h*********r 发帖数: 2844 | |
h*********r 发帖数: 2844 | 2 第一条trace 有8000 readlength,但是accuracy怎么算?
【在 h*********r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 这个技术有戏吗?
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C***H 发帖数: 508 | 3 http://www.genomeweb.com//sequencing/first-oxford-nanopore-user
号称读单链accuracy 68%,好像很低的样子。
不过看起来最后的protocol是两条链一起读,不知道还有多久才work?如果读双链,而
且是随机错误的话,正确率大概就是1-(1-0.68)^2,90%的样子,好像还不错?
板上有用过的人没?
【在 h*********r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 第一条trace 有8000 readlength,但是accuracy怎么算?
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y***k 发帖数: 40 | |
C***H 发帖数: 508 | 5 应该说错误率是(1-0.68)^2,也就是两次都读错的。
又想了想,有四个碱基,所以要两次都读错,还错的一样的概率才是最后的错误率。如
果还是假设随机错误,那么错误率就是((1-0.68)^2)/3。不过错误估计肯定不是随机的
...
然后又想想,错误还有del和ins,就更复杂了...
唉,其实我是外行,也就是瞎说说。板上有没有懂行的出来说说?
【在 y***k 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 两条链不一样,该信谁啊?
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h*********r 发帖数: 2844 | 6 它能取代现有技术吗,比如pacbio?
【在 C***H 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 应该说错误率是(1-0.68)^2,也就是两次都读错的。 : 又想了想,有四个碱基,所以要两次都读错,还错的一样的概率才是最后的错误率。如 : 果还是假设随机错误,那么错误率就是((1-0.68)^2)/3。不过错误估计肯定不是随机的 : ... : 然后又想想,错误还有del和ins,就更复杂了... : 唉,其实我是外行,也就是瞎说说。板上有没有懂行的出来说说?
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s******s 发帖数: 13035 | 7 看不到原文哈,我觉得应该这样算
显然,两条链不一样的就被filter掉了,所以只能用match的base
那么,正确的是 0.68^2 = 0.46, 错误的是 0.32^2 = 0.10
filter过以后的错误率实际上是0.10/(0.10+0.46) = 18%
这是假设双链错误的是一致的。 那么,如果双链错误的identity是随机的呢?
错误的就是CatOH算的 0.32^2/3 = 0.034
那么错误率其实是6.8%。 这个看上去比较靠谱
【在 C***H 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 应该说错误率是(1-0.68)^2,也就是两次都读错的。 : 又想了想,有四个碱基,所以要两次都读错,还错的一样的概率才是最后的错误率。如 : 果还是假设随机错误,那么错误率就是((1-0.68)^2)/3。不过错误估计肯定不是随机的 : ... : 然后又想想,错误还有del和ins,就更复杂了... : 唉,其实我是外行,也就是瞎说说。板上有没有懂行的出来说说?
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m***T 发帖数: 11058 | 8 It's still too early to tell. Didn't follow it these days and not sure it
was based on engineering protein nanopore or solidstate?
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7
【在 h*********r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 这个技术有戏吗?
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s********n 发帖数: 2939 | 9 Protein pores
【在 m***T 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : It's still too early to tell. Didn't follow it these days and not sure it : was based on engineering protein nanopore or solidstate? : : ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7
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