I*****h
发帖数: 470 | 1 细菌基因组测完发现与reference菌株的基因组有97%可以map上
剩下~120 kb map不上，
现在要决定是不是要做de novo assembly，测序的原始的数据都有了，这个de novo
assembly 是不是不用重测而只是重新做另一种生物信息学分析而已？要2000刀这么多
啊 |
x*****d
发帖数: 704 | 2
如果你用Tophat做的mapping，输出文件有unmapped reads。把这些unmapped reads用
Trinity做de novo assembly，看看是什么菌株。因为你的基因组有97%都能map，所以
你测的不太可能是一种新的物种。
【在 I*****h 的大作中提到】
: 细菌基因组测完发现与reference菌株的基因组有97%可以map上
: 剩下~120 kb map不上，
: 现在要决定是不是要做de novo assembly，测序的原始的数据都有了，这个de novo
: assembly 是不是不用重测而只是重新做另一种生物信息学分析而已？要2000刀这么多
: 啊
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t*****z
发帖数: 1598 | 3 2000刀？你paper给我挂个名，我分分钟免费帮你搞定。
【在 I*****h 的大作中提到】
: 细菌基因组测完发现与reference菌株的基因组有97%可以map上
: 剩下~120 kb map不上，
: 现在要决定是不是要做de novo assembly，测序的原始的数据都有了，这个de novo
: assembly 是不是不用重测而只是重新做另一种生物信息学分析而已？要2000刀这么多
: 啊
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I*****h
发帖数: 470 | 4 不是新的物种，但是有新的功能for sure
【在 x*****d 的大作中提到】
:
: 如果你用Tophat做的mapping，输出文件有unmapped reads。把这些unmapped reads用
: Trinity做de novo assembly，看看是什么菌株。因为你的基因组有97%都能map，所以
: 你测的不太可能是一种新的物种。
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j****n
发帖数: 3370 | 5 是不是之前做的single end sequencing 毕竟有reference genome
现在要做de novo assembly 要重新做paired sequencing？
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 1.0.3
【在 t*****z 的大作中提到】
: 2000刀？你paper给我挂个名，我分分钟免费帮你搞定。
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t*****z
发帖数: 1598 | 6 不需要的。single end不过短一点，效果差一点，但还是可以用的。
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
【在 j****n 的大作中提到】
: 是不是之前做的single end sequencing 毕竟有reference genome
: 现在要做de novo assembly 要重新做paired sequencing？
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 1.0.3
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d***i
发帖数: 20 | 7 人家测的是基因组，你tophat和Trinity是转录组的那一套
【在 x*****d 的大作中提到】
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: 如果你用Tophat做的mapping，输出文件有unmapped reads。把这些unmapped reads用
: Trinity做de novo assembly，看看是什么菌株。因为你的基因组有97%都能map，所以
: 你测的不太可能是一种新的物种。
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s*****5
发帖数: 52 | 8 同问。请问各位行家，umanpped.bam文件能直接用trinity做分析吗？trinity是不是必
须linux环境运行？谢谢。 |
x*****d
发帖数: 704 | 9
你得先用bam2fastq之类的软件把bam转成fastq，然后才能导入trinity。
【在 s*****5 的大作中提到】
: 同问。请问各位行家，umanpped.bam文件能直接用trinity做分析吗？trinity是不是必
: 须linux环境运行？谢谢。
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