z****u
发帖数: 1007 | 1 准备开始做RNA sequencing .从小鼠的incisor里面提取细胞，一个incisor能sort出大
概600个细胞。计划用30只小鼠，每个小鼠取俩下颌incisor, sort出大概3万个target
细胞。
按有些信息来源说大概从30K细胞能抽出来 0.5 ug的 RNA
问：
够不。
要是不够有啥别的办法做。扩增靠谱不。
--------------------------------
我的摄影作品网站
www.oxygenfoto.com |
D*a
发帖数: 6830 | 2 跟你们RNA seq的人谈。现在有single cell RNA seq了。如果你搞30只都混到一起，才
一个点，没有biological replicate，也不一定做出来的数据就有什么意义。你最好先
找好分析数据的人，和做那个的facility，先谈完了再去杀老鼠，省得白杀了
本人也是小白，最近课题有点扯到这个了，以上是个人理解，欢迎纠正。 |
z****u
发帖数: 1007 | 3 关于是否sample 混杂. 我的理解是，因为我在寻找一个在这个population里高表达的
gene, 希望在不同的老鼠里都同样的高表达，所以把很多sample pool together应该有
好处。500个cell/mouse实在太少了 。
我们的core说mRNA量在20ng以上，按照mRNA占总RNA 5%左右的比例计算，预测需要1ug
的总RNA.
对single cell sequencing或者RNA amplification 实在有些没信心，能推荐个啥公司
做这玩意的吗。我们的core 反正做不了。 |
D*a
发帖数: 6830 | 4 所以说你最好先找个分析数据的谈谈，看看他怎么说。这个你早不找晚也要找。RNA
seq主要就是依赖统计分析，去噪音，normalization，来出结果，你只有两个sample
（一个control一个treatment，或者一个population A一个population B），后续说不
定很难分析出啥来。
再说如果他专门做生物信息，说不定也处理过single cell数据，或者你这种数据，他
可以帮你推荐一下。我说single cell也不是说一定要去做single cell，就是觉得也不
至于稍微小一点量就没办法了，但是至于是不是像我想象的那样我也说不准。
我也是打算找marker，也是这个问题，怕拿到手的是一堆垃圾。你不先去谈谈，到最后
他也无力回天，然后很可能你直接对你的数据失去信心了。也许你谈了他说这样也可以
，那么你至少会知道这是正确的方法。
1ug
【在 z****u 的大作中提到】
: 关于是否sample 混杂. 我的理解是，因为我在寻找一个在这个population里高表达的
: gene, 希望在不同的老鼠里都同样的高表达，所以把很多sample pool together应该有
: 好处。500个cell/mouse实在太少了 。
: 我们的core说mRNA量在20ng以上，按照mRNA占总RNA 5%左右的比例计算，预测需要1ug
: 的总RNA.
: 对single cell sequencing或者RNA amplification 实在有些没信心，能推荐个啥公司
: 做这玩意的吗。我们的core 反正做不了。
|
z****u
发帖数: 1007 | |
s******r
发帖数: 1245 | 6 如果想看的mRNA表达量不低，只是数数每个mRNA有多少足够了
target
【在 z****u 的大作中提到】
: 准备开始做RNA sequencing .从小鼠的incisor里面提取细胞，一个incisor能sort出大
: 概600个细胞。计划用30只小鼠，每个小鼠取俩下颌incisor, sort出大概3万个target
: 细胞。
: 按有些信息来源说大概从30K细胞能抽出来 0.5 ug的 RNA
: 问：
: 够不。
: 要是不够有啥别的办法做。扩增靠谱不。
: --------------------------------
: 我的摄影作品网站
: www.oxygenfoto.com
|
c*********r
发帖数: 1312 | 7 500 ng 做transcriptome没问题，刚刚做了！ |
c*********r
发帖数: 1312 | 8 不过replication最好还是要有三个吧。强烈同意Dua说的先和靠谱的做数据分析的人谈
一下。 |
p********l
发帖数: 233 | 9 Our lab is working on RNA-seq with small RNA input. Honestly, if you use
available commercial kit, you should be fine with 100-200ng RNA. The core
usually request more just for backup. |
d******o
发帖数: 2489 | 10 换好点的机器吧，哪里要这么大的量。
target
【在 z****u 的大作中提到】
: 准备开始做RNA sequencing .从小鼠的incisor里面提取细胞，一个incisor能sort出大
: 概600个细胞。计划用30只小鼠，每个小鼠取俩下颌incisor, sort出大概3万个target
: 细胞。
: 按有些信息来源说大概从30K细胞能抽出来 0.5 ug的 RNA
: 问：
: 够不。
: 要是不够有啥别的办法做。扩增靠谱不。
: --------------------------------
: 我的摄影作品网站
: www.oxygenfoto.com
|
z****u
发帖数: 1007 | 11 什么？！我不敢相信自己眼睛。。。
Dodo?! 同行？
【在 d******o 的大作中提到】
: 换好点的机器吧，哪里要这么大的量。
:
: target
|
f*******a
发帖数: 671 | 12 No, amplification----->80ng
Amplification--------single cell. |
s******s
发帖数: 13035 | 13 不知道你这个细胞的大小。做fibroblast一类的，千来个细胞肯定没问题。
target
【在 z****u 的大作中提到】
: 准备开始做RNA sequencing .从小鼠的incisor里面提取细胞，一个incisor能sort出大
: 概600个细胞。计划用30只小鼠，每个小鼠取俩下颌incisor, sort出大概3万个target
: 细胞。
: 按有些信息来源说大概从30K细胞能抽出来 0.5 ug的 RNA
: 问：
: 够不。
: 要是不够有啥别的办法做。扩增靠谱不。
: --------------------------------
: 我的摄影作品网站
: www.oxygenfoto.com
|
