z****u 发帖数: 1007 | 1 准备开始做RNA sequencing .从小鼠的incisor里面提取细胞,一个incisor能sort出大
概600个细胞。计划用30只小鼠,每个小鼠取俩下颌incisor, sort出大概3万个target
细胞。
按有些信息来源说大概从30K细胞能抽出来 0.5 ug的 RNA
问:
够不。
要是不够有啥别的办法做。扩增靠谱不。
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D*a 发帖数: 6830 | 2 跟你们RNA seq的人谈。现在有single cell RNA seq了。如果你搞30只都混到一起,才
一个点,没有biological replicate,也不一定做出来的数据就有什么意义。你最好先
找好分析数据的人,和做那个的facility,先谈完了再去杀老鼠,省得白杀了
本人也是小白,最近课题有点扯到这个了,以上是个人理解,欢迎纠正。 |
z****u 发帖数: 1007 | 3 关于是否sample 混杂. 我的理解是,因为我在寻找一个在这个population里高表达的
gene, 希望在不同的老鼠里都同样的高表达,所以把很多sample pool together应该有
好处。500个cell/mouse实在太少了 。
我们的core说mRNA量在20ng以上,按照mRNA占总RNA 5%左右的比例计算,预测需要1ug
的总RNA.
对single cell sequencing或者RNA amplification 实在有些没信心,能推荐个啥公司
做这玩意的吗。我们的core 反正做不了。 |
D*a 发帖数: 6830 | 4 所以说你最好先找个分析数据的谈谈,看看他怎么说。这个你早不找晚也要找。RNA
seq主要就是依赖统计分析,去噪音,normalization,来出结果,你只有两个sample
(一个control一个treatment,或者一个population A一个population B),后续说不
定很难分析出啥来。
再说如果他专门做生物信息,说不定也处理过single cell数据,或者你这种数据,他
可以帮你推荐一下。我说single cell也不是说一定要去做single cell,就是觉得也不
至于稍微小一点量就没办法了,但是至于是不是像我想象的那样我也说不准。
我也是打算找marker,也是这个问题,怕拿到手的是一堆垃圾。你不先去谈谈,到最后
他也无力回天,然后很可能你直接对你的数据失去信心了。也许你谈了他说这样也可以
,那么你至少会知道这是正确的方法。
1ug
【在 z****u 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 关于是否sample 混杂. 我的理解是,因为我在寻找一个在这个population里高表达的 : gene, 希望在不同的老鼠里都同样的高表达,所以把很多sample pool together应该有 : 好处。500个cell/mouse实在太少了 。 : 我们的core说mRNA量在20ng以上,按照mRNA占总RNA 5%左右的比例计算,预测需要1ug : 的总RNA. : 对single cell sequencing或者RNA amplification 实在有些没信心,能推荐个啥公司 : 做这玩意的吗。我们的core 反正做不了。
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z****u 发帖数: 1007 | |
s******r 发帖数: 1245 | 6 如果想看的mRNA表达量不低,只是数数每个mRNA有多少足够了
target
【在 z****u 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 准备开始做RNA sequencing .从小鼠的incisor里面提取细胞,一个incisor能sort出大 : 概600个细胞。计划用30只小鼠,每个小鼠取俩下颌incisor, sort出大概3万个target : 细胞。 : 按有些信息来源说大概从30K细胞能抽出来 0.5 ug的 RNA : 问: : 够不。 : 要是不够有啥别的办法做。扩增靠谱不。 : -------------------------------- : 我的摄影作品网站 : www.oxygenfoto.com
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c*********r 发帖数: 1312 | 7 500 ng 做transcriptome没问题,刚刚做了! |
c*********r 发帖数: 1312 | 8 不过replication最好还是要有三个吧。强烈同意Dua说的先和靠谱的做数据分析的人谈
一下。 |
p********l 发帖数: 233 | 9 Our lab is working on RNA-seq with small RNA input. Honestly, if you use
available commercial kit, you should be fine with 100-200ng RNA. The core
usually request more just for backup. |
d******o 发帖数: 2489 | 10 换好点的机器吧,哪里要这么大的量。
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【在 z****u 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 准备开始做RNA sequencing .从小鼠的incisor里面提取细胞,一个incisor能sort出大 : 概600个细胞。计划用30只小鼠,每个小鼠取俩下颌incisor, sort出大概3万个target : 细胞。 : 按有些信息来源说大概从30K细胞能抽出来 0.5 ug的 RNA : 问: : 够不。 : 要是不够有啥别的办法做。扩增靠谱不。 : -------------------------------- : 我的摄影作品网站 : www.oxygenfoto.com
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z****u 发帖数: 1007 | 11 什么?!我不敢相信自己眼睛。。。
Dodo?! 同行?
【在 d******o 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 换好点的机器吧,哪里要这么大的量。 : : target
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f*******a 发帖数: 671 | 12 No, amplification----->80ng
Amplification--------single cell. |
s******s 发帖数: 13035 | 13 不知道你这个细胞的大小。做fibroblast一类的,千来个细胞肯定没问题。
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【在 z****u 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 准备开始做RNA sequencing .从小鼠的incisor里面提取细胞,一个incisor能sort出大 : 概600个细胞。计划用30只小鼠,每个小鼠取俩下颌incisor, sort出大概3万个target : 细胞。 : 按有些信息来源说大概从30K细胞能抽出来 0.5 ug的 RNA : 问: : 够不。 : 要是不够有啥别的办法做。扩增靠谱不。 : -------------------------------- : 我的摄影作品网站 : www.oxygenfoto.com
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