w*****a 发帖数: 437 | 1 如题,请教有没有用细胞比较少又好用的ChIP Kit。我以前用Millipore的Magna ChIP
Kit,挺好的,因为当时那种细胞长的好,初始Chromatin充足。现在用的一种细胞长的
特别稀,15cm盘的铺满了不到1 million,然后还要做Transcription factor的ChIP,
根本拿不到之后需要做sequencing的量。
做qPCR确定ChIP本身work,只是浓度太低,都几十pg/ul,超级郁闷。
请牛人指点。。多谢! |
m******5 发帖数: 1383 | 2 seq不是只要10ng么
【在 w*****a 的大作中提到】 : 如题,请教有没有用细胞比较少又好用的ChIP Kit。我以前用Millipore的Magna ChIP : Kit,挺好的,因为当时那种细胞长的好,初始Chromatin充足。现在用的一种细胞长的 : 特别稀,15cm盘的铺满了不到1 million,然后还要做Transcription factor的ChIP, : 根本拿不到之后需要做sequencing的量。 : 做qPCR确定ChIP本身work,只是浓度太低,都几十pg/ul,超级郁闷。 : 请牛人指点。。多谢!
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m******5 发帖数: 1383 | 3 http://www.activemotif.com/catalog/868/chip-it-high-sensitivity
【在 w*****a 的大作中提到】 : 如题,请教有没有用细胞比较少又好用的ChIP Kit。我以前用Millipore的Magna ChIP : Kit,挺好的,因为当时那种细胞长的好,初始Chromatin充足。现在用的一种细胞长的 : 特别稀,15cm盘的铺满了不到1 million,然后还要做Transcription factor的ChIP, : 根本拿不到之后需要做sequencing的量。 : 做qPCR确定ChIP本身work,只是浓度太低,都几十pg/ul,超级郁闷。 : 请牛人指点。。多谢!
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w*****a 发帖数: 437 | |
w*****a 发帖数: 437 | 5 是,我用phenol提出来的浓度好多了,不过为什么IgG ChIPed DNA 比我用Antibody
ChIPed DNA 要高,感觉不妙。
第一次做用q-PCR validate了,work的,这次是重复。
【在 m******5 的大作中提到】 : seq不是只要10ng么
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w*****a 发帖数: 437 | 6 还有,想问个关于negative control antibody的问题,
我的抗体是Rabbit Polyclonal,以前一直用Normal Rabbit IgG做阴性对照的抗体,没
啥问题。
一个新同事,搞bioinformatics的,说我应该用Rabbit anti-human IgG做,因为我的
Antibody是Rabbit anti-human XXX (基因名),所以anti-human IgG是更好的
negative control。
他是对的吗?我查了查文献,好像IgG也可以bind DNA呀。。 |
m******5 发帖数: 1383 | 7 个人理解,igG即使非特意结合的dna多,也不会有像样的'peak',而是overall flat
signal. 或者出现一些已经被black list 的signal.
一个极端例子是input里DNA 最多,但不会有peak like enrichment.
那个kit我也刚订来不知道好不好哈哈
【在 w*****a 的大作中提到】 : 是,我用phenol提出来的浓度好多了,不过为什么IgG ChIPed DNA 比我用Antibody : ChIPed DNA 要高,感觉不妙。 : 第一次做用q-PCR validate了,work的,这次是重复。
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w*****a 发帖数: 437 | 8 谢谢!
版上似乎有人推荐过Invitrogen的,claim说用几万的细胞就够了,我定了准备试一试
,比较一下吧。Millipore说1个million够一个Rxn,我个人感觉不行,做qPCR倒可以。
有空多交流切磋下哈 :-)
【在 m******5 的大作中提到】 : 个人理解,igG即使非特意结合的dna多,也不会有像样的'peak',而是overall flat : signal. 或者出现一些已经被black list 的signal. : 一个极端例子是input里DNA 最多,但不会有peak like enrichment. : 那个kit我也刚订来不知道好不好哈哈
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m******5 发帖数: 1383 | 9 invitrogen 那个magnify?
【在 w*****a 的大作中提到】 : 谢谢! : 版上似乎有人推荐过Invitrogen的,claim说用几万的细胞就够了,我定了准备试一试 : ,比较一下吧。Millipore说1个million够一个Rxn,我个人感觉不行,做qPCR倒可以。 : 有空多交流切磋下哈 :-)
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d***s 发帖数: 1062 | 10
求更新不同kit的比较结果
谢谢
【在 w*****a 的大作中提到】 : 谢谢! : 版上似乎有人推荐过Invitrogen的,claim说用几万的细胞就够了,我定了准备试一试 : ,比较一下吧。Millipore说1个million够一个Rxn,我个人感觉不行,做qPCR倒可以。 : 有空多交流切磋下哈 :-)
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