w**r
发帖数: 134 | 1 原创，本人学疏才浅，如有错误，敬请谅解
小分子与天然产物药物发现
SS一篇关于小分子和天然产物的蛋白相关性的文章http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja102798t又激起挺SS（自称Schreiberphile）和倒SS的激烈争论 。
SS本篇主要认为天然产物分子活性高，蛋白命中率高，与较多的蛋白相关，而小分子则
相反，虽然命中率低，其与较少的蛋白相关，因此最后强烈暗示自己的 DOS策略的意义
，一般收集的小分子结构太简单很难命中靶点，天然产物如此篇文章所言命中太多靶点
，DOS刚好满足小分子但结构更多，似乎对于寻找药物分子是个很好的选择。文章没仔
细读，对研究手段不太了解，感觉主要是些数据挖掘和统计分析的工作。
此篇文章的内容提出比尝试解决以下几个药物发现长期思考的问题，第一个就是小分子
药物和天然产物药物究竟哪个才更适合作为药物研发的起点，从哪个里面寻找先导化合
物？答案在此篇文章自然是前者。自然而然，第二个问题就是如何找到从小分子化合物
的化学空间中找到小分子药物先导化合物。答案自然是ss提倡的DOS了。这两个问题一
出，自然仁者见仁，智 |
c******n
发帖数: 16403 | 2 DOS对骨架改变限制也很大, 可供选择的反应也不多罢?
【在 w**r 的大作中提到】
: 原创，本人学疏才浅，如有错误，敬请谅解
: 小分子与天然产物药物发现
: SS一篇关于小分子和天然产物的蛋白相关性的文章http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja102798t又激起挺SS（自称Schreiberphile）和倒SS的激烈争论 。
: SS本篇主要认为天然产物分子活性高，蛋白命中率高，与较多的蛋白相关，而小分子则
: 相反，虽然命中率低，其与较少的蛋白相关，因此最后强烈暗示自己的 DOS策略的意义
: ，一般收集的小分子结构太简单很难命中靶点，天然产物如此篇文章所言命中太多靶点
: ，DOS刚好满足小分子但结构更多，似乎对于寻找药物分子是个很好的选择。文章没仔
: 细读，对研究手段不太了解，感觉主要是些数据挖掘和统计分析的工作。
: 此篇文章的内容提出比尝试解决以下几个药物发现长期思考的问题，第一个就是小分子
: 药物和天然产物药物究竟哪个才更适合作为药物研发的起点，从哪个里面寻找先导化合
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F***6
发帖数: 40 | 3 ss快成大仙了。不过我觉得ss和buchwald境界比那些有机合成的人高多了，在我聊过的
范围里。很多别人就是炒卖，这两个人思想确实高。
【在 w**r 的大作中提到】
: 原创，本人学疏才浅，如有错误，敬请谅解
: 小分子与天然产物药物发现
: SS一篇关于小分子和天然产物的蛋白相关性的文章http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja102798t又激起挺SS（自称Schreiberphile）和倒SS的激烈争论 。
: SS本篇主要认为天然产物分子活性高，蛋白命中率高，与较多的蛋白相关，而小分子则
: 相反，虽然命中率低，其与较少的蛋白相关，因此最后强烈暗示自己的 DOS策略的意义
: ，一般收集的小分子结构太简单很难命中靶点，天然产物如此篇文章所言命中太多靶点
: ，DOS刚好满足小分子但结构更多，似乎对于寻找药物分子是个很好的选择。文章没仔
: 细读，对研究手段不太了解，感觉主要是些数据挖掘和统计分析的工作。
: 此篇文章的内容提出比尝试解决以下几个药物发现长期思考的问题，第一个就是小分子
: 药物和天然产物药物究竟哪个才更适合作为药物研发的起点，从哪个里面寻找先导化合
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a**y
发帖数: 464 | 4 你写的是中文么？
感觉像是google translator 从英文翻译过来
真的很难读
（自称Schreiberphile）和倒SS的激烈争论 。
【在 w**r 的大作中提到】
: 原创，本人学疏才浅，如有错误，敬请谅解
: 小分子与天然产物药物发现
: SS一篇关于小分子和天然产物的蛋白相关性的文章http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja102798t又激起挺SS（自称Schreiberphile）和倒SS的激烈争论 。
: SS本篇主要认为天然产物分子活性高，蛋白命中率高，与较多的蛋白相关，而小分子则
: 相反，虽然命中率低，其与较少的蛋白相关，因此最后强烈暗示自己的 DOS策略的意义
: ，一般收集的小分子结构太简单很难命中靶点，天然产物如此篇文章所言命中太多靶点
: ，DOS刚好满足小分子但结构更多，似乎对于寻找药物分子是个很好的选择。文章没仔
: 细读，对研究手段不太了解，感觉主要是些数据挖掘和统计分析的工作。
: 此篇文章的内容提出比尝试解决以下几个药物发现长期思考的问题，第一个就是小分子
: 药物和天然产物药物究竟哪个才更适合作为药物研发的起点，从哪个里面寻找先导化合
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b*******g
发帖数: 1309 | 5 同感，乱七八糟
不如直接写英文呢
【在 a**y 的大作中提到】
: 你写的是中文么？
: 感觉像是google translator 从英文翻译过来
: 真的很难读
:
: （自称Schreiberphile）和倒SS的激烈争论 。
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S******G
发帖数: 965 | 6 DOS好比就是划了条船去海里钓鱼。费力划到某一个地方丢下去某一（几）钟饵吊上来
某一（几）种鱼，就宣称自己钓到的鱼是有多样性的。
又好比一个人去选新娘，到了某一个地方，用自己已经有了的标准，选了些（可能有些
转折关系的）女孩子（说不定是出不了五服），然后说这些女孩有多样性。
话说回来，一个library里面多一个算一个，不管你是dos还是sod做出来的，放在
library里面，数目大了，总是给人一种希望。
【在 c******n 的大作中提到】
: DOS对骨架改变限制也很大, 可供选择的反应也不多罢?
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w**r
发帖数: 134 | 7 半夜看到相关的讨论总结写的，文笔太差，被人鄙视无逻辑，中文写作太差了，惭愧 |
s*******h
发帖数: 3731 | 8 那来全英文的吧。。。
【在 w**r 的大作中提到】
: 半夜看到相关的讨论总结写的，文笔太差，被人鄙视无逻辑，中文写作太差了，惭愧
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h***e
发帖数: 146 | |
s**********e
发帖数: 2888 | 10 我以前是做天然产物的，现在也还算，转了一点点，跑去做营养了，因为最近很多的研
究证明食物里面的小分子有很强的生物作用，比如慢性疾病的预防，当然这一块争论很
厉害，尤其是有些流行病学的数据不是很支持。
上次出去开会的时候，和好几个营养系的教授聊天，他们都说最好不要做这个，因为很
难申请经费。你很难找到一个涉及营养的天然产物分子，活性很强，比如像维生素那样
的，超级强的活性，你不吃就会得病。这样,NIH一般不会给钱支持这样的研究。他们都
认为最好是研究，essential nutrition的分子，比如维生素。 |
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C****o
发帖数: 225 | 11 简单评论几点：
文章研究角度比较新颖，算是有些新意。
不过本来思路挺清楚的一篇文章，楼主总结快把我看糊涂了。通篇文章比较的是天然产
物和小分子，压根没提到DOS，楼
主关于DOS的评价引申似乎都是一厢情愿。既然说道DOS，就评价它两句，我个人感觉
DOS就是SS搞出来的一个花里胡哨
的新名词，它和传统的小分子合成无本质区别，而一味强调其化合物三维架构复杂独特
性，更让整个领域走上了歧途。
最后回到这篇文章，天然产物的靶蛋白connectivity高不高不是关键，真正的关键是天
然产物和小分子把蛋白的对比，这里
作者“聪明”的把小分子把蛋白中和和天然产物共有的部分去除后再对比，呵呵，不如看
看不去除对比如何？ |
t*d
发帖数: 1290 | 12 俺读了所有跟帖。lz 的中文至少是前 3 的位置（包括我的这篇 :-D）。
【在 a**y 的大作中提到】
: 你写的是中文么？
: 感觉像是google translator 从英文翻译过来
: 真的很难读
:
: （自称Schreiberphile）和倒SS的激烈争论 。
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p*****b
发帖数: 30 | 13 Schreiber spoke about this last year at the GRC (my super is the elected
chair). It is an interesting concept. My two-cents is that Academic people
continue to pursue academic interests, and industry people need to focus on
making new drugs. Unfortunately industry has dumped medicinal chemists who
have been trained to make drugs from active hits. Hopefully academics can
find good drugable new validated targets.
The critical aspect which is missing from industry is to persevere on a good
tar |
w**r
发帖数: 134 | 14 我承认dos是我自己从文章引申的，可能是贴上自己的标签了，虽然ss文章是没说，但
他现在大力做的，以前宣扬的，目前还没看出来他要修改自己小分子合成策略吧。
那些形而上的东西， 大牛之间争论下，我们这八卦下。
【在 C****o 的大作中提到】
: 简单评论几点：
: 文章研究角度比较新颖，算是有些新意。
: 不过本来思路挺清楚的一篇文章，楼主总结快把我看糊涂了。通篇文章比较的是天然产
: 物和小分子，压根没提到DOS，楼
: 主关于DOS的评价引申似乎都是一厢情愿。既然说道DOS，就评价它两句，我个人感觉
: DOS就是SS搞出来的一个花里胡哨
: 的新名词，它和传统的小分子合成无本质区别，而一味强调其化合物三维架构复杂独特
: 性，更让整个领域走上了歧途。
: 最后回到这篇文章，天然产物的靶蛋白connectivity高不高不是关键，真正的关键是天
: 然产物和小分子把蛋白的对比，这里
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p*****m
发帖数: 7030 | 15 俺从Bio版跑过来的 我对这个讨论很感兴趣啊 呵呵 我大概看了看他的paper 似乎天然
产物和合成小分子库的差别也并没有大到惊人的地步？剩下的差别也许可以用取样误差
来解释？至于DOS和随机合成的区别能不能多科普科普？我是彻底外行
【在 w**r 的大作中提到】
: 我承认dos是我自己从文章引申的，可能是贴上自己的标签了，虽然ss文章是没说，但
: 他现在大力做的，以前宣扬的，目前还没看出来他要修改自己小分子合成策略吧。
: 那些形而上的东西， 大牛之间争论下，我们这八卦下。
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p*****m
发帖数: 7030 | 16 请问现在药厂对这种困境有什么新思路呢？未来感觉regulation只会越来越严
clinical trial也只会越来越贵 而明显的drugable target不会增加也许只会减少（或
者变复杂 比如multiple targets）如果pipeline的问题不解决药厂完蛋也许只是个时
间问题？
people
on
who
can
good
multiple
their
ago
【在 p*****b 的大作中提到】
: Schreiber spoke about this last year at the GRC (my super is the elected
: chair). It is an interesting concept. My two-cents is that Academic people
: continue to pursue academic interests, and industry people need to focus on
: making new drugs. Unfortunately industry has dumped medicinal chemists who
: have been trained to make drugs from active hits. Hopefully academics can
: find good drugable new validated targets.
: The critical aspect which is missing from industry is to persevere on a good
: tar
|
w**r
发帖数: 134 | 17 I think you bring the argument to the right track.
your super is M.F. so. We must appreciate those people who jump back
academic from industry, who also bring a lot valuable points of industry.
We really don't know what would be the successful backup strategy for the
drug discovery. So we need to thank those pioneers, who give the right
answers and even maybe not.
I'm just a gossip guy, who bring some different points on the table.
Hopefully we can hear more ideas .
people
on
who
can
【在 p*****b 的大作中提到】
: Schreiber spoke about this last year at the GRC (my super is the elected
: chair). It is an interesting concept. My two-cents is that Academic people
: continue to pursue academic interests, and industry people need to focus on
: making new drugs. Unfortunately industry has dumped medicinal chemists who
: have been trained to make drugs from active hits. Hopefully academics can
: find good drugable new validated targets.
: The critical aspect which is missing from industry is to persevere on a good
: tar
|
C****o
发帖数: 225 | 18 I appreciate your bringing up an interesting paper on the board. But you don
't seem to get your points across
clearly.
Let's put science aside and talk about your pic/image for a moment. Maybe
there is a display problem on my
mac here, but I really don't understand the partial blurring of Clinton's
portrait and then going back. Is it
meant for something that I failed to grasp or some avant-garde art that is
totally beyond me? This image
mirrors your logic in arguments in a way.
【在 w**r 的大作中提到】
: I think you bring the argument to the right track.
: your super is M.F. so. We must appreciate those people who jump back
: academic from industry, who also bring a lot valuable points of industry.
: We really don't know what would be the successful backup strategy for the
: drug discovery. So we need to thank those pioneers, who give the right
: answers and even maybe not.
: I'm just a gossip guy, who bring some different points on the table.
: Hopefully we can hear more ideas .
:
: people
|
B******1
发帖数: 9094 | 19 Scientific masturbation is always welcome if it draws eyeballs or brings
money to the group on top of creating a discussion within the community. |
i*****e
发帖数: 286 | 20 As you mentioned, industry has dumped medicinal chemists who have been
trained to make drugs from active hits. Could you please give us more
information about what strategy does industry people adopt now in drug
discovery arena? My random guess is screening effective compounds from a
library based on their actual effects in a disease model. If this is the
case, then the industry has gone back to its old serendipity way.
people
on
who
can
good
multiple
their
ago
【在 p*****b 的大作中提到】
: Schreiber spoke about this last year at the GRC (my super is the elected
: chair). It is an interesting concept. My two-cents is that Academic people
: continue to pursue academic interests, and industry people need to focus on
: making new drugs. Unfortunately industry has dumped medicinal chemists who
: have been trained to make drugs from active hits. Hopefully academics can
: find good drugable new validated targets.
: The critical aspect which is missing from industry is to persevere on a good
: tar
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S******G
发帖数: 965 | 21 industry has dumped medicinal chemists?
【在 i*****e 的大作中提到】
: As you mentioned, industry has dumped medicinal chemists who have been
: trained to make drugs from active hits. Could you please give us more
: information about what strategy does industry people adopt now in drug
: discovery arena? My random guess is screening effective compounds from a
: library based on their actual effects in a disease model. If this is the
: case, then the industry has gone back to its old serendipity way.
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: people
: on
: who
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