G***G
发帖数: 16778 | 1 只听说NMR或者crystallography做结构解析。
蛋白质质谱分析，做结构解析准确吗？
价钱昂贵吗？
有前途吗（发高水平paper容易否？） |
j******n
发帖数: 941 | 2
一级结构还是二级结构。。。。
【在 G***G 的大作中提到】
: 只听说NMR或者crystallography做结构解析。
: 蛋白质质谱分析，做结构解析准确吗？
: 价钱昂贵吗？
: 有前途吗（发高水平paper容易否？）
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K******S
发帖数: 10109 | 3 just think about how mass spec works and you will get the answer.
【在 G***G 的大作中提到】
: 只听说NMR或者crystallography做结构解析。
: 蛋白质质谱分析，做结构解析准确吗？
: 价钱昂贵吗？
: 有前途吗（发高水平paper容易否？）
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b******g
发帖数: 20 | |
l*********d
发帖数: 315 | 5 这个是要结合limited proteolysis的吧，属于比较间接的证明。 |
g*****x
发帖数: 3283 | 6 他估计是说用etd，ecd这些fragmentation做top down proteomics。
这个解不了精细结构，但可以在接近native的状态下通过完整蛋白的fragmentation
pattern来了解各个subunit的组装方式。
: 这个是要结合limited proteolysis的吧，属于比较间接的证明。
【在 l*********d 的大作中提到】
: 这个是要结合limited proteolysis的吧，属于比较间接的证明。
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g*****x
发帖数: 3283 | 7 我是做这个的，大概讲一讲吧。
首先，ms-based structural biology属于盲人摸象，可以了解蛋白结构相关的某些信
息，但不可能像xrd/cryoem/nmr那样得到atom level分辨率的全面结构信息。
目前比较常见的MS结构分析方法有很多，大致可以归类为用chemical modifier标记，
用crosslinker标记，以及上面说的top-down proteomics方法。
前两种大致思路基本上就是通过化学手段来标记蛋白质二三级结构的变化，然后通过MS
来read out这些结构变化的信息。最最最常用的方法是HDX，通过和D2O交换活泼H来标
记蛋白产生mass shift；再比如想了解一个蛋白有哪些receptor，可以用crosslinker
把和它距离最近的蛋白link起来进行identificatiin。
后一种方法目前比较hot，pnnl和northwestern的那个谁谁谁做得很好。大致思路是在
比较接近native的状态下用etd/ecd/uvpd这些非常soft的方法把整个蛋白敲碎再分析碎
片信息：由于fragmentation非常soft，所以碎片依然保留了一定的蛋白高级结构信息
（包括non-bonding interaction），所以比较适合研究很大的complex各subunit之间
的空间关系。 |
G***G
发帖数: 16778 | 8 非常谢谢！
MS
crosslinker
【在 g*****x 的大作中提到】
: 我是做这个的，大概讲一讲吧。
: 首先，ms-based structural biology属于盲人摸象，可以了解蛋白结构相关的某些信
: 息，但不可能像xrd/cryoem/nmr那样得到atom level分辨率的全面结构信息。
: 目前比较常见的MS结构分析方法有很多，大致可以归类为用chemical modifier标记，
: 用crosslinker标记，以及上面说的top-down proteomics方法。
: 前两种大致思路基本上就是通过化学手段来标记蛋白质二三级结构的变化，然后通过MS
: 来read out这些结构变化的信息。最最最常用的方法是HDX，通过和D2O交换活泼H来标
: 记蛋白产生mass shift；再比如想了解一个蛋白有哪些receptor，可以用crosslinker
: 把和它距离最近的蛋白link起来进行identificatiin。
: 后一种方法目前比较hot，pnnl和northwestern的那个谁谁谁做得很好。大致思路是在
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r*****m
发帖数: 3619 | 9 最准确的是 XFEL，我在 Ernst 实验室的时候，他就指出了这一点。买买提上做这个的
我还没有碰到过。我做的NMR，能聊几句的不到三个。 |
g*****x
发帖数: 3283 | 10 facility太少，国内在建的有几个，不过好像Xray波段的就一个
绝大多数的有synchrotron就不错了。。。
【在 r*****m 的大作中提到】
: 最准确的是 XFEL，我在 Ernst 实验室的时候，他就指出了这一点。买买提上做这个的
: 我还没有碰到过。我做的NMR，能聊几句的不到三个。
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