m*******n
发帖数: 387 | 1 预测的miRNA target protein，处理之后发现蛋白不下降，反而明显增加了
有啥可能性？
第一次做，miRNA 终浓度用到了20nM |
R****n
发帖数: 708 | |
m*******n
发帖数: 387 | 3 啊，very normal
请说些潜在可能吧，看3UTR target site 还挺保守的
结果意料之外，提高了估计2-3倍。。。
太意外了
【在 R****n 的大作中提到】
: Very normal, hehe
|
R****n
发帖数: 708 | 4 computation can't predict everything. you are expecting 80-90% wrong pairs
from the pure computation approach. |
m*******n
发帖数: 387 | 5 这个理解，所以还从功能上看看两者功能是不是相反才选的
结果令人意外
开始还在想offtaget，或者其他蛋白的影响
不知道这个浓度是不是太高了
记得版上有人用siRNA也遇到相同的问题，虽然siRNA和miRNA机制不一样
【在 R****n 的大作中提到】
: computation can't predict everything. you are expecting 80-90% wrong pairs
: from the pure computation approach.
|
c********b
发帖数: 363 | 6 miRNA增强translation是已经报道过的吧
【在 m*******n 的大作中提到】
: 预测的miRNA target protein，处理之后发现蛋白不下降，反而明显增加了
: 有啥可能性？
: 第一次做，miRNA 终浓度用到了20nM
|
m*******n
发帖数: 387 | 7 还有这个说法？
能不能给个文献链接，多谢啊
这次增强还挺明显的
重复一下，要是真有这种说法
继续往下做过luciferase report看看是不是这样的
【在 c********b 的大作中提到】
: miRNA增强translation是已经报道过的吧
|
m*******n
发帖数: 387 | 8 要是真是miRNA增强translation的
一定上来发包子 |
c********b
发帖数: 363 | |
m*******n
发帖数: 387 | 10 5’UTR的确找到报道的了
Mol Cell. 2008 May 23;30(4):460-71. doi: 10.1016/j.molcel.2008.05.001.
MicroRNA-10a binds the 5'UTR of ribosomal protein mRNAs and enhances their
translation
不知道有没有binding在3’UTR的报道
多谢啦
【在 c********b 的大作中提到】
: miRNA增强translation是已经报道过的吧
|
|
|
m*******n
发帖数: 387 | |
c**A
发帖数: 1474 | |
c********b
发帖数: 363 | 13 第一篇是这个： http://www.sciencemag.org/content/318/5858/1931.abstract
在这之前有人就在会议上报告了，圈内大佬也是和你一样的态度：没有mechanism就是
扯淡，知道这位大牛，诺奖得主夫人发了文，才有后面的文章出来。
come on，science本身就不能证明只能证伪，这是一个思路，没有证伪前说不定有用呢？
【在 c**A 的大作中提到】
: 基本上都是扯淡。。。
|
u*********1
发帖数: 2518 | 14 predicted miRNA target实在是太多的false positive了；TF binding也是一样
而且我记得在好几年前miRNA bind 3'UTR to suppress mRNA expression的经典theory
就被颠覆了，miRNA可以bind到5‘UTR，CDS，intron，intergenic等等，可以increase
可以decrease表达量，这种研究应该太多了吧
现在都没人单纯做miRNA了吧？都是做lincRNA，或者miRNA和TF搅合到一起的复杂机制
。。。
【在 m*******n 的大作中提到】
: 预测的miRNA target protein，处理之后发现蛋白不下降，反而明显增加了
: 有啥可能性？
: 第一次做，miRNA 终浓度用到了20nM
|
m*******n
发帖数: 387 | 15 估计纯miR是挺少的
当然要结合其他的，不然是有点小儿科了
theory
increase
【在 u*********1 的大作中提到】
: predicted miRNA target实在是太多的false positive了；TF binding也是一样
: 而且我记得在好几年前miRNA bind 3'UTR to suppress mRNA expression的经典theory
: 就被颠覆了，miRNA可以bind到5‘UTR，CDS，intron，intergenic等等，可以increase
: 可以decrease表达量，这种研究应该太多了吧
: 现在都没人单纯做miRNA了吧？都是做lincRNA，或者miRNA和TF搅合到一起的复杂机制
: 。。。
|
l**********1
发帖数: 5204 | 16 RE LZ
Did you note that some organism, anti-sense RNA likes RNAi can assist target
protein trans-splicing.
if not , pls go to one
2011 PhD dissertation of Université de Montréal
by Yan YF
pdf web link:
HTTPS double dot //papyrus.bib.umontreal.ca/xmlui/bitstream/handle/1866/5423
/Yan_Yifei_2011_memoire.pdf?sequence=5
its pp24:
>Does anti-sense mRNA assist trans-splicing?
A mechanism was recently identified in the ciliate Oxytricha trifallax
where larger RNA molecules are used as templates to direct the assembly
process of genomic DNA sequences [63]. Such long RNA template could also be
present
in D. papillatum but to direct the assembly of RNA modules. Alternatively,
Diplonema trans-splicing may be directed by small guide RNA (gRNA) in a way
similar to
mitochondrial RNA editing in kinetoplastids.
or
PMID 18046331
Nature, 451: 153-158. (2008)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18046331 |
