w***a
发帖数: 792 | 1 本人对proteomics一巧不通，请教一下版上能人下边几个术语是什么意思。先谢过了！
“Putative uncharacterized protein OS”这里边的OS是什么意思？
“Data was extracted from MAGE with a 1E-08 filter”这里的MAGE和那个filter
的具体数据代表什么？
上边所说的data里有FWD、 REV、 FDR这样的术语，它们又是啥？
样品里有“Afer_global sample”和“Afer_Fract sample”这里的Afer_global和Afer
_Fract又是什么意思呢？
蛋白质名字“tr|B7J5A6|B7J5A6_ACIF2”这里的各项都表示什么呀？
里边还有一些看不懂的，比如：N_Peps， SpC， SCX_NET等等，请问都是什么意思？
非常感谢您的帮助！ |
a******k
发帖数: 1190 | 2 没人re，这里尝试回答一下
OS 后面有没有等于号？如果有的话，表示species （Organism Species）
filter
听起来像是一个software, 不太熟，上下文是？
filter应该是一个statistical significance value，
不知道这个software是怎么计算的，但一般1E-08是一个很显著的cutoff
FWD大概是forward
REV是Reverse
FDR是False discovery rate，一般设计来用做multiple test的校验
Afer
不懂，看软件手册？
tr表示TrEMBL，表示这个B7J5A6是UniprotKB/TrEMBL的ID
后面是基因的scientific name，这个基因应该没有很好的characterize
N_Peps应该是peptide的数目
别的不懂，again，是什么软件的输出？是不是一个mass-spec软件？
【在 w***a 的大作中提到】
: 本人对proteomics一巧不通，请教一下版上能人下边几个术语是什么意思。先谢过了！
: “Putative uncharacterized protein OS”这里边的OS是什么意思？
: “Data was extracted from MAGE with a 1E-08 filter”这里的MAGE和那个filter
: 的具体数据代表什么？
: 上边所说的data里有FWD、 REV、 FDR这样的术语，它们又是啥？
: 样品里有“Afer_global sample”和“Afer_Fract sample”这里的Afer_global和Afer
: _Fract又是什么意思呢？
: 蛋白质名字“tr|B7J5A6|B7J5A6_ACIF2”这里的各项都表示什么呀？
: 里边还有一些看不懂的，比如：N_Peps， SpC， SCX_NET等等，请问都是什么意思？
: 非常感谢您的帮助！
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j******n
发帖数: 941 | 3 FWD、 REV应该是forward reverse 嘿嘿
其他的不知道 汗自己10年前做过proteomics现在居然落伍这么多 |
w***a
发帖数: 792 | 4 谢谢LS两位，包子已转，请查收。
另答LS，应该是MASS SPECT的软件。具体是什么软件我也不清楚，老板给发了一EXCEL
，里边有包括上述术语的各种数据，我看着头疼，所以来问问。GOOGLE了一下，那个
SPC，应该是shared peak count,这又是个什么东西？
【在 a******k 的大作中提到】
: 没人re，这里尝试回答一下
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: OS 后面有没有等于号？如果有的话，表示species （Organism Species）
: filter
: 听起来像是一个software, 不太熟，上下文是？
: filter应该是一个statistical significance value，
: 不知道这个software是怎么计算的，但一般1E-08是一个很显著的cutoff
: FWD大概是forward
: REV是Reverse
: FDR是False discovery rate，一般设计来用做multiple test的校验
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g**********y
发帖数: 423 | 5 FDR is false discovery rate |
l**********1
发帖数: 5204 | |
