q**********0
发帖数: 335 | 1 请教高人：将一个细菌感染的人组织标本中的细菌RNA和人RNA分离开作细菌的
transcriptome分析，用什么方法／技术？谢谢先！ |
m*********D
发帖数: 1727 | 2 能想出来的就是polyA了。过Poly-T的柱子，也许能把人的mRNA搞掉大部分。 |
q**********0
发帖数: 335 | 3 谢谢回复！
细菌mRNA也是Polyadenylated的吧？过Poly-T的柱也会跟着一起下来的。
【在 m*********D 的大作中提到】
: 能想出来的就是polyA了。过Poly-T的柱子，也许能把人的mRNA搞掉大部分。
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s****6
发帖数: 34 | 4 这在分析时用不同的参考基因组和GTF文件，人的和细菌的应该差异很大，估计不需要
分别做文库。 |
c***y
发帖数: 615 | 5 bacterial mRNA polyadenylation不是主流吧
【在 q**********0 的大作中提到】
: 谢谢回复！
: 细菌mRNA也是Polyadenylated的吧？过Poly-T的柱也会跟着一起下来的。
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x***a
发帖数: 6 | 6 如果只是分析细菌transcriptome，无需将两者的RNA分开，直接进行mapping即可。 |
C*********n
发帖数: 1032 | 7 如果你只是需要提取细菌的RNA，你可以先把细菌从感染的人体组织里提取出来。如果
你用的组织是血液或者细胞，可以用专门的溶剂把血液和细胞破坏掉，我记得有一种含
有deoxycolate自己可以配,然后spin down wash几次。如果感染的组织是器官，可以先
用meganetic beats。 |
q**********0
发帖数: 335 | 8 Sequencing facility requires separation of bacteria RNA.
【在 x***a 的大作中提到】
: 如果只是分析细菌transcriptome，无需将两者的RNA分开，直接进行mapping即可。
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q**********0
发帖数: 335 | 9 Thanks. Do you know the catalog of the kit to separate bacteria from tissue
or blood cells?
【在 C*********n 的大作中提到】
: 如果你只是需要提取细菌的RNA，你可以先把细菌从感染的人体组织里提取出来。如果
: 你用的组织是血液或者细胞，可以用专门的溶剂把血液和细胞破坏掉，我记得有一种含
: 有deoxycolate自己可以配,然后spin down wash几次。如果感染的组织是器官，可以先
: 用meganetic beats。
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C*********n
发帖数: 1032 | 10 A new technique for obtaining whole pathogen transcriptomes from infected
host tissues
搜一下 |
q**********0
发帖数: 335 | 11 Thanks a million.
【在 C*********n 的大作中提到】
: A new technique for obtaining whole pathogen transcriptomes from infected
: host tissues
: 搜一下
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