以测几个sample。
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j****x
发帖数: 1704 | 7 没有问题。已经出了不少paper了，不过你们学校那边是否已经熟悉相关操作还得问清
楚，还需要留意一下MiSeq最新的试剂版本。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3400413/
【在 m***m 的大作中提到】
: 我们学校现在开始用miseq了，这个东西可以做细菌16S吗。
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m***m
发帖数: 1228 | 8 谢谢.
【在 b******n 的大作中提到】
: 4个lane，可以测4个样品
: 如果barcode可以测更多
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f*******2
发帖数: 14 | 9 If you are interested in sequencing the full-length 16s rRNA gene, PacBio
might be another choice. I have done some sequencing of 1.6Kb 16s RNA with
PacBio. So far data looks good. Let me know if you want more info.
【在 m***m 的大作中提到】
: 我现在这学校竟然没有这项服务,我想测测细菌16S rRNA 宏基因组,学校里只有
: illumina,大家有没有比较推荐的公司或者学校,先谢谢了.
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m***m
发帖数: 1228 | 10 谢谢前辈了,这篇文章里面有几个老师还认识,呵呵.
【在 j****x 的大作中提到】
: 没有问题。已经出了不少paper了，不过你们学校那边是否已经熟悉相关操作还得问清
: 楚，还需要留意一下MiSeq最新的试剂版本。
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3400413/
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l**********1
发帖数: 5204 | 11 如不局限于美帝 和马上要数据结果 清华的千青 Wei Xie Dr. 那里 可能比较美帝更
实惠 不机子可能还在运输途中 0.6 milllion GBP= 6 milion 人刀 一台 清华给
报销地 (听说)
Cell 148: 816-831. (2012)
web link:
HTTP: //bioinformatics-renlab.ucsd.edu/rentrac/wiki/publications
【在 m***m 的大作中提到】
: 我现在这学校竟然没有这项服务,我想测测细菌16S rRNA 宏基因组,学校里只有
: illumina,大家有没有比较推荐的公司或者学校,先谢谢了.
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