n******e 发帖数: 110 | 1 在做肿瘤RNA测序相关的研究,最近才开始注意到反转录酶的出错率,看了一些文献报
道,觉得这是个大的问题,尤其是在做一些de novo sequence 研究的时候。比如trans
-splicing 和alternative splicing,大多数开始的实验是通过cDNA来作研究的。对于
一两个的transcript到是可以用传统的方法来验证通过cDNA sequence 的结果,可是对
于高通量的测序结果,好像没有人去一个个都验证吧。下面是两篇由反转录酶引起假阳
性的例子。
有没有同学对这方面熟悉的,比如反转录酶的错误率,怎么控制RNA sequence的准确,
希望可以讨论讨论。
1. Houseley, J. and D. Tollervey, Apparent non-canonical trans-splicing is
generated by reverse transcriptase in vitro. PLoS One. 5(8): p. e12271.
2. Zeng, X.C. and S.X. Wang, Evidence that BmTXK beta-BmKCT cDNA from
Chinese scorpion Buthus martensii Karsch is an artifact generated in the
reverse transcription process. FEBS Lett, 2002. 520(1-3): p. 183-4; author
reply 185. | n******e 发帖数: 110 | | l******u 发帖数: 936 | 3 RT 实验影响转录水平的研究不仅仅在RNA Seq 中存在, 普通表达谱microArray中也有
,最好的方法是直接读RNA测序,还有的就是现在做转录的很好的工具 nanostring,
但是nanostring 不能做到 de novo sequencing 的很多东西。
trans
is
【在 n******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 在做肿瘤RNA测序相关的研究,最近才开始注意到反转录酶的出错率,看了一些文献报 : 道,觉得这是个大的问题,尤其是在做一些de novo sequence 研究的时候。比如trans : -splicing 和alternative splicing,大多数开始的实验是通过cDNA来作研究的。对于 : 一两个的transcript到是可以用传统的方法来验证通过cDNA sequence 的结果,可是对 : 于高通量的测序结果,好像没有人去一个个都验证吧。下面是两篇由反转录酶引起假阳 : 性的例子。 : 有没有同学对这方面熟悉的,比如反转录酶的错误率,怎么控制RNA sequence的准确, : 希望可以讨论讨论。 : 1. Houseley, J. and D. Tollervey, Apparent non-canonical trans-splicing is : generated by reverse transcriptase in vitro. PLoS One. 5(8): p. e12271.
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