m******u 发帖数: 12400 | 1 对照和处理样品,直接送整个管子去做质谱了,没跑胶。数据很大,怎么分析? |
h*****s 发帖数: 153 | 2 对比amount还是找新蛋白?label free一般都是要不比较MS1 intensity,要不MS2
spectral counts。
还有,你前期不simplify样品,很多peptide会测不出来吧,全都ion suppression了,
还是,你用了很多salt cycle? |
s******s 发帖数: 1584 | 3 是WholeCellLysate吗,看TIC可是比较Loading的多少,其他你想看什么呢? Down/Up
Regulation? 问问帮你Run样品的人啊 最好多做几个Replicate 我每次做3个
BiologicalReplicate结果差别都很大呢 |
e****s 发帖数: 1125 | 4 搭车问专家个问题:
我想检测一个大约50kd蛋白Trypsin降解后的所有Peptides,直接跑MS,还是最好走LC-
MS/MS?
大概有40左右的片断,肽段大小都在200-4000 D。
刚做了一次试验,拿到些数据,正在琢磨怎么分析。
【在 h*****s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 对比amount还是找新蛋白?label free一般都是要不比较MS1 intensity,要不MS2 : spectral counts。 : 还有,你前期不simplify样品,很多peptide会测不出来吧,全都ion suppression了, : 还是,你用了很多salt cycle?
|
h*****s 发帖数: 153 | 5 全部检测到是不可能的,你可以先用IEF分多几个fractions,然后跑LC-MS/MS。
analytical column可以选用mixed-beded IEX。我们组都是这么弄得,当然分离方法
很多,进LC-MS/MS前样品越简单,测得越好。 |
L****r 发帖数: 333 | 6 如果你想知道这些碎片是什么 (通常我们说的定性),你得用UPLC/HPLC-TOFMS或者
UPLC/HPLC-Orbitrap,如果有FTICR更好,这样你就能得到他们的isotopic mass (通
常我们称作精确分子量), 注意,离子峰里面有很多是multiple-charge,你得去分析他
们, 为什么用柱子,前面的已经提到过,防止离子抑制,就是说,很多不同种类的中
性分子一道出来,在离子化的时候,有些离子被抑制掉了,这样你就得不到他们的峰,
用HPLC,他们就会一个一个地离子化,大大降低他们被抑制的可能。
然后定量,使用UPLC/HPLC-TRIPLEQUAD MS, 使用MRM,即用他们的碎片定量,一旦确
定是什么PEPTIDE,碎片就很容易得出,即使两个PEPTIDES有相同的分子量,不同结构
和相同的RETENTION TIME, 该仪器也能准确地定量他们。 |
K******S 发帖数: 10109 | 7 you will need to provide much more details in order for others to answer
this question.
【在 m******u 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 对照和处理样品,直接送整个管子去做质谱了,没跑胶。数据很大,怎么分析?
|
K******S 发帖数: 10109 | 8 why do you need to detect all peptides?
LC-
【在 e****s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 搭车问专家个问题: : 我想检测一个大约50kd蛋白Trypsin降解后的所有Peptides,直接跑MS,还是最好走LC- : MS/MS? : 大概有40左右的片断,肽段大小都在200-4000 D。 : 刚做了一次试验,拿到些数据,正在琢磨怎么分析。
|
w********3 发帖数: 39 | 9 你这个是很typical 的peptide mapping. 你去找个facility 都可以给你做,用
multiple enzyme digest,光用trypsin是不够的,还要Glu-c, Asp-N啥的。然后基本能
做到99-100%的recovery.当然你得有纯化的蛋白,大概需要10ug.还有质谱得是lc
coupled with orbitrap 或者qtof. FT-ICR应该不行,扫描速度太慢。
LC-
【在 e****s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 搭车问专家个问题: : 我想检测一个大约50kd蛋白Trypsin降解后的所有Peptides,直接跑MS,还是最好走LC- : MS/MS? : 大概有40左右的片断,肽段大小都在200-4000 D。 : 刚做了一次试验,拿到些数据,正在琢磨怎么分析。
|
l****y 发帖数: 398 | 10 有个免费的软件maxquant, 基本的分析都可以做。
【在 m******u 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 对照和处理样品,直接送整个管子去做质谱了,没跑胶。数据很大,怎么分析?
|
l****y 发帖数: 398 | 11 有个软件叫pepfinder,可以免费用两个月。适合你的情况。
LC-
【在 e****s 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 搭车问专家个问题: : 我想检测一个大约50kd蛋白Trypsin降解后的所有Peptides,直接跑MS,还是最好走LC- : MS/MS? : 大概有40左右的片断,肽段大小都在200-4000 D。 : 刚做了一次试验,拿到些数据,正在琢磨怎么分析。
|