b********w
发帖数: 334 | |
I**********r
发帖数: 72 | |
b********w
发帖数: 334 | 3 是对个人，不是对PI
1个样本起，QC+ GATK best practice |
t**x
发帖数: 20965 | |
b********w
发帖数: 334 | 5 就是给个人测
You own your own data |
t**x
发帖数: 20965 | 6 到哪里买？ Costco有吗？
【在 b********w 的大作中提到】
: 就是给个人测
: You own your own data
|
b********w
发帖数: 334 | |
s******s
发帖数: 13035 | 8 便宜的惊人啊。
75x是average？99% exome最低coverage多少？
【在 b********w 的大作中提到】
: 直接面向个人，有人有兴趣要吗？
|
N****n
发帖数: 294 | 9 需要血液，唾液？还是文库？
：直接面向个人，有人有兴趣要吗？ |
b********w
发帖数: 334 | 10 唾液.
给你发邀请，网上支付，给您寄个唾液提取kit，收集唾液寄回 （限美国）， 几周后
上网上看结果，下载数据。 |
|
|
b********w
发帖数: 334 | 11 75x on target, %coverage >1x > 99%, % coverage > 20x > 90%
【在 s******s 的大作中提到】
: 便宜的惊人啊。
: 75x是average？99% exome最低coverage多少？
|
I**********r
发帖数: 72 | 12 请问已经提取好的DNA可否，肿瘤样本。
【在 b********w 的大作中提到】
: 75x on target, %coverage >1x > 99%, % coverage > 20x > 90%
|
b********w
发帖数: 334 | 13 是对消费者的。现在这个不行。
【在 I**********r 的大作中提到】
: 请问已经提取好的DNA可否，肿瘤样本。
|
I**********r
发帖数: 72 | 14 我的意思是，面对肿瘤患者做肿瘤的exome，看哪里发生了突变。还是面向消费者的，
不是大批量做。
只是DNA来源从唾液变成了肿瘤。
【在 b********w 的大作中提到】
: 是对消费者的。现在这个不行。
|
b********w
发帖数: 334 | 15 站内私信细谈。
【在 I**********r 的大作中提到】
: 我的意思是，面对肿瘤患者做肿瘤的exome，看哪里发生了突变。还是面向消费者的，
: 不是大批量做。
: 只是DNA来源从唾液变成了肿瘤。
|
b********w
发帖数: 334 | 16 Agilent SureSelect V5 50MB chip
75x on target coverage (130-140x raw throughput)
99% Coverage > 1x
90% Coverage > 20x
Did you delete your post?
【在 s******s 的大作中提到】
: 便宜的惊人啊。
: 75x是average？99% exome最低coverage多少？
|
t**x
发帖数: 20965 | |
b********w
发帖数: 334 | 18 刚给你发了。
【在 t**x 的大作中提到】
: 有人收到邀请了吗？
|
b********w
发帖数: 334 | 19 私信 email, 我给发VIP邀请！
【在 b********w 的大作中提到】
: 直接面向个人，有人有兴趣要吗？
|
b********w
发帖数: 334 | 20 第一批样品发往lab！
其中一位来自MITBBS！
【在 b********w 的大作中提到】
: 直接面向个人，有人有兴趣要吗？
|
|
|
b********w
发帖数: 334 | |
b********w
发帖数: 334 | 22 BioIT world Coverage of Genos
http://www.bio-itworld.com/2016/07/06/owning-your-own-data-genos-model.aspx
来买啊！
【在 b********w 的大作中提到】
: 直接面向个人，有人有兴趣要吗？
|
b********w
发帖数: 334 | |
m******c
发帖数: 830 | 24 扯吧,我们做过唾液WES, 99%是细菌序列! |
t**x
发帖数: 20965 | 25 难道不能把细菌剔除出去？
【在 m******c 的大作中提到】
: 扯吧,我们做过唾液WES, 99%是细菌序列!
|
n******7
发帖数: 12463 | 26 这个主要是廉价收集数据吧
23andme的数据都卖了一大笔钱
那还是microarray |
e*******o
发帖数: 4654 | 27 哪家靠谱一些？
我想搞搞自己的数据啊
【在 n******7 的大作中提到】
: 这个主要是廉价收集数据吧
: 23andme的数据都卖了一大笔钱
: 那还是microarray
|
n******7
发帖数: 12463 | 28 你不是还在学校混吗
弄点自己的sample去sequencing core测一下就好了
这些个商业公司我觉得都是居心叵测
【在 e*******o 的大作中提到】
: 哪家靠谱一些？
: 我想搞搞自己的数据啊
|
e*******o
发帖数: 4654 | 29 实验室自己的机器 那些postdoc肯定不愿意给我忙活啊
我看看学校有没有 sequence core
【在 n******7 的大作中提到】
: 你不是还在学校混吗
: 弄点自己的sample去sequencing core测一下就好了
: 这些个商业公司我觉得都是居心叵测
|
t**x
发帖数: 20965 | 30 这到底算靠谱吗?楼主回国了?
Not surprisingly we found a direct correlation (R2=0.8) between the amount
of bacterial DNA in the samples and the proportion of reads that did not map
to the human reference genome (see the chart below). For the blood samples,
which were confirmed via qPCR to contain virtually no bacterial DNA, an
average of 4% of reads did not align to the human reference and this value
was used as a background correction for all samples. For the Oragene/saliva
samples, 5.3% of the total reads, on average, after background correction,
were unmapped. In the “worst case scenario” sample (bacterial content of
40.3%), 9.9% of the reads did not map to the reference. Interestingly, for
all samples, the amount of unmapped reads is lower than the % bacterial DNA
estimated by qPCR |
|
|
l***y
发帖数: 638 | 31 如果做exome enrichment理论上细菌序列都去了大部分应该是on target的human序列 |
b********w
发帖数: 334 | 32 真回国happy去了。
回来骑scooter，把两只胳膊都摔断。:(
有多少reads 不map到genome, 我们不是特别关注。因为所以QC的指标是根据map后的
reads决定的。
这是那篇文献？
map
samples,
saliva
【在 t**x 的大作中提到】
: 这到底算靠谱吗?楼主回国了?
: Not surprisingly we found a direct correlation (R2=0.8) between the amount
: of bacterial DNA in the samples and the proportion of reads that did not map
: to the human reference genome (see the chart below). For the blood samples,
: which were confirmed via qPCR to contain virtually no bacterial DNA, an
: average of 4% of reads did not align to the human reference and this value
: was used as a background correction for all samples. For the Oragene/saliva
: samples, 5.3% of the total reads, on average, after background correction,
: were unmapped. In the “worst case scenario” sample (bacterial content of
: 40.3%), 9.9% of the reads did not map to the reference. Interestingly, for
|
b********w
发帖数: 334 | 33 你觉得23andme卖数据你一分钱都分不到不公平对吧？
你觉得23andme用你的数据做研究，你都不知道，很不爽对吧？
Genos和23andme理念上是不同的
1. Genos主张user拥有数据，用户有权选择每一个他想参与的研究项目。而不是
23andme这种很宽泛的consent
2. Genos主张用户数据被使用（在用户同意的情况下），用户应得到补偿, 23andme是
你回答了几百道题，基因数据被卖给大公司，23andme不会分你一分钱。
3. Genos只是把用户和想要数据的研究者联系到一起，我们自己基本不做研究。这样才
能保持平台的中立，和公平。
【在 n******7 的大作中提到】
: 这个主要是廉价收集数据吧
: 23andme的数据都卖了一大笔钱
: 那还是microarray
|
b********w
发帖数: 334 | 34 我们Genos 很靠谱
$399 CLIA-certified 75x whole exome sequencing
Beta 期间你要原始数据，我们也可以提供。
私信我
【在 e*******o 的大作中提到】
: 哪家靠谱一些？
: 我想搞搞自己的数据啊
|
e*******o
发帖数: 4654 | 35 多谢，我最近有点忙，过一段联系你。
【在 b********w 的大作中提到】
: 我们Genos 很靠谱
: $399 CLIA-certified 75x whole exome sequencing
: Beta 期间你要原始数据，我们也可以提供。
: 私信我
|
b********w
发帖数: 334 | 36 We are working with SNPedia and Promethease to liberate the value of your
data.
https://www.snpedia.com/index.php/Genos_Research
PM me for beta VIP invitation! |
n******7
发帖数: 12463 | 37
钱根本不是重点。user关心的个人隐私，特别是genome这种不仅关系到自
己，还关系到自己的后代的。
你这跟google说 do no evil 一个意思
在商言商，你打你的广告，我做我的提醒
【在 b********w 的大作中提到】
: 你觉得23andme卖数据你一分钱都分不到不公平对吧？
: 你觉得23andme用你的数据做研究，你都不知道，很不爽对吧？
: Genos和23andme理念上是不同的
: 1. Genos主张user拥有数据，用户有权选择每一个他想参与的研究项目。而不是
: 23andme这种很宽泛的consent
: 2. Genos主张用户数据被使用（在用户同意的情况下），用户应得到补偿, 23andme是
: 你回答了几百道题，基因数据被卖给大公司，23andme不会分你一分钱。
: 3. Genos只是把用户和想要数据的研究者联系到一起，我们自己基本不做研究。这样才
: 能保持平台的中立，和公平。
|
t**x
发帖数: 20965 | 38 隐私这种东西我个人觉得就是离间无产阶级的。需要你的任何隐私，有权有势的人都能
轻易得到。
保护你的隐私同时也是把你隔离。现在加州立法细分亚裔都能做到，以后针对一类人的
基因武器一点儿都不奇怪，你如果以为保护隐私就能保护生命那我没话说。相反，我认
为公布隐私反而能保护好自己。 |
b********w
发帖数: 334 | 39 今天开始return data to participants. (V) |
t**x
发帖数: 20965 | 40 原始数据一直可以下载给用户还是
只有测试期才有
: 今天开始return data to participants. (V)
【在 b********w 的大作中提到】
: 今天开始return data to participants. (V)
|
|
|
b********w
发帖数: 334 | 41 VCF什么时候都有
原始数据beta期间你要求就给。正式以后，还没想清楚，可能需要付费. |
t**x
发帖数: 20965 | 42 数据质量应该是非常好，就目前看到的信息。如果以后有别的数据对比，再仔细发表评
论。
原始数据已经下载完成。
服务非常好，没得说。预期的一些东西还是很靠谱的。
强力推荐。
这应该是美国目前最好的了。请问beta多会儿结束？ |
b********w
发帖数: 334 | |
b********w
发帖数: 334 | 44 下个月18-21会去ASHG 2016 Vancouver
欢迎visit our booth 432. |
s*********e
发帖数: 399 | 45 $399 肯定不赚钱。 公司赚钱的途径是什么？ 如果公司挂了，数据去哪里？ 个人隐私
也就无从谈起吧？ |
b********w
发帖数: 334 | 46 1. $399肯定不赚钱，还真不是绝对的。这个取决于量，和negotiation power。这个我
们还都不错。
2. 我们一直倡导You own your genome. 这么比方吧， 你的genome就像一首你写的
歌，你有版权，别人要用你的genome, 就像有节目要用你的歌， 就要付给你版税， 好
声音买一次，付你一次版税，新歌声买一次，还要付你一次版税， 这些项目用你的
genome, 必须有你的同意，否则就不能用。 我们就是你的经纪人，帮你找会用你的
genome的项目。我们收中介费。至于能不能赚钱，这个就见人见智了。这个和其他DTC
背地了卖数据有本质的区别。你是你数据的主人。你对数据的用户始终是匿名的，隐私
得到保护的。每个项目你和另一方都要有专门的知情同意，不是一个卖身契就把数据给
卖了。这个也是对你隐私的保护。
3. 公司挂了，我会不会坚守到最后一天我不知道。但是作为PM，我们是有planB的。更
实际的例子是用户要把数据删除，这个我们是要求书面申请，注销账户，停止对数据的
访问，在过了法律规定数据备份时间(因为我们是CAP lab，所有数据要保留两年）后删
除，生物样品不好留。具体访问www.genosresearch.com
【在 s*********e 的大作中提到】
: $399 肯定不赚钱。 公司赚钱的途径是什么？ 如果公司挂了，数据去哪里？ 个人隐私
: 也就无从谈起吧？
|
s*********e
发帖数: 399 | 47 我在CAP实验室里面呆过。 75x exome, 这个价格太难了。 当然cap也可以违规操作，
因为这个数据不用于诊断，不是完全有必要按CAP的guidline, 这是另外一个概念。
公司要是挂了，你提交书面申请把数据删除，找谁提交呢？ 公司都没了。
本身想法挺新颖。 数据中介赚钱这个事情不知道多靠谱？ 如果背后有雄厚的资本支
持，那就没问题。
DTC
【在 b********w 的大作中提到】
: 1. $399肯定不赚钱，还真不是绝对的。这个取决于量，和negotiation power。这个我
: 们还都不错。
: 2. 我们一直倡导You own your genome. 这么比方吧， 你的genome就像一首你写的
: 歌，你有版权，别人要用你的genome, 就像有节目要用你的歌， 就要付给你版税， 好
: 声音买一次，付你一次版税，新歌声买一次，还要付你一次版税， 这些项目用你的
: genome, 必须有你的同意，否则就不能用。 我们就是你的经纪人，帮你找会用你的
: genome的项目。我们收中介费。至于能不能赚钱，这个就见人见智了。这个和其他DTC
: 背地了卖数据有本质的区别。你是你数据的主人。你对数据的用户始终是匿名的，隐私
: 得到保护的。每个项目你和另一方都要有专门的知情同意，不是一个卖身契就把数据给
: 卖了。这个也是对你隐私的保护。
|
b********w
发帖数: 334 | 48 1. 我们不是theranos, 我们对QC的要求是很苛刻的。用CAP/CLIA的标准要求自己是对
用户负责。但是我们明确说数据不能用于诊断。$399 是很难啊，所以只有我们offer这
个价格啊。
2. 公司离挂还很远呢 我们是venture backed company。我的例子是正常运营下例子。
这个对用户更实际些。
3. 中介赚钱我们也在实验，lean startup不行就pivot
你买一个不？
【在 s*********e 的大作中提到】
: 我在CAP实验室里面呆过。 75x exome, 这个价格太难了。 当然cap也可以违规操作，
: 因为这个数据不用于诊断，不是完全有必要按CAP的guidline, 这是另外一个概念。
: 公司要是挂了，你提交书面申请把数据删除，找谁提交呢？ 公司都没了。
: 本身想法挺新颖。 数据中介赚钱这个事情不知道多靠谱？ 如果背后有雄厚的资本支
: 持，那就没问题。
:
: DTC
|
t**x
发帖数: 20965 | 49 啥叫cap也可以违规操作? 你肯定说的不是这个： 就我听说的有美国大型医院偷偷拿病
人的血液出去做实验没有告诉家属，没有任何记录偷偷干。
难道还有比这个更离谱的？
【在 s*********e 的大作中提到】
: 我在CAP实验室里面呆过。 75x exome, 这个价格太难了。 当然cap也可以违规操作，
: 因为这个数据不用于诊断，不是完全有必要按CAP的guidline, 这是另外一个概念。
: 公司要是挂了，你提交书面申请把数据删除，找谁提交呢？ 公司都没了。
: 本身想法挺新颖。 数据中介赚钱这个事情不知道多靠谱？ 如果背后有雄厚的资本支
: 持，那就没问题。
:
: DTC
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s*********e
发帖数: 399 | 50 违规这个词我用的不好。 抱歉。
一个在CAP实验室里运行的实验，可以不是临床样品，不比遵守CAP相关规定。 CAP实验
室也可以做一般的研究型项目。
如果完全按照CAP规定来做，一个clinical exome ， 按基本报价而言，angilent 的外
显子是300美元左右；我见过的折扣可以打到160美元，最便宜的我听说过的可以到75美
元plus tax. 通常用miseq,护着hiseq2500 fast run 测序。 75x是7.5gb 数据， 大家
可以自己算成本。 399如何能搞定？ 这还没有算过仪器设备折旧，人工，房租水电。
有人有疑问，为什么不用hiseq3000/4000？ clinical exome ， 因为用于临床，通常
要求快速。 3000/4000通量过大，通常的clinical exome如果使用3000/4000, 用时过
长（需要凑样，如不凑样，单个flow cell 的成本过高，即便凑样一个run也是3天时间
）， 一般的clinical exome, 在我认知以内使用miseq居多， hiseq2500快速在大型医
院也有。
最后一个问题，是否可以样品多用3000/4000, 样品少用2500或者miseq ? 答案也是不
行的。按规定，全套仪器必须固定。 clinical exome, 如果定在miseq上（按上报cap
记录为准），虽然实验室拥有其他仪器，但是如果在其他仪器上运行，均不能称为
clinical exome.
所以按宣传语，我的判断是实验在一个CAP certified的实验室中运行，但是不是
clinical exome这个级别的产品。 我纯粹是凭经验猜测，可能会错。
【在 t**x 的大作中提到】
: 啥叫cap也可以违规操作? 你肯定说的不是这个： 就我听说的有美国大型医院偷偷拿病
: 人的血液出去做实验没有告诉家属，没有任何记录偷偷干。
: 难道还有比这个更离谱的？
|
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b********w
发帖数: 334 | 51 我们的sequencing是外包的，成本，折旧和我们没有直接关系，但是我们对质控有很强
的要求。我们的supplier是CLIA Lab, 所有的sequencing, sample prep的流程都要按
照CLIA的流程走，所有的步骤都要有paper trail。除了deliver 数据，还有他们lab
director的签名的tech report. 我们不是临床样品，结果不能用于临床，但是我们对
样品处理的要求是和临床样品是一致的。
我们的supplier其实很愿意和我们合作，我们的样品多，而且处理完全相同， 时间要
求也不是很紧，成本可以做的很低的
75x是我们的最低要求，是指after mapping, filtering，removing duplicates的有效
reads, 原始数据一般要>130x, 而且我们对uniformity也有要求，和75x必须同时达到
。 我们接收到的数据目前最低97x, average 120x，好到我们都很吃惊。
其实business model, 测序成本啥的对消费者来说没啥关系. 数据质量高，质控要求严
格，对数据不要求所有权(You own your genome!)，还便宜，这么好的deal千万别错过
【在 s*********e 的大作中提到】
: 违规这个词我用的不好。 抱歉。
: 一个在CAP实验室里运行的实验，可以不是临床样品，不比遵守CAP相关规定。 CAP实验
: 室也可以做一般的研究型项目。
: 如果完全按照CAP规定来做，一个clinical exome ， 按基本报价而言，angilent 的外
: 显子是300美元左右；我见过的折扣可以打到160美元，最便宜的我听说过的可以到75美
: 元plus tax. 通常用miseq,护着hiseq2500 fast run 测序。 75x是7.5gb 数据， 大家
: 可以自己算成本。 399如何能搞定？ 这还没有算过仪器设备折旧，人工，房租水电。
: 有人有疑问，为什么不用hiseq3000/4000？ clinical exome ， 因为用于临床，通常
: 要求快速。 3000/4000通量过大，通常的clinical exome如果使用3000/4000, 用时过
: 长（需要凑样，如不凑样，单个flow cell 的成本过高，即便凑样一个run也是3天时间
|
m******c
发帖数: 830 | 52 Sounds interesting. Do you offer bam file, other than GATK best practice? |
b********w
发帖数: 334 | 53 PM your email. I will send you a VIP invitation.
【在 m******c 的大作中提到】
: Sounds interesting. Do you offer bam file, other than GATK best practice?
|
b********w
发帖数: 334 | 54 Beta 期间，你要求bam文件，我们会提供的。版上已经至少有三位得到原始数据了。
【在 m******c 的大作中提到】
: Sounds interesting. Do you offer bam file, other than GATK best practice?
|
b********w
发帖数: 334 | 55 下周有去ASHG的吗？
来Genos的booth 432. 每天下午3：30PM有抽奖， free personal exome sequencing。
而且ASHG有一个特别的discount. 走过路过不要错过
【在 b********w 的大作中提到】
: Beta 期间，你要求bam文件，我们会提供的。版上已经至少有三位得到原始数据了。
|
b********w
发帖数: 334 | 56 ASHG special pricing is available ONLY for this week!
$375
PM me for the link to get the discount. |
b********w
发帖数: 334 | 57 最新TechCrunch的报道
Genetics startup Genos wants to pay you for your DNA data
https://techcrunch.com/2016/11/01/genetics-startup-genos-wants-to-pay-you-
for-your-dna-data/
【在 b********w 的大作中提到】
: ASHG special pricing is available ONLY for this week!
: $375
: PM me for the link to get the discount.
|
b********w
发帖数: 334 | 58 直接面向个人
Tech Details:
- FDA approved Saliva collection kit.
- Agilent SureSelect V5 50MB chip
- 75x on target coverage (after mapping, filtering, and duplicate removal,
130-140x raw throughput)
- 99% Coverage > 1x
- 90% Coverage > 20x
- CLIA certified Illumina sequencing.
Deliverable
- Ownership of your genome
- VCF file (Beta 期间你要原始数据 BAM，我们也可以提供。)
- CLINVAR, CGD summary about your variants
- Traits
- Beta 期间你要原始数据，我们也可以提供。
Public exposure
Genomeweb:
https://www.genomeweb.com/molecular-diagnostics/consumer-genomics-startup-
genos-research-plans-let-customers-explore-share
BioIT world Coverage of Genos
http://www.bio-itworld.com/2016/07/06/owning-your-own-data-genos-model.aspx
Frontline Genomics.
A Collaborative Effort: Meet the Company Empowering Personal Sequencing
http://www.frontlinegenomics.com/interview/6716/collaborative-effort-meet-company-empowering-personal-sequencing/
TechCrunch：
Genetics startup Genos wants to pay you for your DNA data
https://techcrunch.com/2016/11/01/genetics-startup-genos-wants-to-pay-you-
for-your-dna-data/
你觉得23andme卖数据你一分钱都分不到不公平对吧？
你觉得23andme用你的数据做研究，你都不知道，很不爽对吧？
Genos和23andme理念上是不同的
1. Genos主张user拥有数据，用户有权选择每一个他想参与的研究项目。而不是
23andme这种很宽泛的consent
2. Genos主张用户数据被使用（在用户同意的情况下），用户应得到补偿, 23andme是
你回答了几百道题，基因数据被卖给大公司，23andme不会分你一分钱。
3. Genos只是把用户和想要数据的研究者联系到一起，我们自己基本不做研究。这样才
能保持平台的中立，和公平。
1. $399肯定不赚钱，还真不是绝对的。这个取决于量，和negotiation power。这个我
们还都不错。
2. 我们一直倡导You own your genome. 这么比方吧， 你的genome就像一首你写的
歌，你有版权，别人要用你的genome, 就像有节目要用你的歌， 就要付给你版税， 好
声音买一次，付你一次版税，新歌声买一次，还要付你一次版税， 这些项目用你的
genome, 必须有你的同意，否则就不能用。 我们就是你的经纪人，帮你找会用你的
genome的项目。我们收中介费。至于能不能赚钱，这个就见人见智了。这个和其他DTC
背地了卖数据有本质的区别。你是你数据的主人。你对数据的用户始终是匿名的，隐私
得到保护的。每个项目你和另一方都要有专门的知情同意，不是一个卖身契就把数据给
卖了。这个也是对你隐私的保护。
3. 公司挂了，我会不会坚守到最后一天我不知道。但是作为PM，我们是有planB的。更
实际的例子是用户要把数据删除，这个我们是要求书面申请，注销账户，停止对数据的
访问，在过了法律规定数据备份时间(因为我们是CAP lab，所有数据要保留两年）后删
除，生物样品不好留。具体访问www.genosresearch.com
我们的sequencing是外包的，成本，折旧和我们没有直接关系，但是我们对质控有很强
的要求。我们的supplier是CLIA Lab, 所有的sequencing, sample prep的流程都要按
照CLIA的流程走，所有的步骤都要有paper trail。除了deliver 数据，还有他们lab
director的签名的tech report. 我们不是临床样品，结果不能用于临床，但是我们对
样品处理的要求是和临床样品是一致的。
我们的supplier其实很愿意和我们合作，我们的样品多，而且处理完全相同， 时间要
求也不是很紧，成本可以做的很低的
75x是我们的最低要求，是指after mapping, filtering，removing duplicates的有效
reads, 原始数据一般要>130x, 而且我们对uniformity也有要求，和75x必须同时达到
。 我们接收到的数据目前最低97x, average 120x，好到我们都很吃惊。
其实business model, 测序成本啥的对消费者来说没啥关系. 数据质量高，质控要求严
格，对数据不要求所有权(You own your genome!)，还便宜，这么好的deal千万别错过 |
I**********r
发帖数: 72 | |
b********w
发帖数: 334 | 60 是对个人，不是对PI
1个样本起，QC+ GATK best practice |
|
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b********w
发帖数: 334 | 61 就是给个人测
You own your own data |
t**x
发帖数: 20965 | 62 到哪里买？ Costco有吗？
【在 b********w 的大作中提到】
: 就是给个人测
: You own your own data
|
b********w
发帖数: 334 | |
s******s
发帖数: 13035 | 64 便宜的惊人啊。
75x是average？99% exome最低coverage多少？
【在 b********w 的大作中提到】
: 直接面向个人，有人有兴趣要吗？
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N****n
发帖数: 294 | 65 需要血液，唾液？还是文库？
：直接面向个人，有人有兴趣要吗？ |
b********w
发帖数: 334 | 66 唾液.
给你发邀请，网上支付，给您寄个唾液提取kit，收集唾液寄回 （限美国）， 几周后
上网上看结果，下载数据。 |
b********w
发帖数: 334 | 67 75x on target, %coverage >1x > 99%, % coverage > 20x > 90%
【在 s******s 的大作中提到】
: 便宜的惊人啊。
: 75x是average？99% exome最低coverage多少？
|
I**********r
发帖数: 72 | 68 请问已经提取好的DNA可否，肿瘤样本。
【在 b********w 的大作中提到】
: 75x on target, %coverage >1x > 99%, % coverage > 20x > 90%
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b********w
发帖数: 334 | 69 是对消费者的。现在这个不行。
【在 I**********r 的大作中提到】
: 请问已经提取好的DNA可否，肿瘤样本。
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I**********r
发帖数: 72 | 70 我的意思是，面对肿瘤患者做肿瘤的exome，看哪里发生了突变。还是面向消费者的，
不是大批量做。
只是DNA来源从唾液变成了肿瘤。
【在 b********w 的大作中提到】
: 是对消费者的。现在这个不行。
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b********w
发帖数: 334 | 71 站内私信细谈。
【在 I**********r 的大作中提到】
: 我的意思是，面对肿瘤患者做肿瘤的exome，看哪里发生了突变。还是面向消费者的，
: 不是大批量做。
: 只是DNA来源从唾液变成了肿瘤。
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b********w
发帖数: 334 | 72 Agilent SureSelect V5 50MB chip
75x on target coverage (130-140x raw throughput)
99% Coverage > 1x
90% Coverage > 20x
Did you delete your post?
【在 s******s 的大作中提到】
: 便宜的惊人啊。
: 75x是average？99% exome最低coverage多少？
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b********w
发帖数: 334 | 73 刚给你发了。
【在 t**x 的大作中提到】
: 有人收到邀请了吗？
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b********w
发帖数: 334 | 74 私信 email, 我给发VIP邀请！
【在 b********w 的大作中提到】
: 直接面向个人，有人有兴趣要吗？
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b********w
发帖数: 334 | 75 第一批样品发往lab！
其中一位来自MITBBS！
【在 b********w 的大作中提到】
: 直接面向个人，有人有兴趣要吗？
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b********w
发帖数: 334 | |
b********w
发帖数: 334 | 77 BioIT world Coverage of Genos
http://www.bio-itworld.com/2016/07/06/owning-your-own-data-genos-model.aspx
来买啊！
【在 b********w 的大作中提到】
: 直接面向个人，有人有兴趣要吗？
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b********w
发帖数: 334 | |
m******c
发帖数: 830 | 79 扯吧,我们做过唾液WES, 99%是细菌序列! |
n******7
发帖数: 12463 | 80 这个主要是廉价收集数据吧
23andme的数据都卖了一大笔钱
那还是microarray |
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e*******o
发帖数: 4654 | 81 哪家靠谱一些？
我想搞搞自己的数据啊
【在 n******7 的大作中提到】
: 这个主要是廉价收集数据吧
: 23andme的数据都卖了一大笔钱
: 那还是microarray
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n******7
发帖数: 12463 | 82 你不是还在学校混吗
弄点自己的sample去sequencing core测一下就好了
这些个商业公司我觉得都是居心叵测
【在 e*******o 的大作中提到】
: 哪家靠谱一些？
: 我想搞搞自己的数据啊
|
e*******o
发帖数: 4654 | 83 实验室自己的机器 那些postdoc肯定不愿意给我忙活啊
我看看学校有没有 sequence core
【在 n******7 的大作中提到】
: 你不是还在学校混吗
: 弄点自己的sample去sequencing core测一下就好了
: 这些个商业公司我觉得都是居心叵测
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t**x
发帖数: 20965 | 84 这到底算靠谱吗?楼主回国了?
Not surprisingly we found a direct correlation (R2=0.8) between the amount
of bacterial DNA in the samples and the proportion of reads that did not map
to the human reference genome (see the chart below). For the blood samples,
which were confirmed via qPCR to contain virtually no bacterial DNA, an
average of 4% of reads did not align to the human reference and this value
was used as a background correction for all samples. For the Oragene/saliva
samples, 5.3% of the total reads, on average, after background correction,
were unmapped. In the “worst case scenario” sample (bacterial content of
40.3%), 9.9% of the reads did not map to the reference. Interestingly, for
all samples, the amount of unmapped reads is lower than the % bacterial DNA
estimated by qPCR |
l***y
发帖数: 638 | 85 如果做exome enrichment理论上细菌序列都去了大部分应该是on target的human序列 |
b********w
发帖数: 334 | 86 真回国happy去了。
回来骑scooter，把两只胳膊都摔断。:(
有多少reads 不map到genome, 我们不是特别关注。因为所以QC的指标是根据map后的
reads决定的。
这是那篇文献？
map
samples,
saliva
【在 t**x 的大作中提到】
: 这到底算靠谱吗?楼主回国了?
: Not surprisingly we found a direct correlation (R2=0.8) between the amount
: of bacterial DNA in the samples and the proportion of reads that did not map
: to the human reference genome (see the chart below). For the blood samples,
: which were confirmed via qPCR to contain virtually no bacterial DNA, an
: average of 4% of reads did not align to the human reference and this value
: was used as a background correction for all samples. For the Oragene/saliva
: samples, 5.3% of the total reads, on average, after background correction,
: were unmapped. In the “worst case scenario” sample (bacterial content of
: 40.3%), 9.9% of the reads did not map to the reference. Interestingly, for
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b********w
发帖数: 334 | 87 你觉得23andme卖数据你一分钱都分不到不公平对吧？
你觉得23andme用你的数据做研究，你都不知道，很不爽对吧？
Genos和23andme理念上是不同的
1. Genos主张user拥有数据，用户有权选择每一个他想参与的研究项目。而不是
23andme这种很宽泛的consent
2. Genos主张用户数据被使用（在用户同意的情况下），用户应得到补偿, 23andme是
你回答了几百道题，基因数据被卖给大公司，23andme不会分你一分钱。
3. Genos只是把用户和想要数据的研究者联系到一起，我们自己基本不做研究。这样才
能保持平台的中立，和公平。
【在 n******7 的大作中提到】
: 这个主要是廉价收集数据吧
: 23andme的数据都卖了一大笔钱
: 那还是microarray
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b********w
发帖数: 334 | 88 我们Genos 很靠谱
$399 CLIA-certified 75x whole exome sequencing
Beta 期间你要原始数据，我们也可以提供。
私信我
【在 e*******o 的大作中提到】
: 哪家靠谱一些？
: 我想搞搞自己的数据啊
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e*******o
发帖数: 4654 | 89 多谢，我最近有点忙，过一段联系你。
【在 b********w 的大作中提到】
: 我们Genos 很靠谱
: $399 CLIA-certified 75x whole exome sequencing
: Beta 期间你要原始数据，我们也可以提供。
: 私信我
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b********w
发帖数: 334 | 90 We are working with SNPedia and Promethease to liberate the value of your
data.
https://www.snpedia.com/index.php/Genos_Research
PM me for beta VIP invitation! |
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n******7
发帖数: 12463 | 91
钱根本不是重点。user关心的个人隐私，特别是genome这种不仅关系到自
己，还关系到自己的后代的。
你这跟google说 do no evil 一个意思
在商言商，你打你的广告，我做我的提醒
【在 b********w 的大作中提到】
: 你觉得23andme卖数据你一分钱都分不到不公平对吧？
: 你觉得23andme用你的数据做研究，你都不知道，很不爽对吧？
: Genos和23andme理念上是不同的
: 1. Genos主张user拥有数据，用户有权选择每一个他想参与的研究项目。而不是
: 23andme这种很宽泛的consent
: 2. Genos主张用户数据被使用（在用户同意的情况下），用户应得到补偿, 23andme是
: 你回答了几百道题，基因数据被卖给大公司，23andme不会分你一分钱。
: 3. Genos只是把用户和想要数据的研究者联系到一起，我们自己基本不做研究。这样才
: 能保持平台的中立，和公平。
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b********w
发帖数: 334 | 92 今天开始return data to participants. (V) |
b********w
发帖数: 334 | 93 VCF什么时候都有
原始数据beta期间你要求就给。正式以后，还没想清楚，可能需要付费. |
t**x
发帖数: 20965 | 94 数据质量应该是非常好，就目前看到的信息。如果以后有别的数据对比，再仔细发表评
论。
原始数据已经下载完成。
服务非常好，没得说。预期的一些东西还是很靠谱的。
强力推荐。
这应该是美国目前最好的了。请问beta多会儿结束？ |
b********w
发帖数: 334 | |
b********w
发帖数: 334 | 96 下个月18-21会去ASHG 2016 Vancouver
欢迎visit our booth 432. |
s*********e
发帖数: 399 | 97 $399 肯定不赚钱。 公司赚钱的途径是什么？ 如果公司挂了，数据去哪里？ 个人隐私
也就无从谈起吧？ |
b********w
发帖数: 334 | 98 1. $399肯定不赚钱，还真不是绝对的。这个取决于量，和negotiation power。这个我
们还都不错。
2. 我们一直倡导You own your genome. 这么比方吧， 你的genome就像一首你写的
歌，你有版权，别人要用你的genome, 就像有节目要用你的歌， 就要付给你版税， 好
声音买一次，付你一次版税，新歌声买一次，还要付你一次版税， 这些项目用你的
genome, 必须有你的同意，否则就不能用。 我们就是你的经纪人，帮你找会用你的
genome的项目。我们收中介费。至于能不能赚钱，这个就见人见智了。这个和其他DTC
背地了卖数据有本质的区别。你是你数据的主人。你对数据的用户始终是匿名的，隐私
得到保护的。每个项目你和另一方都要有专门的知情同意，不是一个卖身契就把数据给
卖了。这个也是对你隐私的保护。
3. 公司挂了，我会不会坚守到最后一天我不知道。但是作为PM，我们是有planB的。更
实际的例子是用户要把数据删除，这个我们是要求书面申请，注销账户，停止对数据的
访问，在过了法律规定数据备份时间(因为我们是CAP lab，所有数据要保留两年）后删
除，生物样品不好留。具体访问www.genosresearch.com
【在 s*********e 的大作中提到】
: $399 肯定不赚钱。 公司赚钱的途径是什么？ 如果公司挂了，数据去哪里？ 个人隐私
: 也就无从谈起吧？
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s*********e
发帖数: 399 | 99 我在CAP实验室里面呆过。 75x exome, 这个价格太难了。 当然cap也可以违规操作，
因为这个数据不用于诊断，不是完全有必要按CAP的guidline, 这是另外一个概念。
公司要是挂了，你提交书面申请把数据删除，找谁提交呢？ 公司都没了。
本身想法挺新颖。 数据中介赚钱这个事情不知道多靠谱？ 如果背后有雄厚的资本支
持，那就没问题。
DTC
【在 b********w 的大作中提到】
: 1. $399肯定不赚钱，还真不是绝对的。这个取决于量，和negotiation power。这个我
: 们还都不错。
: 2. 我们一直倡导You own your genome. 这么比方吧， 你的genome就像一首你写的
: 歌，你有版权，别人要用你的genome, 就像有节目要用你的歌， 就要付给你版税， 好
: 声音买一次，付你一次版税，新歌声买一次，还要付你一次版税， 这些项目用你的
: genome, 必须有你的同意，否则就不能用。 我们就是你的经纪人，帮你找会用你的
: genome的项目。我们收中介费。至于能不能赚钱，这个就见人见智了。这个和其他DTC
: 背地了卖数据有本质的区别。你是你数据的主人。你对数据的用户始终是匿名的，隐私
: 得到保护的。每个项目你和另一方都要有专门的知情同意，不是一个卖身契就把数据给
: 卖了。这个也是对你隐私的保护。
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b********w
发帖数: 334 | 100 1. 我们不是theranos, 我们对QC的要求是很苛刻的。用CAP/CLIA的标准要求自己是对
用户负责。但是我们明确说数据不能用于诊断。$399 是很难啊，所以只有我们offer这
个价格啊。
2. 公司离挂还很远呢 我们是venture backed company。我的例子是正常运营下例子。
这个对用户更实际些。
3. 中介赚钱我们也在实验，lean startup不行就pivot
你买一个不？
【在 s*********e 的大作中提到】
: 我在CAP实验室里面呆过。 75x exome, 这个价格太难了。 当然cap也可以违规操作，
: 因为这个数据不用于诊断，不是完全有必要按CAP的guidline, 这是另外一个概念。
: 公司要是挂了，你提交书面申请把数据删除，找谁提交呢？ 公司都没了。
: 本身想法挺新颖。 数据中介赚钱这个事情不知道多靠谱？ 如果背后有雄厚的资本支
: 持，那就没问题。
:
: DTC
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s*********e
发帖数: 399 | 101 违规这个词我用的不好。 抱歉。
一个在CAP实验室里运行的实验，可以不是临床样品，不比遵守CAP相关规定。 CAP实验
室也可以做一般的研究型项目。
如果完全按照CAP规定来做，一个clinical exome ， 按基本报价而言，angilent 的外
显子是300美元左右；我见过的折扣可以打到160美元，最便宜的我听说过的可以到75美
元plus tax. 通常用miseq,护着hiseq2500 fast run 测序。 75x是7.5gb 数据， 大家
可以自己算成本。 399如何能搞定？ 这还没有算过仪器设备折旧，人工，房租水电。
有人有疑问，为什么不用hiseq3000/4000？ clinical exome ， 因为用于临床，通常
要求快速。 3000/4000通量过大，通常的clinical exome如果使用3000/4000, 用时过
长（需要凑样，如不凑样，单个flow cell 的成本过高，即便凑样一个run也是3天时间
）， 一般的clinical exome, 在我认知以内使用miseq居多， hiseq2500快速在大型医
院也有。
最后一个问题，是否可以样品多用3000/4000, 样品少用2500或者miseq ? 答案也是不
行的。按规定，全套仪器必须固定。 clinical exome, 如果定在miseq上（按上报cap
记录为准），虽然实验室拥有其他仪器，但是如果在其他仪器上运行，均不能称为
clinical exome.
所以按宣传语，我的判断是实验在一个CAP certified的实验室中运行，但是不是
clinical exome这个级别的产品。 我纯粹是凭经验猜测，可能会错。
【在 t**x 的大作中提到】
: 啥叫cap也可以违规操作? 你肯定说的不是这个： 就我听说的有美国大型医院偷偷拿病
: 人的血液出去做实验没有告诉家属，没有任何记录偷偷干。
: 难道还有比这个更离谱的？
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b********w
发帖数: 334 | 102 我们的sequencing是外包的，成本，折旧和我们没有直接关系，但是我们对质控有很强
的要求。我们的supplier是CLIA Lab, 所有的sequencing, sample prep的流程都要按
照CLIA的流程走，所有的步骤都要有paper trail。除了deliver 数据，还有他们lab
director的签名的tech report. 我们不是临床样品，结果不能用于临床，但是我们对
样品处理的要求是和临床样品是一致的。
我们的supplier其实很愿意和我们合作，我们的样品多，而且处理完全相同， 时间要
求也不是很紧，成本可以做的很低的
75x是我们的最低要求，是指after mapping, filtering，removing duplicates的有效
reads, 原始数据一般要>130x, 而且我们对uniformity也有要求，和75x必须同时达到
。 我们接收到的数据目前最低97x, average 120x，好到我们都很吃惊。
其实business model, 测序成本啥的对消费者来说没啥关系. 数据质量高，质控要求严
格，对数据不要求所有权(You own your genome!)，还便宜，这么好的deal千万别错过
【在 s*********e 的大作中提到】
: 违规这个词我用的不好。 抱歉。
: 一个在CAP实验室里运行的实验，可以不是临床样品，不比遵守CAP相关规定。 CAP实验
: 室也可以做一般的研究型项目。
: 如果完全按照CAP规定来做，一个clinical exome ， 按基本报价而言，angilent 的外
: 显子是300美元左右；我见过的折扣可以打到160美元，最便宜的我听说过的可以到75美
: 元plus tax. 通常用miseq,护着hiseq2500 fast run 测序。 75x是7.5gb 数据， 大家
: 可以自己算成本。 399如何能搞定？ 这还没有算过仪器设备折旧，人工，房租水电。
: 有人有疑问，为什么不用hiseq3000/4000？ clinical exome ， 因为用于临床，通常
: 要求快速。 3000/4000通量过大，通常的clinical exome如果使用3000/4000, 用时过
: 长（需要凑样，如不凑样，单个flow cell 的成本过高，即便凑样一个run也是3天时间
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m******c
发帖数: 830 | 103 Sounds interesting. Do you offer bam file, other than GATK best practice? |
b********w
发帖数: 334 | 104 PM your email. I will send you a VIP invitation.
【在 m******c 的大作中提到】
: Sounds interesting. Do you offer bam file, other than GATK best practice?
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b********w
发帖数: 334 | 105 Beta 期间，你要求bam文件，我们会提供的。版上已经至少有三位得到原始数据了。
【在 m******c 的大作中提到】
: Sounds interesting. Do you offer bam file, other than GATK best practice?
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b********w
发帖数: 334 | 106 下周有去ASHG的吗？
来Genos的booth 432. 每天下午3：30PM有抽奖， free personal exome sequencing。
而且ASHG有一个特别的discount. 走过路过不要错过
【在 b********w 的大作中提到】
: 直接面向个人
: Tech Details:
: - FDA approved Saliva collection kit.
: - Agilent SureSelect V5 50MB chip
: - 75x on target coverage (after mapping, filtering, and duplicate removal,
: 130-140x raw throughput)
: - 99% Coverage > 1x
: - 90% Coverage > 20x
: - CLIA certified Illumina sequencing.
: Deliverable
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b********w
发帖数: 334 | 107 ASHG special pricing is available ONLY for this week!
$375
PM me for the link to get the discount. |
b********w
发帖数: 334 | 108 最新TechCrunch的报道
Genetics startup Genos wants to pay you for your DNA data
https://techcrunch.com/2016/11/01/genetics-startup-genos-wants-to-pay-you-
for-your-dna-data/
【在 b********w 的大作中提到】
: 直接面向个人
: Tech Details:
: - FDA approved Saliva collection kit.
: - Agilent SureSelect V5 50MB chip
: - 75x on target coverage (after mapping, filtering, and duplicate removal,
: 130-140x raw throughput)
: - 99% Coverage > 1x
: - 90% Coverage > 20x
: - CLIA certified Illumina sequencing.
: Deliverable
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b********w
发帖数: 334 | 109 已经收到数据的朋友，
go to "Setting" > "Data Download"
你可以下载Promethease export genotype文件。去Promethease做个report ($5)
Disclaimer:
1. 我们是测试第三方的数据交换，genotype只包括Promethease 可以解读的位点，大
概42000个吧。
2. 我们和Promethease的数据库版本不一样，他们家的版本好像比我们新(我们也会更
新），
所以结果可能有不同。Read their tutorial especially Step 8, 9.
3. 我们不endose Promethease. 大家都自己做决定
【在 b********w 的大作中提到】
: 最新TechCrunch的报道
: Genetics startup Genos wants to pay you for your DNA data
: https://techcrunch.com/2016/11/01/genetics-startup-genos-wants-to-pay-you-
: for-your-dna-data/
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t**x
发帖数: 20965 | 110 BAM文件应该对beta用户继续提供吧。
刚刚请求了数据, 信发到support了。请楼主能不能回答我的邮件？
【在 b********w 的大作中提到】
: 已经收到数据的朋友，
: go to "Setting" > "Data Download"
: 你可以下载Promethease export genotype文件。去Promethease做个report ($5)
: Disclaimer:
: 1. 我们是测试第三方的数据交换，genotype只包括Promethease 可以解读的位点，大
: 概42000个吧。
: 2. 我们和Promethease的数据库版本不一样，他们家的版本好像比我们新(我们也会更
: 新），
: 所以结果可能有不同。Read their tutorial especially Step 8, 9.
: 3. 我们不endose Promethease. 大家都自己做决定
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b********w
发帖数: 334 | 111 Bam会继续给beta user提供。
9月7号，已经回您的request了。没有下载吗？
还是其他账户？
【在 t**x 的大作中提到】
: BAM文件应该对beta用户继续提供吧。
: 刚刚请求了数据, 信发到support了。请楼主能不能回答我的邮件？
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t**x
发帖数: 20965 | 112 嗯，还有其他账户。三个。大概前天request的。
【在 b********w 的大作中提到】
: Bam会继续给beta user提供。
: 9月7号，已经回您的request了。没有下载吗？
: 还是其他账户？
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b********w
发帖数: 334 | 113 available now
: 嗯，还有其他账户。三个。大概前天request的。
【在 t**x 的大作中提到】
: 嗯，还有其他账户。三个。大概前天request的。
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b********w
发帖数: 334 | 114 $374 个人基因组测序（外显子）黑五 special
www.genosresearch.com/genos.html#account/order?cid=team-xx-mit-hp&pid=bf2016
主贴
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32020227.html
【在 b********w 的大作中提到】
: 直接面向个人
: Tech Details:
: - FDA approved Saliva collection kit.
: - Agilent SureSelect V5 50MB chip
: - 75x on target coverage (after mapping, filtering, and duplicate removal,
: 130-140x raw throughput)
: - 99% Coverage > 1x
: - 90% Coverage > 20x
: - CLIA certified Illumina sequencing.
: Deliverable
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b********w
发帖数: 334 | 115 Thanksgiving 过后。。。
bf2016
【在 b********w 的大作中提到】
: $374 个人基因组测序（外显子）黑五 special
: www.genosresearch.com/genos.html#account/order?cid=team-xx-mit-hp&pid=bf2016
: 主贴
: http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/32020227.html
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