m*******7
发帖数: 85 | 1 最近发现一个蛋白可能会参与调解一个肿瘤相关的通路，请问有没有什么数据库可以看
下这个蛋白编码基因的表达和肿瘤生存率的关系？对这些一无所知，还请大牛指点。多
谢多谢！ |
a****c
发帖数: 339 | 2 单就你的问题 基因的表达和肿瘤生存率的关系
http://ist.medisapiens.com/
phenotype heatmap
需要注册，大部分功能免费
但是这个网站看不出来不代表不能做下去了，能够重要到影响病人生存率的基因都是宝
贝了。一般来说，能够看到你的基因在某些肿瘤里过表达，或者有mutation,然后
knockdown能够影响proliferation or migration，这就已经很好了。 |
D***a
发帖数: 516 | 3 oncomine
https://www.oncomine.org/resource/login.html
免费，但需要注册。
里面从已发表文章收集了成百上千组基因表达比较的数据，主要是肿瘤数据。
但我的觉得不是很有帮助，你想查的基因总是会在某些实验里有显著区别，而在另一些
实验里不显著。 |
a*****n
发帖数: 2835 | 4 这些数据到底有多大用处？好像随便找一个基因输入进去都能找到表达差异的数据
我们应该怎么去判断啊？
【在 D***a 的大作中提到】
: oncomine
: https://www.oncomine.org/resource/login.html
: 免费，但需要注册。
: 里面从已发表文章收集了成百上千组基因表达比较的数据，主要是肿瘤数据。
: 但我的觉得不是很有帮助，你想查的基因总是会在某些实验里有显著区别，而在另一些
: 实验里不显著。
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l***y
发帖数: 638 | 5 也就是个辅助作用，如果跟你自己做的东西match得上，可以拿来给老板交差，做prese
ntation或者发文章的时候在讨论里提提
如果想在里面找方向或者直接挖novel的东西，基本是大海捞针
【在 a*****n 的大作中提到】
: 这些数据到底有多大用处？好像随便找一个基因输入进去都能找到表达差异的数据
: 我们应该怎么去判断啊？
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R****n
发帖数: 708 | 6 我可以做，你想查那个基因和癌症种类。 我一般是TCGA数据库，你可以用Cbioportal。
【在 m*******7 的大作中提到】
: 最近发现一个蛋白可能会参与调解一个肿瘤相关的通路，请问有没有什么数据库可以看
: 下这个蛋白编码基因的表达和肿瘤生存率的关系？对这些一无所知，还请大牛指点。多
: 谢多谢！
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m*******7
发帖数: 85 | |
h********n
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