m*********3
发帖数: 1425 | 1 新手，刚开始学习mab的分析，感觉这个版面上做mab的很多，有几个简单的基础问题请
教，
1.我用了trypsin和pepsin digestion,但是peptide coverage还是只有80%左右，N-
terminal尤其是CDR没有检测出来，大家一般还用什么其他的酶？比如chymotrypsin,还
是AspN好一些？
2.另外关于检查PTM（oxidation,deamidation, glycosylation)的software方面，现在
分析数据都是送给offsite的地方，等结果要好几天，也学不到什么，想自己也独立分
析分析，大家知道什么open source或者free dowload的软件推荐吗？先谢谢了。 | l****n
发帖数: 711 | 2 1. GluC 和AspN比较常用，pepsin,chymo的特异性比较差。coverage是看confident
level的，和你怎么搜关系非常大。看看semi-enzymatic加了没，glycan搜出来没
2.找找blind modification search的软件。。。类似mascot error tolerance search
。说实话能公开找到的都不怎么好用。一般公司内部会有自己的软件或解决方法的
【在 m*********3 的大作中提到】
: 新手，刚开始学习mab的分析，感觉这个版面上做mab的很多，有几个简单的基础问题请
: 教，
: 1.我用了trypsin和pepsin digestion,但是peptide coverage还是只有80%左右，N-
: terminal尤其是CDR没有检测出来，大家一般还用什么其他的酶？比如chymotrypsin,还
: 是AspN好一些？
: 2.另外关于检查PTM（oxidation,deamidation, glycosylation)的software方面，现在
: 分析数据都是送给offsite的地方，等结果要好几天，也学不到什么，想自己也独立分
: 析分析，大家知道什么open source或者free dowload的软件推荐吗？先谢谢了。
| i**********t
发帖数: 138 | 3 are you doing HDX? then why use pepsin? chymo is fine in specificity. | f*********e
发帖数: 1144 | 4 for pure mAb in formulation buffer, the coverage should be > 95% with
trypsin digestion, nearly 100% for CDR, some dipeptides may elute very early
and can not be detected,
increase your LC time by making a shallower gradient may help
also make sure your mass accuracy is within spec
【在 m*********3 的大作中提到】
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: 教，
: 1.我用了trypsin和pepsin digestion,但是peptide coverage还是只有80%左右，N-
: terminal尤其是CDR没有检测出来，大家一般还用什么其他的酶？比如chymotrypsin,还
: 是AspN好一些？
: 2.另外关于检查PTM（oxidation,deamidation, glycosylation)的software方面，现在
: 分析数据都是送给offsite的地方，等结果要好几天，也学不到什么，想自己也独立分
: 析分析，大家知道什么open source或者free dowload的软件推荐吗？先谢谢了。
| E***n
发帖数: 308 | 5 Do you have discover search? Remember, it is a good practice to do it
manually in the beginning. Good luck
【在 m*********3 的大作中提到】
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: 教，
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: terminal尤其是CDR没有检测出来，大家一般还用什么其他的酶？比如chymotrypsin,还
: 是AspN好一些？
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: 分析数据都是送给offsite的地方，等结果要好几天，也学不到什么，想自己也独立分
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| h*****t
发帖数: 1226 | 6 严重同意。
没有自己一张张谱看下来， 经验涨不了。。。。
【在 E***n 的大作中提到】
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: manually in the beginning. Good luck
| m*********3
发帖数: 1425 | 7 新手，刚开始学习mab的分析，感觉这个版面上做mab的很多，有几个简单的基础问题请
教，
1.我用了trypsin和pepsin digestion,但是peptide coverage还是只有80%左右，N-
terminal尤其是CDR没有检测出来，大家一般还用什么其他的酶？比如chymotrypsin,还
是AspN好一些？
2.另外关于检查PTM（oxidation,deamidation, glycosylation)的software方面，现在
分析数据都是送给offsite的地方，等结果要好几天，也学不到什么，想自己也独立分
析分析，大家知道什么open source或者free dowload的软件推荐吗？先谢谢了。 | l****n
发帖数: 711 | 8 1. GluC 和AspN比较常用，pepsin,chymo的特异性比较差。coverage是看confident
level的，和你怎么搜关系非常大。看看semi-enzymatic加了没，glycan搜出来没
2.找找blind modification search的软件。。。类似mascot error tolerance search
。说实话能公开找到的都不怎么好用。一般公司内部会有自己的软件或解决方法的
【在 m*********3 的大作中提到】
: 新手，刚开始学习mab的分析，感觉这个版面上做mab的很多，有几个简单的基础问题请
: 教，
: 1.我用了trypsin和pepsin digestion,但是peptide coverage还是只有80%左右，N-
: terminal尤其是CDR没有检测出来，大家一般还用什么其他的酶？比如chymotrypsin,还
: 是AspN好一些？
: 2.另外关于检查PTM（oxidation,deamidation, glycosylation)的software方面，现在
: 分析数据都是送给offsite的地方，等结果要好几天，也学不到什么，想自己也独立分
: 析分析，大家知道什么open source或者free dowload的软件推荐吗？先谢谢了。
| i**********t
发帖数: 138 | 9 are you doing HDX? then why use pepsin? chymo is fine in specificity. | f*********e
发帖数: 1144 | 10 for pure mAb in formulation buffer, the coverage should be > 95% with
trypsin digestion, nearly 100% for CDR, some dipeptides may elute very early
and can not be detected,
increase your LC time by making a shallower gradient may help
also make sure your mass accuracy is within spec
【在 m*********3 的大作中提到】
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: 教，
: 1.我用了trypsin和pepsin digestion,但是peptide coverage还是只有80%左右，N-
: terminal尤其是CDR没有检测出来，大家一般还用什么其他的酶？比如chymotrypsin,还
: 是AspN好一些？
: 2.另外关于检查PTM（oxidation,deamidation, glycosylation)的software方面，现在
: 分析数据都是送给offsite的地方，等结果要好几天，也学不到什么，想自己也独立分
: 析分析，大家知道什么open source或者free dowload的软件推荐吗？先谢谢了。
| E***n
发帖数: 308 | 11 Do you have discover search? Remember, it is a good practice to do it
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: terminal尤其是CDR没有检测出来，大家一般还用什么其他的酶？比如chymotrypsin,还
: 是AspN好一些？
: 2.另外关于检查PTM（oxidation,deamidation, glycosylation)的software方面，现在
: 分析数据都是送给offsite的地方，等结果要好几天，也学不到什么，想自己也独立分
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| h*****t
发帖数: 1226 | 12 严重同意。
没有自己一张张谱看下来， 经验涨不了。。。。
【在 E***n 的大作中提到】
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