w*****n
发帖数: 375 | 1 Your random statement might be wrong, and I suspect that you don't
have enough degrees of freedom to estimate so many parameters.What's
your sample size?
Generate variable "id", which has two reps, and try the following
simple model first:
proc mixed data=long;
class id genotype time;
model y = genotype time genotype*time /outp=check;
random intercept/sub = id;
lsmeans genotype*time;
ods output tests3=results;
ods output lsmeans=lsmeans;
by gene;
run; |
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x******0
发帖数: 1490 | 2 面试了一个software职位，本以为很有戏，但考我的题基本上全是job description上
没有的R 编程，希望这里的大侠帮助解惑答疑，在下感恩不尽。
1）
An analytical technique used in a molecular biology lab involves dispensing
solutions of DNA in very
low concentration into 384-well plates. Consider the perfectly random
distribution of N=30 molecules
onto this device
a) What is the probability that two molecules fall in the same well? Derive
the closed-form
equation for this probability.
b) Plot the above expression for the probability as a function of the numbe... 阅读全帖 |
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m*n
发帖数: 695 | 3 SNP 的genotyping 分析, genotyping 有三型： 比如AA, AG, GG. 因此分为三组：1，
2，3。 然后做logistic repression, 一开始没有把genotyping 这个分类变量选个哑
变量（ 选个reference）。 此时p 小于0.05. 但是当我选则一个哑变量（ 比如选3 作
为reference）（ 这个对于多分类变量是必须的吧？）,总的genotyping, AA, AG 均
没有统计学意义？
为何会出现这样的不同的结果呢？应该是一致的吧？
请高手指点啊！！！
谢谢！！！ |
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m*n
发帖数: 695 | 4 SNP 的genotyping 分析, genotyping 有三型： 比如AA, AG, GG. 因此分为三组：1，
2，3。 然后做logistic repression, 一开始没有把genotyping 这个分类变量选个哑
变量（ 选个reference）。 此时p 小于0.05. 但是当我选则一个哑变量（ 比如选3 作
为reference）（ 这个对于多分类变量是必须的吧？）,总的genotyping, AA, AG 均
没有统计学意义？
为何会出现这样的不同的结果呢？应该是一致的吧？
请高手指点啊！！！
谢谢！！！ |
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发帖数: 1 | 5 谢谢你这位老师。。。
我对大脑的研究还有学习记忆，非常感兴趣，我刚刚看了一下载要。。你可以不可以把
pdf 发我信箱，我在阳光明媚的早秋读读article不要太惬意。。。我的信箱是：
[email protected]
这个文章是2007年发的，听说，她2006年就回国了？？？因为自2006年就没有她的消息
。。。2000-2006，6年博士，差不多就是这个时间。我们实验室的3个师兄都是6-7年才
拿到phd.我2009年生病了。。所以，她2007年发的文章，我不可能会读不懂的。。如果
我读不懂，说明，我的大脑有问题了。。。
【Moreover, the effect of the C957T genotype was strengthened when
interaction with the COMT Val158Met polymorphism was included in the
analysis.】
我想从全文来看一下，他这句话是怎么得来的。。C957T genotype(polymorphism)的指
标？这个strengthen怎么量化来证明还是用老鼠的实验来... 阅读全帖 |
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O****N
发帖数: 1458 | 6 Express Scripts to cover AbbVie hepatitis C drug, drops Gilead treatment
Reuters
7 hours ago
By Caroline Humer
Dec 22 (Reuters) - The nation's largest pharmacy benefit manager has
lined up a cheaper price from AbbVie Inc on its newly approved hepatitis C
treatment and, in most cases, will no longer cover Gilead Sciences Inc
treatments, Express Scripts said on Monday.
Express Scripts has opposed the $84,000 pricetag of Gilead Sciences'
Sovaldi treatment since it was approved a year ago, saying th... 阅读全帖 |
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f*****n
发帖数: 12752 | 7 你真应该去干主编，有这么强势约稿的嘛？这些个高大上的题目，大大小小的腕们，我
来凑什么热闹嘛
基于本人曾是个不称职的科学工作者，虽然听说过《自私的基因》这本书，但不知道其
作者就是这位richard dawkins。狗了一下，简单叙述一下他的理论，对于law的看法，
以及本文提到的三个错误，请方家指正。一家之言，诸君姑妄听之。
Dawkins是个否定上帝的无神论者，他提出的自私的基因理论认为：基因是遗传信息的
携带者，其遗传信息（genotype）在体内表达（即dna的转录成rna或进一步转译为蛋白
质），最终表现为生物体的性状（phenotype）。举个栗子，眼睛的颜色应该是由色素
的多少决定的，而色素产生的多少是由基因决定的。每个人的眼睛颜色是“先天注定”
的，因为他还是受精卵的时候基因就已经存在，决定了色素将来产生多少。在外界的自
然选择过程中，能提高生命体生存优势的性状被保留（例如，假设黑眼珠不影响人的黑
暗视力，白眼珠会使人在黑暗中失去全部视力的话，黑夜中的捕食者很可能灭绝所有白
眼珠的人），带来劣势的性状会被淘汰（通过拖累生物体）。由于这些性状是由基因表
达的，于是站在基因... 阅读全帖 |
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f******g
发帖数: 1003 | 8 non-cell-autonomous 是什么意思?
下面是英文解释:
A genetic trait in multicellular organisms in which only genotypically
mutant cells exhibit the mutant phenotype. Conversely, a nonautonomous trait
is one in which genotypically mutant cells cause other cells (regardless of
their genotype) to exhibit a mutant phenotype.
请高手用通俗易懂的中文解释下，谢谢了 |
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x*********a
发帖数: 906 | 9 E. coli host genotype has to be lamda+?
lamda- strains can not express T7 promoter-direced gene from plasmid?
Any other prophage on E. coli K12 has T7 RNA polymerase?
How about SP6 promoter? what kind of genotype can not express SP6 promoter ?
Can this genotype E. coli K12 ∆(araD-araB)567, ∆lacZ4787(::rrnB-
3), lambda-, rph-1, ∆(rhaD-rhaB)568, hsdR514 express SP6 or T7
promoter-driven gene?
Thanks a lot. |
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y****2
发帖数: 65 | 10 我的理解
我们知道定位QTL是不准确的。证明一个QTL存在或是不存在是困难的。
在一个不是非常巨大的群体里估计出来的QTl效应是有偏差的。
为啥不放弃QTL的模型，而是仅仅将所有的markers放在一个模型中，来给每个genotype
一个值的估计？--把所有的marker（SNP在这里）同时放在一个模型中，预测每个
marker allele的对于疾病的效应。所有marker alleles的值总和就是这个genotype的
效应。
总之，我们可能不知道QTL是啥，但是我们可以更加准确地预测每个genotype的值。黑
箱操作。需要对于每个群体都单独分析，因为LD不consistent across populations.LD
啊LD,population structure，genetic architecture这些都是association analysis
极端重要的问题。
两个前提，good phenotyping； 第二 if marker –target gene LD is consistent
across populations. |
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y**s
发帖数: 6809 | 11 弱弱的问啊，能达到那个计算能力吗？
你最后算不出来还是得假定sparse matrix啊
这不就又回到qtl了
我的理解
我们知道定位QTL是不准确的。证明一个QTL存在或是不存在是困难的。
在一个不是非常巨大的群体里估计出来的QTl效应是有偏差的。
为啥不放弃QTL的模型，而是仅仅将所有的markers放在一个模型中，来给每个genotype
一个值的估计？--把所有的marker（SNP在这里）同时放在一个模型中，预测每个
marker allele的对于疾病的效应。所有marker alleles的值总和就是这个genotype的
效应。
总之，我们可能不知道QTL是啥，但是我们可以更加准确地预测每个genotype的值。黑
箱操作。需要对于每个群体都单独分析，因为LD不consistent across populations.LD
啊LD,population structure，genetic architecture这些都是association analysis
极端重要的问题。
两个前提，good phenotyping； 第二 if marker –target |
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p*******7
发帖数: 23 | 12 一段时间前，本想‘第一次版上发贴，真心求教’，写了下文。后真的烦不愿再提。今
天读‘中国RA的文，以及回复，希望
分享我的’drama'：
长话短说，RA:发 IF 》12 的一作时我还在本科，不知’科研‘何物。我, 薄厚前活泼
开朗，心直口快（现在，真的知道是
大毛病)，喜欢宏观的可以见效果的。薄厚4年了，文章去工业界多了（朋友言），留学
术界又差着。‘人生的九曲湾
中’放弃追梦. 博后到了距家最近的Lab， 虽然lab focus 与我的Ph.D. training有出入
与此RA曾为朋友，老板3 年前发现课题有潜力， assign 此 RA， 非大陆的。我还开心
，不是因有RA，而是因为是朋
友。（领域真的labor intensive, grad school 与三RA 共事，另一美国博生是我好友
，亦次次出手在大实验：3－5 小
时能拿到要的sample 就很开心乐。这后面才是set-up study.）薄厚Drama开始于这RA
的指定。几乎合作刚开始，朋
友就没了。我傻糊糊的还想继续友谊，修缮关系。直到N 年后被HR告 'forget about
friendship, ... 阅读全帖 |
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D*a
发帖数: 6830 | 13 我见过有人发的paper说某KO在三个background的表型有差别，发在专业杂志的，也是
只交了六代就发了。
我们也在作het x het、出生致死的表型，在C57（大家不是都习惯叫b6么）上，但是还
是比较稳定的每胎一只。genotype也不是太费事啊，我们也是自己做的。关键是一下十
几只老鼠一起怀孕，这样你集中标号，集中genotype，就可以减少很多不必要的重复。
还有怀孕的母的可以两只一笼，genotype出来你杀一半het，然后拿出一只母的来，马
上再把这些母的去交配。
ls说的het x ko也是个办法。
给我发信吧，我试试能不能帮上忙。
的. |
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D*a
发帖数: 6830 | 14 一般建老鼠系的时候，要genotype, southern western都做了来确认你的老鼠没有目标
蛋白表达，建立起来之后，就可以只做genotyping了。
如果是tissue specific的KO，交配完也要先做tissue specific PCR和 western确认，
cell specific的最好还能加IHC确认，然后之后的routine的交配可以只做genotype
我看的paper里面一般都会有PCR和werstern/IHC的图来表示这个蛋白是确实敲掉了的。
很多KO的mRNA转录很活跃，因为一般情况下你并没有动它的promoter. 但是一般情况下做KO的会尽量使mRNA丧失功能，比如造成移码突变等等，因此一般蛋白翻译会是无功能的小片段，然后被清除了。因此考虑不周的话也会造成问题。比如一个蛋白有20个exon，你切了第10个想让他KO，但是恰好这个蛋白有两种长度形式，其中一个小的是利用了前面的9个exon，那么可能你就没有把这个小的(完全)敲掉。
但是蛋白的变异体的功能这个很难说啊，我觉得大部分应该是没活性的吧？ dispensable与否
要看是生理情况下... 阅读全帖 |
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Z**********g
发帖数: 222 | 15 1.不能简单得认为DNA是上帝，主宰生命的一切。DNA得以可控的方式时空特异的表达成
蛋白，才有价值。Genotype完全不等于phenotype。这里面涉及到epigenetics，
microenviroment，还有gene expression noise。完全一样的Genotype，Epi-genotype
和microenviroment都会导致不一样的phenotype，可知noise也会对细胞命运起决定作
用。再联系到肿瘤，我们可以认为，一些重要的基因突变可能起始了肿瘤发生。但是这
过程中，epigenome重新洗牌，microenviroment重新洗牌，别忘了还有noise。等这些
重新洗牌之后，起始肿瘤的突变基因在肿瘤生长维持中作用还有那么大吗？想想
oncogene和tumor suppressor领域吧，几十年了，发现很多基因了，但真正革新了肿瘤
治疗吗？就说targeted therapy，真正有决定意义上疗效的有吗？大多数是无关痛痒的
一点改善而已。所以我们可能得换角度看肿瘤了。
2.关于druggability，很显然，很多非enzyme（尤其是kina... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 16 不谢 都考古未名买买提 Bio 版的最近旧贴 得到的启发 没那些帖 俺就是一个Cre
mice 科盲
比如
楼主可以 结合楼下的跟贴
和以下的贴主 交流下 ERT2-Cre Mice genotyping Tips...
发信人: supersunday (Linda), 信区: Biology
标 题: ERT2怎么genotyping?
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 15 18:54:44 2013, 美东)
我们最近引进了两种Cre小鼠，一种是持续表达的，一种是诱导的(ERT2-Cre)。请问
ERT2怎么genotyping?怎么设计primer？我找了plasmid,是pCAG-ERT2CreERT2，没有找
到ERT2 site。
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31772553.html |
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o******n
发帖数: 511 | 17 我们想把kinship matrix加到我们的model里，分析一些植物的genotype和它们的trait
的关系。
采样的时候，我们每个植物的genotype取了三个样，有27种植物的genotype，所以有81
个样品。
在把kinship放到模型里的R packages里，要求trait data matrix和kinship matrix要
有一样的size，请问我们这种81*n trait的trait data matrix和27*27的kinship
matrix怎么才能对应起来呢？取平均值肯定不是最优的办法。
谢谢！ |
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o******n
发帖数: 511 | 18 谢谢你的回复。
那如果不是balanced design请问怎么处理好？
比如实际中，有的样品测序没有出来，所以不是每个genotype都有3个replicates。
gwas里面每个genotype应该也会测几个replicate的吧，而且也不一定是balanced
design，他们是怎么把不一样大的trait data matrix和kinship matrix联系起来的呀？
也许做gwas的人不会遇到我这个问题吧，他们的每个replicates也都genotype过，有
SNP data，所以trait data和kinship的矩阵大小一致。可是我们没有每株植物的SNP
data。
我这个问题看来真的不好办…… :-( |
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d****i
发帖数: 2346 | 19 老板急于做老鼠实验，我已经把genomic DNA抽提好了，跟技术员说“你有时间的话可
以做下genotyping...”。两周过去了，技术员还没动手，我给老板说让老板自己跟技
术员说做genotyping。结果刚看到老板给技术员email，cc了我，说xxx wanted me to
ask you if you could do genotyping...
技术员是美国大妈，实验室人少，不想有任何不和谐，结果被老板这样卖了。 |
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x****6
发帖数: 4339 | 20 近5年，随着crispr/cas9的技术越来越成熟，它被越来越多的人关注，影响力延伸到普
罗大众。在学术界，这门技术已经普及；在工业界，一系列初创公司应运而生，以
editas为代表，它已经通过第二轮融资，已然是生技初创公司的巨无霸。
在承认它在提高基因编辑，特别是在高等生物里，起到巨大作用的同时，我不禁要问：
它到底解决了什么实际问题？
Genotype-phenotype mapping仍然是一个巨大的黑匣子，我想在未来的几代科学家这个
时间尺度内都将不会改变。人类/动物基因组编码序列就是本天书，现在基本上是看不
懂的；而绝大多数表型，包括疾病，都是多因子影响的。连书都没看懂，怎么去朝着特
定目标去搞修？！请不要举乳腺癌等单基因个例来反驳我，我是在全局的角度说事。
看看当初吊足了科学界和大众口味的ENCODE，一个举国（际）体制项目，就是想搞清基
因组测序之后有什么用。最后只能骗骗看热闹的外行，而在业内早已沦为笑柄，甚至都
有科学家出书来埋汰它。
我认为crispr/cas9是一个极其方便的perturbation tool,能够来帮助我们探索
Genotype-phenotype... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 21 allele: one of a number of alternative forms of the same genetic locus (from
wiki)
人是diploid，所以对于每一个人来说，每一个genetic locus上都有两个allele（XY除
外）。
allele是对于haploid genome来说的，对于人来说称作genotype更合适，例如AA Aa/aA
aa是三种genotype。楼主说的检测不同allele，我的猜测是检测携带homozygous AA/
aa genotype（而非allele）的细胞，因为细胞不可能是单倍体（除生殖细胞）。
SNP不止存在AT和GC变换，可以从ATGC中的任何一个变到ATGC中的任何另一个，有
transition和transversion的区别。
一个allele，可能存在多个snp吗？
这里概念搞错了。SNP是指一个位点上在群体里有不同的allele，比如你带AA，我带Aa
。而allele指的是A或a。
如果你的问题是，一个SNP，可能存在多个allele吗？当然可能，有tri-allelic的SNP
的... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 22 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: CornucopiaX (丁春秋), 信区: Faculty
标 题: Re: 北大95生物系女生，海归，潜水不幸遇难
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 1 12:20:33 2017, 美东)
谢谢你这位老师。。。
我对大脑的研究还有学习记忆，非常感兴趣，我刚刚看了一下载要。。你可以不可以把
pdf 发我信箱，我在阳光明媚的早秋读读article不要太惬意。。。我的信箱是：
[email protected]
这个文章是2007年发的，听说，她2006年就回国了？？？因为自2006年就没有她的消息
。。。2000-2006，6年博士，差不多就是这个时间。我们实验室的3个师兄都是6-7年才
拿到phd.我2009年生病了。。所以，她2007年发的文章，我不可能会读不懂的。。如果
我读不懂，说明，我的大脑有问题了。。。
【Moreover, the effect of the C957T genotype was strengthened when
interaction with the COMT V... 阅读全帖 |
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o******6
发帖数: 538 | 23 ☆─────────────────────────────────────☆
mitbbs1988 (korena) 于 (Sat May 10 00:20:16 2008) 提到:
有一个genotype的dataset， 其中有二十markers，the variable value for each
marker is the genotype, i.e., 0/O, 198/199, 187/188;
what SAS procedure can I use to estimate the percent of "0/0" genotype?
how? what are the detailed statements?
thanks a lot
☆─────────────────────────────────────☆
bengbaby (天龙盖地虎) 于 (Sat May 10 00:27:20 2008) 提到:
proc freq |
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a***r
发帖数: 420 | 24 我有一个data file，1900*24的matrix，在R中名为“data”
这24列前面五列是基本信息，第六列是phenotype，categorical variable，0/1,后面是genotype dosage，categorical 0/1/2（就是一个pedigree file）
我做了phenotype和genotype的logistic regression
现在想知道这些genotype（SNP）之间pairwise的interaction，用LRT,于是写了如下code：
n=18
result <-matrix(0,ncol=n,nrow=n)
for (i in 1:n-1) {
for (j in i+1:n) {
logit1<-glm(data[,6]~data[,6+i]+data[,6+j],family=binomial(link="logit"),na.action=na.omit)
logit2<-glm(data[,6]~data[,6+i]+data[,6+j]+data[,6+i]*data[,6+j],
family=binomia |
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o******n
发帖数: 511 | 25 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: ostrakon (ostrakon), 信区: Biology
标 题: 请问有做quantitative genetics的人吗？问个kinship和mixed model的问题。
关键字: quantitative genetics,mixed model
发信站: BBS 未名空间站 (Mon May 5 12:50:52 2014, 美东)
我们想把kinship matrix加到我们的model里，分析一些植物的genotype和它们的trait
的关系。
采样的时候，我们每个植物的genotype取了三个样，有27种植物的genotype，所以有81
个样品。
在把kinship放到模型里的R packages里，要求trait data matrix和kinship matrix要
有一样的size，请问我们这种81*n trait的trait data matrix和27*27的kinship
matrix怎么才能对应起来呢？取平均值肯定不是最优的办法。
谢谢！ |
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m*n
发帖数: 695 | 26 非常抱歉，我刚刚看到您的回复。 好久没人回我的问题， 我以为没人理， 就没再跟
踪。
非常感谢您的指点！ 谢谢！！！
我定义SNP 的 三个 genotype 为1,2,3， 均为nominal ，按您说的，如果不定义哑变
量， spss 也是把这个分类变量当作连续变量来分析？
那SNP分析时， 我要不要做哑变量呢？ 或是两种方法都做， 分别解释allelic
effect 和genotypic effect？
楼下还有”石头”前辈说的additive model, 要不要设哑变量？additive model 解释
的是 allelic effect 还是 genotypic effect？
SNP 和统计我都是新手， 烦请您再点拨点拨。
allelic |
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y*****l
发帖数: 5997 | 27 Date Company Name Ticker Drug Event Outcome Details
04/30/2011 GlaxoSmithKline PLC GSK, GSK.L Lamictal-XR (sNDA) FDA
decision on Lamictal-XR for conversion to monotherapy for treatment of
partial seizures FDA approved Lamictal XR for conversion to monotherapy
for treatment of partial seizures on Apr.25
-Drug Status
-Approved in Other Countries
04/29/2011 Spectrum Pharmaceuticals Inc SPPI Fusilev (sNDA) FDA
action on Fusilev for additional use in c... 阅读全帖 |
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l*******1
发帖数: 16217 | 28 给你看个表个数据，个人中汗液中的味道成分
AA基因型测不到 ，其他的都有
samples of panelists with different genotypes, determined by LC-MS[23]
Genotype
ABCC11 Sex Ethnic population Age Net weight
sweat (g)/2 pads HMHA–Gln
(μmol/2 pads) 3M2H–Gln
(μmol/2 pads) Cys–Gly conjugate
of 3M3SH (μmol/2 pads)
AA F Chinese 27 2.05 NDˈ ND ND
AA F Filipino 33 2.02 ND ND ND
AA F Korean 35 1.11 ND ND ND
GA F Filipino 31 1.47 1.23 ... 阅读全帖 |
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w********2
发帖数: 632 | 29 人的是整个身体都一种ccr5 delta 32的genotype，而这个可能出现subgroup genotype.
果。 |
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M********a
发帖数: 10 | 31 默沙东(美国默克), 世界500强，全球第二大制药公司。
Merck & Co., Inc., known as MSD outside North America, is committed to
scientific research in China. MSD China R&D is proud to announce the launch
of the China Postdoctoral program offering Chinese postdoctoral researchers
a new path to the forefront of their research (in the areas of Biostatistics
, Bioinformatics and health/medical informatics). The MSD China R&D post-doc
will be stationed in the MSD Beijing site and will conduct research with
scientists in MSD Chi... 阅读全帖 |
|
M********a
发帖数: 10 | 32 默沙东(美国默克), 世界500强，全球第二大制药公司。
Merck & Co., Inc., known as MSD outside North America, is committed to
scientific research in China. MSD China R&D is proud to announce the launch
of the China Postdoctoral program offering Chinese postdoctoral researchers
a new path to the forefront of their research (in the areas of Biostatistics
, Bioinformatics and health/medical informatics). The MSD China R&D post-doc
will be stationed in the MSD Beijing site and will conduct research with
scientists in MSD Chi... 阅读全帖 |
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l*h
发帖数: 4124 | 33 hepatitis C is curable in high percentage.
for genotypes 2 and 3, the cure rate is over 95% with pegylated interferon-
alpha-2a/b with ribavirin for about 11 months.
genotype 1 is more difficult to treat. pegylated interferon-alpha-2a/b with
ribavirin for 11 months gives up to 50% cure rate. boceprevir or telaprevir
is recommended to be added to the regimen ( not sure about the cure rate for
this regimen).
because the treatment is long and can cause serious adverse effects, the
patients should b... 阅读全帖 |
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l******a
发帖数: 16364 | 34 ☆─────────────────────────────────────☆
break8811 (池蛙) 于 (Thu Nov 8 15:06:11 2012, 美东) 提到:
我最近才开始了解自闭症。一些不成熟的想法抛出来，请大家指正。
Autistic disorder(严重自闭症)和ASD(autism spectrum disorder，泛自闭症，也包
含Autistic disorder)都是受遗传影响，神经系统发育不全而导致的语言社交能力障碍
。ASD很多症状和汞中毒接近，但后者不是遗传导致的。诊断ASD时都要排除汞中毒的可
能。
ASD和正常小孩之间其实没有明显的界限，本来"正常"就只有统计学意义。很多被诊断
为ASD的小孩的神经发育，只是比较缓慢而已，只要父母有耐心，更大点之后小孩就正
常了。但也有很多ASD小孩的神经系统，如果不人工干预，就永远无法发育正常--其实
即使人工干预，也往往只能做点改善，难以完全正常。
说到这儿，我觉得有必要引入“基因表达”的概念。曾看过一篇报导(对不起原文找不
到了)，说某个村庄的风俗，小孩老绑着不让到处跑，导致当地人群的... 阅读全帖 |
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w****u
发帖数: 1078 | 35 It is very clear he made data, because we are doing mapping(chromosome
location of genes). He just made up genotyping data to match phenotyping
data. His gel image and his reported genotyping data did not match. 25 out
100 were changed. |
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t*****k
发帖数: 390 | 36 看yahoo finance上的消息：
http://finance.yahoo.com/news/express-scripts-cover-abbvie-hepa
一切还要看未来一周的反应
Express Scripts said that starting Jan. 1, 2015, it would only pay for the
AbbVie drug for patients who have genotype 1. Express Scripts will no longer
cover Harvoni, a one-pill treatment for patients with genotype 1 that costs
$94,500 for a 12-week course.
It will cover Sovaldi in cases where patients have other types of the
disease |
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w***s
发帖数: 7132 | 37 小心，喝酒脸红者
秋秋发表于2011-01-06 11:54:55
http://www.guokr.com/article/4647/
你是一喝酒就脸红的人吗？会因为朋友的嘲笑，打算通过实战来提高实力吗？谣言粉碎
娘奉劝你不要
呀。脸红是一个标志，你就是个不能喝酒的人，不管这时你有没有醉，都不应该继续喝
了。霸王硬上
弓只会让你体内的乙醛越积越多，而你也在不知不觉中深陷险境。
流言： 大约三分之一的东亚裔喝酒会脸红，这种症状称为Asian Flush，会增加患致命
食道癌的危
险。有喝酒脸红反应者是因为其代谢酒精的酶的基因有缺陷，因而导致有毒的乙醛在体
内大量累积，
造成血管扩张，引起脸红反应。~~~不逞强了，以后少喝或不喝，坚决不能患食道癌呀！
真相： 流言里所指的，喝酒以后很快脸上身上的皮肤就变红的现象确实存在。由于常
常发生在亚洲人
的身上，所以才被称为“Asian Flush”，也被称为“Asian Red” 或是 “Asian Glow
”。但是很
多人都认为这是对酒精过敏的反应，还是不管不顾地继续喝，或者试图通过吃抗过敏药
来缓解。其实
这个是由于酒精代谢产生的乙醛在体内... 阅读全帖 |
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l*******y
发帖数: 3987 | 38 不是由一个GENOTYPE决定的，应该和很多的GENOTYPE都有关系，这只是其中的一个，偶
又找到一个，等有时间再做吧～～～～～～～ |
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a******m
发帖数: 3422 | 39 r.f. @wiki:
Sofosbuvir will cost $84,000 for 12 weeks of treatment used for genotype 1
and 2, and $168,000 for the 24 weeks used for genotype 3.[23] The price in
the United Kingdom is expected to be £35,000 for 12 weeks.
————————————————
不知道Insurance能cover多少？
BTW: 丙肝是甲肝和乙肝的更强大的衍生体？看了下wiki， 丙肝的变种很多啊，
Sofosbuvir都能治愈？还有乙肝在中国居多吧，现在甲肝和乙肝都能治愈了？
前一段，还听说德国发明一种可治愈癌症的药/方法，正在临床检验中。。。 |
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t******n
发帖数: 2939 | 40 ☆─────────────────────────────────────☆
zongheimun (菲菲) 于 (Thu May 23 14:47:02 2013, 美东) 提到:
以前生物课学过 AB和O型只可能生出A或B
但孩子是O型血是什么原因？有谁遇到过吗？谁是学医或者生物的 给解释一下？谢谢
（确定是亲生的，也没抱错）
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bigjoker (Awesome & Handsome) 于 (Thu May 23 14:52:26 2013, 美东) 提到:
是O型的亲生的,不是AB亲生的
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zongheimun (菲菲) 于 (Thu May 23 14:53:12 2013, 美东) 提到:
父母都是亲生的
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bigjoker (Awesome & Handsome) 于 (Thu May 23 14:5... 阅读全帖 |
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t*******t
发帖数: 225 | 41 the word Jews can stands for genotype, but not for citizenship.
the word chinese can stands for genotype can be a racial concept but also
can be used for citizenship |
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l**********t
发帖数: 5754 | 42
我信人是神造的。 但神用什么方式，什么物理/化学/生物法则造人，是科学研究的范
畴。
达尔文進化論与神创论问题的关键是:
静态结构(genotype or phenotype)的相识性不能证明动态过程（变异的产生的最根本
原因）是自发性／随机性。
反智的進化論信徒常把把达尔文进化论静态结构(genotype or phenotype)相识性当成
反“神创论”的证据 （参见老Ｅ常贴的类人头骨化石系列）， 她不知道 古典的拉马克
进化论 ( 或 “神创论”) 也可以 解释 相识性。
达尔文进化论的独特创见之一是假设变异的产生根本原因是自发性／随机性的。
但自发性／随机性只能被证否， 不能被证明。
但反智的進化論信徒不承认“变异的产生是自发性／随机性“是达尔文进化论的不能被
证明假设。
老Ｅ先是说“随机性就是一代与一代有不同”(后来说是“口误”) ，后来又说“变异的
产生是不是自发／随机的对达尔文进化论不重要“，“达尔文进化论没有自己的假设”
。
反智的進化論信徒类似的逻辑错误例子是认为"盲腸是無用的“。 这个命题只能被证否
（已经被证否），但不能被证明。
连進化論基本的概念都会搞错， 分... 阅读全帖 |
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n****1
发帖数: 1136 | 43 使用python>=3.2, 把前两个函数合并为：
import functools.lru_cache
@functools.lru_cache
def translate_geno2(ref, alt, genotype):
hsmap = {'0/0': ref+ref, '0/1': ref+alt, '1/0': alt+ref, '1/1': alt+alt,
'.': '0 0'}
return hsmap[genotype] |
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y*******n
发帖数: 22 | 44 [问题] 考虑由A，C，G，T组成的字符串s=a1a2...ak,定义s的权值
为W(s)=sum(w(ai)),其中w(A)=w(T)=1,W(C)=W(G)=2.给定两个参数
c和h(h>c),我们称一组字符串是一组c-h码，如果它们满足下面两个
条件：
(1)其中每个字符串的权值大于h;
(2)只包括任何权值大于c的子串至多一次。
问(1)满足什么条件的c,h才可能有c-h码的解。
(2)给定c和h,如何找到最大的一个c-h码(包含最多字符串)。
[背景]人基因组上存在着一些所谓单核甘酸多态性(single
nucleotide
polymophism)的位点，这些位点上的核甘酸(ACTG之一)在人与人
之间是不一样的。粗略的估计，这些位点大约占整个基因组的0.1%.
根据SNP可以快速的进行基因型鉴定(genotyping)，因为基因型的
差异必然是SNP的一种。假定我们已经发现了所有的SNP，利用基因
芯片就可以进行快速的genotyping。这就是SNP TAT(tag/antitag)
系统。具体步骤是这样：
(1)在溶液中合成一些DNA片段(可看作ACTG字符串)，每个 |
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n********k
发帖数: 2818 | 45 In general, it would be faster if you don't control for Cre...but I
personally don't recommend as Cre could be a
complicating factor...therefore for my final breeding, I always use one with
double Cre while the other one
with no Cre, and then every pups have cre but different genotype, rather
than the other way: every pups is the
same genotype but either with or without cre...in your case, u might want to
keep only one allele different
between experimental groups while keep the rest the same,
eg |
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h*****y
发帖数: 10 | 46 从公司订制的KO老鼠,带CRE基因,大半年折腾下来去掉CRE并拿到大量杂合子,按照公司
给的DATA SHEET, GENOTYPING双引物鉴定老鼠各基因表型正常,符合孟德尔遗传,但在对
培养的野生型和纯合子MEF细胞鉴定时,我发现虽然公司给的GENOTYPING鉴定没问题,但
我用RT-PCR和WB鉴定KO纯合子细胞时却都能发现该基因蛋白表达(重复多次),所以现在
感到非常困惑,我鉴定做WB的抗体是找公司制备的,非特异条带虽然有点多,但目的大小
附近有条带,而REAL-TIME PCR我之前一直用来鉴定SIRNA的KNOCKDOWN,效果也非常好,难
道是出现了假KO的情况? |
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l*****g
发帖数: 2087 | 47 查一下genotype,如果不是genotype 1，用PEG-interferon加ribavirin很大部分能治愈
现在有些小分子药,比如telaprevir和boceprevir，都很有效，FDA应该会在近几年内通
过。小分子药单用抗药性是主要问题，可能需要和干扰素一起用。
，8年
有些
正常 |
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D*a
发帖数: 6830 | 48 剪/tatou手指脚趾，剪下来的genotyping
打耳洞不是伴随tag的么，干打洞那个标号方法太晕了，万一老鼠打架咬下一块去呢
如果只是genotyping剪尾巴多好 |
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l****u
发帖数: 46 | 49 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra
Sequence Read Archive (SRA) and Trace Archive repositories have been
discontinued
Due to budget constraints, NCBI will be discontinuing its Sequence Read
Archive (SRA) and Trace Archive repositories for high-throughput sequence
data. Closure of the databases will occur in phases. SRA and Trace will stop
accepting some types of submissions in the coming weeks, and all
submissions within the next 12 months. Over the next several months, NCBI
will be working with sta... 阅读全帖 |
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D*a
发帖数: 6830 | 50 晕，这个genotype不是普通的mutant还是wt的genotype么？
我以为是lz要看看mutant是不是影响某些rna，可能我理解错了吧 |
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