s******s 发帖数: 13035 | 1 我的理解是array-based的genotyping都没法直接出ATGC的genotype, 出来的都是
cluster的AA/AB/BB。这个要变成ATGC,只有用minor allele frequency去猜,但是
maf如果接近0.5,这玩意岂不是错误很多。
就算错了,做gwas估计问题不大。但是imputation的时候,一堆正确的genotype里面
有一堆相反的,用这个数据impute,岂不是错误百出?!还是我理解有问题?
想了一下,也许这些maf接近0.5的也比较集中,另外,就算相反,maf接近0.5的对
imputation提供的information也不多(比maf0.1的少的多了),是不是这个原因
大家都不care了? |
G***y 发帖数: 1082 | 2 microarray的probe上的allele都是有定义的。你说的这种A/B互换的情况只在allele是
A/T或者C/G的位点会出现。imputation时这种位点以前是会被排除在外的。 |
v*******e 发帖数: 11604 | 3 不是猜的,厂家有manifest查表从AB到ACGT。CG和AT有可能错,用MAF检测一下。
【在 s******s 的大作中提到】 : 我的理解是array-based的genotyping都没法直接出ATGC的genotype, 出来的都是 : cluster的AA/AB/BB。这个要变成ATGC,只有用minor allele frequency去猜,但是 : maf如果接近0.5,这玩意岂不是错误很多。 : 就算错了,做gwas估计问题不大。但是imputation的时候,一堆正确的genotype里面 : 有一堆相反的,用这个数据impute,岂不是错误百出?!还是我理解有问题? : 想了一下,也许这些maf接近0.5的也比较集中,另外,就算相反,maf接近0.5的对 : imputation提供的information也不多(比maf0.1的少的多了),是不是这个原因 : 大家都不care了?
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s******s 发帖数: 13035 | 4 谢谢了。我对minor allele这种定义非常深恶痛绝。
【在 G***y 的大作中提到】 : microarray的probe上的allele都是有定义的。你说的这种A/B互换的情况只在allele是 : A/T或者C/G的位点会出现。imputation时这种位点以前是会被排除在外的。
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s******s 发帖数: 13035 | 5 谢谢
【在 v*******e 的大作中提到】 : 不是猜的,厂家有manifest查表从AB到ACGT。CG和AT有可能错,用MAF检测一下。
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i*e 发帖数: 352 | 6 基本上做imputation的时候要strand flipping一下
【在 s******s 的大作中提到】 : 我的理解是array-based的genotyping都没法直接出ATGC的genotype, 出来的都是 : cluster的AA/AB/BB。这个要变成ATGC,只有用minor allele frequency去猜,但是 : maf如果接近0.5,这玩意岂不是错误很多。 : 就算错了,做gwas估计问题不大。但是imputation的时候,一堆正确的genotype里面 : 有一堆相反的,用这个数据impute,岂不是错误百出?!还是我理解有问题? : 想了一下,也许这些maf接近0.5的也比较集中,另外,就算相反,maf接近0.5的对 : imputation提供的information也不多(比maf0.1的少的多了),是不是这个原因 : 大家都不care了?
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