大家怎么看ATAC-seq footprint？ - Biology版 - 未名存档

本页内容为未名空间相应帖子的节选和存档，一周内的贴子最多显示50字，超过一周显示500字访问原贴

Biology版 - 大家怎么看ATAC-seq footprint？

相关主题
● 大牛们，请推荐个提rna的kit,要做Rna-seq	● 请推荐好的DNase
● 请教HOMER/findPeaks方法和MACS和MUltiScale的差别大吗？	● Promega PureYield RNA系统如何？
● 请问一般ChIPseq应该有多少peaks？	● 请教一下微量RNA用什么方法测定比较好
● RNA-seq结果分析求助	● 请教少量细胞RT PCR的技术问题
● 请教RNA-seq里面,reads是怎么计数的	● RNA seq 的样品制备问题
● 【求助】PCR为什么目的基因有，但S16基因就几乎看不到？	● 技术问题：DNase-free, RNase-free water?
● siRNA做后用Trizol提取RNA	● Help me !!!DNase I hypersensitive assay
● 为什么在IB中能看到变化而PCR中却不能呢？	● 还是RT_PCR

相关话题的讨论汇总
话题: atac话题: footprint话题: seq话题: tf话题: chipseq

进入Biology版参与讨论

1

(共1页)

j*********g 发帖数: 463	1 无意中看到Xiaole Shirley Liu的博客 http://www.longwoodgenomics.org/2016/09/23/dnase-footprint-analyses/ 看来她对DNase I footprint analyse，包括ATAC-seq footprint很不感冒啊。这个能取代TF ChIPseq么？一次ATACseq相当于几十上百个转录因子的ChIPseq啊。（可以同时加上RNA-seq结果，考虑TF的表达情况，做一个权重matrix）。
c*********r 发帖数: 1312	2 赞分享！我们实验室之前没多做过ChIP-seq，但是现在有全面倒向ATAC-seq的趋势，bulk ATAC- seq在做，single cell的也在开发。看来我们需要仔细研究一些Shirley的观点和数据，再分析一下我们的approach是否真的合适。多谢！【在 j*********g 的大作中提到】 : 无意中看到Xiaole Shirley Liu的博客 http://www.longwoodgenomics.org/2016/09/23/dnase-footprint-analyses/ : 看来她对DNase I footprint analyse，包括ATAC-seq footprint很不感冒啊。 : 这个能取代TF ChIPseq么？一次ATACseq相当于几十上百个转录因子的ChIPseq啊。（可 : 以同时加上RNA-seq结果，考虑TF的表达情况，做一个权重matrix）。
j*********g 发帖数: 463	3 ATACseq的好处就是一次实验可以获得类似几百个TF的ChIPseq的结果（通过footprint 分析），50-100 million有效reads可以满足需求 Shirley Liu也只是一家之言，Greenleaf恐怕不会同意，他和Howard Chang 刚刚发了一篇Cancer Cell的ATACseq文章，卖点之一就是footprint呢 ATAC- 【在 c*********r 的大作中提到】 : 赞分享！ : 我们实验室之前没多做过ChIP-seq，但是现在有全面倒向ATAC-seq的趋势，bulk ATAC- : seq在做，single cell的也在开发。看来我们需要仔细研究一些Shirley的观点和数据 : ，再分析一下我们的approach是否真的合适。多谢！

1

(共1页)

进入Biology版参与讨论

相关主题
● 还是RT_PCR	● 请教RNA-seq里面,reads是怎么计数的
● 请问real-time PCR negative control的Ct值的问题	● 【求助】PCR为什么目的基因有，但S16基因就几乎看不到？
● 推荐一个做RNA用的1.5mL的tube吧	● siRNA做后用Trizol提取RNA
● 求教各位用过Qiagen RNeasy kit的兄弟姐妹	● 为什么在IB中能看到变化而PCR中却不能呢？
● 大牛们，请推荐个提rna的kit,要做Rna-seq	● 请推荐好的DNase
● 请教HOMER/findPeaks方法和MACS和MUltiScale的差别大吗？	● Promega PureYield RNA系统如何？
● 请问一般ChIPseq应该有多少peaks？	● 请教一下微量RNA用什么方法测定比较好
● RNA-seq结果分析求助	● 请教少量细胞RT PCR的技术问题

相关话题的讨论汇总
话题: atac话题: footprint话题: seq话题: tf话题: chipseq

未名新帖统计// 7月16日

#	版面	帖数(主题数)
-	全站	4871 (796)
1	Military	3777 (569)
2	Stock	341 (51)
3	Joke	117 (17)
4	History	116 (3)
5	Automobile	100 (9)
6	USANews	55 (9)
7	Midlife	45 (1)
8	Headline	41 (41)
9	Dreamer	33 (13)
10	FleaMarket	32 (20)
11	Living	30 (7)

* 这里只显示发帖超过25的版面，努力灌水吧:-)