o**4 发帖数: 35028 | 1 现在有个蛋白,可能跟robosome的合成相关,
我对ribosome完全外行,
knockdown这个基因之后,
该怎么检测ribosome的含量跟活性呢?
谢谢 |
s******9 发帖数: 283 | 2 如果要检查大小亚基和polysome(活性状态),可能得做经典的蔗糖梯度离心来定量。
用NGS做ribosome footprinting也是选择,但是可能不如前者直观。 |
a***e 发帖数: 1010 | 3 polysome profiling
ribosome profiling
s35-incoporation |
o**4 发帖数: 35028 | 4 推荐一个protocol或者paper啊,
谢谢
【在 s******9 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 如果要检查大小亚基和polysome(活性状态),可能得做经典的蔗糖梯度离心来定量。 : 用NGS做ribosome footprinting也是选择,但是可能不如前者直观。
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o**4 发帖数: 35028 | 5 三个不同的protocol?
【在 a***e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : polysome profiling : ribosome profiling : s35-incoporation
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a***e 发帖数: 1010 | 6 顺便问一句,如果两个物种杂交,怎么检测表达的rRNA来源于谁。 |
s******y 发帖数: 28562 | 7 可以测RNA序么?
【在 a***e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 顺便问一句,如果两个物种杂交,怎么检测表达的rRNA来源于谁。
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a***e 发帖数: 1010 | 8 序列太接近了。很难。
【在 s******y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 可以测RNA序么?
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s******y 发帖数: 28562 | 9 专门测那个有可能不同的地方不就行了?或者设计一系列的探针,专门针对那些有不同
的地方搞一个array。既然SNP都能测出来,这个应该也不是不可以的吧?只不过可能样
品制备要比较小心,注意要把蛋白除掉然后RNA 充分变性吧?
当然我自己没有亲自做过,这个是从原则上推测的。
【在 a***e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 序列太接近了。很难。
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s******y 发帖数: 28562 | 10 Polysome purification and fractionation
(Based on Davies & Abe, 1995, Methods in Cell Biology, Vol 50, Chapter 15)
1. Prepare 4.6ml 15-60% sucrose gradients in 5ml polyallomer tubes (Beckman
#326819) by
pipetting 2.3ml of 60% sucrose in buffer B followed by 2.3ml of 15% sucrose
in buffer B
(slowly, drop by drop, against the wall). Cap the tubes with rubber stoppers
and lay tubes
horizontally for 3h @RT for sucrose to diffuse (or for 2h if making 10-40%
gradient). Place the
tubes again vertically and allow to cool in refrigerator for at least 30
minutes. Keep the gradients
(vertically, with stoppers on) @4C until needed for up to 5-6 days.
2. Grind 0.6-1g of tissue in liquid nitrogen using a mortar and a pestle.
Transfer the powder to a
second ice-cold mortar filled with 6.5ml of ice-cold buffer U and continue
grinding.
3. Filter the extract through a Miracloth into a small (50ml) beaker to
remove cell debris, squeeze
out the fabric to recover the total of ~5ml extract. Divide the extract into
4-5 pre-chilled
microfuge tubes.
4. Centrifuge the samples in a cold microfuge at top speed for 10 minutes to
collect the remainder
of cell debris.
5. Transfer and combine the supernatants in a pre-chilled 15-ml tube (
plastic blue cap tubes are
OK) to check the volume of the extract recovered, being careful not to
transfer any of the pellet.
If volume is lower than 5ml, add more ice-cold buffer U.
6a. Direct Layering. Layer 3 x 200ul of the cleared extract onto three
identical 15-60% sucrose
gradients made in buffer B (see step 1). Do it slowly, drop by drop, against
the wall. Spin the
samples in an ultracentrifuge in a SW50.1 rotor (or equivalent) at 45K for
1h 15min @4C. Read
the polysomal profiles on an ISCO machine at 254nm. Collect the fractions if
desired (for
northern, western, etc.). Collecting by the number of drops rather than by
volume may be more
practical (~12 fractions of 8 drops each, with the total volume of each
fraction increasing as
sucrose concentration rises).
6b. Polysome pelleting. Layer 4.3ml of the cleared lysate onto a 0.5ml 50%
sucrose pad (prepared
in buffer A) placed on the bottom of a 5ml polyallomer tube. Spin the sample
in an
ultracentrifuge in a SW50.1 rotor (or equivalent) at 45K for 3h @4C. Invert
the tubes to discard
the supernatant (the semi-transparent polysomal pellet is on the very bottom
of the tube and may
be hard to see) and sit them up-side-down on a paper towel for ~30 seconds
to drain. Rinse the
walls of the tube with 1ml of ice-cold water, and invert the tube to dry on
a paper towel for 30
seconds. Freeze the polysomal pellets at -80C until needed or directly
proceed to the next step.
7. The polysomal pellets can now be resuspended in an appropriate volume of
water (for RNA
extraction), buffer U (for secondary polysomal profiles), or other buffer of
choice dependent on
the intended downstream application. To aid pellet resuspension, insert a
pre-chilled glass or blue
plastic rod into the ultracentrifuge tube and vortex the sample vigorously
in the buffer of choice.
Example: Resuspend the pellets in 450ul of ice-cold water (insert a glass/
plastic rod, vortex 3-5
times, place on ice). Split the sample into two. To one half (~200ul), add 1
volume of 2 x buffer
U (1x is OK, too), vortrex, and layer 2 x 200ul onto two identical 15-60%
sucrose gradients (see
step 1; then proceed as described in step 6a). To the second half of the
sample (200ul), add 700ul
of buffer RLT, split into two, and proceed with the RNeasy cleanup protocol
(Qiagene).
Buffers and recipes
Stock solutions:
80% RNase-free sucrose in water
1M Tris-HCl, PH 7.5
2M Tris-HCl, pH 8.5
2M KOAc
1M MgOAc
O.5M EGTA, pH 8.0
Polyoxyethylene 10-tridecyl ether (PTE, a non-ionic liquid detergent, Sigma
P2393; if solidified,
warm up in a microwave to >40C to liquidify)
Sodium deoxycholate (DOC, an anionic detergent (powder), Sigma 30970)
Heparin (sodium salt, Sigma H9399)
5 x Buffer A (1M Tris-HCl, pH 8.5, 250mM KOAc, 125mM MgOAc) (200ml):
100ml 2M Tris-HCl, pH8.5
25ml 2M KOAc
25ml 1M MgOAc
50ml water
10 x Buffer B (500mM Tris-HCl, pH 7.5, 250mM KOAc, 100mM MgOAc) (200ml):
100ml 1M Tris-HCl, pH7.5
25ml 2M KOAc
20ml 1M MgOAc
55ml water
1x Buffer U (200mM Tris-HCl, pH 8.5, 50mM KOAc, 25mM MgOAc, 2mM EGTA, 2% PTE,
0.8% DOC, 0.1mg/ml heparin) (250ml):
~200ml pre-warmed water
2g DOC; stir to dissolve
5ml PTE
25ml 1M Tris-HCl, pH 8.5
6.25ml 2M KoAc
6.25ml 1M MgoAc
1ml 0.5 M EGTA
Water up to 250ml
25mg heparin
60% sucrose in Buffer B (200ml): 50ml:
20ml 10 x Buffer B 5ml
150ml 80% RNase-free sucrose 37.5ml
30ml water 7.5ml
40% sucrose in Buffer B (200ml): 50ml:
20ml 10 x Buffer B 5ml
100ml 80% RNase-free sucrose 25ml
80ml water 20ml
10% sucrose in Buffer B (200ml): 50ml:
20ml 10 x Buffer B 5ml
25ml 80% RNase-free sucrose 6.25ml
155ml water 38.75ml
15% sucrose in Buffer B (200ml): 50ml:
20ml 10 x Buffer B 5ml
37.5ml 80% RNase-free sucrose 9.375ml
142.5ml water 35.625ml
50% sucrose in Buffer A (200ml): 50ml:
40ml 5 x Buffer A 10ml
125ml 80% RNase-free sucrose 31.25ml
35ml water 8.75ml
Chase solution for ISCO machine (60% sucrose, 20% KCl) (500ml):
300g sucrose (regular is OK)
100g KCl
Water up to 500ml
【在 o**4 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 推荐一个protocol或者paper啊, : 谢谢
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s******y 发帖数: 28562 | 11 基本上,就是把细胞弄破之后,放在10-60% gradient sucrose 溶液cushion 上高速(
100,000xg 左右)离心3个小时,然后分层取出来测量。
如果不想一开始就做这么精细的话,也可以先低速离心除去细胞碎片,然后直接用15%
sucrose作为cushion离心一个小时后取沉淀物(主要就是核糖体)来测蛋白含量。
google "Ribosomes and polysomes protocol"
你会得到更多的文献和protocol
【在 o**4 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 推荐一个protocol或者paper啊, : 谢谢
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o**4 发帖数: 35028 | 12 谢谢,看起来似乎不是太难?
【在 s******y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 基本上,就是把细胞弄破之后,放在10-60% gradient sucrose 溶液cushion 上高速( : 100,000xg 左右)离心3个小时,然后分层取出来测量。 : 如果不想一开始就做这么精细的话,也可以先低速离心除去细胞碎片,然后直接用15% : sucrose作为cushion离心一个小时后取沉淀物(主要就是核糖体)来测蛋白含量。 : google "Ribosomes and polysomes protocol" : 你会得到更多的文献和protocol
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l**********1 发帖数: 5204 | 13 Pls check Bing Ren his histone methylation NGS platform,
http://bioinformatics-renlab.ucsd.edu/rentrac/wiki/publications
or
PMID 225499957
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22549957
【在 s******y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 专门测那个有可能不同的地方不就行了?或者设计一系列的探针,专门针对那些有不同 : 的地方搞一个array。既然SNP都能测出来,这个应该也不是不可以的吧?只不过可能样 : 品制备要比较小心,注意要把蛋白除掉然后RNA 充分变性吧? : 当然我自己没有亲自做过,这个是从原则上推测的。
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s******y 发帖数: 28562 | 14 确实不难,其实就是利用ribosome 个头大的特点来分离它。
注意要在高速离心前保留一些样品来做loading control
【在 o**4 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 谢谢,看起来似乎不是太难?
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o**4 发帖数: 35028 | 15 你是说测 b-actin 之类的作为loading control?
【在 s******y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 确实不难,其实就是利用ribosome 个头大的特点来分离它。 : 注意要在高速离心前保留一些样品来做loading control
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s******y 发帖数: 28562 | 16 是的。不然不知道你到底放进了多少东西
【在 o**4 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 你是说测 b-actin 之类的作为loading control?
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o**4 发帖数: 35028 | 17 OK, Isee.
Thanks
【在 s******y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 是的。不然不知道你到底放进了多少东西
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o**4 发帖数: 35028 | 18 是应该测蛋白含量呢?还是RNA?
【在 s******y 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 基本上,就是把细胞弄破之后,放在10-60% gradient sucrose 溶液cushion 上高速( : 100,000xg 左右)离心3个小时,然后分层取出来测量。 : 如果不想一开始就做这么精细的话,也可以先低速离心除去细胞碎片,然后直接用15% : sucrose作为cushion离心一个小时后取沉淀物(主要就是核糖体)来测蛋白含量。 : google "Ribosomes and polysomes protocol" : 你会得到更多的文献和protocol
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m******u 发帖数: 12400 | 19 真如LZ原帖中所说(所猜想)的功能的话,knockdown(knockout)应该有表型的。(
不知LZ是怎么找到这个蛋白的,我assume LZ是用突变体的方法找到的)。核糖体数量
或活性下降,生物体(细胞体)生长缓慢、个体变小。
许多年前,有篇cell文章说可以长寿,但这是因为生长变慢导致的长寿,对人来说没什
么意思,与乌龟长寿一样,无进化优势。 |
o**4 发帖数: 35028 | 20 对,knockdown之后细胞生长变慢,
表型很明显,这个蛋白跟ribosome biogenesis的很多蛋白都有相互作用,
所以我猜想是有类似的功能,就是没做过这方面,就想先做个简单的测试。
【在 m******u 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 真如LZ原帖中所说(所猜想)的功能的话,knockdown(knockout)应该有表型的。( : 不知LZ是怎么找到这个蛋白的,我assume LZ是用突变体的方法找到的)。核糖体数量 : 或活性下降,生物体(细胞体)生长缓慢、个体变小。 : 许多年前,有篇cell文章说可以长寿,但这是因为生长变慢导致的长寿,对人来说没什 : 么意思,与乌龟长寿一样,无进化优势。
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a*******a 发帖数: 4233 | 21 先做s35 incopration吧, 如果变慢了随便你怎么做。
【在 o**4 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 对,knockdown之后细胞生长变慢, : 表型很明显,这个蛋白跟ribosome biogenesis的很多蛋白都有相互作用, : 所以我猜想是有类似的功能,就是没做过这方面,就想先做个简单的测试。
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o**4 发帖数: 35028 | 22 想要简单的方法啊,短平快的这种,不想碰同位素,即使是S35
【在 a*******a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 先做s35 incopration吧, 如果变慢了随便你怎么做。
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a*******a 发帖数: 4233 | 23 我的意思是,你现在做出生物学表型了,生长变慢。 如果再能证明蛋白合成速度确实
慢了,你这篇文章其实已经做完了,再细节的机制随便搞搞就是了。
哪怕你做了再多核糖体大大小小多多少少的,蛋白合成速度不变课题还是不能一锤定音
。毕竟一般而言大家认为核糖体是过量的。
要不你去invitrogen看看有没有其他办法测蛋白合成速度的,我觉得可能有,但是价格
肯定很夸张。
【在 o**4 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 想要简单的方法啊,短平快的这种,不想碰同位素,即使是S35
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o**4 发帖数: 35028 | 24 非常感谢,你说的很对,
我查查
【在 a*******a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我的意思是,你现在做出生物学表型了,生长变慢。 如果再能证明蛋白合成速度确实 : 慢了,你这篇文章其实已经做完了,再细节的机制随便搞搞就是了。 : 哪怕你做了再多核糖体大大小小多多少少的,蛋白合成速度不变课题还是不能一锤定音 : 。毕竟一般而言大家认为核糖体是过量的。 : 要不你去invitrogen看看有没有其他办法测蛋白合成速度的,我觉得可能有,但是价格 : 肯定很夸张。
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