h*********r
发帖数: 2844 | |
h*********r
发帖数: 2844 | 2 第一条trace 有8000 readlength，但是accuracy怎么算？
【在 h*********r 的大作中提到】
: 这个技术有戏吗？
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C***H
发帖数: 508 | 3 http://www.genomeweb.com//sequencing/first-oxford-nanopore-user
号称读单链accuracy 68%，好像很低的样子。
不过看起来最后的protocol是两条链一起读，不知道还有多久才work？如果读双链，而
且是随机错误的话，正确率大概就是1-(1-0.68)^2，90%的样子，好像还不错？
板上有用过的人没？
【在 h*********r 的大作中提到】
: 第一条trace 有8000 readlength，但是accuracy怎么算？
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y***k
发帖数: 40 | |
C***H
发帖数: 508 | 5 应该说错误率是(1-0.68)^2，也就是两次都读错的。
又想了想，有四个碱基，所以要两次都读错，还错的一样的概率才是最后的错误率。如
果还是假设随机错误，那么错误率就是((1-0.68)^2)/3。不过错误估计肯定不是随机的
...
然后又想想，错误还有del和ins，就更复杂了...
唉，其实我是外行，也就是瞎说说。板上有没有懂行的出来说说？
【在 y***k 的大作中提到】
: 两条链不一样，该信谁啊？
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h*********r
发帖数: 2844 | 6 它能取代现有技术吗，比如pacbio？
【在 C***H 的大作中提到】
: 应该说错误率是(1-0.68)^2，也就是两次都读错的。
: 又想了想，有四个碱基，所以要两次都读错，还错的一样的概率才是最后的错误率。如
: 果还是假设随机错误，那么错误率就是((1-0.68)^2)/3。不过错误估计肯定不是随机的
: ...
: 然后又想想，错误还有del和ins，就更复杂了...
: 唉，其实我是外行，也就是瞎说说。板上有没有懂行的出来说说？
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s******s
发帖数: 13035 | 7 看不到原文哈，我觉得应该这样算
显然，两条链不一样的就被filter掉了，所以只能用match的base
那么，正确的是 0.68^2 = 0.46, 错误的是 0.32^2 = 0.10
filter过以后的错误率实际上是0.10/(0.10+0.46) = 18%
这是假设双链错误的是一致的。 那么，如果双链错误的identity是随机的呢？
错误的就是CatOH算的 0.32^2/3 = 0.034
那么错误率其实是6.8%。 这个看上去比较靠谱
【在 C***H 的大作中提到】
: 应该说错误率是(1-0.68)^2，也就是两次都读错的。
: 又想了想，有四个碱基，所以要两次都读错，还错的一样的概率才是最后的错误率。如
: 果还是假设随机错误，那么错误率就是((1-0.68)^2)/3。不过错误估计肯定不是随机的
: ...
: 然后又想想，错误还有del和ins，就更复杂了...
: 唉，其实我是外行，也就是瞎说说。板上有没有懂行的出来说说？
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m***T
发帖数: 11058 | 8 It's still too early to tell. Didn't follow it these days and not sure it
was based on engineering protein nanopore or solidstate?
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7
【在 h*********r 的大作中提到】
: 这个技术有戏吗？
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s********n
发帖数: 2939 | 9 Protein pores
【在 m***T 的大作中提到】
: It's still too early to tell. Didn't follow it these days and not sure it
: was based on engineering protein nanopore or solidstate?
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7
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