g*******y
发帖数: 380 | 1 Background of Project:
实验的主要目的是研究不同treatment对土壤性质的影响。因为外来物种更喜好营养元
素高的土壤，而贫瘠的土壤更适合本地物种的生长，所以如果研究中使用的treatment
能够对土壤营养元素含量产生影响，也许就会对保护本地物种和防止外来物种入侵就有
一定意义（生物采样数据在另一个课题中，本课题仅限于对土壤营养元素含量变化的研
究）。
实验设计是这样的：
Soil Treatments
A= top 5cm of soil removed
B= woodchips (carbon) added
C= control
D= added aluminum sulfate to lower pH
土壤采样测定的变量是：
pH, % moisture, % organic matter, NO3- , NH4+
土壤treatment和采样的步骤：
Select 16 plots and randomly assign each treatment to each row, like the
following:
row1: A | D******n
发帖数: 2836 | 2 course project?
treatment
【在 g*******y 的大作中提到】
: Background of Project:
: 实验的主要目的是研究不同treatment对土壤性质的影响。因为外来物种更喜好营养元
: 素高的土壤，而贫瘠的土壤更适合本地物种的生长，所以如果研究中使用的treatment
: 能够对土壤营养元素含量产生影响，也许就会对保护本地物种和防止外来物种入侵就有
: 一定意义（生物采样数据在另一个课题中，本课题仅限于对土壤营养元素含量变化的研
: 究）。
: 实验设计是这样的：
: Soil Treatments
: A= top 5cm of soil removed
: B= woodchips (carbon) added
| g*******y
发帖数: 380 | 3 No, real project.
I took Experimental Design in 2004, almost forgot everything. I did some
research already, but still confused about this experiment design. Can
anybody help me to figure out the design, method for this project? Thank you.
【在 D******n 的大作中提到】
: course project?
:
: treatment
| D******n
发帖数: 2836 | 4 a lil bit too long to read...
so for the layout, for each cell u take 3 samples?
and for each example u measure over time?
you.
【在 g*******y 的大作中提到】
: No, real project.
: I took Experimental Design in 2004, almost forgot everything. I did some
: research already, but still confused about this experiment design. Can
: anybody help me to figure out the design, method for this project? Thank you.
| g*******y
发帖数: 380 | 5 yes
16 cells, 4 treatment (including control), each cell was take 3 samples, 11
measurements over time, which were at:
2003 pre-treatment, 2003 spring w/ treatment, 2003 summer, 2003 fall, 2004
spring w/treatment,... and so on until 2005 fall, and then follow up in 2008
fall.
btw: I didn't do anything for this project until the Ph.D. gave me this
dataset, who will leave our program the end of this year, and asked me to
analyze it.
【在 D******n 的大作中提到】
: a lil bit too long to read...
: so for the layout, for each cell u take 3 samples?
: and for each example u measure over time?
:
: you.
| D******n
发帖数: 2836 | 6 then just do a repeated measurement analysis
11
2008
【在 g*******y 的大作中提到】
: yes
: 16 cells, 4 treatment (including control), each cell was take 3 samples, 11
: measurements over time, which were at:
: 2003 pre-treatment, 2003 spring w/ treatment, 2003 summer, 2003 fall, 2004
: spring w/treatment,... and so on until 2005 fall, and then follow up in 2008
: fall.
: btw: I didn't do anything for this project until the Ph.D. gave me this
: dataset, who will leave our program the end of this year, and asked me to
: analyze it.
| s**c
发帖数: 1247 | 7 you might wanna do the comparison with control
the technique is similar to pairwise comparison
but little different
treatment
【在 g*******y 的大作中提到】
: Background of Project:
: 实验的主要目的是研究不同treatment对土壤性质的影响。因为外来物种更喜好营养元
: 素高的土壤，而贫瘠的土壤更适合本地物种的生长，所以如果研究中使用的treatment
: 能够对土壤营养元素含量产生影响，也许就会对保护本地物种和防止外来物种入侵就有
: 一定意义（生物采样数据在另一个课题中，本课题仅限于对土壤营养元素含量变化的研
: 究）。
: 实验设计是这样的：
: Soil Treatments
: A= top 5cm of soil removed
: B= woodchips (carbon) added
| w**********y
发帖数: 1691 | 8 来抢包子...
" analyze those 5 variables all together"
请google: multivariate ANOVA..
简单的说,你这5个response variale如果是independent的,那很好办啦,就一个一个的
做ANOVA就行了(不过你要adjust significant level)..
而MANOVA就是把这5个response当作一个vector,然后去比较你这A,B,C,D的response
vector有没有significant different..而test用的方法基本都是非参的方法..
SAS里面实现MANOVA的例子:
PROC GLM DATA=RAWDATA;
CLASS GROUP;
MODEL Y1 Y2 Y3 Y4 Y5 = GROUP;
manova h=_all_ / printe printh;
然后你的output会有,Wilks' Lambda,Pillai's Trace,Hotelling-Lawley Trace等方法
的test结果..你自己选一个用就行了.
至于要不要用 | w**********y
发帖数: 1691 | 9 给你找了篇reference：
http://ibgwww.colorado.edu/~carey/p7291dir/handouts/manova1.pdf
可以找到各种test的detail（虽然。。其实。。你不用知道这些detail）
按照那里的说法：“Some Statisticians consider Pillai's Trace to be the most
powerful and most robust of the four statistics”... | g*******y
发帖数: 380 | 10 就是说对应每一个土壤性质变量（如PH）做repeated measurement analysis？
自己查了一些怎么分析repeated measure的方法，不太有把握的地方就是：
这个试验里的treatment是在三年内每年春季实施一次（实际上去除土壤表层有机质只
做了一次，因为时间间隔短的原因，后面没有必要在进行相同的步骤），而采样分析是
每个生长季都有（春夏秋）。分析的时候是否可以不做区别，就是相当于每个cell做了
10次采样，然后看他们over time上的反应？
还有每个cell里的3个replicate是否取平均作为cell的测量值？
谢谢。
【在 D******n 的大作中提到】
: then just do a repeated measurement analysis
:
: 11
: 2008
| g*******y
发帖数: 380 | 11 能否给点细节吗？谢谢。
【在 s**c 的大作中提到】
: you might wanna do the comparison with control
: the technique is similar to pairwise comparison
: but little different
:
: treatment
| g*******y
发帖数: 380 | 12 非常感谢详尽的回答，我会尽快搞明白怎么发包子的，谢谢。
应该说，5个应变量是会有相互关联的。怎么能够比较single anova和MANOVA的结果之
间的区别，或者说，怎么确认是否需要MANOVA？ 还有adjust significant level是怎
么回事？
一个小问题，这个MANOVA是否能在model后面加上repeat statement，或者说不需要用？
谢谢。
【在 w**********y 的大作中提到】
: 来抢包子...
: " analyze those 5 variables all together"
: 请google: multivariate ANOVA..
: 简单的说,你这5个response variale如果是independent的,那很好办啦,就一个一个的
: 做ANOVA就行了(不过你要adjust significant level)..
: 而MANOVA就是把这5个response当作一个vector,然后去比较你这A,B,C,D的response
: vector有没有significant different..而test用的方法基本都是非参的方法..
: SAS里面实现MANOVA的例子:
: PROC GLM DATA=RAWDATA;
: CLASS GROUP;
| w**********y
发帖数: 1691 | 13 多谢包子.
其实.这就是俺一直的观点,统计是Art和Science的结合..没有哪个算得上标准的model.
看你的project的要求是什么+你project background的理解(比如你明知道某个factor
是重要的,即使model里面非常不significant,你也可以考虑keeping in the model)
比如人家就是让你找看看这些treatment对土壤性质有没有任何影响.那么MANOVA好一些
.为什么好呢,就是说既然做statistical test,你要一个significant level,比如5%.那
么MANOVA你就直接得到p-value了..而如果你做single的ANOVA的话,每个test你的alpha
应该用多少呢..这个比较复杂..
当然了,你要project做的漂亮一些,就先分析分析这5个response之间的correlation了,
画图看看relationship了,然后说明一下,啊,它们之间的确有一些correlation存在..所
以更应该用MANOVA了:)
至于能不能加repeat statement..我猜是可以的.
【在 g*******y 的大作中提到】
: 非常感谢详尽的回答，我会尽快搞明白怎么发包子的，谢谢。
: 应该说，5个应变量是会有相互关联的。怎么能够比较single anova和MANOVA的结果之
: 间的区别，或者说，怎么确认是否需要MANOVA？ 还有adjust significant level是怎
: 么回事？
: 一个小问题，这个MANOVA是否能在model后面加上repeat statement，或者说不需要用？
: 谢谢。
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