T*******I
发帖数: 5138 | 1 Hi guys,
I am asking for help from you. Recently I am working on a microarray data
analysis for which I need to figure out a heatmap. Unfortunately I didn’t
have any chance and experience in this field before.
My data is saved in the following format:
__________________________________________________________
Obs Exposure Gender gene_1 gene_2 gene_3 ...... gene_1503 |
D******n
发帖数: 2836 | 2 i dont understand ur data structure, u have two columns in ur data body, but
ur header shows there are multiple columns
【在 T*******I 的大作中提到】
: Hi guys,
: I am asking for help from you. Recently I am working on a microarray data
: analysis for which I need to figure out a heatmap. Unfortunately I didn’t
: have any chance and experience in this field before.
: My data is saved in the following format:
: __________________________________________________________
: Obs Exposure Gender gene_1 gene_2 gene_3 ...... gene_1503
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T*******I
发帖数: 5138 | 3 The "obs" is not in data structure, the "Expoure" is a group variable （just
two groups）and the "Gender" is also in two groups, valued in 0 and 1, others
are gene or gene loci valued between 0~1.
Thanks a lot!
but
【在 D******n 的大作中提到】
: i dont understand ur data structure, u have two columns in ur data body, but
: ur header shows there are multiple columns
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m*****s
发帖数: 156 | 4 heatmap的数据要求是个matrix,所以你可以把现在数据的前三列去掉作为输入数据，然
后可以把exposure和gender在图上label出来。我刚做了一个heatmap.用的是library(
gplots)里面的heatmap.2函数，看看help吧自己
【在 T*******I 的大作中提到】
: Hi guys,
: I am asking for help from you. Recently I am working on a microarray data
: analysis for which I need to figure out a heatmap. Unfortunately I didn’t
: have any chance and experience in this field before.
: My data is saved in the following format:
: __________________________________________________________
: Obs Exposure Gender gene_1 gene_2 gene_3 ...... gene_1503
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T*******I
发帖数: 5138 | 5 根据你的留言，我可以做到从原始数据中去掉前三列。可我不明白“作为输入数据”是
什么意思？其实我的原始数据里没有“obs”一项，将它列在这里仅仅告诉大家我的总
样本量的大小。所以，根据你的建议，剩下的expoure和gender是否还要参与构图呢？
非常感谢。
【在 m*****s 的大作中提到】
: heatmap的数据要求是个matrix,所以你可以把现在数据的前三列去掉作为输入数据，然
: 后可以把exposure和gender在图上label出来。我刚做了一个heatmap.用的是library(
: gplots)里面的heatmap.2函数，看看help吧自己
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m*****s
发帖数: 156 | 6 你还是先看看R里面的help吧，你把library gplots装上，看看heatmap.2的帮助，输入
数据应该是需要把exposure and gender去掉
【在 T*******I 的大作中提到】
: 根据你的留言，我可以做到从原始数据中去掉前三列。可我不明白“作为输入数据”是
: 什么意思？其实我的原始数据里没有“obs”一项，将它列在这里仅仅告诉大家我的总
: 样本量的大小。所以，根据你的建议，剩下的expoure和gender是否还要参与构图呢？
: 非常感谢。
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T*******I
发帖数: 5138 | 7 哦，我似乎明白了，你说的“输入数据”指的是去掉前三列后剩下的基因数据。那么，
由于输入数据里没有了expoure和gender作为关联标记，R的heatmap程序怎么知道哪个
记录的expoure和gender的分类特征呢？这很让我费解。
你的意思是否是说，原始数据全部读入R系统，但做heatmap时仅指定gene变量?
【在 m*****s 的大作中提到】
: 你还是先看看R里面的help吧，你把library gplots装上，看看heatmap.2的帮助，输入
: 数据应该是需要把exposure and gender去掉
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m*****s
发帖数: 156 | 8 R好像只是做个cluster,你可以把exposure and gender再标到结果上面去看看有没有什
么联系好了
【在 T*******I 的大作中提到】
: 哦，我似乎明白了，你说的“输入数据”指的是去掉前三列后剩下的基因数据。那么，
: 由于输入数据里没有了expoure和gender作为关联标记，R的heatmap程序怎么知道哪个
: 记录的expoure和gender的分类特征呢？这很让我费解。
: 你的意思是否是说，原始数据全部读入R系统，但做heatmap时仅指定gene变量?
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T*******I
发帖数: 5138 | 9 对。我就是要那个cluster图。
你上面的意思是否是说，原始数据全部读入R系统，但做heatmap时仅指定gene变量?
【在 m*****s 的大作中提到】
: R好像只是做个cluster,你可以把exposure and gender再标到结果上面去看看有没有什
: 么联系好了
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s*r
发帖数: 2757 | 10 音乐是比一切智慧、一切哲学更高的启示
【在 T*******I 的大作中提到】
: Hi guys,
: I am asking for help from you. Recently I am working on a microarray data
: analysis for which I need to figure out a heatmap. Unfortunately I didn’t
: have any chance and experience in this field before.
: My data is saved in the following format:
: __________________________________________________________
: Obs Exposure Gender gene_1 gene_2 gene_3 ...... gene_1503
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s*****n
发帖数: 2174 | 11 其实我昨天就想这么说呢, 这个问这里的人估计没人会, 应该去问贝多芬.
【在 s*r 的大作中提到】
: 音乐是比一切智慧、一切哲学更高的启示
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z**********i
发帖数: 12276 | 12 好像bioconductor的某个package可以做。
【在 T*******I 的大作中提到】
: Hi guys,
: I am asking for help from you. Recently I am working on a microarray data
: analysis for which I need to figure out a heatmap. Unfortunately I didn’t
: have any chance and experience in this field before.
: My data is saved in the following format:
: __________________________________________________________
: Obs Exposure Gender gene_1 gene_2 gene_3 ...... gene_1503
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j******o
发帖数: 127 | |
