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发帖数: 971 | 1 实验要检测目标蛋白在特定DNA区的结合；用histone H3抗体作阳性对照，IgG作阴性对
照；磁珠beads。发现在裂解液中加入beads-抗体后，beads会有不同程度的粘结.总体
趋势是H3〉目标蛋白〉IgG。 其中IgG-beads几乎没有粘结的现象。这个观察可以理解
为不同抗体富集蛋白的能力和总量不同，H3最强，IgG最弱。这种粘集在不同的wash
buffer处理时，没什么改变，但是当最后用TE洗的时候却一下子消失了。似乎TE破坏了
蛋白之间的相互作用使beads变得不再粘连了。
问题是TE中并没有什么特别的成分，除了不包括detergent和LiCl，Tris和EDTA的浓度
和最后的wash buffer相同。PH值TE:7.99；wash buffer:8.14也没大区别。
请同学们指教一下，为什么加了TE后，beads不再粘连了？这种现象是否暗示有蛋白产
量上的损失？以及最后一步如果省略在wash buffer 1,2,3后用TE洗beads会有什么结果？
多谢了。 | y*********1
发帖数: 46 | 2 My guess is that you used too much chromatin and magnetic beads. Using less
chromatin and magnetic beads should reduce the problem of 粘结.
As to whether TE buffer has any effect on 粘结, you could do a qPCR on ChIP
DNA eluted from beads with and without TE wash. Comparison of fold of
enrichment as well as Ct values will tell you if you have loss of protein
during TE wash. |
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