x********e
发帖数: 35261 | 1 昨晚有人念念不忘PRRA，我就给H1和H3做了个全基因组序列比对，确认两者都有PRRA插
入。这个序列比对结果显示，H1和H3最明显的差异是Orf1ab大概490-700bp之间的两段
碱基插入/缺失。
根据其他冠状病毒研究看，这段插入/缺失会影响Nsp1蛋白。前期研究表明这个蛋白可
以调控宿主细胞的免疫反应，影响病毒的毒性。所以我把SARS-CoV-2-H1，SARS-CoV-2-
H3以及SARS-CoV的nsp1蛋白序列用ClustalW做了个比对。
从图上也可以看出，代表Bgroup的H3与SARS Nsp1更加接近。我推测在武汉流行的H1应
该是somehow缺失了两段碱基。
三个蛋白的3D蛋白结构预测用Phyre2模拟，同时参考了SARS nsp1的NMR实测蛋白结构。
H1缺失的两段序列用白色箭头标出来了。因为蛋白结构预测是局部比对，3D图呈现出来
变成了不连续肽段。我推测H1无法正常折叠成nsp1蛋白。 |
k**********4
发帖数: 16092 | 2 弦月妹妹现在每晚一炮
2-
【在 x********e 的大作中提到】
: 昨晚有人念念不忘PRRA，我就给H1和H3做了个全基因组序列比对，确认两者都有PRRA插
: 入。这个序列比对结果显示，H1和H3最明显的差异是Orf1ab大概490-700bp之间的两段
: 碱基插入/缺失。
: 根据其他冠状病毒研究看，这段插入/缺失会影响Nsp1蛋白。前期研究表明这个蛋白可
: 以调控宿主细胞的免疫反应，影响病毒的毒性。所以我把SARS-CoV-2-H1，SARS-CoV-2-
: H3以及SARS-CoV的nsp1蛋白序列用ClustalW做了个比对。
: 从图上也可以看出，代表Bgroup的H3与SARS Nsp1更加接近。我推测在武汉流行的H1应
: 该是somehow缺失了两段碱基。
: 三个蛋白的3D蛋白结构预测用Phyre2模拟，同时参考了SARS nsp1的NMR实测蛋白结构。
: H1缺失的两段序列用白色箭头标出来了。因为蛋白结构预测是局部比对，3D图呈现出来
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m*******2
发帖数: 431 | 3 你这个分析有意义么？
你想说明啥？
我朋友说你最多就是个生物实验室的tech,看来挺对的，会用一些工具，但是完全不知
道这些工具的目的和怎么看数据。
2-
【在 x********e 的大作中提到】
: 昨晚有人念念不忘PRRA，我就给H1和H3做了个全基因组序列比对，确认两者都有PRRA插
: 入。这个序列比对结果显示，H1和H3最明显的差异是Orf1ab大概490-700bp之间的两段
: 碱基插入/缺失。
: 根据其他冠状病毒研究看，这段插入/缺失会影响Nsp1蛋白。前期研究表明这个蛋白可
: 以调控宿主细胞的免疫反应，影响病毒的毒性。所以我把SARS-CoV-2-H1，SARS-CoV-2-
: H3以及SARS-CoV的nsp1蛋白序列用ClustalW做了个比对。
: 从图上也可以看出，代表Bgroup的H3与SARS Nsp1更加接近。我推测在武汉流行的H1应
: 该是somehow缺失了两段碱基。
: 三个蛋白的3D蛋白结构预测用Phyre2模拟，同时参考了SARS nsp1的NMR实测蛋白结构。
: H1缺失的两段序列用白色箭头标出来了。因为蛋白结构预测是局部比对，3D图呈现出来
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a******g
发帖数: 13519 | 4 据说有新闻媒体盯上你了，你要出名了，吼吼！！
2-
【在 x********e 的大作中提到】
: 昨晚有人念念不忘PRRA，我就给H1和H3做了个全基因组序列比对，确认两者都有PRRA插
: 入。这个序列比对结果显示，H1和H3最明显的差异是Orf1ab大概490-700bp之间的两段
: 碱基插入/缺失。
: 根据其他冠状病毒研究看，这段插入/缺失会影响Nsp1蛋白。前期研究表明这个蛋白可
: 以调控宿主细胞的免疫反应，影响病毒的毒性。所以我把SARS-CoV-2-H1，SARS-CoV-2-
: H3以及SARS-CoV的nsp1蛋白序列用ClustalW做了个比对。
: 从图上也可以看出，代表Bgroup的H3与SARS Nsp1更加接近。我推测在武汉流行的H1应
: 该是somehow缺失了两段碱基。
: 三个蛋白的3D蛋白结构预测用Phyre2模拟，同时参考了SARS nsp1的NMR实测蛋白结构。
: H1缺失的两段序列用白色箭头标出来了。因为蛋白结构预测是局部比对，3D图呈现出来
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F**Y
发帖数: 5826 | 5 你有没有搞到夏老师的签名照
【在 a******g 的大作中提到】
: 据说有新闻媒体盯上你了，你要出名了，吼吼！！
:
: 2-
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x********e
发帖数: 35261 | 6 你看不懂也不知道让你朋友给你解释一下？标题看得懂吗？
【在 m*******2 的大作中提到】
: 你这个分析有意义么？
: 你想说明啥？
: 我朋友说你最多就是个生物实验室的tech,看来挺对的，会用一些工具，但是完全不知
: 道这些工具的目的和怎么看数据。
:
: 2-
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c********i
发帖数: 942 | |
y****g
发帖数: 36950 | 8 首先你朋友是做什么的
：你这个分析有意义么？
：你想说明啥？ |
