l*****n
发帖数: 1648 | 1 看了一篇文献，说autodock的引用是最高的。把自己解出的结构试了一下，和docking
的结果根本不符合。从PDB下载了几个有ligand的去试，也根本没有找到正确的。看来
这玩意引用高是因为它是免费的，不靠谱。
有没有靠谱一点的推荐一下，谢谢。 |
j*********j
发帖数: 124 | 2 花钱买的能稍微靠谱一点，e.g. "glide" or "gold"。。。
不过现在docking的软件是用来做高通量virtual screening的，成功率本来就低，小于
10%，不过你要用几百万的lignd库，还是能找出很多的。
如果要更精确，要用simulation算binding free energy， 耗时耗力。。。
docking
【在 l*****n 的大作中提到】
: 看了一篇文献，说autodock的引用是最高的。把自己解出的结构试了一下，和docking
: 的结果根本不符合。从PDB下载了几个有ligand的去试，也根本没有找到正确的。看来
: 这玩意引用高是因为它是免费的，不靠谱。
: 有没有靠谱一点的推荐一下，谢谢。
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E******g
发帖数: 170 | |
V**3
发帖数: 12756 | 4 autodock 的使用很有学问， 你要学的很多，里面有很多技巧
但是就算学得再多， 他也是个docking 软件，
你见过几个做结构的相信docking 结果的？
这玩意要是真靠谱了，谁还花钱花时间解结构啊， 都docking 完了
docking
【在 l*****n 的大作中提到】
: 看了一篇文献，说autodock的引用是最高的。把自己解出的结构试了一下，和docking
: 的结果根本不符合。从PDB下载了几个有ligand的去试，也根本没有找到正确的。看来
: 这玩意引用高是因为它是免费的，不靠谱。
: 有没有靠谱一点的推荐一下，谢谢。
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s****i
发帖数: 5469 | 5 你从PDB下的结构有没有经过预处理？Autodock的流程我不熟悉，但Glide通常是要预处
理才行。另外楼上说得没错，docking这东西就是个参考，不能依赖它。 |
q******g
发帖数: 3858 | |
p*****u
发帖数: 191 | 7 做实验的。别要求太高。
[在 Enzyming (一支酶) 的大作中提到：]
：我只能说你不会用autodock！
：
：........... |
A******y
发帖数: 2041 | 8 You mean fixing the result until you get your expected data? It docking
program works, we don't have to do wet lab to find out that our predictions
are usually 100% opposite.
【在 E******g 的大作中提到】
: 我只能说你不会用autodock！
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K**4
发帖数: 1015 | 9 Docking 本来就不靠普
docking
【在 l*****n 的大作中提到】
: 看了一篇文献，说autodock的引用是最高的。把自己解出的结构试了一下，和docking
: 的结果根本不符合。从PDB下载了几个有ligand的去试，也根本没有找到正确的。看来
: 这玩意引用高是因为它是免费的，不靠谱。
: 有没有靠谱一点的推荐一下，谢谢。
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j*********j
发帖数: 124 | 10 大家讨论科学问题，用靠谱不靠谱好像不太合适，定量的分析问题更准确。。。
【在 K**4 的大作中提到】
: Docking 本来就不靠普
:
: docking
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W***o
发帖数: 6519 | 11 自娱自乐吧
docking
【在 l*****n 的大作中提到】
: 看了一篇文献，说autodock的引用是最高的。把自己解出的结构试了一下，和docking
: 的结果根本不符合。从PDB下载了几个有ligand的去试，也根本没有找到正确的。看来
: 这玩意引用高是因为它是免费的，不靠谱。
: 有没有靠谱一点的推荐一下，谢谢。
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p*****u
发帖数: 191 | 12 autodock的准确率本来也不高，文献报道不到50%，速度还是奇慢无比。引用率高因为
是比较早的开源软件，而且一堆物理公式也挺能吓唬人的，不明就里的往往以为物理公
式多，计算准确性就上去了，这差不多也是某种学术迷信吧。
同一个实验室的Vina，
没有那些高大上的物理公式，采用机器学习的方法，无论是速度还是准确率都要甩
autodock几条大街。
就晶体结构中配体的Redocking而言，现在好的对接软件成功率
在80%-90%，这个还是有保证的，否则我们做计算化学的早就混不下去了。如果是一个
新的配体，限制对接成功的主要因素是induced fit of protein，如果真有显著的
induced fit，rigid-protein based分子对接成功预测了对接构象，那是神话。不过即
使是Redocking，对接参数也要设置合理，尤其是结合口袋要设置对。
最近开发的
LeDock（http://lephar.com）比Vina的准确性更高一些，使用也更方便。可以参考一下基础教程http://bioms.org/thread-1227-1-1.html |
j*********j
发帖数: 124 | 13 您说的这个"ledock"的网站“http://lephar.com/ledock.htm”上面的图显示，”ledock“比gold和glide好了很多，是指晶体结构的redocking实验吧。
很好奇，如果不用晶体结构，而用homology modeling的蛋白质模型，"ledock"的准确
率如何？
另外，”ledock"可以做induced fit吗？”ledock"是如何处理protein和ligand的
flexibility的呢？
同一个实验室的Vina，
就晶体结构中配体的Redocking而言，现在好的对接软件成功率
最近开发的
【在 p*****u 的大作中提到】
: autodock的准确率本来也不高，文献报道不到50%，速度还是奇慢无比。引用率高因为
: 是比较早的开源软件，而且一堆物理公式也挺能吓唬人的，不明就里的往往以为物理公
: 式多，计算准确性就上去了，这差不多也是某种学术迷信吧。
: 同一个实验室的Vina，
: 没有那些高大上的物理公式，采用机器学习的方法，无论是速度还是准确率都要甩
: autodock几条大街。
: 就晶体结构中配体的Redocking而言，现在好的对接软件成功率
: 在80%-90%，这个还是有保证的，否则我们做计算化学的早就混不下去了。如果是一个
: 新的配体，限制对接成功的主要因素是induced fit of protein，如果真有显著的
: induced fit，rigid-protein based分子对接成功预测了对接构象，那是神话。不过即
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p*****u
发帖数: 191 | 14 首先不能把同源模建的错误赖到分子对接的头上。
至于蛋白的柔性，很多时候是不必要的。
[在 jameszhangj (james) 的大作中提到：]
：您说的这个"ledock"的网站“http://lephar.com/ledock.htm”上面的图显示，”ledock“比gold和glide好了很多，是指晶体结构的redocking实验吧。
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