h*********r
发帖数: 2844 | |
M********r
发帖数: 142 | |
s******s
发帖数: 13035 | 3 靠, 喊了一年多了, 我以为去年就出来了呢
【在 h*********r 的大作中提到】
: 这次好像来真的。大家怎么看？
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h*********r
发帖数: 2844 | 4 ASHG13上刚刚annouce 了开始early access test. twitter 上都炸开锅了。
http://www.genomeweb.com/sequencing/oxford-nanopore-launch-earl
他们公司网站上有update。
【在 M********r 的大作中提到】
: 哪里看来的？
: 要真能出来，测序就成常规实验了
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t*d
发帖数: 1290 | 5 see the picture.
【在 h*********r 的大作中提到】
: 这次好像来真的。大家怎么看？
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s****l
发帖数: 10462 | 6 看来年底之前，是骡子是马就差不多知晓了。
ILlumina是不是有15%的股份，还有 right to negotiate until 2016?
如果accuracy不错的话，Ion Torrent比较麻烦 --- 快速，价格都比不上，accuracy又
不高很多。
nanopore sample preparation 似乎很简单，才6个eppendorf管子就解决了。是不是我
看错了？ |
h*********r
发帖数: 2844 | 7 你在现场拍的？
【在 t*d 的大作中提到】
: see the picture.
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h*********r
发帖数: 2844 | 8 我看PacBio最先完蛋吧。都是单分子，long read，但是accuracy高很多。
【在 s****l 的大作中提到】
: 看来年底之前，是骡子是马就差不多知晓了。
: ILlumina是不是有15%的股份，还有 right to negotiate until 2016?
: 如果accuracy不错的话，Ion Torrent比较麻烦 --- 快速，价格都比不上，accuracy又
: 不高很多。
: nanopore sample preparation 似乎很简单，才6个eppendorf管子就解决了。是不是我
: 看错了？
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s****l
发帖数: 10462 | 9 PacBio 难道还在竞争名单上吗？早歇菜了吧。有意思的是Roche竟然跟他签了什么个合
同买断什么来着。Roche眼光绝对有问题。454就买死了，呵呵。
【在 h*********r 的大作中提到】
: 我看PacBio最先完蛋吧。都是单分子，long read，但是accuracy高很多。
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h*********r
发帖数: 2844 | 10 这些大牌公司，脑子都不好使吧。很可能过几天他们又屁颠屁颠去求nanopore合作了。
难怪当年Ilumina坚决不理他们。
【在 s****l 的大作中提到】
: PacBio 难道还在竞争名单上吗？早歇菜了吧。有意思的是Roche竟然跟他签了什么个合
: 同买断什么来着。Roche眼光绝对有问题。454就买死了，呵呵。
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s****l
发帖数: 10462 | 11 要说Illumina老板还是有眼光，买了solexa发了大财。如果ONT成功的话，他居然有15%
的股份。好像好说如果第三家开价买ONT的话，Illumina有优先权同等价格购买。
要看看ONT到底是驴子还是马了。
不过没搞懂，Illumina竟然买Varinata而不是Sequnom
【在 h*********r 的大作中提到】
: 这些大牌公司，脑子都不好使吧。很可能过几天他们又屁颠屁颠去求nanopore合作了。
: 难怪当年Ilumina坚决不理他们。
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C***H
发帖数: 508 | 12 你去了？好使不？
【在 t*d 的大作中提到】
: see the picture.
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s******s
发帖数: 13035 | 13 这个玩意儿好山寨不? 比如改造一下酶, 或者换其他的蛋白一类的.
【在 h*********r 的大作中提到】
: 这次好像来真的。大家怎么看？
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M********r
发帖数: 142 | 14 这么小就能高通量测序？
原理我知道，体积怎么做到这么这么小的？
不贵的话，岂不是每个实验室都能买一个。以后高通量测序会不会变成和QPCR，
western一样的实验，想做就做？
【在 t*d 的大作中提到】
: see the picture.
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s******s
发帖数: 13035 | 15 这个通量比较小的. 而且应该是一次性的吧, 成本比qpcr高的多了.
这个虽然cool, 不过我还没想出来有啥特别的用途, 除了野外或者
没有facility的实验室, 时间要求比较高的?
【在 M********r 的大作中提到】
: 这么小就能高通量测序？
: 原理我知道，体积怎么做到这么这么小的？
: 不贵的话，岂不是每个实验室都能买一个。以后高通量测序会不会变成和QPCR，
: western一样的实验，想做就做？
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s****l
发帖数: 10462 | 16 通量应该比较小，另外一款的GridIon大些。不过通量跟体积没有关系，都是分子水平
的体积。
【在 M********r 的大作中提到】
: 这么小就能高通量测序？
: 原理我知道，体积怎么做到这么这么小的？
: 不贵的话，岂不是每个实验室都能买一个。以后高通量测序会不会变成和QPCR，
: western一样的实验，想做就做？
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M********r
发帖数: 142 | 17 探测器应该很精密吧 能测到很小的电压变化 怎么做成那么小的？
【在 s****l 的大作中提到】
: 通量应该比较小，另外一款的GridIon大些。不过通量跟体积没有关系，都是分子水平
: 的体积。
|
s****l
发帖数: 10462 | 18 如果只是测电压的话，一个平方厘米上可以做出几百万的感应器，Ion Torrent就是这
样的。
ONT这个不需要洗液（至少一次性的MinIon如此），所以不需要太大容器来装溶液，Ion
Torrent就需要洗液，所以得有几个大瓶子挂外面，但是Ion Torrent的chip也很小，
两三个平方厘米而已。
【在 M********r 的大作中提到】
: 探测器应该很精密吧 能测到很小的电压变化 怎么做成那么小的？
|
f*******e
发帖数: 628 | 19 做高密度sensor测微小电压不难。难的是每个sensor能分辨四个不同碱基产生的微小电
压之间的不同。 或许测的是信号维持时间的长度区别？不知道准确度如何。Nanopore
总是这么奇怪，只公布产品信息，不提供任何真正的数据。
Ion
【在 s****l 的大作中提到】
: 如果只是测电压的话，一个平方厘米上可以做出几百万的感应器，Ion Torrent就是这
: 样的。
: ONT这个不需要洗液（至少一次性的MinIon如此），所以不需要太大容器来装溶液，Ion
: Torrent就需要洗液，所以得有几个大瓶子挂外面，但是Ion Torrent的chip也很小，
: 两三个平方厘米而已。
|
s******s
发帖数: 13035 | 20 它这个没这么多. ion torrent是完全电子产品, 像集成电路那么做.
这个我记得低好几个数量级
Ion
【在 s****l 的大作中提到】
: 如果只是测电压的话，一个平方厘米上可以做出几百万的感应器，Ion Torrent就是这
: 样的。
: ONT这个不需要洗液（至少一次性的MinIon如此），所以不需要太大容器来装溶液，Ion
: Torrent就需要洗液，所以得有几个大瓶子挂外面，但是Ion Torrent的chip也很小，
: 两三个平方厘米而已。
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b****r
发帖数: 17995 | 21 我日，这个太有意义啦。首先按它自己说的，成本，速度，需要的样品两，都极大提高
了。最主要的这玩意是基于单分子而且阅读长度长得多得多。现在的鸟枪技术，漏洞是
很多的，比如重复多一点的地方就几乎map不了。
都这么久了，这次又不给data，我严重认为又是骗人的/！！
【在 s******s 的大作中提到】
: 这个通量比较小的. 而且应该是一次性的吧, 成本比qpcr高的多了.
: 这个虽然cool, 不过我还没想出来有啥特别的用途, 除了野外或者
: 没有facility的实验室, 时间要求比较高的?
|
s******s
发帖数: 13035 | 22 你搞错了吧. 你说的这么多, 大多数有电都是nanopore的特点, 不是
MiniIon的优点. 显然有GridIon在那里, 而且大多数地方有facility,
miniIon的优势在哪里? 除了我说的sample很少, 后者时效性地域性比较
严格的研究, 一点好处都没有
【在 b****r 的大作中提到】
: 我日，这个太有意义啦。首先按它自己说的，成本，速度，需要的样品两，都极大提高
: 了。最主要的这玩意是基于单分子而且阅读长度长得多得多。现在的鸟枪技术，漏洞是
: 很多的，比如重复多一点的地方就几乎map不了。
: 都这么久了，这次又不给data，我严重认为又是骗人的/！！
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b****r
发帖数: 17995 | 23 哦，我回的其实是楼主的nanopore
【在 b****r 的大作中提到】
: 我日，这个太有意义啦。首先按它自己说的，成本，速度，需要的样品两，都极大提高
: 了。最主要的这玩意是基于单分子而且阅读长度长得多得多。现在的鸟枪技术，漏洞是
: 很多的，比如重复多一点的地方就几乎map不了。
: 都这么久了，这次又不给data，我严重认为又是骗人的/！！
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s****l
发帖数: 10462 | 24 如果ONT所说的都是可以做到的，除了准确度不高之外（这个一定要提高，否则其他再
好都不行了），其他的都是很显而易见的优点。最大的优点就是sample prep简化，说
是只要6个eppendorf管子。将来还要简化成一步即可的sample prep。加上它的快速性
，基本上任何需要快速知道结果的测序工作它都是首选了。另外，长序列在很多时候有
短序列不可替代的优势，比如splicing。
【在 s******s 的大作中提到】
: 你搞错了吧. 你说的这么多, 大多数有电都是nanopore的特点, 不是
: MiniIon的优点. 显然有GridIon在那里, 而且大多数地方有facility,
: miniIon的优势在哪里? 除了我说的sample很少, 后者时效性地域性比较
: 严格的研究, 一点好处都没有
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c*******e
发帖数: 5818 | 25 简单看了一下，没太看懂基本原理，谁给简单讲一讲。sample处理完了，nanoball生成
后，用类似microarray杂交的荧光测序，这probe coverage怎么算，要是穷尽，的多少
啊，另外，如用reference genome，这snp怎么测出。
【在 s****l 的大作中提到】
: 如果ONT所说的都是可以做到的，除了准确度不高之外（这个一定要提高，否则其他再
: 好都不行了），其他的都是很显而易见的优点。最大的优点就是sample prep简化，说
: 是只要6个eppendorf管子。将来还要简化成一步即可的sample prep。加上它的快速性
: ，基本上任何需要快速知道结果的测序工作它都是首选了。另外，长序列在很多时候有
: 短序列不可替代的优势，比如splicing。
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f******t
发帖数: 2699 | 26 杂交荧光测序？我还以为是按不同碱基通过nanopore产生不同电流信号。我没看过他家
的原理，道听途说而已。如果是杂交的话，就不能读Cm了吧？那PacBio也许还有发展前
途。
现在这个已经能应用了么？有人知道error rate是多少吗？PacBio的都超过10%了，基
本可以直接进垃圾桶，还要靠illumina来纠错。
【在 c*******e 的大作中提到】
: 简单看了一下，没太看懂基本原理，谁给简单讲一讲。sample处理完了，nanoball生成
: 后，用类似microarray杂交的荧光测序，这probe coverage怎么算，要是穷尽，的多少
: 啊，另外，如用reference genome，这snp怎么测出。
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s****l
发帖数: 10462 | 27 我也不是特别清楚原理，感觉上就是单分子的序列上的四种碱基通过nanopore的时候电
压不同。然后因为末端处理了一下，正反方向都读一次。再就是跑的时间越长，输入越
高，但是有各种限制因素。
【在 c*******e 的大作中提到】
: 简单看了一下，没太看懂基本原理，谁给简单讲一讲。sample处理完了，nanoball生成
: 后，用类似microarray杂交的荧光测序，这probe coverage怎么算，要是穷尽，的多少
: 啊，另外，如用reference genome，这snp怎么测出。
|
s******s
发帖数: 13035 | 28 pacbio可以反复测, 所以10%不是大问题. nanopore我觉得准确率
很难搞啊, 不知道数据是多少
【在 f******t 的大作中提到】
: 杂交荧光测序？我还以为是按不同碱基通过nanopore产生不同电流信号。我没看过他家
: 的原理，道听途说而已。如果是杂交的话，就不能读Cm了吧？那PacBio也许还有发展前
: 途。
: 现在这个已经能应用了么？有人知道error rate是多少吗？PacBio的都超过10%了，基
: 本可以直接进垃圾桶，还要靠illumina来纠错。
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C***H
发帖数: 508 | 29 最新的nanopore error rate文章：
http://www.pnas.org/content/early/2013/10/23/1310615110.abstrac
跟ONT的不见得是同一种pore或同一种motor,以及肯定不同的membrane，but you get
the idea...
【在 s******s 的大作中提到】
: pacbio可以反复测, 所以10%不是大问题. nanopore我觉得准确率
: 很难搞啊, 不知道数据是多少
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c*******e
发帖数: 5818 | 30 I only simply scan the wiki, see fig 6, it says using 10-mer probe for
sequence. I will check this PNAS one
http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_nanoball_sequencing
【在 C***H 的大作中提到】
: 最新的nanopore error rate文章：
: http://www.pnas.org/content/early/2013/10/23/1310615110.abstrac
: 跟ONT的不见得是同一种pore或同一种motor,以及肯定不同的membrane，but you get
: the idea...
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c*******e
发帖数: 5818 | 31 Sorry, read the wrong one, should be nanopore NOT nanoball.
here is wiki for nanopore:
http://en.wikipedia.org/wiki/Nanopore_sequencing
Reading
【在 c*******e 的大作中提到】
: I only simply scan the wiki, see fig 6, it says using 10-mer probe for
: sequence. I will check this PNAS one
: http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_nanoball_sequencing
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f*******e
发帖数: 628 | 32 nanoball 是 complete genomics 的东西。
【在 c*******e 的大作中提到】
: I only simply scan the wiki, see fig 6, it says using 10-mer probe for
: sequence. I will check this PNAS one
: http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_nanoball_sequencing
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z*t
发帖数: 863 | 33 这个不同的修饰蛮好玩的，pacbio当年对methylated A测得很好，但是对不同modified
的cytosine要靠DNA修饰处理才能很好的测定。nanopore测modified cytosine估计不会
比pacbio容易，如果用有一些修饰处理的手段应该会有不错的结果
【在 C***H 的大作中提到】
: 最新的nanopore error rate文章：
: http://www.pnas.org/content/early/2013/10/23/1310615110.abstrac
: 跟ONT的不见得是同一种pore或同一种motor,以及肯定不同的membrane，but you get
: the idea...
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f******t
发帖数: 2699 | 34 对repetitive region算是大问题。靠重复测小片段给大片段纠错，跟用illumina的效
果差不多，基本失去了长片段的意义。
【在 s******s 的大作中提到】
: pacbio可以反复测, 所以10%不是大问题. nanopore我觉得准确率
: 很难搞啊, 不知道数据是多少
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s******s
发帖数: 13035 | 35 pacbio的反复测和illumina两个概念.
【在 f******t 的大作中提到】
: 对repetitive region算是大问题。靠重复测小片段给大片段纠错，跟用illumina的效
: 果差不多，基本失去了长片段的意义。
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f******t
发帖数: 2699 | 36 你是说它绕圈儿测？还是它用自己的小片段给长片段纠错？Pacbio的10K，大片段比例
太低，准确率也不够，对超长的重复序列基本没用，测基因组还是可以的。
【在 s******s 的大作中提到】
: pacbio的反复测和illumina两个概念.
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s******s
发帖数: 13035 | 37 绕圈测还是不错的. 不过这pacbio已经死了, idea牛技术跟不上也没用啊
【在 f******t 的大作中提到】
: 你是说它绕圈儿测？还是它用自己的小片段给长片段纠错？Pacbio的10K，大片段比例
: 太低，准确率也不够，对超长的重复序列基本没用，测基因组还是可以的。
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h*********r
发帖数: 2844 | |
M********r
发帖数: 142 | |
s******s
发帖数: 13035 | 40 靠, 喊了一年多了, 我以为去年就出来了呢
【在 h*********r 的大作中提到】
: 这次好像来真的。大家怎么看？
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h*********r
发帖数: 2844 | 41 ASHG13上刚刚annouce 了开始early access test. twitter 上都炸开锅了。
http://www.genomeweb.com/sequencing/oxford-nanopore-launch-earl
他们公司网站上有update。
【在 M********r 的大作中提到】
: 哪里看来的？
: 要真能出来，测序就成常规实验了
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t*d
发帖数: 1290 | 42 see the picture.
【在 h*********r 的大作中提到】
: 这次好像来真的。大家怎么看？
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s****l
发帖数: 10462 | 43 看来年底之前，是骡子是马就差不多知晓了。
ILlumina是不是有15%的股份，还有 right to negotiate until 2016?
如果accuracy不错的话，Ion Torrent比较麻烦 --- 快速，价格都比不上，accuracy又
不高很多。
nanopore sample preparation 似乎很简单，才6个eppendorf管子就解决了。是不是我
看错了？ |
h*********r
发帖数: 2844 | 44 你在现场拍的？
【在 t*d 的大作中提到】
: see the picture.
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h*********r
发帖数: 2844 | 45 我看PacBio最先完蛋吧。都是单分子，long read，但是accuracy高很多。
【在 s****l 的大作中提到】
: 看来年底之前，是骡子是马就差不多知晓了。
: ILlumina是不是有15%的股份，还有 right to negotiate until 2016?
: 如果accuracy不错的话，Ion Torrent比较麻烦 --- 快速，价格都比不上，accuracy又
: 不高很多。
: nanopore sample preparation 似乎很简单，才6个eppendorf管子就解决了。是不是我
: 看错了？
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s****l
发帖数: 10462 | 46 PacBio 难道还在竞争名单上吗？早歇菜了吧。有意思的是Roche竟然跟他签了什么个合
同买断什么来着。Roche眼光绝对有问题。454就买死了，呵呵。
【在 h*********r 的大作中提到】
: 我看PacBio最先完蛋吧。都是单分子，long read，但是accuracy高很多。
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h*********r
发帖数: 2844 | 47 这些大牌公司，脑子都不好使吧。很可能过几天他们又屁颠屁颠去求nanopore合作了。
难怪当年Ilumina坚决不理他们。
【在 s****l 的大作中提到】
: PacBio 难道还在竞争名单上吗？早歇菜了吧。有意思的是Roche竟然跟他签了什么个合
: 同买断什么来着。Roche眼光绝对有问题。454就买死了，呵呵。
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s****l
发帖数: 10462 | 48 要说Illumina老板还是有眼光，买了solexa发了大财。如果ONT成功的话，他居然有15%
的股份。好像好说如果第三家开价买ONT的话，Illumina有优先权同等价格购买。
要看看ONT到底是驴子还是马了。
不过没搞懂，Illumina竟然买Varinata而不是Sequnom
【在 h*********r 的大作中提到】
: 这些大牌公司，脑子都不好使吧。很可能过几天他们又屁颠屁颠去求nanopore合作了。
: 难怪当年Ilumina坚决不理他们。
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C***H
发帖数: 508 | 49 你去了？好使不？
【在 t*d 的大作中提到】
: see the picture.
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s******s
发帖数: 13035 | 50 这个玩意儿好山寨不? 比如改造一下酶, 或者换其他的蛋白一类的.
【在 h*********r 的大作中提到】
: 这次好像来真的。大家怎么看？
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M********r
发帖数: 142 | 51 这么小就能高通量测序？
原理我知道，体积怎么做到这么这么小的？
不贵的话，岂不是每个实验室都能买一个。以后高通量测序会不会变成和QPCR，
western一样的实验，想做就做？
【在 t*d 的大作中提到】
: see the picture.
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s******s
发帖数: 13035 | 52 这个通量比较小的. 而且应该是一次性的吧, 成本比qpcr高的多了.
这个虽然cool, 不过我还没想出来有啥特别的用途, 除了野外或者
没有facility的实验室, 时间要求比较高的?
【在 M********r 的大作中提到】
: 这么小就能高通量测序？
: 原理我知道，体积怎么做到这么这么小的？
: 不贵的话，岂不是每个实验室都能买一个。以后高通量测序会不会变成和QPCR，
: western一样的实验，想做就做？
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s****l
发帖数: 10462 | 53 通量应该比较小，另外一款的GridIon大些。不过通量跟体积没有关系，都是分子水平
的体积。
【在 M********r 的大作中提到】
: 这么小就能高通量测序？
: 原理我知道，体积怎么做到这么这么小的？
: 不贵的话，岂不是每个实验室都能买一个。以后高通量测序会不会变成和QPCR，
: western一样的实验，想做就做？
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M********r
发帖数: 142 | 54 探测器应该很精密吧 能测到很小的电压变化 怎么做成那么小的？
【在 s****l 的大作中提到】
: 通量应该比较小，另外一款的GridIon大些。不过通量跟体积没有关系，都是分子水平
: 的体积。
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s****l
发帖数: 10462 | 55 如果只是测电压的话，一个平方厘米上可以做出几百万的感应器，Ion Torrent就是这
样的。
ONT这个不需要洗液（至少一次性的MinIon如此），所以不需要太大容器来装溶液，Ion
Torrent就需要洗液，所以得有几个大瓶子挂外面，但是Ion Torrent的chip也很小，
两三个平方厘米而已。
【在 M********r 的大作中提到】
: 探测器应该很精密吧 能测到很小的电压变化 怎么做成那么小的？
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f*******e
发帖数: 628 | 56 做高密度sensor测微小电压不难。难的是每个sensor能分辨四个不同碱基产生的微小电
压之间的不同。 或许测的是信号维持时间的长度区别？不知道准确度如何。Nanopore
总是这么奇怪，只公布产品信息，不提供任何真正的数据。
Ion
【在 s****l 的大作中提到】
: 如果只是测电压的话，一个平方厘米上可以做出几百万的感应器，Ion Torrent就是这
: 样的。
: ONT这个不需要洗液（至少一次性的MinIon如此），所以不需要太大容器来装溶液，Ion
: Torrent就需要洗液，所以得有几个大瓶子挂外面，但是Ion Torrent的chip也很小，
: 两三个平方厘米而已。
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s******s
发帖数: 13035 | 57 它这个没这么多. ion torrent是完全电子产品, 像集成电路那么做.
这个我记得低好几个数量级
Ion
【在 s****l 的大作中提到】
: 如果只是测电压的话，一个平方厘米上可以做出几百万的感应器，Ion Torrent就是这
: 样的。
: ONT这个不需要洗液（至少一次性的MinIon如此），所以不需要太大容器来装溶液，Ion
: Torrent就需要洗液，所以得有几个大瓶子挂外面，但是Ion Torrent的chip也很小，
: 两三个平方厘米而已。
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b****r
发帖数: 17995 | 58 我日，这个太有意义啦。首先按它自己说的，成本，速度，需要的样品两，都极大提高
了。最主要的这玩意是基于单分子而且阅读长度长得多得多。现在的鸟枪技术，漏洞是
很多的，比如重复多一点的地方就几乎map不了。
都这么久了，这次又不给data，我严重认为又是骗人的/！！
【在 s******s 的大作中提到】
: 这个通量比较小的. 而且应该是一次性的吧, 成本比qpcr高的多了.
: 这个虽然cool, 不过我还没想出来有啥特别的用途, 除了野外或者
: 没有facility的实验室, 时间要求比较高的?
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s******s
发帖数: 13035 | 59 你搞错了吧. 你说的这么多, 大多数有电都是nanopore的特点, 不是
MiniIon的优点. 显然有GridIon在那里, 而且大多数地方有facility,
miniIon的优势在哪里? 除了我说的sample很少, 后者时效性地域性比较
严格的研究, 一点好处都没有
【在 b****r 的大作中提到】
: 我日，这个太有意义啦。首先按它自己说的，成本，速度，需要的样品两，都极大提高
: 了。最主要的这玩意是基于单分子而且阅读长度长得多得多。现在的鸟枪技术，漏洞是
: 很多的，比如重复多一点的地方就几乎map不了。
: 都这么久了，这次又不给data，我严重认为又是骗人的/！！
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b****r
发帖数: 17995 | 60 哦，我回的其实是楼主的nanopore
【在 b****r 的大作中提到】
: 我日，这个太有意义啦。首先按它自己说的，成本，速度，需要的样品两，都极大提高
: 了。最主要的这玩意是基于单分子而且阅读长度长得多得多。现在的鸟枪技术，漏洞是
: 很多的，比如重复多一点的地方就几乎map不了。
: 都这么久了，这次又不给data，我严重认为又是骗人的/！！
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s****l
发帖数: 10462 | 61 如果ONT所说的都是可以做到的，除了准确度不高之外（这个一定要提高，否则其他再
好都不行了），其他的都是很显而易见的优点。最大的优点就是sample prep简化，说
是只要6个eppendorf管子。将来还要简化成一步即可的sample prep。加上它的快速性
，基本上任何需要快速知道结果的测序工作它都是首选了。另外，长序列在很多时候有
短序列不可替代的优势，比如splicing。
【在 s******s 的大作中提到】
: 你搞错了吧. 你说的这么多, 大多数有电都是nanopore的特点, 不是
: MiniIon的优点. 显然有GridIon在那里, 而且大多数地方有facility,
: miniIon的优势在哪里? 除了我说的sample很少, 后者时效性地域性比较
: 严格的研究, 一点好处都没有
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c*******e
发帖数: 5818 | 62 简单看了一下，没太看懂基本原理，谁给简单讲一讲。sample处理完了，nanoball生成
后，用类似microarray杂交的荧光测序，这probe coverage怎么算，要是穷尽，的多少
啊，另外，如用reference genome，这snp怎么测出。
【在 s****l 的大作中提到】
: 如果ONT所说的都是可以做到的，除了准确度不高之外（这个一定要提高，否则其他再
: 好都不行了），其他的都是很显而易见的优点。最大的优点就是sample prep简化，说
: 是只要6个eppendorf管子。将来还要简化成一步即可的sample prep。加上它的快速性
: ，基本上任何需要快速知道结果的测序工作它都是首选了。另外，长序列在很多时候有
: 短序列不可替代的优势，比如splicing。
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f******t
发帖数: 2699 | 63 杂交荧光测序？我还以为是按不同碱基通过nanopore产生不同电流信号。我没看过他家
的原理，道听途说而已。如果是杂交的话，就不能读Cm了吧？那PacBio也许还有发展前
途。
现在这个已经能应用了么？有人知道error rate是多少吗？PacBio的都超过10%了，基
本可以直接进垃圾桶，还要靠illumina来纠错。
【在 c*******e 的大作中提到】
: 简单看了一下，没太看懂基本原理，谁给简单讲一讲。sample处理完了，nanoball生成
: 后，用类似microarray杂交的荧光测序，这probe coverage怎么算，要是穷尽，的多少
: 啊，另外，如用reference genome，这snp怎么测出。
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s****l
发帖数: 10462 | 64 我也不是特别清楚原理，感觉上就是单分子的序列上的四种碱基通过nanopore的时候电
压不同。然后因为末端处理了一下，正反方向都读一次。再就是跑的时间越长，输入越
高，但是有各种限制因素。
【在 c*******e 的大作中提到】
: 简单看了一下，没太看懂基本原理，谁给简单讲一讲。sample处理完了，nanoball生成
: 后，用类似microarray杂交的荧光测序，这probe coverage怎么算，要是穷尽，的多少
: 啊，另外，如用reference genome，这snp怎么测出。
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s******s
发帖数: 13035 | 65 pacbio可以反复测, 所以10%不是大问题. nanopore我觉得准确率
很难搞啊, 不知道数据是多少
【在 f******t 的大作中提到】
: 杂交荧光测序？我还以为是按不同碱基通过nanopore产生不同电流信号。我没看过他家
: 的原理，道听途说而已。如果是杂交的话，就不能读Cm了吧？那PacBio也许还有发展前
: 途。
: 现在这个已经能应用了么？有人知道error rate是多少吗？PacBio的都超过10%了，基
: 本可以直接进垃圾桶，还要靠illumina来纠错。
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C***H
发帖数: 508 | 66 最新的nanopore error rate文章：
http://www.pnas.org/content/early/2013/10/23/1310615110.abstrac
跟ONT的不见得是同一种pore或同一种motor,以及肯定不同的membrane，but you get
the idea...
【在 s******s 的大作中提到】
: pacbio可以反复测, 所以10%不是大问题. nanopore我觉得准确率
: 很难搞啊, 不知道数据是多少
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c*******e
发帖数: 5818 | 67 I only simply scan the wiki, see fig 6, it says using 10-mer probe for
sequence. I will check this PNAS one
http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_nanoball_sequencing
【在 C***H 的大作中提到】
: 最新的nanopore error rate文章：
: http://www.pnas.org/content/early/2013/10/23/1310615110.abstrac
: 跟ONT的不见得是同一种pore或同一种motor,以及肯定不同的membrane，but you get
: the idea...
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c*******e
发帖数: 5818 | 68 Sorry, read the wrong one, should be nanopore NOT nanoball.
here is wiki for nanopore:
http://en.wikipedia.org/wiki/Nanopore_sequencing
Reading
【在 c*******e 的大作中提到】
: I only simply scan the wiki, see fig 6, it says using 10-mer probe for
: sequence. I will check this PNAS one
: http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_nanoball_sequencing
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f*******e
发帖数: 628 | 69 nanoball 是 complete genomics 的东西。
【在 c*******e 的大作中提到】
: I only simply scan the wiki, see fig 6, it says using 10-mer probe for
: sequence. I will check this PNAS one
: http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_nanoball_sequencing
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z*t
发帖数: 863 | 70 这个不同的修饰蛮好玩的，pacbio当年对methylated A测得很好，但是对不同modified
的cytosine要靠DNA修饰处理才能很好的测定。nanopore测modified cytosine估计不会
比pacbio容易，如果用有一些修饰处理的手段应该会有不错的结果
【在 C***H 的大作中提到】
: 最新的nanopore error rate文章：
: http://www.pnas.org/content/early/2013/10/23/1310615110.abstrac
: 跟ONT的不见得是同一种pore或同一种motor,以及肯定不同的membrane，but you get
: the idea...
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f******t
发帖数: 2699 | 71 对repetitive region算是大问题。靠重复测小片段给大片段纠错，跟用illumina的效
果差不多，基本失去了长片段的意义。
【在 s******s 的大作中提到】
: pacbio可以反复测, 所以10%不是大问题. nanopore我觉得准确率
: 很难搞啊, 不知道数据是多少
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s******s
发帖数: 13035 | 72 pacbio的反复测和illumina两个概念.
【在 f******t 的大作中提到】
: 对repetitive region算是大问题。靠重复测小片段给大片段纠错，跟用illumina的效
: 果差不多，基本失去了长片段的意义。
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f******t
发帖数: 2699 | 73 你是说它绕圈儿测？还是它用自己的小片段给长片段纠错？Pacbio的10K，大片段比例
太低，准确率也不够，对超长的重复序列基本没用，测基因组还是可以的。
【在 s******s 的大作中提到】
: pacbio的反复测和illumina两个概念.
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s******s
发帖数: 13035 | 74 绕圈测还是不错的. 不过这pacbio已经死了, idea牛技术跟不上也没用啊
【在 f******t 的大作中提到】
: 你是说它绕圈儿测？还是它用自己的小片段给长片段纠错？Pacbio的10K，大片段比例
: 太低，准确率也不够，对超长的重复序列基本没用，测基因组还是可以的。
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l**********1
发帖数: 5204 | 75 MinIon@ 2014 上半年 上市 试用
https://twitter.com/nanopore
Guidelines for applying for the MinION Access programme (MAP). Please scroll
to the bottom of this page to view the application form.
Each application should be made by an individual. One application will be
accepted per person and there is no limit on the number of applications per
institution.
Each applicant can apply for up to 50 MAP packages. Each MAP package
includes a single MinION and corresponding supply of flow cells/preparation
kits. This is subject to availability; Oxford Nanopore may allocate fewer
than this number however participants will be expected to honour their
maximum application number. Each MinION requires a refundable deposit of $1,
000.
Registration will remain open through the holiday period. In early 2014, at
least two days notice will be given of closure of the registration period.
This will be noted on our website and on Twitter from @nanopore.
Applications can be made at any time during this period; preference will not
be given to early applicants.
We are requesting little information about your intentions for MAP and no
supplementary information is necessary. Places in MAP will be distributed to
a broad range of applicants with some element of fairly-applied random
allocation. Oxford Nanopore will not be able to provide feedback on
individual applications.
Registration will close in early 2014. Subsequently, a number of applicants
will be invited to join the programme. At this stage, the relevant terms and
conditions/licence agreements will be provided and the participant will be
invited to review and agree to these terms. Participants will then gain
access to the programme by paying a $1,000 refundable deposit and an
additional shipping charge per MAP package.
https://www.nanoporetech.com/technology/the-minion-device-a-miniaturised-
sensing-system/map-application-form
这下 Roche PacBio stock share 要大跌啦 |
