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c********n
发帖数: 225 | 1 谈谈和蛋白打交道的日子 （七）
引子
光是个奇妙的东西。关于它的来源，各种族的传说都有异曲同工之处 - 中国有盘古开
天辟地带来光明； 圣经创世纪里有很权威的 And God said, Let there be light:
and there was light. 希腊神话普罗米修斯盗火给人类黑暗中带来光明，而自己却被
锁在高加索山的悬崖绝壁上，无怨无悔，忍受着宙斯的惩罚。
这篇咱们来散漫地谈一下生命之光吧， 只是一些体会，不严谨处见谅。
第七篇 生命之光
1.GFP
从一个“天才”对他学生们的challenge开始吧。 - “Tell me， why is GFP so
important to Biology？”
“天才”是他PhD老板在别人面前对他的赞誉。他每天的工作时间在14-16个小时，勤奋
带来的是各种荣誉以及源源不断的基金，即使在grant最黑暗的年代里，他的lab人员也
可以随心所欲的尝试各种方法。他的代价是一个人曲高和寡的寂寞， 在他娴熟悠扬的
小提琴声里慢慢的扩散，扩散。
回到问答， 年代flash back to GFP刚刚投入应用的时候。大家七嘴八舌，它是绿色的
，它有荧光，它的分子量不是很大， 做fusion大概对于function影响不大。。。。。
戴着眼镜的他，最让人难忘的就是嘴角常常显露出的“世人皆醉我独醒”的那么一点点
轻蔑 -
“No. No. Think harder. （大眼瞪小眼，无人回应） （Sigh） Because now, we
can truly follow biology LIVE!”
GFP是个奇妙的蛋白。 我常常想，它就像一个由11根透明的竹篾编出的灯笼， 里面放
了一只可以随周围变化而改变颜色的灯。抽出一根竹篾， 灯就熄灭了； 再插回去，就
又亮起来，神奇吧。
曾经参与研发过几种蛋白纯化的resin， 用GFP follow不同条件下resin的performance
以及purification protocol的development，既简单又直观，每次看到visible light
和UV light下GFP的鲜亮的出现时那种心动的感觉让人很留恋。
2.Luciferase
如果GFP是灯笼， 那么luciferase就像是个打火机了。
夏天晚上萤火虫身体里的这个打火机有了ATP和luciferin，就可以一闪一闪的发出浪漫
的信号。发光是需要ATP这个昂贵的能源的，所以萤火虫就会控制这个打火机，一亮一
暗。 美丽和浪漫都是要付出代价的。
Luciferase带来的浪漫还在于它给人的惊喜。给儿子的小学做过一次 “what do your
parents do？”的小show。把百叶窗拉好挡住春日上午的阳光灿烂，在一个96孔板上一
点一滴的变魔术般的“写”了个大大的， 亮亮的“F”，light up one well at a
time。一屋子小朋友们的 “唔”“啊”让儿子稚嫩的脸上充满了骄傲。 他把板子放到
了课桌里，晚上向我汇报 – 一直亮了四个小时呢！
不只是小朋友们， 大人也一样会 “唔”“啊”的。
在给一批Biotech Master Student的summer课程里， 我设计了用luciferase来演示蛋
白纯化的效率。一天的实验是平淡无聊的；在课程的结尾，让每个人拿了3支falcon
tubes， 一支里面是 before purification， 一支是resin flow through， 第三支是
purified luciferase。每个管子里面已加入了luciferase detection reagent。我把
大家带进了dark room。伸手不见五指的小黑屋里， 一片欢叫。 大家惊奇于自己手中
的发光的管子， 两支很亮，一支比较暗淡， 直观的给了每个人他们一天的实验结果，
让他们忘记了自己一天的无趣，暗室里飘动着充满欣喜与自豪的浪漫。
3.Sequencing By Synthesis （SBS）
我喜欢Illumina这个名字， 很好听。它是不是也联系着生命之光呢？
其实SBS是把DNA polymerase这个蛋白默默辛勤的工作加上了不同寻常的视觉体现，one
base at a time。
Sanger sequencing也是一种意义上的SBS。 一开始用到了radioactive的terminator。
把gel 曝光后，胶片上就出现了清晰的ladder； 后来换成fluorescent big dye，ABI
sequencer上荧光检测出了一个个漂亮的峰。
NGS Illumina的SBS，就是一闪一闪亮晶晶了。每加上一个base，小小的flowcell lane
里面的每一个cluster就会被照个“时间停止”的留影，就像天文馆里面巨大的天文望
远镜给远处的星际不停的拍照记录一样， 下一代测序就在一个微缩的影像世界里一个
画面一个画面的完成了， 解读着生命的秘密。
在明亮的生命之光中，我们的人生才如此不同。
-CoinByCoin
July 21st， 2014 | a****d
发帖数: 1919 | | m*********D
发帖数: 1727 | 3 嘿嘿，luciferase给reporter gene assay带来了革命。以前的好多assay都没有这个方
便，包括lac/cat。在药物筛选上，reporter也是广泛应用的。
还有一个是fluorescense。这个在polarization assay和Fret上都可能会有广泛的应用
前景。 | D*a
发帖数: 6830 | | g********s
发帖数: 3652 | | b****r
发帖数: 17995 | 6 很细腻很文艺的笔锋，与lz身上对科学的追求竟然如此巧妙的结合为一体 |
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