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Biology版 - 请教HOMER/findPeaks方法和MACS和MUltiScale的差别大吗?
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j*********g
发帖数: 463
1
有一个转录因子的两组ChIPseq数据,用MUltiScale或者MACS来分析,只能得到几十个
或者上百个peaks,assign到基因,基本没有什么有效信息。
而用HOMER的findPeaks command,却得到数千个peaks,并且通过motif分析,这些
peaks确实含有该转录因子的binding motif。根据peaks附近TSS去assign到数百个基因
,这些基因也确实跟该TF的功能非常相关。
但是有人跟我说findPeaks command的方法很不好。
想请教一下怎么会有这么大的差异?
谢谢!
R****n
发帖数: 708
2
peak calling 一般不会差这么多的,5-10% vairation正常,估计里面那些para需要调
j*********g
发帖数: 463
3
是调哪里的para?是比对的时候,还是peak calling的时候??

【在 R****n 的大作中提到】
: peak calling 一般不会差这么多的,5-10% vairation正常,估计里面那些para需要调
: 整

l*****7
发帖数: 8463
4
你需要请教码工,改正/校正一下编码。
转录因子应该很具有特异性,
它调节的基因/组应该是起协同,反馈,或中和/拮抗作用的, 不应该是杂乱无章的。
R****n
发帖数: 708
5
我用过MACS和homer,但是没有深入比较。有一篇文章比较这些通用的peak calling程序
,差距都不是很大。

【在 j*********g 的大作中提到】
: 是调哪里的para?是比对的时候,还是peak calling的时候??
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