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Biology版 - Chip-Seq 样品制备求助
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CHiP seqChip-seq DNA size 求助
问题请教: illumina 测序样品制备大侠们做chip是用sonicator还是用MNase digest?
哪家的ChiP kit最好用?谢谢。请做Chip-seq的大侠 看下size,
请教一个DNA sonication的问题请教ChIP-seq做library的问题。
Chip-seq 实验球助ChIP之前有没有其他代替sonication的方法去 shear chromatin?
怎么从本质上确定一个蛋白确实是一个transcription factor? 跪求大牛帮忙请教大家是怎么去除protein里混含的genomic DNA的?
感叹生物科技最近进步更快刚刚试做ChIP,请专家帮忙看看问题
CHIP assay 求助请教怎样准确测量样品中低于10ng DNA?
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l*****i
发帖数: 1163
1
1,2,3使用10m细胞,Covaris超声30min,三个样品的Bioanalyzer Ultra Sensitive
DNA分析图谱。
4,5,6是对应于1,2,3,使用Millipore的Magana Chip kit,抗体CHIP后得到的结果。
请问为什么会得到这么烂的CHIP DNA?
超声片段的图谱有问题么(大小在300-400之间)?
多谢
l*****i
发帖数: 1163
2
附件
Sensitive DNA分析图谱。
果。
k*****n
发帖数: 323
3
1-3,我没用过covaris,而且检测sonication效果的话一般都是琼脂糖胶。不过根据
你的bioanalyzer的结果,如果是library preparation之前的话,size偏大且范围偏窄
。这不是个好兆头。如果是pcr后的文库的话,大小还算合适
至于4-6,chip下来的dna量太少,没有任何检测size的意义。
l*****i
发帖数: 1163
4
1-3是刚刚Sonication之后的DNA(冻在-80有一个星期)。条带太大,可以延长
Sonication时间么?范围窄要怎么解决?多谢!
CHIP下来的DNA太少是不是基本没救了?我用的是Millipore的CHIP Magana kit,是不
是被坑了?

【在 k*****n 的大作中提到】
: 1-3,我没用过covaris,而且检测sonication效果的话一般都是琼脂糖胶。不过根据
: 你的bioanalyzer的结果,如果是library preparation之前的话,size偏大且范围偏窄
: 。这不是个好兆头。如果是pcr后的文库的话,大小还算合适
: 至于4-6,chip下来的dna量太少,没有任何检测size的意义。

k*****n
发帖数: 323
5
1-3,重新跑个电泳胶吧
4-6,chip本来拉下来的dna就少,没有检测size的意义
1 (共1页)
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