r*****n
发帖数: 972 | 1 不知道发在这个版是否合适。。
现在在分析array CGH 的数据， 我下载的数据只是有log2 ratio之后normalized的值
，我看好多R package 和visualization的software,比如GLAD之类的都对dataset有要
求，比如有chr location, bps, order之类的。
大家怎么处理呢，要自己merge annotation么？
希望各位高手赐教啊，多谢啦 |
g********r
发帖数: 8017 | 2 最少也要有chr location啊。要不怎么做CGH？
【在 r*****n 的大作中提到】
: 不知道发在这个版是否合适。。
: 现在在分析array CGH 的数据， 我下载的数据只是有log2 ratio之后normalized的值
: ，我看好多R package 和visualization的software,比如GLAD之类的都对dataset有要
: 求，比如有chr location, bps, order之类的。
: 大家怎么处理呢，要自己merge annotation么？
: 希望各位高手赐教啊，多谢啦
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b*****n
发帖数: 685 | 3 有些软件是不用location的，就假设是均匀分布的，用order |
g********r
发帖数: 8017 | 4 运算的时候可以不用，但决定断点的时候还是要看的吧。一些芯片的probe分布非常不
均匀。
【在 b*****n 的大作中提到】
: 有些软件是不用location的，就假设是均匀分布的，用order
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F***G
发帖数: 103 | 5 DNAcopy will assume probes uniformly placed if bp info not provided.
Chr locations are a must, as said above. You need some basic info of the
dataset. |
r*****n
发帖数: 972 | 6 问题是我下载的annotation只有chr, start and end, 我是不是得自己算那个location
啊，或者直接sort一个order出来？有没有package 之类的，多谢啦 |
g********r
发帖数: 8017 | 7 start/end的差是多少？
我猜start／end就是那个probe的physical location。
如果差是恒定的，比如25，那就用start和end的中值做location就好。
location
【在 r*****n 的大作中提到】
: 问题是我下载的annotation只有chr, start and end, 我是不是得自己算那个location
: 啊，或者直接sort一个order出来？有没有package 之类的，多谢啦
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r*****n
发帖数: 972 | 8
哦，差值比较恒定，但是我看有些data,每个chr开始的location是0啊，这个要怎么变
换呢,也就是变成中值之后，再减去第一个初始值，使之归零？总是觉得不应该做这么
多人为的工作吧？？
【在 g********r 的大作中提到】
: start/end的差是多少？
: 我猜start／end就是那个probe的physical location。
: 如果差是恒定的，比如25，那就用start和end的中值做location就好。
:
: location
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A*****n
发帖数: 243 | 9 有可能在你的数据中，chr的坐标就是0-based。第一个碱基的就是0，uscs的genome
browser就是这样处理数据的。
【在 r*****n 的大作中提到】
:
: 哦，差值比较恒定，但是我看有些data,每个chr开始的location是0啊，这个要怎么变
: 换呢,也就是变成中值之后，再减去第一个初始值，使之归零？总是觉得不应该做这么
: 多人为的工作吧？？
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