H*******g
发帖数: 321 | 1 这个是sequenom的网站上关于genotyping的介绍。这个方法最多可以把40个SNP
multiplex在一个pool里面，对于你们要做的这种genotyping比较适用。Illumina也有
低通量的genotyping的array，你也可以试试看。Taqman也有genotyping的assay。一般
他么的网站上都会介绍。具体要看你们那里的core facility喜欢用哪种了。 |
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G******o
发帖数: 8 | 2 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: GenexBio (GenexBio.com), 信区: Biology
标 题: 销售工作：针对用Proteinase K genotyping PCR的朋友
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Nov 6 19:29:18 2014, 美东)
如果认识朋友是用Proteinase K处理小鼠组织做genotyping PCR，厂家寻求你的合作，
销售一个替代品试剂盒。
销售区域范围？
中国美国都可以，不需要你操心订货和运输。
厂家提供什么？
产品介绍，免费试用样品，和供货渠道，帮助你推销给你的朋友同事潜在客户。
你需要做什么？
花一点时间联系你的朋友，如果他们用Proteinase K处理小鼠组织做genotyping
PCR，询问是否愿意试用产家的免费样品。
你的朋友需要做什么？
试用一下免费样品。
你的收入怎么计算？
你接受客户的正式订货销售额的8-20%的作为介绍费报酬。
如何联系？
有兴趣请站内，多谢。 |
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G******o
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M******g
发帖数: 152 | 7 I got a wierd genotyping result:
the gene I'm working on is arrb1.
breeding pair: arrb1 hetero + CreERt2 homo,
I'm expecting some pups will be arrb1 hetero/CreERt2 hetero.
However I didn't get the above genotype.
What I got is arrb1 heter/CreERt2 homo. I don't why I can get CreERt2 homo
in this generation.
I have used different primers/PCR, and they all gave me the same result:
arrb1 hetero/CreERt2 homo.
This is most wierd genotyping I've ever met. I don't understand
Mouse expert: please ad... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 8 请教一个关于knock in mice genotyping的问题：
我们刚拿到一个knock in mice，刚刚用插入片段的引物做genotyping确定了germline
transmission.
关于如何keep这个line,见过一种观点，是最好一直用long range pcr来keep colony，
维持一个完整的选择压力，也就是说如果一直用插入片段的小片段pcr，可能会导致意
外地保留了一些随机事件，在某一代出现飘变
但是long range pcr成本当然要比普通pcr高多了，光酶就贵了n倍——
另一些常见做法就是就选择一个特意的插入片段，甚至neo casette来genotyping
在大多数实验室似乎也work得很好
不知是否有有经验的同学来谈谈？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 9 我的理解是array-based的genotyping都没法直接出ATGC的genotype, 出来的都是
cluster的AA/AB/BB。这个要变成ATGC，只有用minor allele frequency去猜，但是
maf如果接近0.5，这玩意岂不是错误很多。
就算错了，做gwas估计问题不大。但是imputation的时候，一堆正确的genotype里面
有一堆相反的，用这个数据impute，岂不是错误百出？！还是我理解有问题？
想了一下，也许这些maf接近0.5的也比较集中，另外，就算相反，maf接近0.5的对
imputation提供的information也不多（比maf0.1的少的多了），是不是这个原因
大家都不care了？ |
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l******o
发帖数: 3764 | 10 100个snp, snp1-snp100,
每个snp有3种可能的genotype 比如AA AT TT
怎么样按genotype frequency high->low 给这三个基因型赋值 0 1 2？
补充一下 大概我说的太不清楚了 而且我忘记说明问的是SAS code 不好意思
我不是问怎么求每个SNP的allele frequency
而是想问有什么批量处理的方法能自动检测每个SNP的genotype frequency并且recode成0 1 2
感觉大家给我的建议都是手动一个个的操作啊
如果不是这个意思的话 还请高手们给点详细的建议
多谢多谢 |
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l******o
发帖数: 3764 | 11 今天看结果发现的
当然可能说明genotyping错了
不过很怀疑这种可能 因为我们有好几个不同的race group 都是混在一起做的
只有其中一个race出现HWE不平衡，而且p<10E-12
这样是否有可能在这个race里面 这个位置其实是有不同的多态性的呢？
无论那种情况，genotyping错了或者其他可能性，我应该怎么办呢
刚开始接触SNP 周围也没有有经验的人可以请教
还请同学们给点建议哈
谢谢啦 |
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w***e
发帖数: 269 | 12 Here is the problem. We recently developed a mouse knockout line with a
company. The entire gene is knocked out with all the exons and introns
being replaced with a reporter gene (lacZ) cassette. We got the
heterozygous (+/-) mice and I did the breeding. But now I have trouble
genotyping to find out the knockout mice (-/-). I tried two pairs of
primers in that gene to PCR out ~400 bp fragments in the last exon (the
biggest exon which codes the functional domain of the protein). PCR with
one pai... 阅读全帖 |
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m****n
发帖数: 1066 | 13 以前做过很多transgenic animal的genotyping, 要么是PCR，要么是RFLP。
一般试验室里做临床cancer biopsy的genotyping, 比如说某个特定基因的，也是PCR？
Thanks。 |
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b***g
发帖数: 516 | 14 不好意思 忘了说了是芯片的，用golden gate genotyping assay，同时genotype很多
SNP,用很多样本
还是谢谢楼上的 |
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h********n
发帖数: 4079 | 15 我仔细研究过碱裂解的DNA做genotyping的问题, 觉得要尽量少加DNA, 否则PCR里面盐
浓度不对. 除此之外这个方法太好了, 非常快. 我用这个方法做genotyping, 基本上
没有pcr不成的情况. |
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L*****o
发帖数: 48 | 16 我现在只管理６０多笼老鼠，就已经感觉在genotyping上花的时间太多了.记得上次看
贴子，有的tx同时管理几百笼，简直太佩服了.大家都是自己genotyping吗？有tech帮
忙不? |
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l**********1
发帖数: 5204 | 17 qPCR mouse tail tissue extraction DNA
pls refer,
>The SM22aCre-ERT2 mice (Kuhbandner et al. 2000) were generously provided by
Robert
Feil (Interfakulta¨res Institut fu¨rBiochemie,Universita¨tTu¨bingen,
Germany). SM22a protein binds actin and contributes to
smooth muscle contractility ( Je and Sohn 2007; Assinder
et al. 2009) and is expressed specifically in adult smooth
muscle cells of the vasculature and viscera. Genotyping
primers used are listed in supporting information,Table S1.
Genotyping ... 阅读全帖 |
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M*****n
发帖数: 16729 | 18 最近碰到一个怪事，请版上的大牛小牛们帮俺看看，提点建议。
俺的postdoc用genomic DNA作PCR，是为了genotyping mutant，结果有一个animal 的
genomic DNA 给出的一个PCR 条带，我们sequence 以后发现居然是这个gene 的
partial
cDNA， genotyping primers 其实是跨了几个intron的，但是这个PCR 产物居然是不含任
何intron.我们从来没有克隆这个基因的cDNA，所以不可能是环境中的交叉污染。俺实
在是不得其解。怎么从genomic DNA直接就能扩出cDNA呢？ 而且做了几十个sample，只
有一个有这样的PCR 产物。 颠覆中心法则阿。 |
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G******o
发帖数: 8 | 19 自定一次，多谢谅解。
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G******o
发帖数: 8 | 20 如果是自己做这个实验，我们公司也提供免费试用样品，请站内。
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a***r
发帖数: 420 | 21 随着deep-sequencing的发展，
感觉haplotype phasing & genotype imputation的一整套都终将日落西山啊，
最大的问题变成如何把小片段assembly起来，
原来的找tagSNP啊，shared IBD啊，基本都用不上了
唉，为了一个genotype imputation的课题读paper，读出这么个结论，黯然神伤啊
大家给说说？ |
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c*t
发帖数: 1063 | 22 怎么确定Genotype-phenotype correlation？
显示特定phenotype的knockout mice 在换了background之后却失去了phenotype，是不
是能够证明原来的推断不是那么可靠？
如果再换一个别的background还是没有phenotype呢？能说明什么？
欢迎前辈解答.
谢谢!! |
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a***e
发帖数: 1010 | 23 An alternative way examining the genotype-phenotype relationship is to test
whether several independent animal strains harbor different mutations in the
same gene and elicit similar phenotypes. |
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c*********u
发帖数: 3128 | 24 就是那种剪了尾巴或耳朵，蛋白酶K随便消化几个小时就可以直接PCR的kit。
用来做genotyping
我以前没做过这方面。
谢谢各位了。 |
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c*********u
发帖数: 3128 | 25 No, I mean the PCR kit for genotyping. this kit can be used for the dirty
and unpurified DNA sample. |
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c*********u
发帖数: 3128 | 26 多谢，不过你们用什么taq啊？这个是关键
有的PCR kit不行的。
genotyping的pcr我一直觉得随便消化消化就能做出来，我们就用invitrogen的taq |
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M*****e
发帖数: 279 | 27 We use Sigma's RedTaq for mouse genotyping (tail). It does not need to add
DNA sample buffer (loading dye) to your PCR products, so you can directly
load your PCR samples to agarose gel and run. |
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a*******g
发帖数: 162 | 28 想GENERATE HOMOZYGOTE的TG MICE， 请问怎么可以GENOTYPING啊，用QPCR可靠吗？需
要用TAQMAN还是普通QPCR就可以了？多谢！ |
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g*********t
发帖数: 271 | 29 what is the sample size and the call rate of the SNP?
If the sample size is large and the call rate is no smaller than 98%, in
most situations, genotyping has problems. |
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l******o
发帖数: 3764 | 30 sample size>500 for each races
call rate不记得了 不过印象中还比较高
如果是genotype problem,为啥偏偏这个race里有问题别的人种里正常呢？
都是混在一起做的 并没有按种族分开
谢谢哈 |
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s*****0
发帖数: 357 | 31 你把两个loci之间的non-random association和genotype-phenotype association的“
association"搞混了。前者是通常所说的linkage，后者才是GWAS常常提到的disease或
者drug response association。
位点如果in strong HWD，如果原因不明，通常会被dropped掉，因为结果不可靠. |
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l******o
发帖数: 3764 | 32 你说的对，不过怎样分析原因呢？如果是技术原因genotyping结果错了，怎样看出来是
因为技术问题导致的？
如果不是技术问题，又该咋办比较好呢？
偶比较菜，请多多指教哈～～ |
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w*e
发帖数: 740 | 33 还有验证 GENOTYPING根本不需要 RT-PCR |
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D*a
发帖数: 6830 | 34 你genotyping判断CreERt2 homo还是hetero的依据是什么？
有的primer只能判断存在基因插入还是不存在基因插入，只有纯wt的时候是此条带缺失
的，hetero和homo有一样的带。 |
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t**k
发帖数: 16 | 35 新人求教,现在手里有上千样本的病人和正常人的genotypes数据,用什么软件,或者有什
么办法能够分析得到更加准确的hyplotypes,并且进一步找到可能出问题的DNA片段所在
位置? |
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t**k
发帖数: 16 | 36 haploview虽然能给出一些risk haplotype, 但是老板让我作功能相关的研究，验证这
些结果，非常挠头，不知道从哪里下手，有人跟我说，针对p值高的分析一些dna 蛋白
结合，EMSA, 但是我感觉很多SNPs都很难说，有点瞎猫碰死耗子的感觉。
老板一心想深入下去，而且还在作进一步的sequencing，并且给我很多比hapmap和
1000genom project 里面更全的genotypes data。 弄得我都不知道怎么利用这些东西
了。 |
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m******5
发帖数: 1383 | 37 组织量太大太脏，直接genotyping不成
于是抽提
沉淀不出像样的genomic DNA了，看起来像是提了一堆fragment出来 |
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H*******g
发帖数: 321 | 38 如果都是SNP的话，Sequenom应该挺便宜，十几cents per snp per sample.
saliva提出的DNA做genotyping一般没什么问题 |
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b*********e
发帖数: 89 | 40 有没有人能给一个大概的估价，每个被试做10个左右的SNP genotyping，预算大概需要
多少？总共计划做500人左右，$100/人 够不够？要去和大老板申请经费了。
thanks, |
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n***w
发帖数: 2405 | 42 有个MPH的学生帮我们实验室，
楼里还有个Genotyping core.... |
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m******t
发帖数: 109 | 43 i want to know the digestion buffer for genotyping that doesnot purify
genomic DNA.i forgot it. let me know. thx. |
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m******t
发帖数: 109 | 44 i want to know the digestion buffer for genotyping that doesnot purify
genomic DNA.i forgot it. let me know. thx. |
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G***G
发帖数: 16778 | 45 do you know where to download reference for genotype imputation for
Mitochondrial? |
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G***G
发帖数: 16778 | 46 where to download Mitochondrial reference for genotype imputation? |
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m******5
发帖数: 1383 | 47 triplex PCR only works for genotyping lines that have been already
characterized
There is basically no way you can tell whether or not it is recombination or
integration by triplex PCR |
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l**********1
发帖数: 5204 | 48 你老板没让你事先设计 reporter+ cassette modified vector 就做plasmid then
BAC transgene to Mouse 啦?
then 要证明Your transgene（insert）整合到特定locus
if yes plus next Long-range PCR does not work well.
return to start point then do below steps or similar steps:
Generation of knockin mice
Bacterial artificial chromosome (BAC) clone RP23-135A18
containing mouse genomic DNA encoding exon 1 of Zeb1 was
digested with PacI/SphI and SphI to yield 7.6-kb and 2.6-kb
homology arms, respectively, for targeting constructs (Figur... 阅读全帖 |
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b*******n
发帖数: 605 | 49 请问，大量购买Tag酶和dNTP做genotyping，那个公司的Tag酶和dNTP 最便宜？刚刚独
立，钱少少的说。。。
谢谢。。。 |
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c*******n
发帖数: 27 | 50 你用的什么PROTOCOL？我提的总是有DNA污染，影响genotyping. |
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