a********f 发帖数: 444 | 1 Illumina虽然beat了预期,但是股价还是跌了不少。在我看来,他家的股价还是太高了
。这么高的市盈率没有高增长的话很难支撑现在的股价。bio板块的泡沫已经很多了。
Illumina的新一代测序仪用的是鸟枪法(shotgun sequencing),简单而言就是把DNA
打成大量碎片,然后读取这些碎片把他们拼接起来,就跟玩拼图差不多。他家的仪器优
点就是成本低,通量(throughput)大,产生的数据多。
TMO家生产的测序仪用的也是鸟枪法,不过技术不一样,他们用的是ion torrent。总体
而言和Illumina的优缺点都差不多。
但是这两家测序仪有一个致命缺点,就是每个read的长度不大,一般在几百个base
pair左右。而如果一个DNA里面的重复片段(repeat)太长的话,通量再大也无法完全
还原。具体说来,如果DNA里面的三重复片段或者交替重复片段长度大于read的长度,
那么从理论上来说,这个DNA是无法用他们的仪器还原的。以人类基因组举例,人的
chromosome很多都有大几千的重复片段,所以这些测序仪是没法从头还原的。
现在技术最好的公司其实是Pacbio,在Menlo Park的一家小公司。他们家的测序仪用的
叫SMRT的技术,read的长度能有好几千甚至上万。如果要做de novo的sequencing只有
他家的仪器可以。Pacbio的测序仪非常贵,但是好处是每次测序的价格不高,时间短并
且read的长度很长。只是这几年他家仪器销量一直不高,公司也一直在亏损。
我很看好PACB,在7块的时候建仓,5块多的时候又加过仓。但是我也不敢赌大,所以也
就占了我总仓位的15%。毕竟技术好但是市场不好的公司太多了。。 |
s*******a 发帖数: 55 | |
o****n 发帖数: 281 | 3 我不同意你的观点
read length仅仅是需要考虑的一个方面,他家虽然长,但是sequencing error很高,
很多published paper都有比较,这个比较致命,也侧面反映了为什么他家销量相对不
好。建议慎重考虑。
DNA
【在 a********f 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Illumina虽然beat了预期,但是股价还是跌了不少。在我看来,他家的股价还是太高了 : 。这么高的市盈率没有高增长的话很难支撑现在的股价。bio板块的泡沫已经很多了。 : Illumina的新一代测序仪用的是鸟枪法(shotgun sequencing),简单而言就是把DNA : 打成大量碎片,然后读取这些碎片把他们拼接起来,就跟玩拼图差不多。他家的仪器优 : 点就是成本低,通量(throughput)大,产生的数据多。 : TMO家生产的测序仪用的也是鸟枪法,不过技术不一样,他们用的是ion torrent。总体 : 而言和Illumina的优缺点都差不多。 : 但是这两家测序仪有一个致命缺点,就是每个read的长度不大,一般在几百个base : pair左右。而如果一个DNA里面的重复片段(repeat)太长的话,通量再大也无法完全 : 还原。具体说来,如果DNA里面的三重复片段或者交替重复片段长度大于read的长度,
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l******i 发帖数: 171 | 4 技术细节不了解。不过单就illumina跟ion比的话,肯定是illumina的胜出。听过不少
人说ion程序太复杂耗时,重复性和准确性也都比不上illumina家的产品。 |
r******m 发帖数: 5550 | 5 谢谢~~~~~~~~~~
【在 o****n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我不同意你的观点 : read length仅仅是需要考虑的一个方面,他家虽然长,但是sequencing error很高, : 很多published paper都有比较,这个比较致命,也侧面反映了为什么他家销量相对不 : 好。建议慎重考虑。 : : DNA
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a********f 发帖数: 444 | 6
他家的确错误率高,但是对于高通量合成来说错误率的影响并不大。nature methods上
有发表过算法用Pacbio测序仪可以达到99.99的正确率。read length是fundamental的
,不够就是不够,没法以read的数量弥补。
【在 o****n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 我不同意你的观点 : read length仅仅是需要考虑的一个方面,他家虽然长,但是sequencing error很高, : 很多published paper都有比较,这个比较致命,也侧面反映了为什么他家销量相对不 : 好。建议慎重考虑。 : : DNA
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a********f 发帖数: 444 | 7
ion torrent胜在便宜
【在 l******i 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 技术细节不了解。不过单就illumina跟ion比的话,肯定是illumina的胜出。听过不少 : 人说ion程序太复杂耗时,重复性和准确性也都比不上illumina家的产品。
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o****n 发帖数: 281 | 8 Thanks for sharing!
May I know the paper? Desperately curious about it :)
Stats methods may help resolve some issues by shorter lengths, but what you
said makes sense.
【在 a********f 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : : ion torrent胜在便宜
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a********f 发帖数: 444 | 9
you
http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n6/full/nmeth.2474.html
这个是一年以前发表的了,最近Pacbio的测序又有新进步,结果应该更好。
【在 o****n 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Thanks for sharing! : May I know the paper? Desperately curious about it :) : Stats methods may help resolve some issues by shorter lengths, but what you : said makes sense.
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o****n 发帖数: 281 | 10 Many thanks! Will read.
【在 a********f 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : : you : http://www.nature.com/nmeth/journal/v10/n6/full/nmeth.2474.html : 这个是一年以前发表的了,最近Pacbio的测序又有新进步,结果应该更好。
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w**k 发帖数: 6722 | 11 断章取义引用一下
"""
他们用的是ion torrent。总体而言和Illumina的优缺点都差不多。
现在技术最好的公司其实是Pacbio
"""
你根本就什么都不懂啊,就敢这样言之凿凿的长篇大论,原来
“”“
我很看好PACB,在7块的时候建仓,5块多的时候又加过仓
”“”
是买PACB之前还是买之后做的研究? |
a********f 发帖数: 444 | 12 用不着这么mean吧,我之前做infomatics,肯定比你懂。我也没必要pump这股,450M的
市值也不会指望你们上。我自己都没多少仓位,输了也无所谓。
【在 w**k 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 断章取义引用一下 : """ : 他们用的是ion torrent。总体而言和Illumina的优缺点都差不多。 : 现在技术最好的公司其实是Pacbio : """ : 你根本就什么都不懂啊,就敢这样言之凿凿的长篇大论,原来 : “”“ : 我很看好PACB,在7块的时候建仓,5块多的时候又加过仓 : ”“” : 是买PACB之前还是买之后做的研究?
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g*****g 发帖数: 1067 | 13 你买了dadofbuffet的newsletter?买了几个月的? |
w**k 发帖数: 6722 | 14 首先,借用粪坑的一个帖子。多用一些语气助词,也许活着吧呀呢啊啥的
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
标 题: Re: 推荐股票的时候你别充大逼,斩钉截铁,牛逼哄哄的
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
其次,PACB以它目前的技术,平台的价格,和目前应用的范围来讲,它只能做小众市场
。这是一个已经出来很多年的技术,除非在技术和成本上大幅度改善,否则我看不到很
明亮的未来。当然,这说的不是一天一个星期一个月的走势。短期内做空做多它,或者
说几乎任何一只股票,都有可能获利。从分散风险的角度看,我认为我自己投一点钱在
PACB上其实也是可以的。我曾经做空过PACB,小赚了一点,但是在它跳崖之前的几分钟
我胆怯了,获小利走人了 --- 空悲切。为什么说PACB小众?一是成本,平台和通量的
成本。二是应用对序列长度的要求,只有de novo需要长度,所以说除了对于有
structural variation的基因来说,版上的你我和其他所有人类都不需要de novo。也
就是说,de novo除了在科研领域里,它在医疗应用领域没有什么大用途。当然如果
PACB的成本又低通量又高序列又精确,它肯定一统江湖。但那只是如果。
还有,PACB中期可能会有一劫,什么时候我不知道,取决于NPT什么时候上市。到时候
群众的反应肯定是盲从的,NPT更主要的是威胁PACB,尽管在我看来NPT比不上PACB的技
术,但是它的优点也是很明显的。我想过是不是要投点在NPT身上,分散风险,也找到
了投NPT的但是效率不是很高的方法,还在研究当中。愿意共同研究的可以一起看看,
但是要求你对VC小公司上市等有一定的研究,纯青蛙的就算了。
还有,ILMN近期可能会有一劫,这个是我道听途说的,因为一个同行只说了一半,看看
CG什么时候会有什么样的大招放出来。我的感觉是还根本谈不上威胁,但我有可能是屁
股决定脑袋的想法。
上面都是技术层面的。至于ILMN值多少钱,PACB值多少钱,我不是肯定,但是我知道你
主贴的比较方法是错误的,因为你用了技术的优劣来比较,但是技术的优劣又比错了。
大半年一年前我在版上给出过ILMN的价格计算方法,我现在还是那样算的。
最后呢,你在informatics方向可能比我懂,但是很遗憾你的主贴不是从informatics方
向展开来谈的,而是着手技术层面。我呢,恰好是NGS的技术层次的专家,所以我就在
技术层面指出了你的错误。语气是刻薄了一点,但是我希望粪坑的那个帖子对你,对我
,还有其他任何大牛,都有警示意义。
附带一点,你既然是搞informatics的,其实应该知道你的技术方向越发展对ILMN的短
序列是越有利的。
附带二点,你对ILMN和ION的论述也很离谱。当然,ION也没有什么好说的了,被抛弃也
差不多是肯定的事情。
Disclaim: 我拥有ILMN。很早就建仓了的,已经差不多200%的利润,并且会继续持有下
去。我建仓的原因很简单,当时我经历了4个NGS的平台,选出了当时的竞争对手ILMN来
建仓。目前,我还没有看到对ILMN有威胁的技术出现,所以我会继续持有下去,但不排
除我会分散点风险,买进一些新技术。以上所有均不构成投资指南! |
w**k 发帖数: 6722 | 15 再说一点,我其实是不希望股版跟风买我手上的股票的。因为上船的人太多,又都是不
是中坚的革命者,随时都有可能带着小利跳船,其实很影响股价发展的。 |
a********f 发帖数: 444 | 16
首先我声明我不是来推荐股票的。
既然你是做NGS的,那你肯定也知道现在throughput很多时候已经不是瓶颈了,处理这
些数据的平台和算法越来越重要。Sanger时代的瓶颈是数据采集,一是慢二是贵。那时
候的sequencing都是人工做的。现在的next gen sequencing时代,这两个已经有了很
大的改善,而数据处理的瓶颈才开始凸显出来。
我同意你说的,许多时候不需要de novo assembly。但是现在离所谓基因治疗时代还远
得多,大多数测序仪仍然是科研机构购买的。而且现在只有极少数的物种的全基因组被
分析过。在科研领域全基因测序仍然有很大市场。而就像我前面说的,对于几千bp的
interleaved repeat,只靠高通量测序是没有可能的。
Pacbio的测序长度是近两年来才有了很大提高。他们之前推出的产品是不成熟的,这也
是我对他们的市场策略非常不解的地方。这个直接后果就是很多年Pacbio的测序仪销量
低迷,在前几年每个季度都只有几台销量。
现在几乎所有的de novo重建算法都是基于graph上的哈密顿回路或者欧拉回路的。这些
算法需要很长的bridging read来disentangle由repeat造成的多重路径。这个在理论上
来讲是fundamental limit,不依靠long reads的话是无解的。
【在 w**k 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 首先,借用粪坑的一个帖子。多用一些语气助词,也许活着吧呀呢啊啥的 : ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ : 标 题: Re: 推荐股票的时候你别充大逼,斩钉截铁,牛逼哄哄的 : ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ : 其次,PACB以它目前的技术,平台的价格,和目前应用的范围来讲,它只能做小众市场 : 。这是一个已经出来很多年的技术,除非在技术和成本上大幅度改善,否则我看不到很 : 明亮的未来。当然,这说的不是一天一个星期一个月的走势。短期内做空做多它,或者 : 说几乎任何一只股票,都有可能获利。从分散风险的角度看,我认为我自己投一点钱在 : PACB上其实也是可以的。我曾经做空过PACB,小赚了一点,但是在它跳崖之前的几分钟 : 我胆怯了,获小利走人了 --- 空悲切。为什么说PACB小众?一是成本,平台和通量的
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A*******a 发帖数: 139 | |
w**k 发帖数: 6722 | 18
~~~~~~~~~~~看来我们不但对技术层面的看法不同,而且对市场的vision也
不同。ILMN的科研市场和应用市场销售数据也已经否定了你的论断。虽然基因治疗确实
还为时过早,但个人化诊断和治疗已经如火如荼了。我已经从NGS的平台开发跳到了应
用开发了,从我接触到的来看,我觉得我的判断没错。当然,最后有可能我也还是屁股
决定脑袋的看法。
说到“对于几千bp” --- you'd ve used kb here --- 的重复序列,我现在手头的一
个项目就是用ILMN来做这个,虽然还没有最终定案,但是可以肯定的是,辅助手段很多。
【在 a********f 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : : 首先我声明我不是来推荐股票的。 : 既然你是做NGS的,那你肯定也知道现在throughput很多时候已经不是瓶颈了,处理这 : 些数据的平台和算法越来越重要。Sanger时代的瓶颈是数据采集,一是慢二是贵。那时 : 候的sequencing都是人工做的。现在的next gen sequencing时代,这两个已经有了很 : 大的改善,而数据处理的瓶颈才开始凸显出来。 : 我同意你说的,许多时候不需要de novo assembly。但是现在离所谓基因治疗时代还远 : 得多,大多数测序仪仍然是科研机构购买的。而且现在只有极少数的物种的全基因组被 : 分析过。在科研领域全基因测序仍然有很大市场。而就像我前面说的,对于几千bp的 : interleaved repeat,只靠高通量测序是没有可能的。
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p*****s 发帖数: 4393 | 19 大牛厉害
多。
【在 w**k 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : : ~~~~~~~~~~~看来我们不但对技术层面的看法不同,而且对市场的vision也 : 不同。ILMN的科研市场和应用市场销售数据也已经否定了你的论断。虽然基因治疗确实 : 还为时过早,但个人化诊断和治疗已经如火如荼了。我已经从NGS的平台开发跳到了应 : 用开发了,从我接触到的来看,我觉得我的判断没错。当然,最后有可能我也还是屁股 : 决定脑袋的看法。 : 说到“对于几千bp” --- you'd ve used kb here --- 的重复序列,我现在手头的一 : 个项目就是用ILMN来做这个,虽然还没有最终定案,但是可以肯定的是,辅助手段很多。
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s*********e 发帖数: 399 | 20 Pacbio肯定会逐渐变好,不过不可能走向主流。 可以作为ilmn的伴随出现,不会有神
经病单独用pacbio来测人的基因组(个别一个两个有可能)。最好的结果,测序主要用
ilmn (比如60x), 然后用pacbio作个补充 (1x),这样争取兼顾准确性和读长。 当
然,1x未必在想要的位置上,这个问题也无法解决。所以大规模应用pacbio,恐怕不是
我们能看到的。
CG的话。 华大刚刚买入了5台hiseq4000。 我觉得可以说明对cg
的信心了。 |
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s*********e 发帖数: 399 | |
b********s 发帖数: 272 | 22 wxwk明显是圈内人:)
多。
【在 w**k 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : : ~~~~~~~~~~~看来我们不但对技术层面的看法不同,而且对市场的vision也 : 不同。ILMN的科研市场和应用市场销售数据也已经否定了你的论断。虽然基因治疗确实 : 还为时过早,但个人化诊断和治疗已经如火如荼了。我已经从NGS的平台开发跳到了应 : 用开发了,从我接触到的来看,我觉得我的判断没错。当然,最后有可能我也还是屁股 : 决定脑袋的看法。 : 说到“对于几千bp” --- you'd ve used kb here --- 的重复序列,我现在手头的一 : 个项目就是用ILMN来做这个,虽然还没有最终定案,但是可以肯定的是,辅助手段很多。
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b********s 发帖数: 272 | 23 光看paper就敢买股票,你太牛了
【在 a********f 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : : 首先我声明我不是来推荐股票的。 : 既然你是做NGS的,那你肯定也知道现在throughput很多时候已经不是瓶颈了,处理这 : 些数据的平台和算法越来越重要。Sanger时代的瓶颈是数据采集,一是慢二是贵。那时 : 候的sequencing都是人工做的。现在的next gen sequencing时代,这两个已经有了很 : 大的改善,而数据处理的瓶颈才开始凸显出来。 : 我同意你说的,许多时候不需要de novo assembly。但是现在离所谓基因治疗时代还远 : 得多,大多数测序仪仍然是科研机构购买的。而且现在只有极少数的物种的全基因组被 : 分析过。在科研领域全基因测序仍然有很大市场。而就像我前面说的,对于几千bp的 : interleaved repeat,只靠高通量测序是没有可能的。
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