j****n
发帖数: 3370 | 1 求问板上大牛关于用CRISPR做transcription activation
主要疑问是关于dCas9-gRNA binding site
文献上说法一般是在transcription start site （TSS）上游
激活特定基因的 会在TSS上游挑选8-10个位点 逐个测试挑个好的
genome-scale的话 一般就是每个位点挑3-5个位点
目前我们打算是做target pathway level activation （20-30个基因） 如果每个位点
都要搞个5-10个 工作量挺大的 又不能像genome-scale那样把所有DNA混起来
问题1.貌似TSS不是很清楚，有些基因有多个TSS，有这方面的数据库不？最好包括酵母
、老鼠以及人的
问题2. binding site有没好的软件可以预测？做knock-out的有，貌似做activation没
见到过？有啥推荐的不？ |
s******r
发帖数: 1245 | 2 多个tss只能靠猜
一批做百来个不算很多，弄几个本科生很快就搞定了
【在 j****n 的大作中提到】
: 求问板上大牛关于用CRISPR做transcription activation
: 主要疑问是关于dCas9-gRNA binding site
: 文献上说法一般是在transcription start site （TSS）上游
: 激活特定基因的 会在TSS上游挑选8-10个位点 逐个测试挑个好的
: genome-scale的话 一般就是每个位点挑3-5个位点
: 目前我们打算是做target pathway level activation （20-30个基因） 如果每个位点
: 都要搞个5-10个 工作量挺大的 又不能像genome-scale那样把所有DNA混起来
: 问题1.貌似TSS不是很清楚，有些基因有多个TSS，有这方面的数据库不？最好包括酵母
: 、老鼠以及人的
: 问题2. binding site有没好的软件可以预测？做knock-out的有，貌似做activation没
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j****n
发帖数: 3370 | 3 如果只有一个tss
有program可以预测gRNA binding sites的不？
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 1.0.2
【在 s******r 的大作中提到】
: 多个tss只能靠猜
: 一批做百来个不算很多，弄几个本科生很快就搞定了
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s******r
发帖数: 1245 | 4 单vp64的话jonathan weissman和stanley qi的那几篇paper都给了大致范围
新的那几个多聚系统没仔细读paper，自己翻翻看呗
【在 j****n 的大作中提到】
: 如果只有一个tss
: 有program可以预测gRNA binding sites的不？
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