t*****z
发帖数: 1598 | 1 我年前琢磨了一圈，看的都是面向玩家的网站，没有摸到门道。机器都组装好了，现在
才想起来应该来这个版上问。怎么样的机器（仅限个人电脑，预算不多）适合科学计算
（特别是生物信息学）？
我现在的配置是：
Core i7-4820K（不加电压稳定超频到4.3GHz，感觉虽然核不多，但是单核性能挺强，
只不知科学运算里多线程的普及程度如何），
2x8GB双通道1866MHz内存（原本想插四通道，但是有个内存插槽好像坏掉了，不知四通
道比起双通道对于科学计算的影响大不大）
GTX650显卡（从别的机器上拆下来的，似乎比较低端。听说新的Maxwell架构发展了
CUDA和双精度运算，想等它出来买）
硬盘是SSD+HDD组合，一套Ubuntu装在SSD里。
各位大神点评下？谢谢！ |
w*x
发帖数: 3456 | 2 科学计算大部分都是直接在服务器上算吧...
不用GPU的话显卡无所谓
内存我觉得还是越大越重要，速度反而不太重要。
要是xeon+ECC的应该是最好的，可是估计这个价钱就太贵了。
超频我觉得也没有太大意义... |
d***a
发帖数: 13752 | 3 如果对计算正确性的要求高，计算时间长，还是要上xeon+ECC吧。
超频是没有意义的，可靠性不好。 |
x********o
发帖数: 2092 | 4 E7-4820不错啊，双cpu或者四cpu科学计算挺好的 |
m**********e
发帖数: 12525 | 5 搞笑.
超频了计算会有可能错误?
【在 d***a 的大作中提到】
: 如果对计算正确性的要求高，计算时间长，还是要上xeon+ECC吧。
: 超频是没有意义的，可靠性不好。
|
m**********e
发帖数: 12525 | 6 无论多少个核,一个进程一次只能占一个核,这个从当年的SGI到现在的windows
从来没改进过.
你要把一个进程均匀配载到各核去,你需要深入了解MPI或者PVM编程,当然某些版本的
matlab也有这个功能.但是matlab比算法语言要慢好几圈
【在 x********o 的大作中提到】
: E7-4820不错啊，双cpu或者四cpu科学计算挺好的
|
E***e
发帖数: 3430 | 7 这个问题我一直想问
MATLAB写的同样的单线程计算程序
在intel机器上就是中只占一个核
在AMD机器上就能把四核都占满
难道这两个平台在核的分配上不一样？
【在 m**********e 的大作中提到】
: 无论多少个核,一个进程一次只能占一个核,这个从当年的SGI到现在的windows
: 从来没改进过.
: 你要把一个进程均匀配载到各核去,你需要深入了解MPI或者PVM编程,当然某些版本的
: matlab也有这个功能.但是matlab比算法语言要慢好几圈
|
m**********e
发帖数: 12525 | 8 以我经验,你这样搞意义不大.
如果计算时间超过一天,最好上超级计算机,这样debug容易跟上.
不然工作进度严重受损.
desktop只有在计算规模不超过小时数量级的前提下有意义,你这些
机器选来选去的区别就是2小时还是3小时的差别,我觉得意义不大.
都等了2小时了,你说再灌1小时的水又如何?
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我年前琢磨了一圈，看的都是面向玩家的网站，没有摸到门道。机器都组装好了，现在
: 才想起来应该来这个版上问。怎么样的机器（仅限个人电脑，预算不多）适合科学计算
: （特别是生物信息学）？
: 我现在的配置是：
: Core i7-4820K（不加电压稳定超频到4.3GHz，感觉虽然核不多，但是单核性能挺强，
: 只不知科学运算里多线程的普及程度如何），
: 2x8GB双通道1866MHz内存（原本想插四通道，但是有个内存插槽好像坏掉了，不知四通
: 道比起双通道对于科学计算的影响大不大）
: GTX650显卡（从别的机器上拆下来的，似乎比较低端。听说新的Maxwell架构发展了
: CUDA和双精度运算，想等它出来买）
|
m**********e
发帖数: 12525 | 9 只有某些版本的matlab有并行计算的能力
大部分只能占一个核,所以你买了4核全除了灌水容易,别的屁好处都没有.
这个问题从十年前的SGI超级计算机到现在的intel desktop,都是这样.
你要在intel上进行matlab并行,建议学习MPI
【在 E***e 的大作中提到】
: 这个问题我一直想问
: MATLAB写的同样的单线程计算程序
: 在intel机器上就是中只占一个核
: 在AMD机器上就能把四核都占满
: 难道这两个平台在核的分配上不一样？
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d***a
发帖数: 13752 | 10 这真是搞笑了...简单的常识，超频后出错的概率大增。
【在 m**********e 的大作中提到】
: 搞笑.
: 超频了计算会有可能错误?
|
|
|
m**********e
发帖数: 12525 | 11 搞笑,
一个需要运算几天的数值计算程序,你写的时候难道都不考虑Machine error?
【在 d***a 的大作中提到】
: 这真是搞笑了...简单的常识，超频后出错的概率大增。
|
x********o
发帖数: 2092 | 12 你怎么定义matlab的单线程程序。matlab矩阵运算跟BLAS有关。BLAS在安装时是设定好
多少核，这个东东好像有个最优的核数目，跟计算的矩阵大小相关。
【在 E***e 的大作中提到】
: 这个问题我一直想问
: MATLAB写的同样的单线程计算程序
: 在intel机器上就是中只占一个核
: 在AMD机器上就能把四核都占满
: 难道这两个平台在核的分配上不一样？
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d***a
发帖数: 13752 | 13 这不是胡扯吗。超频后出错率大增，和程序是不是自容错是两回事。
【在 m**********e 的大作中提到】
: 搞笑,
: 一个需要运算几天的数值计算程序,你写的时候难道都不考虑Machine error?
|
w*x
发帖数: 3456 | |
t*****z
发帖数: 1598 | 15 谢谢各位的回复！不看你们的专业意见，我想不到程序纠错方面去。以前也考察过服务
器和工作站的配法，听闻ECC内存的性能不如同指标的普通内存，甚至故意回避。
我面对的计算的确时间比较长，在一般的机器上长到两个星期。我有超算服务器可以用
，但是也需要三到六天（视人品）。如果要改程序加参数，时间甚至更长。而服务器上
提交任务不能超过两个星期。所以我才考虑自己搭建计算平台。用了i7-4820K加GTX650
的平台，的确时间缩短到服务器的一半左右，而且我自己想怎么改参数都可以，服务器
上的却有限制。
i7-4820K这款CPU，超频到4.3GHz，发热和能耗甚至比额定频率下更低。我是看了攻略
才买的，结果诚不我欺。我用的很普通的风冷散热器，全核满负荷运行温度不超过50度。
显卡我还是需要的，因为所用的几个程序可以利用显卡资源。在A卡的OpenCL和N卡的
CUDA+OpenCL之间犹豫。两种技术都可以用。虽然A卡挖矿远强于N卡，但是科学计算毕
竟不只是挖矿，当然我也不知道本质上有何区别。
【在 m**********e 的大作中提到】
: 以我经验,你这样搞意义不大.
: 如果计算时间超过一天,最好上超级计算机,这样debug容易跟上.
: 不然工作进度严重受损.
: desktop只有在计算规模不超过小时数量级的前提下有意义,你这些
: 机器选来选去的区别就是2小时还是3小时的差别,我觉得意义不大.
: 都等了2小时了,你说再灌1小时的水又如何?
|
d***a
发帖数: 13752 | 16 如果是你们组里搞计算，用funding来买，不应该这样节省啊。这么长的计算时间，正
常的配置，应该是用Xeon+ECC内存，计算的可靠性要高很多。
GTX650
【在 t*****z 的大作中提到】
: 谢谢各位的回复！不看你们的专业意见，我想不到程序纠错方面去。以前也考察过服务
: 器和工作站的配法，听闻ECC内存的性能不如同指标的普通内存，甚至故意回避。
: 我面对的计算的确时间比较长，在一般的机器上长到两个星期。我有超算服务器可以用
: ，但是也需要三到六天（视人品）。如果要改程序加参数，时间甚至更长。而服务器上
: 提交任务不能超过两个星期。所以我才考虑自己搭建计算平台。用了i7-4820K加GTX650
: 的平台，的确时间缩短到服务器的一半左右，而且我自己想怎么改参数都可以，服务器
: 上的却有限制。
: i7-4820K这款CPU，超频到4.3GHz，发热和能耗甚至比额定频率下更低。我是看了攻略
: 才买的，结果诚不我欺。我用的很普通的风冷散热器，全核满负荷运行温度不超过50度。
: 显卡我还是需要的，因为所用的几个程序可以利用显卡资源。在A卡的OpenCL和N卡的
|
x********o
发帖数: 2092 | 17 超频能加快多少？ 你用GPU也是多个计算单元并行来加快的。何不让公司或者组里的配
个dell blade的服务器，里面2个E7 CPU就能有40个threads，已经很快了。
GTX650
度。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 谢谢各位的回复！不看你们的专业意见，我想不到程序纠错方面去。以前也考察过服务
: 器和工作站的配法，听闻ECC内存的性能不如同指标的普通内存，甚至故意回避。
: 我面对的计算的确时间比较长，在一般的机器上长到两个星期。我有超算服务器可以用
: ，但是也需要三到六天（视人品）。如果要改程序加参数，时间甚至更长。而服务器上
: 提交任务不能超过两个星期。所以我才考虑自己搭建计算平台。用了i7-4820K加GTX650
: 的平台，的确时间缩短到服务器的一半左右，而且我自己想怎么改参数都可以，服务器
: 上的却有限制。
: i7-4820K这款CPU，超频到4.3GHz，发热和能耗甚至比额定频率下更低。我是看了攻略
: 才买的，结果诚不我欺。我用的很普通的风冷散热器，全核满负荷运行温度不超过50度。
: 显卡我还是需要的，因为所用的几个程序可以利用显卡资源。在A卡的OpenCL和N卡的
|
e***e
发帖数: 3872 | 18 GTX650有雙精度，只是咚銌卧葐尉鹊纳俸芏啵F在市面上有的Titan是全雙精度咚
銌卧模琓esla比只是無ECC，驅動支持差些。不過GPU要好好利用，算法上花的功夫
不少，所以要盡量把費時間的咚戕D化有廠家咚銕熘С值摹br />
單機上自己就不要太去折騰MPI什麼的了，盡量找現成的庫。Intel的CPU最好是用他們
家的編譯器和數值計算庫，至少矩陣咚恪FT之類的可以快幾倍。
這些優化，加上足夠多內存，比超頻什麼的有效多了。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我年前琢磨了一圈，看的都是面向玩家的网站，没有摸到门道。机器都组装好了，现在
: 才想起来应该来这个版上问。怎么样的机器（仅限个人电脑，预算不多）适合科学计算
: （特别是生物信息学）？
: 我现在的配置是：
: Core i7-4820K（不加电压稳定超频到4.3GHz，感觉虽然核不多，但是单核性能挺强，
: 只不知科学运算里多线程的普及程度如何），
: 2x8GB双通道1866MHz内存（原本想插四通道，但是有个内存插槽好像坏掉了，不知四通
: 道比起双通道对于科学计算的影响大不大）
: GTX650显卡（从别的机器上拆下来的，似乎比较低端。听说新的Maxwell架构发展了
: CUDA和双精度运算，想等它出来买）
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l*****e
发帖数: 276 | 19 我觉得你主要问题是在超算上，3－6天比较长了，个人机器不是主要问题。如果单机要
算两周的话，又能上超算，就不应该在单机上算了。在单机上做调试和试验就好了。这
样的话Xeon 和ECC以都不需要，超频追求一下单核速度也可以。我觉得实在只能用单机
算时间又比较长的话才值得好好搞台工作站。供参考。
GTX650
度。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 谢谢各位的回复！不看你们的专业意见，我想不到程序纠错方面去。以前也考察过服务
: 器和工作站的配法，听闻ECC内存的性能不如同指标的普通内存，甚至故意回避。
: 我面对的计算的确时间比较长，在一般的机器上长到两个星期。我有超算服务器可以用
: ，但是也需要三到六天（视人品）。如果要改程序加参数，时间甚至更长。而服务器上
: 提交任务不能超过两个星期。所以我才考虑自己搭建计算平台。用了i7-4820K加GTX650
: 的平台，的确时间缩短到服务器的一半左右，而且我自己想怎么改参数都可以，服务器
: 上的却有限制。
: i7-4820K这款CPU，超频到4.3GHz，发热和能耗甚至比额定频率下更低。我是看了攻略
: 才买的，结果诚不我欺。我用的很普通的风冷散热器，全核满负荷运行温度不超过50度。
: 显卡我还是需要的，因为所用的几个程序可以利用显卡资源。在A卡的OpenCL和N卡的
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i******r
发帖数: 1415 | 20 跟LZ情况一样，也是一跑两周的程序。。。
也是自己配了个台式机，也是4820k。。。 |
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t**t
发帖数: 27760 | 21 i7-4820K这款CPU，超频到4.3GHz，发热和能耗甚至比额定频率下更低。我是看了攻略才
买的，结果诚不我欺。我用的很普通的风冷散热器，全核满负荷运行温度不超过50度。
Intel有这么牛？
GTX650
度。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 谢谢各位的回复！不看你们的专业意见，我想不到程序纠错方面去。以前也考察过服务
: 器和工作站的配法，听闻ECC内存的性能不如同指标的普通内存，甚至故意回避。
: 我面对的计算的确时间比较长，在一般的机器上长到两个星期。我有超算服务器可以用
: ，但是也需要三到六天（视人品）。如果要改程序加参数，时间甚至更长。而服务器上
: 提交任务不能超过两个星期。所以我才考虑自己搭建计算平台。用了i7-4820K加GTX650
: 的平台，的确时间缩短到服务器的一半左右，而且我自己想怎么改参数都可以，服务器
: 上的却有限制。
: i7-4820K这款CPU，超频到4.3GHz，发热和能耗甚至比额定频率下更低。我是看了攻略
: 才买的，结果诚不我欺。我用的很普通的风冷散热器，全核满负荷运行温度不超过50度。
: 显卡我还是需要的，因为所用的几个程序可以利用显卡资源。在A卡的OpenCL和N卡的
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t*****z
发帖数: 1598 | 22 谢谢!我也是这么想,超算服务器上一次提交很多个任务,等周末看结果,自家机器用来测
试一些新的参数组合,还可以实时监控。更重要的是有些新的idea,自家算可以比服务器
早几天得到初步结果。
自己买工作站有点贵。我配台个人电脑花1000美元就很顶级了,了不起再加块1000美元
的泰坦显卡。纸面性能可以跟五千一万美元的工作站相比了。
【在 l*****e 的大作中提到】
: 我觉得你主要问题是在超算上，3－6天比较长了，个人机器不是主要问题。如果单机要
: 算两周的话，又能上超算，就不应该在单机上算了。在单机上做调试和试验就好了。这
: 样的话Xeon 和ECC以都不需要，超频追求一下单核速度也可以。我觉得实在只能用单机
: 算时间又比较长的话才值得好好搞台工作站。供参考。
:
: GTX650
: 度。
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t*****z
发帖数: 1598 | 23 握手~用着感觉如何?
【在 i******r 的大作中提到】
: 跟LZ情况一样，也是一跑两周的程序。。。
: 也是自己配了个台式机，也是4820k。。。
|
t*****z
发帖数: 1598 | 24 是真的,youtube里输入i7-4820k overclock出来第一个视频就是我的出处,里面解释了
为什么会这样。我只是简单地把倍频设成43,别的啥都没动就成功了。
略才
【在 t**t 的大作中提到】
: i7-4820K这款CPU，超频到4.3GHz，发热和能耗甚至比额定频率下更低。我是看了攻略才
: 买的，结果诚不我欺。我用的很普通的风冷散热器，全核满负荷运行温度不超过50度。
: Intel有这么牛？
:
: GTX650
: 度。
|
t*****z
发帖数: 1598 | 25 谢谢指点!GTX650这样的入门N卡的双精度gflops跟A家的几款挖矿神卡比可以说是忽略
不计吧。即使是这样的低端卡,我插上去后计算时间也有显著缩短(我的计算的确是用双
精度的)。我想买块好点的卡恐怕就可以缩短一个数量级了吧。
【在 e***e 的大作中提到】
: GTX650有雙精度，只是咚銌卧葐尉鹊纳俸芏啵F在市面上有的Titan是全雙精度咚
: 銌卧模琓esla比只是無ECC，驅動支持差些。不過GPU要好好利用，算法上花的功夫
: 不少，所以要盡量把費時間的咚戕D化有廠家咚銕熘С值摹br />
: 單機上自己就不要太去折騰MPI什麼的了，盡量找現成的庫。Intel的CPU最好是用他們
: 家的編譯器和數值計算庫，至少矩陣咚恪FT之類的可以快幾倍。
: 這些優化，加上足夠多內存，比超頻什麼的有效多了。
|
P******X
发帖数: 482 | 26 还有人给专门做计算的机器超频。真是开眼界
真正做大量计算必须上Xeon+ECC memory,现在还要加上Telsa。Xeon CPU跟memory卡之
间的数据流带宽是i7的2~5倍。什么纸给你显示的是一样的？ Telsa之类被叫作co-P也
不是只是多了一个node |
t*****z
发帖数: 1598 | 27 你好，希望你能够改进下说话语气。我是菜鸟所以上这个版来发问，术业有专攻，你不
必如此有优越感。
我看的纸面数据包括PassMark、3DMark的评测结果，各种评测文章给出的各种项目的结
果，以及官网上列举的原始参数等。我看的时候着重关注科学计算的性能而不仅仅是一
般桌面应用的性能。
就你所举的例子而言，Xeon E5系列里单核性能最高的2687W v2，8核16线程，主频最高
4GHz，25M缓存，官网标价2108美元一个，组个双Xeon工作站就是四千多。我的i7-
4820K，4核8线程，同为Ivy Bridge，和内存通信的最大带宽同为59.7 GB/s，同样支持
最多四通道1866MHz的内存。我看不出跟双Xeon工作站有什么差距了。主频最高3.9GHz
，我还可以超频。我推测单线程性能应该不弱于Xeon。本来能用到双Xeon的32个线程的
程序就不多。我又不是搞服务器，线程太多显得浪费。缓存少些10MB。我也不清楚缓存
大小对科学计算的重要性，所以上来问。这样一颗芯片我在ebay上300块钱就可以拿下。
再说显卡。专业卡里最高端的Tesla K40和民用卡里最高端的泰坦显卡比。架构一样，
核心数一样，内存带宽一样，总线位宽一样，内存总量前者多一倍，主频后者高，浮点
运算性能前者4290低于后者4494，跟主板的接口反正都一样是两条PCIe 3.0，不会有什
么差距。前者5000美元，后者1000美元。
再举一块可能专业人士看来不值一提的大妈挖矿用的矿卡HD 7970 GE，内存带宽和总线
位宽跟前面两个一样，内存跟泰坦一样多，核心数2048，比Tesla K40的2880少一点，
主频高多了。不是一家的卡不好单看设计指标。看性能，该卡单精度浮点运算4300，双
精度1075，比起Tesla K40的1430差了不多。我看评测文章的时候不是看它挖矿快不快
，而是科学计算里的性能，比如Tom's Hardware的Workstation Graphics 2013。这卡
买一块才400多钱，我的主板虽然小，插两块是没问题的，可惜现在挖矿挖得都断货了
。我想地摊卖的挖矿机没有用Tesla的，想必有其道理，而且是跟行业标准无关的硬道
理。
以上是我菜鸟胡乱翻书得出来的粗浅见识，对数字背后的意义没有任何深刻理解，所以
希望得到高手的指点，告诉我这样那样想其实是不对的。多谢！
【在 P******X 的大作中提到】
: 还有人给专门做计算的机器超频。真是开眼界
: 真正做大量计算必须上Xeon+ECC memory,现在还要加上Telsa。Xeon CPU跟memory卡之
: 间的数据流带宽是i7的2~5倍。什么纸给你显示的是一样的？ Telsa之类被叫作co-P也
: 不是只是多了一个node
|
m****s
发帖数: 1481 | 28 如果算法可以并行的话，我推荐用gpu，相对于cpu搞并行用多线程比如mpi这些，gpu跑
并行的上手难度小多了。而且速度提升还是很大的，特别是不需要非常高精度的。
我之前把组里的通信仿真从c转成opencl，速度提升有10-40倍，当然是跑的单精度，因
为通信的最终硬件实现只有6-7位，所以单精度，甚至半精度都是绰绰有余的。其他的
科学计算我就不确定了，不过即使都是跑双精度，gpu一般也能比cpu快5-10倍，我是说
同价位的一个cpu和一个gpu比。
当然最快的还是fpga，不过那个开发起来费时间一些，design重复利用率也不高，不像
code |
m****s
发帖数: 1481 | 29 xeon做科学计算是不错的，ecc内存其实不一定了，的确基本上以计算性能为卖点的工
作站都配了ecc内存，但是就算是普通内存的设计容错率也是非常低基本上在寿命范围
内可以忽略的。
telsa是啥？我只知道tesla，这个也是典型的公家钱不宰白不宰。其实如果是小单位
budget有限或者个人用，就用geforce,radeon这些游戏卡就足够了，价格便宜量又足。
花一块tesla的钱买3块geforce速度快多了，就是多用点儿电。
挖矿可能a卡快些，我个人觉得是挖矿软件的问题。从我组里的经验来看，用opencl标
准库写的程序跑仿真，在同级别/价位的a卡和n卡上速度差别并不大，毕竟物理计算能
力都差不多。
【在 P******X 的大作中提到】
: 还有人给专门做计算的机器超频。真是开眼界
: 真正做大量计算必须上Xeon+ECC memory,现在还要加上Telsa。Xeon CPU跟memory卡之
: 间的数据流带宽是i7的2~5倍。什么纸给你显示的是一样的？ Telsa之类被叫作co-P也
: 不是只是多了一个node
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t*****z
发帖数: 1598 | 30 谢谢指点！从我所读到的消息看，游戏卡比起专业卡，故意阉割了双精度性能。N卡（
除泰坦）双精度运算速度只有单精度的24分之一。但是A卡阉割得不那么厉害，其中
Tahiti架构的几款显卡都有单精度的四分之一，算是相对比例最高的。所以我才想买那
些卡，而不是看中他们的挖矿速度。
我似乎读到，Intel的核心显卡没有阉割双精度，说不定用那种鸡肋的集显跑需要双精
度的OpenCL程序反而比两三百的N卡更快。
【在 m****s 的大作中提到】
: xeon做科学计算是不错的，ecc内存其实不一定了，的确基本上以计算性能为卖点的工
: 作站都配了ecc内存，但是就算是普通内存的设计容错率也是非常低基本上在寿命范围
: 内可以忽略的。
: telsa是啥？我只知道tesla，这个也是典型的公家钱不宰白不宰。其实如果是小单位
: budget有限或者个人用，就用geforce,radeon这些游戏卡就足够了，价格便宜量又足。
: 花一块tesla的钱买3块geforce速度快多了，就是多用点儿电。
: 挖矿可能a卡快些，我个人觉得是挖矿软件的问题。从我组里的经验来看，用opencl标
: 准库写的程序跑仿真，在同级别/价位的a卡和n卡上速度差别并不大，毕竟物理计算能
: 力都差不多。
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d***a
发帖数: 13752 | 31 老兄，说实话我觉得你有点走火入魔了。业余爱好者这样搞还算了，本来就是好玩。工
作中搞计算，不是这个搞法。
9GHz
【在 t*****z 的大作中提到】
: 你好，希望你能够改进下说话语气。我是菜鸟所以上这个版来发问，术业有专攻，你不
: 必如此有优越感。
: 我看的纸面数据包括PassMark、3DMark的评测结果，各种评测文章给出的各种项目的结
: 果，以及官网上列举的原始参数等。我看的时候着重关注科学计算的性能而不仅仅是一
: 般桌面应用的性能。
: 就你所举的例子而言，Xeon E5系列里单核性能最高的2687W v2，8核16线程，主频最高
: 4GHz，25M缓存，官网标价2108美元一个，组个双Xeon工作站就是四千多。我的i7-
: 4820K，4核8线程，同为Ivy Bridge，和内存通信的最大带宽同为59.7 GB/s，同样支持
: 最多四通道1866MHz的内存。我看不出跟双Xeon工作站有什么差距了。主频最高3.9GHz
: ，我还可以超频。我推测单线程性能应该不弱于Xeon。本来能用到双Xeon的32个线程的
|
P****S
发帖数: 2286 | 32 科学计算机器最重要的指标是内存的大小。你需要估计一下你的数据量然后决定内存大
小。至于几个通道比起内存不够用硬盘充数都是小问题。
如果有条件上ECC比较好。ECC真正的好处是内存出错之后能让你立刻知道。非ECC内存
一般都是系统频繁死机之后，才会去测内存是否有问题。从内存出问题，到你知道内存
出问题这段时间里出的结果就都浪费了。另外你也很难知道内存到底啥时候出的问题。
你需要搞清楚你的运算是整数，单精度还是双精度。用户级的N卡GTX5xx系列双精度强
，GTX6xx系列单精度强。GTX7xx情况不太清楚，有知道的欢迎补充一下。
如果code能用Matlab写，还是上Matlab，编程和调试都很方便。如果你的数据内部比较
独立的话，Matlab里很容易实现并行，而且效率非常高。
现在一两万美金就能买到4-way服务器。最好是组里出钱买个机器，你在家里能远程登
录上去用就行了。如果数据量比较大，multiple copy之间的同步其实挺麻烦的。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我年前琢磨了一圈，看的都是面向玩家的网站，没有摸到门道。机器都组装好了，现在
: 才想起来应该来这个版上问。怎么样的机器（仅限个人电脑，预算不多）适合科学计算
: （特别是生物信息学）？
: 我现在的配置是：
: Core i7-4820K（不加电压稳定超频到4.3GHz，感觉虽然核不多，但是单核性能挺强，
: 只不知科学运算里多线程的普及程度如何），
: 2x8GB双通道1866MHz内存（原本想插四通道，但是有个内存插槽好像坏掉了，不知四通
: 道比起双通道对于科学计算的影响大不大）
: GTX650显卡（从别的机器上拆下来的，似乎比较低端。听说新的Maxwell架构发展了
: CUDA和双精度运算，想等它出来买）
|
C***i
发帖数: 486 | |
l********k
发帖数: 14844 | 34 matlabpool 支持本地多核以及分布式计算。
【在 m**********e 的大作中提到】
: 只有某些版本的matlab有并行计算的能力
: 大部分只能占一个核,所以你买了4核全除了灌水容易,别的屁好处都没有.
: 这个问题从十年前的SGI超级计算机到现在的intel desktop,都是这样.
: 你要在intel上进行matlab并行,建议学习MPI
|
n******7
发帖数: 12463 | 35 看样子你是自己玩票做bioinfo？
CPU差不多就好，你单机跑，快慢也就那样，核多很重要
内存越大越好，不解释
硬盘越大越好，特别做NGS的
GPU计算还用得不多，当然这个也看领域。
像MD这种方向，跑现成工具，似乎还是有些用的
自己写代码的基本不用 |
w*s
发帖数: 272 | |
t*****z
发帖数: 1598 | 37 呵呵，你说得最中肯了。我做进化分析，要用到GPU。NGS只是学了点，迟早会用到的。
我记得你提的建议了，等内存降价了多插一些。多谢！
【在 n******7 的大作中提到】
: 看样子你是自己玩票做bioinfo？
: CPU差不多就好，你单机跑，快慢也就那样，核多很重要
: 内存越大越好，不解释
: 硬盘越大越好，特别做NGS的
: GPU计算还用得不多，当然这个也看领域。
: 像MD这种方向，跑现成工具，似乎还是有些用的
: 自己写代码的基本不用
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t*****z
发帖数: 1598 | 38 谢谢你的详细说明！我的主板上最多可以插64GB的内存，我想已经是个人电脑的极限了
。我面对的任务有时候的确需要很多的内存，实验室里4-8GB的老机器根本跑不来，我
在家开java程序都要加上-Xmx12000M才能跑，现在我的16GB是够用以后可能会遇到更大
的。既然这样我就多插内存吧。
我现在面对的运算确定无疑是双精度的，所以我才很关注显卡的双精度性能。我从网上
了解到，GTX6xx和7xx的双精度都是人为限制在单精度的24分之一，GTX470/480/570/
580的比例是八分之一，算是桌面N卡除泰坦外最好的，但是和AMD的Tahiti架构的几款
卡相比还是差几条街。这里有个评测：
http://www.tomshardware.com/reviews/geforce-gtx-780-performance
【在 P****S 的大作中提到】
: 科学计算机器最重要的指标是内存的大小。你需要估计一下你的数据量然后决定内存大
: 小。至于几个通道比起内存不够用硬盘充数都是小问题。
: 如果有条件上ECC比较好。ECC真正的好处是内存出错之后能让你立刻知道。非ECC内存
: 一般都是系统频繁死机之后，才会去测内存是否有问题。从内存出问题，到你知道内存
: 出问题这段时间里出的结果就都浪费了。另外你也很难知道内存到底啥时候出的问题。
: 你需要搞清楚你的运算是整数，单精度还是双精度。用户级的N卡GTX5xx系列双精度强
: ，GTX6xx系列单精度强。GTX7xx情况不太清楚，有知道的欢迎补充一下。
: 如果code能用Matlab写，还是上Matlab，编程和调试都很方便。如果你的数据内部比较
: 独立的话，Matlab里很容易实现并行，而且效率非常高。
: 现在一两万美金就能买到4-way服务器。最好是组里出钱买个机器，你在家里能远程登
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t*****z
发帖数: 1598 | 39 谢谢！话糙理不糙，很有参考意义，这个帖子中那么多回复让我明白了行业标准。我最
初有个担心就是街机算出来的结果杂志编辑会不认。
【在 d***a 的大作中提到】
: 老兄，说实话我觉得你有点走火入魔了。业余爱好者这样搞还算了，本来就是好玩。工
: 作中搞计算，不是这个搞法。
:
: 9GHz
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L***n
发帖数: 6727 | 40 这和你算的结果好不好有关吧，不是看用什么机算的，编辑也不care
【在 t*****z 的大作中提到】
: 谢谢！话糙理不糙，很有参考意义，这个帖子中那么多回复让我明白了行业标准。我最
: 初有个担心就是街机算出来的结果杂志编辑会不认。
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t*****z
发帖数: 1598 | 41 我总共花了869美元，不包括显卡和电源，后者是从别的机器里拆下来的。配件不少都
是ebay上便宜买的，主板图便宜买二手货，结果受到教训了，有内存插槽是坏的。
【在 w*s 的大作中提到】
: 花了多少钱啊
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w***n
发帖数: 1613 | 42 长时间运算还是ecc安心点
GTX650
度。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 谢谢各位的回复！不看你们的专业意见，我想不到程序纠错方面去。以前也考察过服务
: 器和工作站的配法，听闻ECC内存的性能不如同指标的普通内存，甚至故意回避。
: 我面对的计算的确时间比较长，在一般的机器上长到两个星期。我有超算服务器可以用
: ，但是也需要三到六天（视人品）。如果要改程序加参数，时间甚至更长。而服务器上
: 提交任务不能超过两个星期。所以我才考虑自己搭建计算平台。用了i7-4820K加GTX650
: 的平台，的确时间缩短到服务器的一半左右，而且我自己想怎么改参数都可以，服务器
: 上的却有限制。
: i7-4820K这款CPU，超频到4.3GHz，发热和能耗甚至比额定频率下更低。我是看了攻略
: 才买的，结果诚不我欺。我用的很普通的风冷散热器，全核满负荷运行温度不超过50度。
: 显卡我还是需要的，因为所用的几个程序可以利用显卡资源。在A卡的OpenCL和N卡的
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w***n
发帖数: 1613 | 43 这是不可能的
【在 t**t 的大作中提到】
: i7-4820K这款CPU，超频到4.3GHz，发热和能耗甚至比额定频率下更低。我是看了攻略才
: 买的，结果诚不我欺。我用的很普通的风冷散热器，全核满负荷运行温度不超过50度。
: Intel有这么牛？
:
: GTX650
: 度。
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t**t
发帖数: 27760 | 44 我也认为不可能
【在 w***n 的大作中提到】
: 这是不可能的
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ay
发帖数: 2267 | 45 其实没必要吧，科学计算通常算法都会收敛
出点小差错最后对结果一般没啥大影响。
【在 w***n 的大作中提到】
: 长时间运算还是ecc安心点
:
: GTX650
: 度。
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a***e
发帖数: 27968 | 46 intel set the default voltage too high to ensure the yield.
if you are lucky enough and likely you would be, the 4820K could
run at voltage lower than default while overclock to 4.3GHZ
4820k is a E on 2011 platform. it is larger comes with metalic thermal paste
under the casing rather than cheap grease like in 4770K.
intel played a quite dirty trick after the 2600K that limit
the OC potential of 22nm chips
if they did the right thing, 4770k should OC much better.
略才
【在 t**t 的大作中提到】
: i7-4820K这款CPU，超频到4.3GHz，发热和能耗甚至比额定频率下更低。我是看了攻略才
: 买的，结果诚不我欺。我用的很普通的风冷散热器，全核满负荷运行温度不超过50度。
: Intel有这么牛？
:
: GTX650
: 度。
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m**********e
发帖数: 12525 | 47 唉,楼主是杀老鼠的,
它的计算机做的其实根本不是传统意义上的科学计算,
而是对离散数据的mining,所以正确性不能有闪失.
你看本贴许多跟帖的也是杀老鼠的,所以一再提及内存种类选择的重要性.
你说,我们这些在传统数值计算领域混了这么多年的,可曾听说过内存可靠性要求吗?
从来没有,因为正如你所说的,科学计算算法都要求内禀收敛,除非涉及临界点边缘
的计算,machine error都不需要考虑.
【在 ay 的大作中提到】
: 其实没必要吧，科学计算通常算法都会收敛
: 出点小差错最后对结果一般没啥大影响。
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d***a
发帖数: 13752 | 48
这个你倒是不用担心，有什么重要的发现，你算第二遍，第三遍校验就行了。不过有很
小的概率，你的程序有可能错过重要的发现。
主要的问题是你没有必要在这种几百元的事情上耗时间。纳税人一年在一个有support
的PhD学生上，至少要花四五万美元，postdoc至少七八万美元。如果你有什么计算要求
，应该大大方方向组里提出来，花个一两万美元不是什么大的开销。
你这样花时间的方式也不对。你应该把时间花在优化程序上。编译优化很容易拿到几十
个百分点的性能，数据优化可以拿到几十个百分点到几倍的性能，算法和计算流程优化
可以拿到几倍到上十倍的性能，比花在攒机上的时间有意义多了。而且很明显，攒机不
是你的长处。
如果你真的是budget有限，买个Dell XPS 8700，配大内存，再加个好的GPU就行了。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 谢谢！话糙理不糙，很有参考意义，这个帖子中那么多回复让我明白了行业标准。我最
: 初有个担心就是街机算出来的结果杂志编辑会不认。
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a***n
发帖数: 538 | 49 AWS有GPU的可以用啊，租个10台一起算怎么也比一台快了。 |
d*a
发帖数: 1863 | 50 我说呢
怎么玩并行计算变成这种高大上的技术还用matlab这种钓丝玩意
至少得用个C++吧
【在 m**********e 的大作中提到】
: 唉,楼主是杀老鼠的,
: 它的计算机做的其实根本不是传统意义上的科学计算,
: 而是对离散数据的mining,所以正确性不能有闪失.
: 你看本贴许多跟帖的也是杀老鼠的,所以一再提及内存种类选择的重要性.
: 你说,我们这些在传统数值计算领域混了这么多年的,可曾听说过内存可靠性要求吗?
: 从来没有,因为正如你所说的,科学计算算法都要求内禀收敛,除非涉及临界点边缘
: 的计算,machine error都不需要考虑.
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ay
发帖数: 2267 | 51 您老太不厚道了
【在 m**********e 的大作中提到】
: 唉,楼主是杀老鼠的,
: 它的计算机做的其实根本不是传统意义上的科学计算,
: 而是对离散数据的mining,所以正确性不能有闪失.
: 你看本贴许多跟帖的也是杀老鼠的,所以一再提及内存种类选择的重要性.
: 你说,我们这些在传统数值计算领域混了这么多年的,可曾听说过内存可靠性要求吗?
: 从来没有,因为正如你所说的,科学计算算法都要求内禀收敛,除非涉及临界点边缘
: 的计算,machine error都不需要考虑.
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t*****z
发帖数: 1598 | 52 谢谢！你说得对，的确应该从这个角度来思考问题，这样才是正途。
Dell XPS 8700我也考虑过了，当时感恩节，还有优惠，的确很值得。唯一担心是它的
机箱通风不好，看上去开口很少。
support
【在 d***a 的大作中提到】
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: 这个你倒是不用担心，有什么重要的发现，你算第二遍，第三遍校验就行了。不过有很
: 小的概率，你的程序有可能错过重要的发现。
: 主要的问题是你没有必要在这种几百元的事情上耗时间。纳税人一年在一个有support
: 的PhD学生上，至少要花四五万美元，postdoc至少七八万美元。如果你有什么计算要求
: ，应该大大方方向组里提出来，花个一两万美元不是什么大的开销。
: 你这样花时间的方式也不对。你应该把时间花在优化程序上。编译优化很容易拿到几十
: 个百分点的性能，数据优化可以拿到几十个百分点到几倍的性能，算法和计算流程优化
: 可以拿到几倍到上十倍的性能，比花在攒机上的时间有意义多了。而且很明显，攒机不
: 是你的长处。
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t*****z
发帖数: 1598 | 53 谢谢！我倒不是杀老鼠的。我目前的主要用途是做进化树，要用贝叶斯推断，CPU满负
荷，内存消耗很少。我想这算是科学计算吧。其他各种计算里也有消耗很大内存的，比
如模拟基因组进化，的确经常遇到内存不够用而卡住的情况。所以我想要的是比较通用
的配置。谢谢你指出科学计算算法的特点，让我学到了东西。
【在 m**********e 的大作中提到】
: 唉,楼主是杀老鼠的,
: 它的计算机做的其实根本不是传统意义上的科学计算,
: 而是对离散数据的mining,所以正确性不能有闪失.
: 你看本贴许多跟帖的也是杀老鼠的,所以一再提及内存种类选择的重要性.
: 你说,我们这些在传统数值计算领域混了这么多年的,可曾听说过内存可靠性要求吗?
: 从来没有,因为正如你所说的,科学计算算法都要求内禀收敛,除非涉及临界点边缘
: 的计算,machine error都不需要考虑.
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j****x
发帖数: 943 | 54 second this. 楼主兄弟你起码也弄个python+numpy+scipy吧。如果python不够快，就
上c++， 再不行就上C和fortran。 如果还不行，就多买两块gpu，不就行了。
【在 d*a 的大作中提到】
: 我说呢
: 怎么玩并行计算变成这种高大上的技术还用matlab这种钓丝玩意
: 至少得用个C++吧
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d***a
发帖数: 13752 | 55 好态度啊。小心，攒机是个让人着迷的事情。:)
【在 t*****z 的大作中提到】
: 谢谢！你说得对，的确应该从这个角度来思考问题，这样才是正途。
: Dell XPS 8700我也考虑过了，当时感恩节，还有优惠，的确很值得。唯一担心是它的
: 机箱通风不好，看上去开口很少。
:
: support
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L***n
发帖数: 6727 | 56 python才是屌丝吧，matlab算高富帅用的...
【在 j****x 的大作中提到】
: second this. 楼主兄弟你起码也弄个python+numpy+scipy吧。如果python不够快，就
: 上c++， 再不行就上C和fortran。 如果还不行，就多买两块gpu，不就行了。
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