q**********0 发帖数: 335 | 1 请教高人:将一个细菌感染的人组织标本中的细菌RNA和人RNA分离开作细菌的
transcriptome分析,用什么方法/技术?谢谢先! |
m*********D 发帖数: 1727 | 2 能想出来的就是polyA了。过Poly-T的柱子,也许能把人的mRNA搞掉大部分。 |
q**********0 发帖数: 335 | 3 谢谢回复!
细菌mRNA也是Polyadenylated的吧?过Poly-T的柱也会跟着一起下来的。
【在 m*********D 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 能想出来的就是polyA了。过Poly-T的柱子,也许能把人的mRNA搞掉大部分。
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s****6 发帖数: 34 | 4 这在分析时用不同的参考基因组和GTF文件,人的和细菌的应该差异很大,估计不需要
分别做文库。 |
c***y 发帖数: 615 | 5 bacterial mRNA polyadenylation不是主流吧
【在 q**********0 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 谢谢回复! : 细菌mRNA也是Polyadenylated的吧?过Poly-T的柱也会跟着一起下来的。
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x***a 发帖数: 6 | 6 如果只是分析细菌transcriptome,无需将两者的RNA分开,直接进行mapping即可。 |
C*********n 发帖数: 1032 | 7 如果你只是需要提取细菌的RNA,你可以先把细菌从感染的人体组织里提取出来。如果
你用的组织是血液或者细胞,可以用专门的溶剂把血液和细胞破坏掉,我记得有一种含
有deoxycolate自己可以配,然后spin down wash几次。如果感染的组织是器官,可以先
用meganetic beats。 |
q**********0 发帖数: 335 | 8 Sequencing facility requires separation of bacteria RNA.
【在 x***a 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 如果只是分析细菌transcriptome,无需将两者的RNA分开,直接进行mapping即可。
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q**********0 发帖数: 335 | 9 Thanks. Do you know the catalog of the kit to separate bacteria from tissue
or blood cells?
【在 C*********n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 如果你只是需要提取细菌的RNA,你可以先把细菌从感染的人体组织里提取出来。如果 : 你用的组织是血液或者细胞,可以用专门的溶剂把血液和细胞破坏掉,我记得有一种含 : 有deoxycolate自己可以配,然后spin down wash几次。如果感染的组织是器官,可以先 : 用meganetic beats。
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C*********n 发帖数: 1032 | 10 A new technique for obtaining whole pathogen transcriptomes from infected
host tissues
搜一下 |
q**********0 发帖数: 335 | 11 Thanks a million.
【在 C*********n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : A new technique for obtaining whole pathogen transcriptomes from infected : host tissues : 搜一下
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