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Biology版 - 求推荐miR seq的pipeline
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求Bioinformatics Scientist/Computational Biologist职位的refernon strand specific RNA-seq数据分析
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Software for Sketch pipelineHeng Li长得就像个天才码农啊
请教Bioinformatics职业规划~~~bioinformatics前途问题
关于 BWA 和 Bowtie 的比较[合集] 非affy的芯片如何用R进行annotation?
bwa vs bowtie口头的offer已经来了,薪水还在扯皮
mouse的ChIPseq结果却map到human基因组,咋回事?转或留?退或守?徜徉在生物版的千古话题
reads mapping谁来谈谈现在bioinformatics的情况啊
相关话题的讨论汇总
话题: mir话题: pipeline话题: seq话题: 基本话题: 比较
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c*z
发帖数: 157
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miR的工具很多,但是不知道哪个比较好,试了mir analyzer,那个web server竟然不
work...
最近基本是无头苍蝇在到处撞,知道版上大牛很多,求大牛们分享一下comments
求推荐质量好的,比较好用的pipeline, 如果有教程最好
背景是这样的,会写R;php勉强会一点;目前比较倾向用biocondunctor的package
目前基本还是小打小闹,十几个到几十个样品,以后可能会有比较大量的,不过这个不
着急;工具是一个普通速度的PC,如果确定我能把bioinfo这块做起来可以考虑投资一
些硬件。
老板化学背景,周围人基本都是wet lab或者学医的出身,基本提供不了帮助
谢谢!
包子不多,对认真的回答尽可能发:)
k*******6
发帖数: 103
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可以装他的standalone吗?感觉他好像就是把bowtie什么的包在一起了~
c*z
发帖数: 157
3
thanks, 送上包子:)
最后还是决定用R装biocLite的bowtie,目前还在折腾,还没最后成功work

【在 k*******6 的大作中提到】
: 可以装他的standalone吗?感觉他好像就是把bowtie什么的包在一起了~
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谁来谈谈现在bioinformatics的情况啊关于 BWA 和 Bowtie 的比较
请推荐一些不需要补实验的小杂志bwa vs bowtie
有Nextgen甚至3rdgen introduction或overview的入门书推荐吗?mouse的ChIPseq结果却map到human基因组,咋回事?
bioinformatics training program?reads mapping
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