j*********g
发帖数: 463 | 1 有一个转录因子的两组ChIPseq数据，用MUltiScale或者MACS来分析，只能得到几十个
或者上百个peaks，assign到基因，基本没有什么有效信息。
而用HOMER的findPeaks command，却得到数千个peaks，并且通过motif分析，这些
peaks确实含有该转录因子的binding motif。根据peaks附近TSS去assign到数百个基因
，这些基因也确实跟该TF的功能非常相关。
但是有人跟我说findPeaks command的方法很不好。
想请教一下怎么会有这么大的差异？
谢谢！ |
R****n
发帖数: 708 | 2 peak calling 一般不会差这么多的，5-10% vairation正常，估计里面那些para需要调
整 |
j*********g
发帖数: 463 | 3 是调哪里的para？是比对的时候，还是peak calling的时候？？
【在 R****n 的大作中提到】
: peak calling 一般不会差这么多的，5-10% vairation正常，估计里面那些para需要调
: 整
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l*****7
发帖数: 8463 | 4 你需要请教码工，改正／校正一下编码。
转录因子应该很具有特异性，
它调节的基因／组应该是起协同，反馈，或中和/拮抗作用的， 不应该是杂乱无章的。 |
R****n
发帖数: 708 | 5 我用过MACS和homer,但是没有深入比较。有一篇文章比较这些通用的peak calling程序
，差距都不是很大。
【在 j*********g 的大作中提到】
: 是调哪里的para？是比对的时候，还是peak calling的时候？？
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