k**h
发帖数: 35 | |
F****8
发帖数: 289 | |
c********6
发帖数: 693 | 3 之前那个叫Debo的印度研究人员刚刚做出一点假阳性的结果的时候，就被大家用来吹嘘
什么重复出来了，还不是脸打得啪啪响 |
r*****t
发帖数: 4793 | |
F*********e
发帖数: 3580 | 5 印度人不靠谱，再说，印度人好像也只是重复出fig3，
这个好像是最终结果吧
【在 c********6 的大作中提到】
: 之前那个叫Debo的印度研究人员刚刚做出一点假阳性的结果的时候，就被大家用来吹嘘
: 什么重复出来了，还不是脸打得啪啪响
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l*****7
发帖数: 8463 | 6 根据的tweets，Gaetan Burgio很激动。
哪位大湿看了Gaetan Burgio的全部已得的结果？ 评评？
【在 k**h 的大作中提到】
: https://twitter.com/GaetanBurgio/status/753942181442879488
: 只是还没有测序出来。
|
S**********e
发帖数: 620 | |
F****8
发帖数: 289 | 8 Google讨论中，一位叫Mike的回应。
https://groups.google.com/forum/#!topic/crispr/V1FALNbspCo
This looks sketchy.
In the discussion following this tweet @GaetanBurgio claims that this is a
PCR result (not a T7E1 assay). The significantly smaller bands in sample
lanes(1-7) was deletion bands caused by NgAgo. And yet on his control lane (
Lane 8 according to him) there's also smaller bands.
He didn't do T7E1 assay because (from what I gathered in the tweets and
sorry if I got it wrong) the effects of NgAgo is so significant he's seeing
large deletions caused by a single guide in lane 1-7, so he wouldn't need a
T7E1 assay.
Well looking at lane 8 and without T7E1 assay or sequencing data I would
just chalk the smaller bands up as non-specific amplification from PCR. |
F****8
发帖数: 289 | 9 一位叫Aaron Zhang 的回应
I don't understand his post at all. I annotated the band based on his post.
If lane 9 is H2O, does that mean the big fat band is non-specific and we
should not look at it at all?
Lane 8 is WT (I assume), it has two bands. Which is the expected band?
All lanes except lane 8 have a band at the bottom. But H2O lane also has a
similar band at that position.
I think more information is needed. |
j******i
发帖数: 939 | 10 应该是PCR杂带吧 这小子怎么不做个t7EI在下结论呢 |
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F****8
发帖数: 289 | |
F****8
发帖数: 289 | 12 Mike 又说了 （Hi, Mike, 如果你介意， 我会停止copy你在google讨论的帖子到这里）
I realised @GaetanBurgio probably means Lane9 was WT and Lane 10 was H2O. If
that's the case, top bands are expected PCR products and bottom bands are
dimerised primers. This makes more sense.
And I still think it's too soon to say the smaller bands are deletions from
NgAgo without T7E1 or sequencing. |
F****8
发帖数: 289 | 13 GaetanBurgio 在tweeter 里证实了Mike的说法，lane 9 is WT and lane 10 is water
。 |
c********6
发帖数: 693 | 14 这种实验室做出来的data都可靠吗，连哪个是水都没搞清楚。一看那么多带，第一反应
就是unspecific的bands。他只用了一个guideDNA，如何能够敲除那么大一段序列，如
果这个是T7E1的话，结果还可以信一下
water
【在 F****8 的大作中提到】
: GaetanBurgio 在tweeter 里证实了Mike的说法，lane 9 is WT and lane 10 is water
: 。
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h***e
发帖数: 7320 | 15 那个人的twitter上压根没写任何实验方法啊，图也完全没标。。
这叫人咋判断，看得一头雾水
好歹图要标一下啊 |
F****8
发帖数: 289 | 16 这是他在T7之前的PCR。所以都在等测序结果。
【在 c********6 的大作中提到】
: 这种实验室做出来的data都可靠吗，连哪个是水都没搞清楚。一看那么多带，第一反应
: 就是unspecific的bands。他只用了一个guideDNA，如何能够敲除那么大一段序列，如
: 果这个是T7E1的话，结果还可以信一下
:
: water
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c********6
发帖数: 693 | 17 他的意思是用一个gDNA引导NgAgo去切某段序列，切割之后，两段序列通过NHEJ再次连
接，如果中间被切除很长的话，那么在上游和下游各找一个引物扩这个区域，理论上如
果得到的带中，有稍微变小一点的带就表明NgAgo起作用了。而他的图中除了最上面那
个wild-type的带（没有任何切割），其余的带都特别小，我很诧异，他一个guideDNA
如何做到敲掉几百个碱基的
【在 h***e 的大作中提到】
: 那个人的twitter上压根没写任何实验方法啊，图也完全没标。。
: 这叫人咋判断，看得一头雾水
: 好歹图要标一下啊
|
m****a
发帖数: 270 | 18 最上面的条带应该是150bp，所以推测敲掉了50~100bp.
guideDNA
【在 c********6 的大作中提到】
: 他的意思是用一个gDNA引导NgAgo去切某段序列，切割之后，两段序列通过NHEJ再次连
: 接，如果中间被切除很长的话，那么在上游和下游各找一个引物扩这个区域，理论上如
: 果得到的带中，有稍微变小一点的带就表明NgAgo起作用了。而他的图中除了最上面那
: 个wild-type的带（没有任何切割），其余的带都特别小，我很诧异，他一个guideDNA
: 如何做到敲掉几百个碱基的
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c********6
发帖数: 693 | 19 150bp怎么测序呢
【在 m****a 的大作中提到】
: 最上面的条带应该是150bp，所以推测敲掉了50~100bp.
:
: guideDNA
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h***e
发帖数: 7320 | 20 谢谢解释
可是h2o作为模板为什么能拉出条带来。。还是主带。。
guideDNA
【在 c********6 的大作中提到】
: 他的意思是用一个gDNA引导NgAgo去切某段序列，切割之后，两段序列通过NHEJ再次连
: 接，如果中间被切除很长的话，那么在上游和下游各找一个引物扩这个区域，理论上如
: 果得到的带中，有稍微变小一点的带就表明NgAgo起作用了。而他的图中除了最上面那
: 个wild-type的带（没有任何切割），其余的带都特别小，我很诧异，他一个guideDNA
: 如何做到敲掉几百个碱基的
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F****8
发帖数: 289 | 21 原作者已经更正，lane 9 是 WT， lane 10 才是水。
【在 h***e 的大作中提到】
: 谢谢解释
: 可是h2o作为模板为什么能拉出条带来。。还是主带。。
:
: guideDNA
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F****8
发帖数: 289 | 22 @GaetanBurgio To me, it is like lane 9 is wt and lane 10 is h2o, since h2o
should give nothing.
Gaetan Burgio @GaetanBurgio Yes you are correct. I mixed up the numbers.
There are 8 samples. Sorry. |
l***y
发帖数: 638 | 23 看了你这么多贴，不知道你的background是什么但是你明显不是做这个方向的，而且
bench经验貌似很少，你诧异的东西本身都不是大问题的，包括这个一个gDNA敲掉几百
个碱基，这个在其他的相关技术包括Cas9都是可以的。当然这个不能说明这个人的实验
没问题或者ngago这个技术可行，但是你用这些外行的论点来质疑不是很有说服力
guideDNA
【在 c********6 的大作中提到】
: 他的意思是用一个gDNA引导NgAgo去切某段序列，切割之后，两段序列通过NHEJ再次连
: 接，如果中间被切除很长的话，那么在上游和下游各找一个引物扩这个区域，理论上如
: 果得到的带中，有稍微变小一点的带就表明NgAgo起作用了。而他的图中除了最上面那
: 个wild-type的带（没有任何切割），其余的带都特别小，我很诧异，他一个guideDNA
: 如何做到敲掉几百个碱基的
|
z*t
发帖数: 863 | 24 http://jcsmr.anu.edu.au/people/ga%C3%A9tan-burgio
【在 c********6 的大作中提到】
: 这种实验室做出来的data都可靠吗，连哪个是水都没搞清楚。一看那么多带，第一反应
: 就是unspecific的bands。他只用了一个guideDNA，如何能够敲除那么大一段序列，如
: 果这个是T7E1的话，结果还可以信一下
:
: water
|
z*t
发帖数: 863 | 25 腿疼上问了他，他说这是老鼠zygote injection的结果，真土豪...
【在 l*****7 的大作中提到】
: 根据的tweets，Gaetan Burgio很激动。
: 哪位大湿看了Gaetan Burgio的全部已得的结果？ 评评？
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d********m
发帖数: 3662 | 26 I bet Han Chunyu is in a state of great shock -- how the fuck anyone else
could have reproduced the results that I had produced in my dream. |
z*t
发帖数: 863 | 27 哥，TA cloning不会啊。你是不是猴子请来的逗逼啊
【在 c********6 的大作中提到】
: 150bp怎么测序呢
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c********6
发帖数: 693 | 28 搞得你很牛逼似的，动不动外行外行的，生物这个领域，就是你的father来都能干
【在 l***y 的大作中提到】
: 看了你这么多贴，不知道你的background是什么但是你明显不是做这个方向的，而且
: bench经验貌似很少，你诧异的东西本身都不是大问题的，包括这个一个gDNA敲掉几百
: 个碱基，这个在其他的相关技术包括Cas9都是可以的。当然这个不能说明这个人的实验
: 没问题或者ngago这个技术可行，但是你用这些外行的论点来质疑不是很有说服力
:
: guideDNA
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c********6
发帖数: 693 | 29 我想说的是为什么不把amplicon设计长一点
【在 z*t 的大作中提到】
: 哥，TA cloning不会啊。你是不是猴子请来的逗逼啊
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w*********o
发帖数: 12 | 30 150bp直接用上下游引物就可以测出来的，我做过。
【在 c********6 的大作中提到】
: 150bp怎么测序呢
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z*t
发帖数: 863 | 31 我们也不是人家肚子里的蛔虫，等测序结果吧:)
【在 c********6 的大作中提到】
: 我想说的是为什么不把amplicon设计长一点
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l***y
发帖数: 638 | 32 确实，找你grandfather肯定可以
【在 c********6 的大作中提到】
: 搞得你很牛逼似的，动不动外行外行的，生物这个领域，就是你的father来都能干
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c********6
发帖数: 693 | 33 你grandfather的外公都行
【在 l***y 的大作中提到】
: 确实，找你grandfather肯定可以
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P****R
发帖数: 22479 | 34 等来的全部是测序失败。
【在 z*t 的大作中提到】
: 我们也不是人家肚子里的蛔虫，等测序结果吧:)
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z*t
发帖数: 863 | 35 中立的帮小板凳看戏好了，不要这么negative
【在 P****R 的大作中提到】
: 等来的全部是测序失败。
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P****R
发帖数: 22479 | 36 狼来了叫了多少次了，最后都是栽在测序和T7上面。
【在 z*t 的大作中提到】
: 中立的帮小板凳看戏好了，不要这么negative
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S**********e
发帖数: 620 | 37 看了很久了
能不能重复尚未有结论
唯一的结论是这帮男女猪脚没有一个厚道敬业的科学家
【在 z*t 的大作中提到】
: 中立的帮小板凳看戏好了，不要这么negative
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m****a
发帖数: 270 | 38 这图很可疑，他说下面最小的条带是primer dimer,哪有dimer大小都不一致的？最右边
那个水的对照的模糊条带才是dimer，那么其他组里面小的条带很可能就是非特异扩增。 |
P****R
发帖数: 22479 | 39 这种人可能也是被老板逼急了，先放一个气球，然后救交差了。
看看能够重复出来的是些什么垃圾实验室。
增。
【在 m****a 的大作中提到】
: 这图很可疑，他说下面最小的条带是primer dimer,哪有dimer大小都不一致的？最右边
: 那个水的对照的模糊条带才是dimer，那么其他组里面小的条带很可能就是非特异扩增。
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l*****e
发帖数: 18 | 40 你是傻逼。 period。
: 你grandfather的外公都行
【在 c********6 的大作中提到】
: 你grandfather的外公都行
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l*****e
发帖数: 18 | 41 你是傻逼。 period。
: 你grandfather的外公都行
【在 c********6 的大作中提到】
: 你grandfather的外公都行
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m****a
发帖数: 270 | 42 他自己是ANU的group leader,发这条推的时候正在美国开一个遗传学会议，我估计是有
做CRISPR的speaker说NgAgo没法做出来，然后他发了这条推攒人气。
Stephen Floor (Doudna组薄厚)也转发了这条推，哈佛 Schier 实验室的薄厚James
Gagnon 在下面说在斑马鱼里面做不出来。可见领域里面的大牛们现在也搞不定这
事。
莫非那20个实验室拿到了韩春雨的独家秘方？
【在 P****R 的大作中提到】
: 这种人可能也是被老板逼急了，先放一个气球，然后救交差了。
: 看看能够重复出来的是些什么垃圾实验室。
:
: 增。
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c********6
发帖数: 693 | 43 你这个sb，你个洗试管的海带
【在 l*****e 的大作中提到】
: 你是傻逼。 period。
:
:
: 你grandfather的外公都行
:
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l********8
发帖数: 45 | 44 这个法国人声称重复出来的结果，发现是引物二聚体（ dimer），还是无法证明重复了
韩的结果。 |
c********6
发帖数: 693 | 45 也就是说他再次验证了韩的结果无法重复
【在 l********8 的大作中提到】
: 这个法国人声称重复出来的结果，发现是引物二聚体（ dimer），还是无法证明重复了
: 韩的结果。
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F****8
发帖数: 289 | 46 他在twitter说了吗？
【在 l********8 的大作中提到】
: 这个法国人声称重复出来的结果，发现是引物二聚体（ dimer），还是无法证明重复了
: 韩的结果。
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C****5
发帖数: 32 | |
l********8
发帖数: 45 | 48 说了呀。你仔细看他的twitter
【在 F****8 的大作中提到】
: 他在twitter说了吗？
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C****5
发帖数: 32 | 49 我英语差，你可不要骗我哈。
【在 l********8 的大作中提到】
: 说了呀。你仔细看他的twitter
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l********8
发帖数: 45 | |
|
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f****t
发帖数: 22 | 51 看了他的twitter，没说啊
【在 l********8 的大作中提到】
: 知乎上有分析的。
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d********m
发帖数: 3662 | |
w******g
发帖数: 301 | 53 根据GaetanBurgio做PCR的水准，偶基本断定他的文章很多问题，不一定是造假，可能
是因为水平太低。
但是起码他马上出来认错了。表面态度还过得去。
Gaetan Burgio @GaetanBurgio Jul 16
@monkeydidi I don't have any real idea. Sometimes this happens. These are
definitively dimers, not editing (Lane 9 is WT) |
H**T
发帖数: 3007 | 54 脑残还是咋地？！阅读水平这么差还做科研，还出来现？！
人家讨论的是最小的band，是primer dimer! 不是中间的bands.primer dimer是50bp左
右的band,明白了吗？primer dimer当热不是editing的产物!
didi @monkeydidi Jul 15
@GaetanBurgio That looks promising. What DNA ladder did you use? Is the
smallest band in wildtype control primer dimers?
0 retweets 0 likes
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Gaetan Burgio @GaetanBurgio Jul 15
@monkeydidi 50 bp ladder. smallest bands are dimers, not editing.
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didi @monkeydidi Jul 16
@GaetanBurgio Why the dimer size is not very consistant between samples and
is also larger than the weak band in H2O control?
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Gaetan Burgio @GaetanBurgio Jul 16
@monkeydidi I don't have any real idea. Sometimes this happens. These are
definitively dimers, not editing (Lane 9 is WT)
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【在 w******g 的大作中提到】
: 根据GaetanBurgio做PCR的水准，偶基本断定他的文章很多问题，不一定是造假，可能
: 是因为水平太低。
: 但是起码他马上出来认错了。表面态度还过得去。
: Gaetan Burgio @GaetanBurgio Jul 16
: @monkeydidi I don't have any real idea. Sometimes this happens. These are
: definitively dimers, not editing (Lane 9 is WT)
|
c********6
发帖数: 693 | 55 你激动个啥，五毛
【在 H**T 的大作中提到】
: 脑残还是咋地？！阅读水平这么差还做科研，还出来现？！
: 人家讨论的是最小的band，是primer dimer! 不是中间的bands.primer dimer是50bp左
: 右的band,明白了吗？primer dimer当热不是editing的产物!
: didi @monkeydidi Jul 15
: @GaetanBurgio That looks promising. What DNA ladder did you use? Is the
: smallest band in wildtype control primer dimers?
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m****a
发帖数: 270 | 56 Gaetan Burgio 今天已经正式确定Ngago 在mouse zygote里不work。
这家伙把所有条带一个个都送去测序了，发现都是非特异性的扩增。。。。
https://twitter.com/GaetanBurgio/status/758466204151361537
早说是非特异，这PCR水平还比不上一个phD学生。 |
P****R
发帖数: 22479 | 57 肯定不会重复出来。
韩某人现在每天做梦都希望有一个人会重复。
【在 m****a 的大作中提到】
: Gaetan Burgio 今天已经正式确定Ngago 在mouse zygote里不work。
: 这家伙把所有条带一个个都送去测序了，发现都是非特异性的扩增。。。。
: https://twitter.com/GaetanBurgio/status/758466204151361537
: 早说是非特异，这PCR水平还比不上一个phD学生。
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