I*****h 发帖数: 470 | 1 细菌基因组测完发现与reference菌株的基因组有97%可以map上
剩下~120 kb map不上,
现在要决定是不是要做de novo assembly,测序的原始的数据都有了,这个de novo
assembly 是不是不用重测而只是重新做另一种生物信息学分析而已?要2000刀这么多
啊 |
x*****d 发帖数: 704 | 2
如果你用Tophat做的mapping,输出文件有unmapped reads。把这些unmapped reads用
Trinity做de novo assembly,看看是什么菌株。因为你的基因组有97%都能map,所以
你测的不太可能是一种新的物种。
【在 I*****h 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 细菌基因组测完发现与reference菌株的基因组有97%可以map上 : 剩下~120 kb map不上, : 现在要决定是不是要做de novo assembly,测序的原始的数据都有了,这个de novo : assembly 是不是不用重测而只是重新做另一种生物信息学分析而已?要2000刀这么多 : 啊
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t*****z 发帖数: 1598 | 3 2000刀?你paper给我挂个名,我分分钟免费帮你搞定。
【在 I*****h 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 细菌基因组测完发现与reference菌株的基因组有97%可以map上 : 剩下~120 kb map不上, : 现在要决定是不是要做de novo assembly,测序的原始的数据都有了,这个de novo : assembly 是不是不用重测而只是重新做另一种生物信息学分析而已?要2000刀这么多 : 啊
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I*****h 发帖数: 470 | 4 不是新的物种,但是有新的功能for sure
【在 x*****d 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : : 如果你用Tophat做的mapping,输出文件有unmapped reads。把这些unmapped reads用 : Trinity做de novo assembly,看看是什么菌株。因为你的基因组有97%都能map,所以 : 你测的不太可能是一种新的物种。
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j****n 发帖数: 3370 | 5 是不是之前做的single end sequencing 毕竟有reference genome
现在要做de novo assembly 要重新做paired sequencing?
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 1.0.3
【在 t*****z 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 2000刀?你paper给我挂个名,我分分钟免费帮你搞定。
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t*****z 发帖数: 1598 | 6 不需要的。single end不过短一点,效果差一点,但还是可以用的。
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【在 j****n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 是不是之前做的single end sequencing 毕竟有reference genome : 现在要做de novo assembly 要重新做paired sequencing? : : ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 1.0.3
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d***i 发帖数: 20 | 7 人家测的是基因组,你tophat和Trinity是转录组的那一套
【在 x*****d 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : : 如果你用Tophat做的mapping,输出文件有unmapped reads。把这些unmapped reads用 : Trinity做de novo assembly,看看是什么菌株。因为你的基因组有97%都能map,所以 : 你测的不太可能是一种新的物种。
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s*****5 发帖数: 52 | 8 同问。请问各位行家,umanpped.bam文件能直接用trinity做分析吗?trinity是不是必
须linux环境运行?谢谢。 |
x*****d 发帖数: 704 | 9
你得先用bam2fastq之类的软件把bam转成fastq,然后才能导入trinity。
【在 s*****5 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 同问。请问各位行家,umanpped.bam文件能直接用trinity做分析吗?trinity是不是必 : 须linux环境运行?谢谢。
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