m*****s
发帖数: 156 | 1 heatmap的数据要求是个matrix,所以你可以把现在数据的前三列去掉作为输入数据，然
后可以把exposure和gender在图上label出来。我刚做了一个heatmap.用的是library(
gplots)里面的heatmap.2函数，看看help吧自己 |
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l*****k
发帖数: 587 | 3 col=bluered(number)
or col=greenred(number)
how to determine a good number?
I am actually having problem with heatmap/heatmap.2, I do not know
how to make the color like those output by commercial software.
I want to do with scale, prepare the data to fold change
matrix-rowMeans(matrix) for log transformed data
however, the output is not as constractive. |
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T*******I
发帖数: 5138 | 4 哦，我似乎明白了，你说的“输入数据”指的是去掉前三列后剩下的基因数据。那么，
由于输入数据里没有了expoure和gender作为关联标记，R的heatmap程序怎么知道哪个
记录的expoure和gender的分类特征呢？这很让我费解。
你的意思是否是说，原始数据全部读入R系统，但做heatmap时仅指定gene变量? |
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x***I
发帖数: 91 | 5 有一个vector, 每个值代表那个点的强度，
不知道有没有什么办法，可以画出这个vector的heatmap.
不需要排序，只要显示颜色就好了，所有值都大于0.
heatmap只能画matrix，我把我的的vector,重复了一下，变成2*n的matrix,
可以画出来，不过很丑。。。。。一个大方块，不知道有没有什么办法可以
画出像scale bar那种长条的东西。另外，画出来的没有绿色，
不知道有什么办法让绿色也出来么，自己手动减去一个值？
希望高人给指条明路,
谢谢 |
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a***r
发帖数: 420 | 6 这个是染色体上的SNP的密度图示，如果我有所有SNP的position，要如何画出这样的图
呢？
我的大致思路是：
raw data是每个SNP的position编号，
由此建立一个覆盖整个染色体的，一定长度的小片段密度的dataset
画出密度图
我的问题是，
1. 这些小片段是否需要overlap each other
2. 在SAS/R里什么package/function画heatmap比较好?R的heatmap? 我没用过，但我看
他画出来的都是方的，要把23条染色体像这个图这样美型地line-up要怎么做呢？
谢谢大家~:) |
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S******y
发帖数: 1123 | 7 Matlab can do US states heatmap. |
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j*****a
发帖数: 489 | 8 Does any body know how to create a heatmap directly using a CEL file
generated by DNA microarray analysis? Thanks |
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l*********1
发帖数: 351 | 9 想做heatmap的图,原来打算用matlab的,发现matlab会自动更具dendrogram改变
observant的顺序,我希望其顺序能够跟元数据保持一致.好像matlab无法实现该功能.
想青椒一下板上的达人,r是否能够实现我需要的功能?因为我的数据都比较小3*10以内
的,就两张图,如果有达人能够帮助的话,愿意献上包子10个.
多谢 |
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d*******1
发帖数: 854 | 10 怎样在heatmap里规定颜色范围, 比如说用红色表示最高值,用蓝色表示最低值. |
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d*******1
发帖数: 854 | 11 many thanks. col=greenred(75) works OK for me. i have two extra questions:
1 how to change the current directory by script? i tried both setwd("c:\")
and getwd(). both generate error.
2 how to save the heatmap by script? i tried the followings:
myplot<-saveplot()
save(myplot,file="myplot")
a graph called "Rplot.wmf" was saved. however, it does not have the name i
want. why file="myplot" does not work?
thanks |
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T*******I
发帖数: 5138 | 12 Hi guys,
I am asking for help from you. Recently I am working on a microarray data
analysis for which I need to figure out a heatmap. Unfortunately I didn’t
have any chance and experience in this field before.
My data is saved in the following format:
__________________________________________________________
Obs Exposure Gender gene_1 gene_2 gene_3 ...... gene_1503 |
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m*****s
发帖数: 156 | 13 你还是先看看R里面的help吧，你把library gplots装上，看看heatmap.2的帮助，输入
数据应该是需要把exposure and gender去掉 |
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T*******I
发帖数: 5138 | 14 对。我就是要那个cluster图。
你上面的意思是否是说，原始数据全部读入R系统，但做heatmap时仅指定gene变量? |
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j***3
发帖数: 142 | 16 一条直线上有大约 2 million 个点。
现在每个点和其他任何一个点都有一个interaction score，
在一定的score threshold 下现在已经有～ 10^12个这样的score。
data是这样的：
position1 position2 interaction_score
...
请问什么程序能handle这么大的data来plot interaction heatmap？
谢谢了。 |
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s*******r
发帖数: 181 | 17 Gene-gene interaction of imputed genome-wide data?
I have used R for heatmap, but definitely not good for 2mx2m. Split by
chromsome x chromosome may work. |
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f*****r
发帖数: 70 | 19 gplot2 with heatmap function with tweak
ggplot2 with a lot manually tweak
lattice can do this too, but I am not very familar with.
For this heat map, you need at least:
length of chrome
segment info
density of each seg |
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c****n
发帖数: 11 | 20 This map is plotted by matlab. You could also plot it by R.
Instead of using heatmap function in R or matlab, treat it as 23 wide lines
with numerious blocks, each of which is filled by the color dependent on the
SNP density.
Good luck.
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k*z
发帖数: 4704 | 21 【 以下文字转载自 Database 讨论区 】
发信人: kiz (泥偶), 信区: Database
标 题: 有谁做过自定义地图Floor Plan的热点图么- indoor Heatmap
发信站: BBS 未名空间站 (Fri May 2 00:57:18 2014, 美东)
商场啊，剧院啊，酒店啊，商店啊等等自定义的地图。
不是地理地图。
怎么在SAS/Cognos/SSRS/R/里面搞？ |
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p*****2
发帖数: 21240 | 22 Option Adoption Readiness Value Proposition Votes Details
MongoDB 71% 75% 273 Heatmap
Redis 74% 80% 168 Heatmap
Cassandra 73% 80% 165 Heatmap
Neo4j 66% 75% 149 Heatmap
Couchbase 68% 75% 123 Heatmap
CouchDB 61% 68% 93 Heatmap
HBase 66% 72% 85 Heatmap
Riak 67% 75% 78 Heatmap
Hazelcast 68% 78% 62 Heatmap
GemFire 68% 72% 59 Heatmap
RavenDB 68% 64% 55 ... 阅读全帖 |
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z*******n
发帖数: 1034 | 23 2014 was a big year for big data, a term that gradually gained momentum to
become one of the most talked-about subjects in the tech world. With 2015
fast approaching, prepare for big data’s total domination, as it, along
with the Internet of Things, is set to be the focus of web and mobile.
It will become standard for businesses to try and benefit from it by
analyzing as much as possible.
But what it actually is and what it does isn’t always clear to app
publishers.
Boom-beach-general-2375 mobil... 阅读全帖 |
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W***I
发帖数: 552 | 24 这些 上下班、春运 heatmap
靠的是登录百毒的垃圾地图服务
它偷走你的gps信息
其实是彻头彻尾的伪科学
严重biased
真正的叫法是“百毒地图使用heatmap”
而非什么狗屁“交通heatmap”
严重over interpretation 了 |
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M***n
发帖数: 5815 | 25 前些天,洽老师讲了建一个自己的交易系统的6个要素
@【应邀征文】如何建一个自己的交易系统 - 作者 qiaqiafeng
http://www.mitbbs.com/article_t/Stock/36398741.html
这6个要素是:
1. Markets --What hot buy or sell
2. Position Sizing --How much to buy or sell
3. Entries --When to buy or sell
4. Stops --When to get out of a losing position
5. Exits --When to get out of a winning position
6. Tactics --How to buy or sell
第一个元素markets，洽老师讲解了，就是要知道买什么，也就是选股。我从版面几位
朋友的帖子总结了5个选股思路，在这里写出来，跟大家讨论。
首先要明确自己的持股时间，是以年为单位的长期，以几个月为单位的中期，还是以天
为单位的短期。
如果持股时间是中长期，第一个思路是以FA... 阅读全帖 |
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i*********5
发帖数: 19210 | 26 试了一个月，好像对我现在来说用途不是太大。
Downgrade Account
Thinking about leaving Strava Premium? Not only does your subscription give
you access to even more features, it also helps us fund the entire Strava
platform.
That's not to say we're sitting back and relaxing. We have added a lot of
features over the last few months. Have you tried them all?
Goals: Set segment, power, or weekly Progress Goals to help you stay
motivated.
Heatmaps: Create your own personal Heatmaps to visualize the ground you'
ve co... 阅读全帖 |
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i**i
发帖数: 1500 | 27 There are three kinds of lies: lies, damned lies, and statistics.
看你怎么理解cluster和heatmap. 你把这两个混起来了。
首先cluster（不管是几维）,讲的是根据vector之间的距离、差异程度分组。然后你把
他plot出来，标上颜色，就是heatmap。 在这里，你展示了一个角。这个角的形成，可
能是其他没有显示的部分造成的。
然后你说，要把一小块红的挖出来。挖就是了。直接读图，挖。
挖很容易。 举一个例子。
先造一个例子：
> d <- matrix(1:9,3,3)
> d
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 4 7
[2,] 2 5 8
[3,] 3 6 9
根据行列，挖：
> d[2:3,1:2]
[,1] [,2]
[1,] 2 5
[2,] 3 6
假设cutoff是4，找包含大于4元素的行列
> col <- apply(d,2,function(x){any(x>4)})
> col... 阅读全帖 |
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E******T
发帖数: 59 | 29 Gene module在生物医学癌症分类（clustering），以及生物活性marker鉴定的应用
生物医学样品的分类（clustering）及其复杂，有几个原因： 医学样品的构成，比如
说白血病病人，有年龄，性别，癌症分级（I，II，III），用药情况，癌症类别（AML
，ALL）等等。按照不同的标准，就可以把病人样品分成不同的类别（clustering）.
更深一层次，不同的类别如果从生物学上来看，是由不同的基因，信号通路引起。如果
能找到这些不同类别对应的pathway,那么相对应的分类也就能被发现。 比如，白血病
里面的一种AML，他相应的信号通路就不同于另一种ALL，所以根据这些基因就能把白血
病分成AML和ALL。同理，如果能发现与癌症分级不同的信号通路，就能把白血病分成I
，II，III等不同的级别。但是，在平常的研究当中，这些具体的分类都不是特别清楚
。大多数情况下，仅仅知道其中的一种，比如在白血病里面就知道AML和ALL的分类，至
于其他的信息，很难得到。所以我们用了unsupervised learning的思想来研究这个问
题。
从生物角度来看，如果一个pat... 阅读全帖 |
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i*r
发帖数: 83 | 30 不想复杂， 你就是要看 10 个feautre之间的关系， 做一个correlation/covariance
matrix， 这个matrix就capture了所有10个feature两两之间相关性。 然后在这个cor
matrix做个hiearchical clustering， 你就看出来相互之间的关系， 这样最简单，
因为correlation matrix 是normalized cov， 阈值范围 （-1,1）， 一幕了然。
R code for simulation variable 7，8,9,10 和variable 1 是正相关：
x = matrix(rnorm(40,mean=2),ncol=10)
for(i in 7:10) x[,i] = x[,1]*i + rnorm(4)
x.cor = cor(x)
gplots::heatmap.2(x.cor)
你会看见1,7-10 会group在一起的， 还不明白的话google “hierachical clustering
” 和 “heatmap”
复杂点的， 做 multidimension scal... 阅读全帖 |
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G***G
发帖数: 16778 | 31 some websites gave a heatmap of the energy dispersion of an earthquake?
how can scientist estimate that? Is that accurate? |
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K*********n
发帖数: 2852 | 36 去hotpads.com看地图，有个heatmap功能，可以不同颜色显示各个区的平均家庭收入什
么的，虽然不绝对，但是大致对各个区的水平有个了解，还是比较准确的。比如
cupertino红得
发紫，redwood city就是一片蓝绿。暖色表示钱多…… |
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b****u
发帖数: 1027 | 37 我觉得不错，timeline 是个挺好的噱头，不过就像 laborlaw 说的，说白了是个排序。
你可以考虑集成进 heatmap, 就是把热点新闻更形象化的显示出来。 |
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f******t
发帖数: 478 | 38 heatmap里就NKE最绿，是不是股版的牛牛们今天都买耐克鞋裸跑。。。 |
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d******r
发帖数: 16947 | 39 USO vs. UGA
When it comes to popularity, USO takes the cake. This ETF has accumulated
nearly $1.7 billion in assets under management since launching in 2006,
while UGA has also amassed an impressive $179 million in AUM since 2008. The
underlying differences between crude oil and gasoline futures contracts is
reflected in the expense ratios; USO charges 0.45%, while UGA charges a
steeper 0.60% in fees [see also ETF Tax Tutorial: Complete List Of ETFs That
Issue A K-1].
The fundamental differences... 阅读全帖 |
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q********g
发帖数: 10694 | 40 股版竟然没有一个人提到的？呵呵
感觉基本上没有一个是的心跳是跟着市场的。都是跟着自己的心跳。呵呵 |
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q********g
发帖数: 10694 | 43 啊？？大家不都是8月6号就setup了么？
两个月几乎涨了两倍，时间效益比还算可以吧。就是不敢太重仓而已。 |
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M***n
发帖数: 5815 | 44 WTW 减肥产品和服务的公司， 今天股价翻倍... 膜拜... |
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q********g
发帖数: 10694 | 46 我去，看到股版讨论的竟然是WTM。。。ft。sorry。我多嘴了。 |
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M***n
发帖数: 5815 | 47 Weight Watchers — Oprah Winfrey has taken a 10 percent stake in the weight
loss company, and will also join the board of directors.
Oprah Winfrey是大牌媒体人。她怎么忽然看上WTW了？ |
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M***n
发帖数: 5815 | 48 这个股票market cap是394.75M，Oprah Winfrey 刚砸了$43.2 million。
洽老师，Oprah Winfrey砸的比例也就是10%， 为什么股价会翻番？ |
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q********g
发帖数: 10694 | 49 你的问题很难回答啊。。呵呵
大家看我发帖的时间。我不是让大家跟的，而是让大家跑的。呵呵。。就跟上次嗷嗷没
错一样。。这种股赚了还不跑。呵呵 |
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