w*****a
发帖数: 437 | 1 如题，请教有没有用细胞比较少又好用的ChIP Kit。我以前用Millipore的Magna ChIP
Kit，挺好的，因为当时那种细胞长的好，初始Chromatin充足。现在用的一种细胞长的
特别稀，15cm盘的铺满了不到1 million，然后还要做Transcription factor的ChIP,
根本拿不到之后需要做sequencing的量。
做qPCR确定ChIP本身work，只是浓度太低，都几十pg/ul，超级郁闷。
请牛人指点。。多谢！ |
m******5
发帖数: 1383 | 2 seq不是只要10ng么
【在 w*****a 的大作中提到】
: 如题，请教有没有用细胞比较少又好用的ChIP Kit。我以前用Millipore的Magna ChIP
: Kit，挺好的，因为当时那种细胞长的好，初始Chromatin充足。现在用的一种细胞长的
: 特别稀，15cm盘的铺满了不到1 million，然后还要做Transcription factor的ChIP,
: 根本拿不到之后需要做sequencing的量。
: 做qPCR确定ChIP本身work，只是浓度太低，都几十pg/ul，超级郁闷。
: 请牛人指点。。多谢！
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m******5
发帖数: 1383 | 3 http://www.activemotif.com/catalog/868/chip-it-high-sensitivity
【在 w*****a 的大作中提到】
: 如题，请教有没有用细胞比较少又好用的ChIP Kit。我以前用Millipore的Magna ChIP
: Kit，挺好的，因为当时那种细胞长的好，初始Chromatin充足。现在用的一种细胞长的
: 特别稀，15cm盘的铺满了不到1 million，然后还要做Transcription factor的ChIP,
: 根本拿不到之后需要做sequencing的量。
: 做qPCR确定ChIP本身work，只是浓度太低，都几十pg/ul，超级郁闷。
: 请牛人指点。。多谢！
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w*****a
发帖数: 437 | |
w*****a
发帖数: 437 | 5 是，我用phenol提出来的浓度好多了，不过为什么IgG ChIPed DNA 比我用Antibody
ChIPed DNA 要高，感觉不妙。
第一次做用q-PCR validate了，work的，这次是重复。
【在 m******5 的大作中提到】
: seq不是只要10ng么
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w*****a
发帖数: 437 | 6 还有，想问个关于negative control antibody的问题，
我的抗体是Rabbit Polyclonal，以前一直用Normal Rabbit IgG做阴性对照的抗体,没
啥问题。
一个新同事，搞bioinformatics的，说我应该用Rabbit anti-human IgG做,因为我的
Antibody是Rabbit anti-human XXX (基因名），所以anti-human IgG是更好的
negative control。
他是对的吗？我查了查文献，好像IgG也可以bind DNA呀。。 |
m******5
发帖数: 1383 | 7 个人理解，igG即使非特意结合的dna多，也不会有像样的'peak'，而是overall flat
signal. 或者出现一些已经被black list 的signal.
一个极端例子是input里DNA 最多，但不会有peak like enrichment.
那个kit我也刚订来不知道好不好哈哈
【在 w*****a 的大作中提到】
: 是，我用phenol提出来的浓度好多了，不过为什么IgG ChIPed DNA 比我用Antibody
: ChIPed DNA 要高，感觉不妙。
: 第一次做用q-PCR validate了，work的，这次是重复。
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w*****a
发帖数: 437 | 8 谢谢！
版上似乎有人推荐过Invitrogen的，claim说用几万的细胞就够了，我定了准备试一试
，比较一下吧。Millipore说1个million够一个Rxn，我个人感觉不行，做qPCR倒可以。
有空多交流切磋下哈 ：-）
【在 m******5 的大作中提到】
: 个人理解，igG即使非特意结合的dna多，也不会有像样的'peak'，而是overall flat
: signal. 或者出现一些已经被black list 的signal.
: 一个极端例子是input里DNA 最多，但不会有peak like enrichment.
: 那个kit我也刚订来不知道好不好哈哈
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m******5
发帖数: 1383 | 9 invitrogen 那个magnify?
【在 w*****a 的大作中提到】
: 谢谢！
: 版上似乎有人推荐过Invitrogen的，claim说用几万的细胞就够了，我定了准备试一试
: ，比较一下吧。Millipore说1个million够一个Rxn，我个人感觉不行，做qPCR倒可以。
: 有空多交流切磋下哈 ：-）
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d***s
发帖数: 1062 | 10
求更新不同kit的比较结果
谢谢
【在 w*****a 的大作中提到】
: 谢谢！
: 版上似乎有人推荐过Invitrogen的，claim说用几万的细胞就够了，我定了准备试一试
: ，比较一下吧。Millipore说1个million够一个Rxn，我个人感觉不行，做qPCR倒可以。
: 有空多交流切磋下哈 ：-）
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