w******g
发帖数: 301 | 1 ttaccaccactc -> ttaccactc 的deletion用啥方法genotype比较好？
1. 已经尝试用mismatch primers做PCR，结果mutant primers放大wt， wt primers放
大mutant. Tandem repeat很让人头疼啊。
2. 正在考虑用 IDT 的 ZEN Black Hole quenchers做Taqman, 但是不知道quencher碰
上tandem repeat会出现啥情况。而且那个quencher好贵。
3. 测序就更加贵了，不在考虑中。
4. 片段无法酶切，木有位点。
请教一下高手们，还有其他快速便宜的方法来做么？还有啥我木有想到的么？谢谢 |
l********e
发帖数: 415 | 2 PAGE
【在 w******g 的大作中提到】
: ttaccaccactc -> ttaccactc 的deletion用啥方法genotype比较好？
: 1. 已经尝试用mismatch primers做PCR，结果mutant primers放大wt， wt primers放
: 大mutant. Tandem repeat很让人头疼啊。
: 2. 正在考虑用 IDT 的 ZEN Black Hole quenchers做Taqman, 但是不知道quencher碰
: 上tandem repeat会出现啥情况。而且那个quencher好贵。
: 3. 测序就更加贵了，不在考虑中。
: 4. 片段无法酶切，木有位点。
: 请教一下高手们，还有其他快速便宜的方法来做么？还有啥我木有想到的么？谢谢
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x********e
发帖数: 35261 | 3 high resolution melting curve analysis？
把这段序列先p出来，然后比较ttaccaccactc与ttaccactc的melting curve区别。我没
做过，不知道需不需要特殊的仪器。
【在 w******g 的大作中提到】
: ttaccaccactc -> ttaccactc 的deletion用啥方法genotype比较好？
: 1. 已经尝试用mismatch primers做PCR，结果mutant primers放大wt， wt primers放
: 大mutant. Tandem repeat很让人头疼啊。
: 2. 正在考虑用 IDT 的 ZEN Black Hole quenchers做Taqman, 但是不知道quencher碰
: 上tandem repeat会出现啥情况。而且那个quencher好贵。
: 3. 测序就更加贵了，不在考虑中。
: 4. 片段无法酶切，木有位点。
: 请教一下高手们，还有其他快速便宜的方法来做么？还有啥我木有想到的么？谢谢
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i*e
发帖数: 352 | 4 你有多少样本要genotyping？测序不算非常贵，也容易做，省下的时间比东摸西搞折腾
的划算多了。
【在 w******g 的大作中提到】
: ttaccaccactc -> ttaccactc 的deletion用啥方法genotype比较好？
: 1. 已经尝试用mismatch primers做PCR，结果mutant primers放大wt， wt primers放
: 大mutant. Tandem repeat很让人头疼啊。
: 2. 正在考虑用 IDT 的 ZEN Black Hole quenchers做Taqman, 但是不知道quencher碰
: 上tandem repeat会出现啥情况。而且那个quencher好贵。
: 3. 测序就更加贵了，不在考虑中。
: 4. 片段无法酶切，木有位点。
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k****o
发帖数: 991 | 5 你的primer design 3’ end WT vs mutant是不同的么？ polymerase是选用no
proofreading activity的么？
【在 w******g 的大作中提到】
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: 上tandem repeat会出现啥情况。而且那个quencher好贵。
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D***a
发帖数: 516 | 6 pcr产物用annealing后t7 endonuclease切？
比如：能切开的是杂合，不能切开的是WT或homozygous mutant。再把这个不确定的和
已知WT的再次annealing， 切不开的是WT，切开的homozygous mutant。
【在 w******g 的大作中提到】
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w******u
发帖数: 17 | |
m*******u
发帖数: 173 | |
a*******a
发帖数: 4233 | 9 high resolution melting curve
优化一下一个bp都可以查出来。
【在 w******g 的大作中提到】
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: 上tandem repeat会出现啥情况。而且那个quencher好贵。
: 3. 测序就更加贵了，不在考虑中。
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w*******d
发帖数: 396 | 10 wild-type blocking PCR
http://www.nature.com/onc/journal/v24/n45/fig_tab/1208832f1.htm
需要用没有5'–3' exonuclease 活性的酶
【在 w******g 的大作中提到】
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: 1. 已经尝试用mismatch primers做PCR，结果mutant primers放大wt， wt primers放
: 大mutant. Tandem repeat很让人头疼啊。
: 2. 正在考虑用 IDT 的 ZEN Black Hole quenchers做Taqman, 但是不知道quencher碰
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: 3. 测序就更加贵了，不在考虑中。
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s******s
发帖数: 13035 | 11 你要测多少啊，为啥测血太贵？我觉得测序很便宜啊，debug primer才是费时费人费钱
【在 w******g 的大作中提到】
: ttaccaccactc -> ttaccactc 的deletion用啥方法genotype比较好？
: 1. 已经尝试用mismatch primers做PCR，结果mutant primers放大wt， wt primers放
: 大mutant. Tandem repeat很让人头疼啊。
: 2. 正在考虑用 IDT 的 ZEN Black Hole quenchers做Taqman, 但是不知道quencher碰
: 上tandem repeat会出现啥情况。而且那个quencher好贵。
: 3. 测序就更加贵了，不在考虑中。
: 4. 片段无法酶切，木有位点。
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