G***G
发帖数: 16778 | 1 I would like to ask you one question.
Given a DNA-Seq sample, how to know its species?
For example, can we tell from a DNA-Seq whether it is a fish or not? |
W*******s
发帖数: 18705 | |
g*********r
发帖数: 1443 | 3 我来抛砖引玉。
主要靠sequence alignment。找几个已知的鱼的genome sequence， 比较保守基因的序
列相似程度。 再用几个amphibian， reptile或mammal 的genome 显示区别。
根据house keeping gene的sequence，gene duplication numbers，来计算genetic distance。
实在算不清，就找老刘。他扫一眼就知道了。 |
L****M
发帖数: 3673 | 4 不懂啊。你做个ppt pm 给我吧。
【在 g*********r 的大作中提到】
: 我来抛砖引玉。
: 主要靠sequence alignment。找几个已知的鱼的genome sequence， 比较保守基因的序
: 列相似程度。 再用几个amphibian， reptile或mammal 的genome 显示区别。
: 根据house keeping gene的sequence，gene duplication numbers，来计算genetic distance。
: 实在算不清，就找老刘。他扫一眼就知道了。
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t*******y
发帖数: 10477 | 5 你对那个Seq吼一声：你是鱼吗？你听见它说：不是，我是Gooog,就知道它是谁（的）
了。
【在 G***G 的大作中提到】
: I would like to ask you one question.
: Given a DNA-Seq sample, how to know its species?
: For example, can we tell from a DNA-Seq whether it is a fish or not?
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G***G
发帖数: 16778 | 6 Most of time, I come here for looking for some answers to my question in
academy or life. It is unusual that people see me interfering with some kind
of argument or fighting.
I hope you can get along well with other fishmen here.
I believe that the new leader will make the forum more harmonious.
【在 W*******s 的大作中提到】
: 你别跟我过不去你就能多钓鱼。
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W*******s
发帖数: 18705 | 7 But，I think your replies are always aganist me. I never done anything to
you.
kind
【在 G***G 的大作中提到】
: Most of time, I come here for looking for some answers to my question in
: academy or life. It is unusual that people see me interfering with some kind
: of argument or fighting.
: I hope you can get along well with other fishmen here.
: I believe that the new leader will make the forum more harmonious.
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G***G
发帖数: 16778 | 8 谢谢!很有道理！
不知道物种，怎么下载reference library，用bowtie去对齐呢？
你说的alignment不需要reference library吗？
怎么找这个house keeping gene呢？
distance。
【在 g*********r 的大作中提到】
: 我来抛砖引玉。
: 主要靠sequence alignment。找几个已知的鱼的genome sequence， 比较保守基因的序
: 列相似程度。 再用几个amphibian， reptile或mammal 的genome 显示区别。
: 根据house keeping gene的sequence，gene duplication numbers，来计算genetic distance。
: 实在算不清，就找老刘。他扫一眼就知道了。
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g*********r
发帖数: 1443 | 9 我很多年没做这个了，对最新的tools不太了解。不过参见这个：
http://www.mun.ca/biology/scarr/Coulson_Genomics_of_Gadinae.htm
做法上是差不多的。
【在 L****M 的大作中提到】
: 不懂啊。你做个ppt pm 给我吧。
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L****M
发帖数: 3673 | 10 我靠，好专业阿。多谢多谢。
【在 g*********r 的大作中提到】
: 我很多年没做这个了，对最新的tools不太了解。不过参见这个：
: http://www.mun.ca/biology/scarr/Coulson_Genomics_of_Gadinae.htm
: 做法上是差不多的。
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g********n
发帖数: 4054 | 11 With sequence, a software should tell you it belongs to what family, what's
the percentage it will be certain species.
I believe with DNA, you can even tell white man from black man. That's how
the crime labs are doing all the time. Should be tons of such softwares in
academia and most likely you can use it for free. |
g*********r
发帖数: 1443 | 12 NCBI应该有所有已知genome的deposit。我是研究人的，对鱼类database不是很熟。但
是zebrafish和fugu的genome因为生物医学研究的价值，已经全部sequence了。具有重
要经济价值的鱼类，如catfish, tilapia, salmon应该也被sequence了。
【在 G***G 的大作中提到】
: 谢谢!很有道理！
: 不知道物种，怎么下载reference library，用bowtie去对齐呢？
: 你说的alignment不需要reference library吗？
: 怎么找这个house keeping gene呢？
:
: distance。
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g*********r
发帖数: 1443 | |
g*********r
发帖数: 1443 | 14 对你的问题的细节不清楚。
如果你有一个genome的sequence，想知道这个genome和哪个species最接近，你需要的是几个fish的sequence，和reptile，bird， mamal的sequence。可以做whole
genome alignment。Bowtie似乎更适合multiple sequence向已知reference的mapping。
如果你有的是一段sequence，直接blast就是了。
【在 G***G 的大作中提到】
: 谢谢!很有道理！
: 不知道物种，怎么下载reference library，用bowtie去对齐呢？
: 你说的alignment不需要reference library吗？
: 怎么找这个house keeping gene呢？
:
: distance。
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