x********e 发帖数: 35261 | 1 昨晚有人念念不忘PRRA,我就给H1和H3做了个全基因组序列比对,确认两者都有PRRA插
入。这个序列比对结果显示,H1和H3最明显的差异是Orf1ab大概490-700bp之间的两段
碱基插入/缺失。
根据其他冠状病毒研究看,这段插入/缺失会影响Nsp1蛋白。前期研究表明这个蛋白可
以调控宿主细胞的免疫反应,影响病毒的毒性。所以我把SARS-CoV-2-H1,SARS-CoV-2-
H3以及SARS-CoV的nsp1蛋白序列用ClustalW做了个比对。
从图上也可以看出,代表Bgroup的H3与SARS Nsp1更加接近。我推测在武汉流行的H1应
该是somehow缺失了两段碱基。
三个蛋白的3D蛋白结构预测用Phyre2模拟,同时参考了SARS nsp1的NMR实测蛋白结构。
H1缺失的两段序列用白色箭头标出来了。因为蛋白结构预测是局部比对,3D图呈现出来
变成了不连续肽段。我推测H1无法正常折叠成nsp1蛋白。 |
k**********4 发帖数: 16092 | 2 弦月妹妹现在每晚一炮
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【在 x********e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 昨晚有人念念不忘PRRA,我就给H1和H3做了个全基因组序列比对,确认两者都有PRRA插 : 入。这个序列比对结果显示,H1和H3最明显的差异是Orf1ab大概490-700bp之间的两段 : 碱基插入/缺失。 : 根据其他冠状病毒研究看,这段插入/缺失会影响Nsp1蛋白。前期研究表明这个蛋白可 : 以调控宿主细胞的免疫反应,影响病毒的毒性。所以我把SARS-CoV-2-H1,SARS-CoV-2- : H3以及SARS-CoV的nsp1蛋白序列用ClustalW做了个比对。 : 从图上也可以看出,代表Bgroup的H3与SARS Nsp1更加接近。我推测在武汉流行的H1应 : 该是somehow缺失了两段碱基。 : 三个蛋白的3D蛋白结构预测用Phyre2模拟,同时参考了SARS nsp1的NMR实测蛋白结构。 : H1缺失的两段序列用白色箭头标出来了。因为蛋白结构预测是局部比对,3D图呈现出来
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m*******2 发帖数: 431 | 3 你这个分析有意义么?
你想说明啥?
我朋友说你最多就是个生物实验室的tech,看来挺对的,会用一些工具,但是完全不知
道这些工具的目的和怎么看数据。
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【在 x********e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 昨晚有人念念不忘PRRA,我就给H1和H3做了个全基因组序列比对,确认两者都有PRRA插 : 入。这个序列比对结果显示,H1和H3最明显的差异是Orf1ab大概490-700bp之间的两段 : 碱基插入/缺失。 : 根据其他冠状病毒研究看,这段插入/缺失会影响Nsp1蛋白。前期研究表明这个蛋白可 : 以调控宿主细胞的免疫反应,影响病毒的毒性。所以我把SARS-CoV-2-H1,SARS-CoV-2- : H3以及SARS-CoV的nsp1蛋白序列用ClustalW做了个比对。 : 从图上也可以看出,代表Bgroup的H3与SARS Nsp1更加接近。我推测在武汉流行的H1应 : 该是somehow缺失了两段碱基。 : 三个蛋白的3D蛋白结构预测用Phyre2模拟,同时参考了SARS nsp1的NMR实测蛋白结构。 : H1缺失的两段序列用白色箭头标出来了。因为蛋白结构预测是局部比对,3D图呈现出来
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a******g 发帖数: 13519 | 4 据说有新闻媒体盯上你了,你要出名了,吼吼!!
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【在 x********e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 昨晚有人念念不忘PRRA,我就给H1和H3做了个全基因组序列比对,确认两者都有PRRA插 : 入。这个序列比对结果显示,H1和H3最明显的差异是Orf1ab大概490-700bp之间的两段 : 碱基插入/缺失。 : 根据其他冠状病毒研究看,这段插入/缺失会影响Nsp1蛋白。前期研究表明这个蛋白可 : 以调控宿主细胞的免疫反应,影响病毒的毒性。所以我把SARS-CoV-2-H1,SARS-CoV-2- : H3以及SARS-CoV的nsp1蛋白序列用ClustalW做了个比对。 : 从图上也可以看出,代表Bgroup的H3与SARS Nsp1更加接近。我推测在武汉流行的H1应 : 该是somehow缺失了两段碱基。 : 三个蛋白的3D蛋白结构预测用Phyre2模拟,同时参考了SARS nsp1的NMR实测蛋白结构。 : H1缺失的两段序列用白色箭头标出来了。因为蛋白结构预测是局部比对,3D图呈现出来
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F**Y 发帖数: 5826 | 5 你有没有搞到夏老师的签名照
【在 a******g 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 据说有新闻媒体盯上你了,你要出名了,吼吼!! : : 2-
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x********e 发帖数: 35261 | 6 你看不懂也不知道让你朋友给你解释一下?标题看得懂吗?
【在 m*******2 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 你这个分析有意义么? : 你想说明啥? : 我朋友说你最多就是个生物实验室的tech,看来挺对的,会用一些工具,但是完全不知 : 道这些工具的目的和怎么看数据。 : : 2-
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c********i 发帖数: 942 | |
y****g 发帖数: 36950 | 8 首先你朋友是做什么的
:你这个分析有意义么?
:你想说明啥? |