n******e
发帖数: 110 | 1 在做肿瘤RNA测序相关的研究，最近才开始注意到反转录酶的出错率，看了一些文献报
道，觉得这是个大的问题，尤其是在做一些de novo sequence 研究的时候。比如trans
-splicing 和alternative splicing，大多数开始的实验是通过cDNA来作研究的。对于
一两个的transcript到是可以用传统的方法来验证通过cDNA sequence 的结果，可是对
于高通量的测序结果，好像没有人去一个个都验证吧。下面是两篇由反转录酶引起假阳
性的例子。
有没有同学对这方面熟悉的，比如反转录酶的错误率，怎么控制RNA sequence的准确，
希望可以讨论讨论。
1. Houseley, J. and D. Tollervey, Apparent non-canonical trans-splicing is
generated by reverse transcriptase in vitro. PLoS One. 5(8): p. e12271.
2. Zeng, X.C. and S.X. Wang, Evidence that BmTXK beta-BmKCT cDNA from
Chinese scorpion Buthus martensii Karsch is an artifact generated in the
reverse transcription process. FEBS Lett, 2002. 520(1-3): p. 183-4; author
reply 185. | n******e
发帖数: 110 | | l******u
发帖数: 936 | 3 RT 实验影响转录水平的研究不仅仅在RNA Seq 中存在， 普通表达谱microArray中也有
，最好的方法是直接读RNA测序，还有的就是现在做转录的很好的工具 nanostring，
但是nanostring 不能做到 de novo sequencing 的很多东西。
trans
is
【在 n******e 的大作中提到】
: 在做肿瘤RNA测序相关的研究，最近才开始注意到反转录酶的出错率，看了一些文献报
: 道，觉得这是个大的问题，尤其是在做一些de novo sequence 研究的时候。比如trans
: -splicing 和alternative splicing，大多数开始的实验是通过cDNA来作研究的。对于
: 一两个的transcript到是可以用传统的方法来验证通过cDNA sequence 的结果，可是对
: 于高通量的测序结果，好像没有人去一个个都验证吧。下面是两篇由反转录酶引起假阳
: 性的例子。
: 有没有同学对这方面熟悉的，比如反转录酶的错误率，怎么控制RNA sequence的准确，
: 希望可以讨论讨论。
: 1. Houseley, J. and D. Tollervey, Apparent non-canonical trans-splicing is
: generated by reverse transcriptase in vitro. PLoS One. 5(8): p. e12271.
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