s******y
发帖数: 28562 | 1 按照我的理解，质粒大部分时间都是在细胞质里漂着的，接触到组蛋白的机会很少。特
别是，组蛋白包装的时期是S期。那个时候核膜还是完整的，质粒没有太大的机会进入
核内部，所以包不起来。
至于复制，另外一个同学已经讲了，大部分质粒缺乏真核的复制起点。唯一的特例就是
被病毒感染过的细胞（比方说293T），这个含有病毒的复制因子所以可以小规模的复制
含有SV40 复制起点的质粒。 |
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n********e
发帖数: 72 | 2 可能是：我ID的原因，组蛋白修饰，组蛋白变体，DNA甲基化。 |
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K******S
发帖数: 10109 | 3 orbitrap calibrate好了，加上LOCK MASS,
有的组喜欢做score board的东西，象你说的5000个蛋白这种。2%和5%的区别是什么？
少找了200个蛋白对整个试验不会有影响的，全是的有后续的验证，或者生物学上的意
义。现在这种work flow已经很成熟了，是个LAB就可以作出来。
FDR怎么会对定量的precision/accuracy有影响呢，试验的设计和用的方法更重要。这
行里有句话是“JUNK IN, JUNK OUT",反过来说就是类似真金不怕火炼，真正的东西最
后无论你如何分析数据都会显露出来，那些在FRINGE附近的东西反正也是摸能两可的，
要不丢掉，要不就合成标准品验证。
还是那句话，如果后续试验可以验证你的结论，或者支持你结论的MS/MS没问题，没有
必要纠结整个data set的FDR是2%还是5%. |
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K******S
发帖数: 10109 | 4 orbitrap calibrate好了，加上LOCK MASS,
有的组喜欢做score board的东西，象你说的5000个蛋白这种。2%和5%的区别是什么？
少找了200个蛋白对整个试验不会有影响的，全是的有后续的验证，或者生物学上的意
义。现在这种work flow已经很成熟了，是个LAB就可以作出来。
FDR怎么会对定量的precision/accuracy有影响呢，试验的设计和用的方法更重要。这
行里有句话是“JUNK IN, JUNK OUT",反过来说就是类似真金不怕火炼，真正的东西最
后无论你如何分析数据都会显露出来，那些在FRINGE附近的东西反正也是摸能两可的，
要不丢掉，要不就合成标准品验证。
还是那句话，如果后续试验可以验证你的结论，或者支持你结论的MS/MS没问题，没有
必要纠结整个data set的FDR是2%还是5%. |
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发帖数: 1 | 5 想听听各位大神们的高见。
单细胞甲基化、单细胞ChIPseq是不是最有前景。但是也不是一般的实验室有条件做的。
最近看到一篇文章，用免疫荧光检测单细胞的特定基因组loci的组蛋白修饰。
原理很简单，就是结合原位DNA－ISH和PLA （proximity ligation assay）。组蛋白修
饰的抗体和一个特定基因启动子的biotin标记的DNA探针，如果结合的足够近（<40nm）
，用PLA标记的二抗可以检测到发光。
所需要的reagent大部分实验室应该都有，只需要去sigma买一个PLA二抗kit，克隆目的
基因的区域，用nick translation做一个生物素标记的探针。实验方法就是细胞染色，
不需要什么高超的实验技巧。
这个实验的好处是单细胞，观察特定的组织／细胞群，可能会得出跟ChIP－qPCR不同的
结论。缺点是不能定量、高通量。 |
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发帖数: 1 | 7 组蛋白修饰多少？十万？
[在 repeatmasker (repeatmarker) 的大作中提到：]
:master regulator一般在一两万以上。组蛋白修饰比这个多一些。
:一般的转录因子会少些，几千。 |
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发帖数: 1 | 8 组蛋白修饰多少？十万？
[在 repeatmasker (repeatmarker) 的大作中提到：]
:master regulator一般在一两万以上。组蛋白修饰比这个多一些。
:一般的转录因子会少些，几千。 |
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s*********y
发帖数: 292 | 9 个人感觉，结构生物学这个领域是因为技术壁垒才存在的。从科学的角度来讲，做结构
应该是那帮做生化的人应用的一个技术，只是这个技术太难了，所以分出来一帮专业的
人来鼓捣这个东西。类似的还有生物信息学，早些年的蛋白组。蛋白组这个东西走向没
落很大原因就是因为技术壁垒正在逐渐的消解，使其从一个“学科”走向一个“常用工
具” |
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发帖数: 1 | 10 贝勒医学院教授、“千人计划”秦钧在中国讲“中国特色社会主义新时代蛋白组学”，
不怕被联邦调查局叫去喝咖啡？ |
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m********5
发帖数: 17667 | 11 我虽然是硅工，但是我也搞过 proteomics
其实搞这个的大部分生物学家，设想的前提就错误了
妄图几个蛋白增减说明一个问题
事实是生物是一架复杂的机器，蛋白只是复杂机器的一个螺丝钉，大量正常细胞也用到
相同的蛋白，增量甚至可能只是个体差异和所谓代偿效应
这就是为啥欧美搞这个搞了几十年，没能指导制药的原因
搞这个，绝对不如组织工程有意义，组织工程可以不理解微观过程，你有肝癌？肝换了
！转移了？全换了！ |
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r******f
发帖数: 987 | 12 看了一些蛋白组学的研究，对这个proteoforms理解不好，是说有一个基因产生的多个
蛋白变体吗？貌似好像还不止这些？请大牛帮解释一下，多谢啦。 |
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a*****n
发帖数: 2835 | 13 很好呀
一个第一作者（在另一个上面是共同通讯作者）据说是一个讲师，直接生教授了，他09
年还有一篇science
很好的工作，idea方面可能管坤良起比较大的作用，管之前还有一篇关于乙酰化的
paper
估计接下来蛋白（组蛋白以外的蛋白）乙酰化和去乙酰化会有更多的研究 |
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n***g
发帖数: 5027 | 14 这个总结不错：
申请精华帖：我了解的Epigenetics牛人一览
我是从C.D.Allis，Danny Reinberg，Tony Kouzarides，Yi Zhang， Yang Shi这几个
人发的文章看起的，这几个人基本上就是目前做表观遗传最牛的一批人了。然后你看看
他们文章citation里面出现频率比较高的人名，那往往就是大牛了，然后一点一点扩展
。个人感觉看CNS及其子刊还是王道。另外推荐一个很好的网站，http://www.epidna.com/ 可以查这个领域最top的lab，也可以查该领域最新的论文。
# ^2 P/ }, _0 h" U8 m) P6 b
; l* o$ y- |- V5 g0 I0 T然后在申请选校的过程中，我也逐渐了解到一些
epigenetics领域的big names和rising stars。所以我感觉看各个牛校的faculty也是
了解一个领域的好学校好lab的方法。我的做法是每看一个学校，就把相关领域做
epigenetics的faculty留下来，然后以后看CNS时或者Journal club上看到熟悉的名字
，就重点关注下。$ ... 阅读全帖 |
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a******a
发帖数: 283 | 15 文献上查到的材料说我用的这个病毒株在细胞里的蛋白合成比其他的要少（但是他们用
的是pulse label然后跑胶显影得的结果）；我们用western blots的话，发现实际上感
染了这个病毒株的细胞里的病毒蛋白远远要比其他的多。现在问题是，需不需要重新做
其他组做过的pulse label的试验。我的意见是，我们有逻辑的数据分析（qPCR数据证
明该病毒株感染后细胞内的病毒dna也比其他的要多很多），所以没必要做那个试验，
但是老板的意见是一定要做这个试验。我认为是浪费时间。因为有其他的问题更需要回
答。
有经验的看看，这种情况有没有可能？就是学术讨论以下。谢谢。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 16 同济医学院科研要赶超复旦和交大了哈 at least Stem Cell parts
发信人: amedio (Boasting Father), 信区: Harvard_Medical_School
标 题: Re: 同济大学生物信息学海外团队招聘启事 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Nov 7 08:38:57 2009, 美东)
想告诉大家形势严峻，要回去趁早
team
RE
同济大学生物信息学海外团队招聘启事 (转载)
[俱乐部:Harvard_Medical_School][首篇作者：amedio] , 2009年11月06日06:28:26
[分页:1 ]
发信人: amedio (Boasting Father), 信区: Harvard_Medical_School
标 题: 同济大学生物信息学海外团队招聘启事 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Nov 6 06:28:26 2009, 美东)
【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: biowilliam (magic), 信区: Biology
标 题: ... 阅读全帖 |
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a*****n
发帖数: 18 | 17 IL处理细胞24小时会导致A基因蛋白下调，本实验想证明A基因下调是否是因为降解加快。
+IL组先用IL处理了24小时，然后加入CHX。
奇怪的是在2小时的时候，目的蛋白反而升高了，然后再下降，这种现象我以前在低氧
处理时也遇到过。不知道是什么原因，请各位帮忙解释一下。 |
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s*****5
发帖数: 52 | 18 前辈说的precison/accuracy指的应该是LC-MS定量方法的吧，FDR不会影响这个，特定
到每一个肽或者蛋白也不会有太大影响。而且，不好的spectrum variation都比较大，
一般会被排除。
但是，我觉得FDR会影响整体数据的precision/accuracy.这升高的3%FDR，意味着整个
的score cutoff提高了很多，多的不只是200个蛋白，还有上千的肽和可能上万的PSM.
3%的protein FDR的提升几乎等同于多加了>10% 的PSM，假设一个run有8w个spectrum,
包含进来的质量不好的PSM可能大几千。我们现在定量是base on Peak AUC, 所以这些
低质量的spectrum对整体的定量都会有影响。假设我们spike in了几十个蛋白在背景样
品里，那么这个population的precision可以用coefficient of variation from
median来表示，accuracy用deviation of median from true ratio来表示的话， 这些
低质量的PSM肯定会导致整体数据q... 阅读全帖 |
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s*****5
发帖数: 52 | 19 前辈说的precison/accuracy指的应该是LC-MS定量方法的吧，FDR不会影响这个，特定
到每一个肽或者蛋白也不会有太大影响。而且，不好的spectrum variation都比较大，
一般会被排除。
但是，我觉得FDR会影响整体数据的precision/accuracy.这升高的3%FDR，意味着整个
的score cutoff提高了很多，多的不只是200个蛋白，还有上千的肽和可能上万的PSM.
3%的protein FDR的提升几乎等同于多加了>10% 的PSM，假设一个run有8w个spectrum,
包含进来的质量不好的PSM可能大几千。我们现在定量是base on Peak AUC, 所以这些
低质量的spectrum对整体的定量都会有影响。假设我们spike in了几十个蛋白在背景样
品里，那么这个population的precision可以用coefficient of variation from
median来表示，accuracy用deviation of median from true ratio来表示的话， 这些
低质量的PSM肯定会导致整体数据q... 阅读全帖 |
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L*******s
发帖数: 59 | 20 ETH有个人专门做蛋白组的，可以分离protein complexes，这个或许相关 |
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s******y
发帖数: 28562 | 21 也不一定，如果非要较真的话，有些蛋白，比方说组蛋白和某些核内蛋白，
是可以有稳定的mon ubiquitin 修饰的。
当然这种情况对于cytoplasmic protein 很罕见，所以我也就是来抬个杠 :) |
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t*******r
发帖数: 6 | 22 现在在做一些蛋白组学的课题，有谁能推荐几个做蛋白质谱方面的牛人哈~~~谢啦 |
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s*****j
发帖数: 6435 | 23 听来的.
当年 GFP 的结构没解出来的时候. 几个组都在使劲干. Rice 里面的 George
Philips 组, 算是个牛组了. 一个中国哥么, 弄出来了晶体. 但是没法搞重金属测相
位. 一加晶体就塌了.
老中叫 Philips 出钱去欧洲的同步辐射中心去做, 不用加重金属. Philips 嫌太花
钱, 不干. 叫老中接着试重金属, 搞了两年, 就是不行. 最后终于同意去同步辐射中心
, 一下就做出来了, 但比另外一个组晚了几个月.
两年呀, 该算多少钱? |
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V**3
发帖数: 12756 | 24 由三人一组的小分队组成，三个学生同时提取一个蛋白
日，这就是业界讲的 internal competition， 这么做的组是垃圾中的垃圾 |
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l******6
发帖数: 11 | 25 求纳米生物芯片，微流，光学显微镜，生物及药物代谢及蛋白质组审稿机会
本人现为哈佛大学博士后，主要领域为纳米生物芯片（Nano biosensor）开发。涉及
Nano biosensor design and Nano-fabrication, biomarker detection, single
particle interaction, optical and confocal microscope, optical sensor
development, photonics device/sensor develop. 博士期间为生物学和大分子药物动
力学，涉及proteomics（MALDI-TOF，HPLC-MS）， 草本药物有效成分提取，纯化，质
谱分析；细胞辐射及药物干扰蛋白组学研究，鼠，兔等动物药物代谢研究，病理学研究。
以上所述领域均有相关文章发表，一作文章近10篇（包括Science Advances，Nano
letter, scientific report, ACS photonics，Optics express，Chemical Research
in ... 阅读全帖 |
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b**********8
发帖数: 349 | 26 多谢楼上各位的建议，rescue的实验我们确实还没做过。今天又想向大家反应点新情况
，如下：
当初shRNA敲除A的时候，B基因在mRNA和protein水平都有显著下调。如前文所述，包括
B基因启动子的报告基因实验，组蛋白乙酰化和甲基化修饰，DNA甲基化等都是阴性结果
。后来实在没办法了，和别的组里的人讨论了下，觉得是否有可能A通过维持B基因转录
产物的稳定性，于是我又做了这个实验，转染A基因的siRNA后，等待48小时，再向
medium中加入Actinomycin D,每隔4小时收集细胞提取RNA,分别收集0,4,8,12小时，每
次3个wells，然后做realtime RT-PCR，结果在两个细胞株中发现siRNA组细胞中B基因
mRNA降解的比siCONTROL更快，但是在另外两个细胞株里没有观察到这种分别。现在又
出现几个问题：
1）观察到分别得那两个细胞株里，48小时候（即加药的第0小时），A基因的knockdown
效率只有50%。而在另外两个没有分别的细胞株里，48小时的沉默效率却有80%，老板觉
得即使mRNA降解实验阳性，很有可能是artifact，认为我的数据... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 27 生物信息学系 （详细情况请站内联系：该千人是我一直很想合作的生物信息学方面的
国际权威，一流学校的冠名教授，是重要国际和全美NIH超大合作项目中核心成员；不
久前会议上结识，三天中交谈很多。个人感觉非常不错的学者，学问做的很出色，人品
应该也很好--相信我们两个课题组不久会有不少合作）。
同济大学(生物信息系千人课题组诚聘副教授, 讲师, 博士后各一名。实验室主要方向
是用生物信息学和计算生物学手段来研究基因调控的遗传和表观遗传的机制，及起沉默
作用的小RNA的调控机制。相关工作发表于包括NCS在内国际一流期刊。
研究课题：
1. 利用统计方法和计算开发来整合大量高通量遗传和表观遗传的数据，用以研究转录
因子的染色质免疫共沉、核小体定位、组蛋白修饰、DNA甲基化、DNA复制和表观遗传组
学的个体化，并使其应用于疾病诊断和治疗。
2. 利用统计方法和计算开发来分析起沉默作用的小RNA高通量测序数据，确定它们的核
苷酸性质、基因组定位、不同细胞类型和基因型的相对丰度、进化守恒以及沉默作用的
生物功能，并寻找可以揭示这些小RNA的生物遗传和靶识别的特征。
3. 开发预测转座子转座（插入和缺失... 阅读全帖 |
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z*h
发帖数: 773 | 28 纤维素转化为淀粉找到新途径 (NO GMO)
木材中的主要成分纤维素是地球上含量最丰富的有机化合物之一，并且是可再生能源的
一种理想来源。如今，生物工程师指出，它还能够解决人类的温饱问题。在一项新的研
究中，研究人员找到了一种将纤维素转化为淀粉的新途径，后者是人类食物中最常见的
碳水化合物。
乙醇是当今最常见的车用生物燃料。它的制取通常利用来自于农作物——例如玉米和甘
蔗——中的糖分，有批评家认为这是对食物的一种浪费。至于纤维素，全球植物每年会
形成多达1800亿吨的此类化合物。世界各国的公司都在争先恐后地利用那些来自无法食
用的植物中的纤维素制造生物燃料——这些植物包括柳枝稷和杨树，它们都生长在需要
少量水、肥料、除草剂和杀虫剂的贫瘠土地上。这些纤维素也可能来自农作物和木材工
业的大量废料。例如，每吨收获的谷物通常都伴随着2到3吨富含纤维素的废料，并且大
部分废料最终都被浪费了。
如今，美国黑堡弗吉尼亚理工学院和州立大学的生物工程师-- 张以恒表示，人们第一
次找到了一种切实可行的方法，证明纤维素还可以让人吃饱。他将这一思路归功于自己
的中国背景。张以恒说：“在中国近5000年的历史... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 29 3、功能蛋白质组学（质谱平台）：优秀的科研背景（理想：至少2篇10分文章或者1篇
20分文章）和多年蛋白组学研究的一流track record，植物或模式生物方向优选。
这水平的能给什么待遇？ |
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s*****5
发帖数: 52 | 30 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: shxm725 (晓晓), 信区: Biology
标 题: 求问蛋白质组学proteomics找工作的问题
关键字: 蛋白质组学，找工作
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Feb 1 13:24:02 2015, 美东)
大家好，我博士四年级。做的方向主要是基于LC-MS的proteomics分析，主要负责整个
课题设计，样品处理，数据分析以及给出一些biological story等等。仪器分析这块是
高度固定化的方法，所以这块背景并不是很强。 不想之后再做学术了，想去industry
找工作，但是因为不清楚proteomics这个方向的就业形势到底是怎么样的，job market
是扩大还是缩小。所以发帖来问问，希望有相关领域的前辈能多多指教，万分感谢。
实验室还有一个方向是mAb定量，以及一些蛋白的定向的绝对定量，似乎在工业界更好
找到工作，不知道是不是这样。如果是的话，也在考虑是不是做这个方向。 |
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N******K
发帖数: 10202 | 31 还是检测仪器问题
如果同时检测若干种蛋白 就可以研究相互作用了
现在用显微镜 最多也就几种蛋白 时空分辨率都不行 |
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d*******3
发帖数: 8598 | 32 组织工程多数是吹嘘
我跟你说吧，不懂基因和蛋白，不干涉基因和蛋白，就想玩组织工程
好比是 化学元素都不懂，成分也不分析，在那里玩材料 |
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发帖数: 1 | 33 阿三的说法应该是错的
那个提出和云南蝙蝠病毒也有 25-65年共组的 Bedford 说的更有道理， 你看我下面的贴
Bedford 找到HIV之外的一些蛋白，也含有一样的片段
阿三认为是插入HIV片段的地方， 云南蝙蝠病毒里面也有一样的片段 |
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x********e
发帖数: 35261 | 34 还瞎jb阴谋论，真是服了。给你们布置个作业：1.查出furin cleavage site是什么 2.
计算对于furin recognition site的核苷酸序列有多少种可能性 3.计算新冠病毒基因
组大小，出现这么一个位点的概率是多少 4.计算这个位点出现在spike蛋白里的概率 |
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s*******y
发帖数: 11 | 35 【 以下文字转载自 Medicalpractice 讨论区 】
发信人: seraphsky (六翼天使), 信区: Medicalpractice
标 题: 红斑狼疮
关键字: 红斑狼疮
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 28 01:19:58 2013, 美东)
我一亲戚最近得了风湿免疫疾病红斑狼疮早期。
化验结果是抗核抗体滴度1；100核颗粒型抗双连DNA阳性抗SSA抗体阳性抗SSB抗体弱阳
性抗组蛋白抗体阳性抗核糖体p蛋白抗体阳性。
请问这里的专家凭这些就能确诊吗？能治愈吗？什么治疗方法最有效？国内哪家医院比
较有经验。她现在在新疆。如果有新疆的医院在好。
多谢了 |
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p*b
发帖数: 442 | 36 国内一12岁男孩患此病，几项指标异样
抗nRNP抗体 阳性
抗Sm抗体 弱阳性
抗SS-A抗体 阳性
抗组蛋白 阳性
抗核糖体P蛋白 阳性
红细胞压积 Low 36.4% normal range (40-50%)
中性粒细胞 Low 40.2% normal range (50-70%)
淋巴细胞 High 50.0% normal range (20-40%)
单核细胞 High 8.7% normal range (3-8%)
PDW Low 11.5% normal range (15.9-17.2%) |
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b*****9
发帖数: 8922 | 37 ☆─────────────────────────────────────☆
jpsunyx (bluesunny) 于 (Tue Nov 30 00:31:46 2010, 美东) 提到:
我是学生物的，自从生物有了有性生殖这一模式以后，大大增强了遗传的稳定
性，使优良基因可以稳定遗传。这是因为有性生殖有一对等位基因，通过交配，大
大减少了一次突变造成的优良基因丢失。而对于病毒，病菌，一些简单的复制方式
遗传的生物，由于在某次分裂中的突然突变，就可能丢掉优良基因，使大部分感染
强的病菌总是昙花一现。
那么，这有性生殖与我回国有什么关系呢? 因为，我之所以成为我，除了文化
上秉承千年以来的中国文化外，还有我的黄皮肤，黑眼睛，我的一套基因决定我是
中国人。为维护我的整套基因，黄皮肤，黑头发，好也好，坏也好，我和我的祖先
需要不停的与同族人联姻，这样才能保持基因和性状的稳定，使我和我的祖先在千
年之后还是我。为什么我不能让自己的孩子留在国外，因为将3%的A物种和97%的B物种
杂交，10代以后只有100%的B物种，A物种将完全消失，只留下一些基因碎片在B物种之
... 阅读全帖 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 38 可以Regenerize，可是我们组7个人
每人都有几个GST-tag的蛋白
一提都是长六升的菌（用于结晶）
一共才10ml resin
这叫人怎么用？
一个人用了别的人就要等着
gst
resin也可以regenerize吧 |
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w*******g
发帖数: 16 | 39 用shRNA来knock down一个基因。用相同数目的细胞做western blot后，能明显的看到
shRNA降低了蛋白的表达量，同样的细胞用来做taqman realtime pcr却看不到处理组和
对照组的区别。pcr产物跑电泳检测确实pcr产物都是单一条带。挺困惑的，请各位大牛支招啊
，多谢 |
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S*******m
发帖数: 34 | 40 有一些蛋白在正常组织里边就是这样的.正常情况下表达很低.只有在某些情况或某些组
织里面才高表达.
参考p53,c-Myc,progesterone receptor. |
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m***o
发帖数: 272 | 42 western blot上在别的组织上有个短的条带在WT上有，但是在knockout上就消失，别的
非特异条带没有变化。但是我现在觉得这个我找到的shortform不是看到的那个条带，
因为根据这个序列推测蛋白要小很多。
现在我比较确定这个shortform mRNA 的表达在我做的这个组织上很高，因为RT用这个
短的5UTR为forward primer（全长没有这个序列），可以看到很亮的条带，但是别的组
织没有。
我现在也有些不知该怎么往下做，因为抗体不是很好，很多非特异条带。 |
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s*****g
发帖数: 7857 | 43 检查出actin多了只能说你的核蛋白污染了细胞质蛋白.通常要用组蛋白等做LAODING
CONTROL, 再用actin/GAPDH等做污染检测. |
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d********l
发帖数: 293 | 44 楼上的点评真是拨云见日阿，多谢了。
本人人品向来一般，爆发估计难。
不知道能不能推荐几个属于1,3的比较好的组，先谢过了。
其实我开这个帖子问大家老板的人品，主要就出于担心自己2,3年搞不定（对膜蛋白算
正常），到最后连个reference都拿不到（在这版好像这样的例子不少）。
看来如果能去Christopher Miller那应该不错，人nice，就算结构做不出来，还可以弄
点electrophysiology |
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j****x
发帖数: 1704 | 45 10%足够了，我认识有几个组用这个系统做entry inhibitor的筛选，效果还不错，有几
个candidates已经开始准备Phase I trial了。10%和15%的差异主要看批次和人手，同
批细胞之间的差异很小（所以实际上Variation没有想象的大），但不同人工之间的差
异不小，属于技术活。主要的问题在，1.这细胞得持续分化1个月以上才能正常感染，
其间不能出任何岔子，否则前功尽弃。一个月后究竟能不能用，谁也不知道，用了才知
道。2. 细胞极其敏感，转染效率低是一定的，siRNA基本没法用。用Lenti转导shRNA吧
，转导完了细胞分化又出问题，更不能用。最主要的是，欧美对HBV这玩艺儿的重视程
度远低于HCV，做的人少自然没结果。要是像HIV那么投入，问题估计已经解决了。
PreS的问题我觉得没有什么争议，Anti-preS Ab有中和抗体活性，结构分析等等证据也
表明了，PreS就是结合受体的（至少是受体之一）。至于能不能一下子找全，谁也没把
握。一个一个来呗。HCV找到现在还不是一样没结论，虽然CD81, SR-BI, DC-SIGN,
Claudin-1,Oc... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 46 10%足够了，我认识有几个组用这个系统做entry inhibitor的筛选，效果还不错，有几
个candidates已经开始准备Phase I trial了。10%和15%的差异主要看批次和人手，同
批细胞之间的差异很小（所以实际上Variation没有想象的大），但不同人工之间的差
异不小，属于技术活。主要的问题在，1.这细胞得持续分化1个月以上才能正常感染，
其间不能出任何岔子，否则前功尽弃。一个月后究竟能不能用，谁也不知道，用了才知
道。2. 细胞极其敏感，转染效率低是一定的，siRNA基本没法用。用Lenti转导shRNA吧
，转导完了细胞分化又出问题，更不能用。最主要的是，欧美对HBV这玩艺儿的重视程
度远低于HCV，做的人少自然没结果。要是像HIV那么投入，问题估计已经解决了。
PreS的问题我觉得没有什么争议，Anti-preS Ab有中和抗体活性，结构分析等等证据也
表明了，PreS就是结合受体的（至少是受体之一）。至于能不能一下子找全，谁也没把
握。一个一个来呗。HCV找到现在还不是一样没结论，虽然CD81, SR-BI, DC-SIGN,
Claudin-1,Oc... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 69 | 47 我做了2组磷酸化蛋白的Western,第二次是在第一次strip之后做的，但是第二次出现了
许多带，我第一次做的是p-p44，结果第二次做的是p-p65，但是我很明确的肯定我第二
次做的p-p65上出现了p-p44的band,而且我的p-p65 band被强烈干扰了，很难找到。我
是用0.2M NaOH 洗3次膜，然后重新block做的，我想第一次的antibody根本没有下去，
而且我的抗体都是cell signal的，二抗都需要用rabbit，是不是这个原因，有没有好
的办法可以strip掉第一次的抗体。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 48 2楼说的是空白对照，没必要用血清对照。反正我从来不用。
但是还有一个阴性control 很重要，比如你在brain里面KO掉了蛋白A，你隔壁实验室说
他们有一个在肝脏里面看蛋白A是不是被KO掉的抗体。你于是拿过来在brain上试了试，
发现哇，KO和WT都闪闪发光。。。-_-III
这种情况可以出现在空白对照很干净的抗体上。 |
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c*********r
发帖数: 181 | 49 这篇文章是把植物和共生微生物的蛋白共同提取出来做蛋白质组学的研究，我曾经看过
，但是找了2天了都没找到，似乎是去年看到的，但是不知道是否是去年发的。
哪位大仙能帮忙？
谢谢！ |
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i***0
发帖数: 160 | 50 ？楼主要表达蛋白干什么用，生化， 细胞，还是结构，要在哺乳动物细胞里表达么？
胞外结构域可以加一个分泌序列让他直接分泌到胞外，然后收培养液提纯即可。我们组
用昆虫细胞感染病毒表达胞外结构域分泌到培养液，免去裂解细胞离心等步骤，很方便 |
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