m********7
发帖数: 841 | 1 做生物芯片的，刚买了ebioscience
近期我觉得有20%的涨幅。我观察这个公司几年了。
其实我也可以继续加仓EDU，只是不想太集中投资。
DISCLOSE:我有1800股affx |
D******9
发帖数: 2665 | 2 主要是这个公司的芯片已经落后了， 用的人会越来越少， Illumina的产品太强大了。
ebioscience 的抗体卖的还好。 |
m********7
发帖数: 841 | 3 lllumina 市值是它的20倍了。
但我觉得affx公司的产品在临床上的应用会越来越多。
llumina 再好也不过是研究用。 |
r*m
发帖数: 16380 | 4 microarray 技术过气了。
现在是RNA-seq的天下。 |
m********7
发帖数: 841 | |
r*m
发帖数: 16380 | 6 你说说临床要microarray干啥？
【在 m********7 的大作中提到】
: 成熟的技术才能进临床呀。
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b*******3
发帖数: 8135 | |
m********7
发帖数: 841 | 8 发信人: lummy (河马·云何), 信区: Biology
标 题: Re: 关于将来提高cancer治愈率的一个粗略预期
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 19 15:19:28 2012, 美东)
这俩各有侧重，很难互相取代吧。尤其是 NGS 的数据在 accuracy 上还远不能和
microarray 竞争。不说别的，shotgun of RNA 从原理上就使得其测试结果有很大的
bias，使得测 isoform 时不如 isoform array 精确。而 sequencing depth 又直接决
定了 alignment 的可靠性。对于低表达的 RNA，远不如 microarray 更靠谱。
NGS 的作用是 explore for novel transcripts。定量还得 microarray，又便宜又准
。所以我觉得 NGS 的大量使用反而会进一步促进 microassay 的 probe design。
学术界喜新厌旧是常态。但是要想得到靠谱的结果来指导实验和 hypothesis，
microarray 还是 golden standard。
其实呢，两种数据都做过后，就知道其中的异同了。当然了，很多人不自己做 RNA-
seq和 microarray 的 raw data processing，想当然地拿别人的 pipeline 来处理一
下 ，或者分析结果来演绎故事，所以不清楚这两种技术底下的问题，自然会被 NGS 给
忽悠了，认为是和手机或者软件升级一样，NGS 可以替代 microarray。其实呢，NGS
是指得新一代的 high-throughput sequencing 方法，取代得是上一代的 sequencing 技
术，跟 microarray 并无太大冲突。NGS 本身并不一定有定量的能力，而且定量方面
的工作还很不成熟；而 microarray 是基于 probe 的标准定量方法，这种方法本身在
出现 microarray 以前已经被广泛使用了几十年了，并且 microarray 的核心目标就是
定量的精确性和准确性。两种方法相得益彰，而无法互相替代。
那啥，如果谁要 argue 说，NGS 连每种 script 的 copy number 都能算出来，怎么
不叫定量方法呢？如果您了这么理解“定量”，那就当我啥也没说。
【 在 Oncogene (何时问天) 的大作中提到: 】
: NGS显然比microarray可信多了，而且信息量也大太多。Microarray真是过时的技术
， : 尤其是现在RNA Seq也在慢慢发展起来的情况下。
: mutation |
m********7
发帖数: 841 | 9 最近affx高调宣传与一个公司合作从FFPE sample中提RNA。 这个就是针对临床病人的
。因为大部分病人都有石蜡组织标本。而不可能有很高质量的组织给你提RNA。 |
r*m
发帖数: 16380 | 10 关键在于。microarray技术就这样了，到头了。
RNA-seq这才开始，已经和microarray在绝大多数指标上比肩或胜出。RNA-seq的技术还
在迅速进步中。
当然如果是一些常用的基因指标啥的，批量做成chip，成本有优势。但在那个方向也有
新的技术，具体俺就不说了，哈哈。 |
r*m
发帖数: 16380 | 11 FFPE里面提RNA，数量质量都不好，microarray也不灵。我前一帖说了，有新的技术在
这个方向有突破。
【在 m********7 的大作中提到】
: 最近affx高调宣传与一个公司合作从FFPE sample中提RNA。 这个就是针对临床病人的
: 。因为大部分病人都有石蜡组织标本。而不可能有很高质量的组织给你提RNA。
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D******9
发帖数: 2665 | 12 关于费用， 现在 Illumina的一条LANE能测4个样品， cost已经跟MICROARRAY差不多了
。 另外， AFFX的CHIP是一个颜色， 对比以来比较烦， 很多研究人员跟喜欢另外一个
叫AGILENT的产品， 双色的， 而且AGILENT还有一些特色的CHIP， AFFX,木有。
RNA-SEQ比CHIP不是强大一点半点， 非常敏感， 现在有些TOP 研究已经开始只测一个
或是几个细胞的RNA。 |
