x*****9 发帖数: 68 | |
h*****t 发帖数: 1226 | 2 One in San Diego, On in Nashivile.
If you have a Chinese stomach, go to San Diego
【在 x*****9 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 他们好像在招博后 : 不知道nice不nice
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x*****9 发帖数: 68 | |
b*******g 发帖数: 1309 | 4 他把Oates 看成了Yates, Yates 在San Diego
Richard Caprioli 是MALDI imaging的大牛,属开山鼻祖吧
不过MALDI imaging 似乎工业界用处不多
【在 x*****9 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 不是啊, 都在vanderbilt univ.
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s**********8 发帖数: 25265 | 5 跟一一起和过酒 人不错 不知道对学生怎么样 做的东西太忽悠
【在 x*****9 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 他们好像在招博后 : 不知道nice不nice
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s**********8 发帖数: 25265 | 6 对 就是忽悠经费
【在 b*******g 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 他把Oates 看成了Yates, Yates 在San Diego : Richard Caprioli 是MALDI imaging的大牛,属开山鼻祖吧 : 不过MALDI imaging 似乎工业界用处不多
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a******z 发帖数: 1464 | 7 介个maldi imaging的薄厚广告列了有一年了吧,还没收到人那。。。
【在 b*******g 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 他把Oates 看成了Yates, Yates 在San Diego : Richard Caprioli 是MALDI imaging的大牛,属开山鼻祖吧 : 不过MALDI imaging 似乎工业界用处不多
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w********g 发帖数: 447 | 8 开山鼻祖虽然没错,不过人家SIMS的imaging早几十年就有人弄了,Caprioli也就是借
了一个相同的idea,换成了MALDI而已。Richard的idea从texas的那个北大的gg帮他搞
出来以后,10多年了,进展有限,没见有啥新东西,差不多的东西翻过来调过去的弄。
vanderbilt质谱中心50左右的质谱仪,挨个折腾呗。 听他的报告,年年讲一样的东西
,基本感觉直接放遍录像就行了。
Imaging目前用到工业界就更不太可能了。我就没见有paper提到对imaging data做严格
的validation的。所有的paper都是说我们看到了化合物或者蛋白的分布的不均匀。拿
来看看玩玩还行,真要拿去做诊断手段或者做药物申报,你能保证你这个imaging data
多少的准确率,怎么validate?尤其是诊断类做endogenous的东西的话,每个tissue世
界独一无二,你的replicate永远是n=1。MALDI这个东西reproducibility本来就不太靠
谱,n=1基本就是啥都说明不了。还有caprioli鼓吹的通过imaging什么准确判断癌细胞
切割的
【在 b*******g 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 他把Oates 看成了Yates, Yates 在San Diego : Richard Caprioli 是MALDI imaging的大牛,属开山鼻祖吧 : 不过MALDI imaging 似乎工业界用处不多
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b*******g 发帖数: 1309 | 9 不能把MALDI imaging 说的一文不值,
任何技术都有其局限性的,是不太完美,而且确实有很多问题
就技术上而言,MALDI imaging 毕竟是对SIMS 的imaging的一个有力补充吧,
另外现在像DESI 等等技术都在搞 imaging,
看起来还不如MALDI imaging呢,大家还不是在搞
data
【在 w********g 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 开山鼻祖虽然没错,不过人家SIMS的imaging早几十年就有人弄了,Caprioli也就是借 : 了一个相同的idea,换成了MALDI而已。Richard的idea从texas的那个北大的gg帮他搞 : 出来以后,10多年了,进展有限,没见有啥新东西,差不多的东西翻过来调过去的弄。 : vanderbilt质谱中心50左右的质谱仪,挨个折腾呗。 听他的报告,年年讲一样的东西 : ,基本感觉直接放遍录像就行了。 : Imaging目前用到工业界就更不太可能了。我就没见有paper提到对imaging data做严格 : 的validation的。所有的paper都是说我们看到了化合物或者蛋白的分布的不均匀。拿 : 来看看玩玩还行,真要拿去做诊断手段或者做药物申报,你能保证你这个imaging data : 多少的准确率,怎么validate?尤其是诊断类做endogenous的东西的话,每个tissue世 : 界独一无二,你的replicate永远是n=1。MALDI这个东西reproducibility本来就不太靠
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y***e 发帖数: 6082 | 10 MS成像玩的一是仪器改造,二是tissue样本
不能把MALDI imaging 说的一文不值,
任何技术都有其局限性的,是不太完美,而且确实有很多问题
就技术上而言,MALDI imaging 毕竟是对SIMS 的imaging的一个有力补充吧,
另外现在像DESI 等等技术都在搞 imaging,
看起来还不如MALDI imaging呢,大家还不是在搞
data
【在 b*******g 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 不能把MALDI imaging 说的一文不值, : 任何技术都有其局限性的,是不太完美,而且确实有很多问题 : 就技术上而言,MALDI imaging 毕竟是对SIMS 的imaging的一个有力补充吧, : 另外现在像DESI 等等技术都在搞 imaging, : 看起来还不如MALDI imaging呢,大家还不是在搞 : : data
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x*****9 发帖数: 68 | 11 大家都很牛啊,
我现在是做小分子的, 一般也就是LC/MS/MS, 没搞过protein。
感觉也不太match |
L****r 发帖数: 333 | 12 MALDI IMAGING 除此之外还有个优点,就是找biomarker, 血液里的marker浓度太低,
如果在切片的时候能够做到,一边是正常组织,一边是肿瘤组织,由于marker在肿瘤组
织里浓度相对较高, 也可以得到很好的结果。 |
w********g 发帖数: 447 | 13 这个我就更加不理解了。说血液检测不到marker,浓度太低,这个算事实。但是提出的
解决的办法就是把肿瘤切一块,然后imaging。既然你已经把肿瘤切下来了,那还用得
着你imaging干嘛。找biomarker,事先都已经知道或者定义了“区别”的存在(一半肿
瘤,一半正常组织),然后你要寻找biomarker去和这个“区别”关联上。那直接显微
镜观察一下切一刀,一半有肿瘤的,一半没肿瘤的,然后萃取,上LC/MS就行啦。样品
处理啥的比imaging的样品制备靠谱多了,数据更加可信,花的实验时间可能是imaging
实验的几十分之一。回头两个比对一下,不是一样找得出biomarker吗?你折腾了半天
,花了无数的时间制备imaging样品,最后得到了啥额外的LC/MS得不到的信息呢?
【在 L****r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : MALDI IMAGING 除此之外还有个优点,就是找biomarker, 血液里的marker浓度太低, : 如果在切片的时候能够做到,一边是正常组织,一边是肿瘤组织,由于marker在肿瘤组 : 织里浓度相对较高, 也可以得到很好的结果。
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b*******g 发帖数: 1309 | 14 你果然是MALDI imaging 黑啊
不过你提的问题都是不错的问题,也确实是目前MALDI imaging存在的问题
不过还是那句话,LC/MS不是万能的,MALDI imaging确实是有力的补充
in situ的检测还是跟萃取得到不一样的信息的,比如萃取可能会破坏一些native
conformation,有时native conformation disorder才是关键。
另外有时biomaker分布才是关键,如果萃取的话,
每一块tissue都dissect出来还是比直接imaging烦很多
现在的MALDI的速度跟自动化程度,跟数据处理都提高很多了,
imaging的速度很快,关键是样品制备,也比以前快跟容易很多
还有你前面说的定量的问题,也不是不可以解决的
另外现在imaging 慢慢开始朝bioimaging以外的方向发展,这些都蛮有意思的
总之,不是一无是处,还是有research的意义所在的
imaging
【在 w********g 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 这个我就更加不理解了。说血液检测不到marker,浓度太低,这个算事实。但是提出的 : 解决的办法就是把肿瘤切一块,然后imaging。既然你已经把肿瘤切下来了,那还用得 : 着你imaging干嘛。找biomarker,事先都已经知道或者定义了“区别”的存在(一半肿 : 瘤,一半正常组织),然后你要寻找biomarker去和这个“区别”关联上。那直接显微 : 镜观察一下切一刀,一半有肿瘤的,一半没肿瘤的,然后萃取,上LC/MS就行啦。样品 : 处理啥的比imaging的样品制备靠谱多了,数据更加可信,花的实验时间可能是imaging : 实验的几十分之一。回头两个比对一下,不是一样找得出biomarker吗?你折腾了半天 : ,花了无数的时间制备imaging样品,最后得到了啥额外的LC/MS得不到的信息呢?
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L****r 发帖数: 333 | 15 研究就是尝试不同的方法,从另外一个角度看问题,新方法容易发文章, 拿项目,
况且MALDI Imaging和LCMS各有千秋。
MALDI Imaging可以看到biomarker在组织里的真实分布,其萃取是利用溶解matrix的溶
剂(乙晴或者甲醇)在组织表面上直接进行的,找biomarker其实就是直接对比肿瘤和
健康组织的差异,如果在同一块板上同时扫描它们,结果很直接, 根据颜色深浅就能
判断。而LCMS的组织萃取,是用溶剂将蛋白沉淀,其实蛋白很难完全沉淀掉,然后真空
干燥除溶剂,然后做LCMS,biomarker特性有无变化,还真说不定。况且肿瘤和健康组织
分开处理, 分开进样, 容易引进误差, 比如样品处理,柱子性能的变化等。 |
w********g 发帖数: 447 | 16 根据颜色深浅判断什么?判断肿瘤还是非肿瘤?you already known this in the
first place. 如果你说你看肿瘤组织内部的heterogeneity,这是非常有意义的研究。
比如你track不同的时间点的heterogeneity,看看肿瘤如何扩散的,如何变化的。但不
是caprioli鼓吹的imaging可以解决的。因为不像MRI,你的imaging是destructive的,
至多只能看到一个时间点的东西。而且看到差异你怎么validate这个差异?别忘了你是
n=1啊。你的颜色深浅是因为啥引起的?没有严格的validation,天知道。颜色深浅是
量上的区别,要用MALDI回答quantitative的问题,没SIL的standard,太不靠谱。如果
抛开颜色深浅不说,说qualitative的有或者没有的问题。可信度会高很多。但是我感
觉caprioli同志所鼓吹的cancer biomarker,都是正常细胞里的蛋白被digest的产物。
这个结果其实自打1924年Warburg hypothesis的诺贝尔奖以后不多久,人们就想明白了。
我不
【在 L****r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 研究就是尝试不同的方法,从另外一个角度看问题,新方法容易发文章, 拿项目, : 况且MALDI Imaging和LCMS各有千秋。 : MALDI Imaging可以看到biomarker在组织里的真实分布,其萃取是利用溶解matrix的溶 : 剂(乙晴或者甲醇)在组织表面上直接进行的,找biomarker其实就是直接对比肿瘤和 : 健康组织的差异,如果在同一块板上同时扫描它们,结果很直接, 根据颜色深浅就能 : 判断。而LCMS的组织萃取,是用溶剂将蛋白沉淀,其实蛋白很难完全沉淀掉,然后真空 : 干燥除溶剂,然后做LCMS,biomarker特性有无变化,还真说不定。况且肿瘤和健康组织 : 分开处理, 分开进样, 容易引进误差, 比如样品处理,柱子性能的变化等。
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s**********8 发帖数: 25265 | 17 同意 一就是一个忽悠
了。
【在 w********g 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 根据颜色深浅判断什么?判断肿瘤还是非肿瘤?you already known this in the : first place. 如果你说你看肿瘤组织内部的heterogeneity,这是非常有意义的研究。 : 比如你track不同的时间点的heterogeneity,看看肿瘤如何扩散的,如何变化的。但不 : 是caprioli鼓吹的imaging可以解决的。因为不像MRI,你的imaging是destructive的, : 至多只能看到一个时间点的东西。而且看到差异你怎么validate这个差异?别忘了你是 : n=1啊。你的颜色深浅是因为啥引起的?没有严格的validation,天知道。颜色深浅是 : 量上的区别,要用MALDI回答quantitative的问题,没SIL的standard,太不靠谱。如果 : 抛开颜色深浅不说,说qualitative的有或者没有的问题。可信度会高很多。但是我感 : 觉caprioli同志所鼓吹的cancer biomarker,都是正常细胞里的蛋白被digest的产物。 : 这个结果其实自打1924年Warburg hypothesis的诺贝尔奖以后不多久,人们就想明白了。
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t******t 发帖数: 3045 | 18 发paper就甭管有没有应用
教授能忽悠到经费
学生能毕业就行 |
L****r 发帖数: 333 | 19 不好意思, 没说清楚。
MALDI Imaging反映某一marker浓度的变化是通过颜色的变化来实现的,比如, 颜色深
就代表其浓度大, 颜色浅代表其浓度低。通过颜色变化我们就可以知道毒物,药物或
者代谢产物在组织里的分布,甚至动物全身的分布。如果一块板上有肿瘤和健康组织,
通过颜色的变化,就可以初步筛选出marker, 当然要确定它就是marker,后面还有很长
路要走。 |
b*******g 发帖数: 1309 | 20 他明白你的意思。。。
就是觉得你这个浓度是不真实的
你要知道在MS里面intensity高不代表浓度高
【在 L****r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 不好意思, 没说清楚。 : MALDI Imaging反映某一marker浓度的变化是通过颜色的变化来实现的,比如, 颜色深 : 就代表其浓度大, 颜色浅代表其浓度低。通过颜色变化我们就可以知道毒物,药物或 : 者代谢产物在组织里的分布,甚至动物全身的分布。如果一块板上有肿瘤和健康组织, : 通过颜色的变化,就可以初步筛选出marker, 当然要确定它就是marker,后面还有很长 : 路要走。
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l****y 发帖数: 398 | 21 I am just curious how many "markers" you can get in this way. I think the
tumor specimen must be very
different from a normal one in tons of ways.
【在 L****r 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 不好意思, 没说清楚。 : MALDI Imaging反映某一marker浓度的变化是通过颜色的变化来实现的,比如, 颜色深 : 就代表其浓度大, 颜色浅代表其浓度低。通过颜色变化我们就可以知道毒物,药物或 : 者代谢产物在组织里的分布,甚至动物全身的分布。如果一块板上有肿瘤和健康组织, : 通过颜色的变化,就可以初步筛选出marker, 当然要确定它就是marker,后面还有很长 : 路要走。
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