a***e
发帖数: 1010 | 1 如果想用deep sequencing 检测 copy number variation，20 倍的覆盖度够吗？
谢谢 |
n******7
发帖数: 12463 | |
b****r
发帖数: 17995 | 3 看你可以允许漏掉多少百分比的CNV了
如果想抓到比如90%以上，20x差得远，估计起吗平均的一百以上，而且跟算法很有关系
，这些cnv一般都是重复性比较高的地方，很多algorithm直接就把这些reads给扔了，
算出来的会很不准 |
r**********e
发帖数: 587 | 4 如果是whole-genome sequencing
大概30，40左右我觉得就差不多了
short reads的限制导致很多时候你就算测1000也未必ok
另外全基因测序你测too deep， cost上也很贵吧
【在 a***e 的大作中提到】
: 如果想用deep sequencing 检测 copy number variation，20 倍的覆盖度够吗？
: 谢谢
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r**********e
发帖数: 587 | 5 还有，
如果是deep seq，那么可以做各种各样的structural variation
CNV只是SV的一种而已
【在 a***e 的大作中提到】
: 如果想用deep sequencing 检测 copy number variation，20 倍的覆盖度够吗？
: 谢谢
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s******s
发帖数: 13035 | 6 足够了，我看15-20就行了，能call CNV/SV.
你去CGHub看一下TCGA里面HMS-RK做的low-pass WGS就行了，就是干这个的
【在 a***e 的大作中提到】
: 如果想用deep sequencing 检测 copy number variation，20 倍的覆盖度够吗？
: 谢谢
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s******s
发帖数: 13035 | 7 足够了，我看15就行了，能call CNV/SV， 再低点也没啥问题.
你去CGHub看一下TCGA里面HMS-RK做的low-pass WGS就行了，就是干这个的
【在 a***e 的大作中提到】
: 如果想用deep sequencing 检测 copy number variation，20 倍的覆盖度够吗？
: 谢谢
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s******s
发帖数: 13035 | 8 足够了，我看15就行了，能call CNV/SV， 再低点也没啥问题.
你去CGHub看一下TCGA里面HMS-RK做的low-pass WGS就行了，就是干这个的
【在 a***e 的大作中提到】
: 如果想用deep sequencing 检测 copy number variation，20 倍的覆盖度够吗？
: 谢谢
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