m******5
发帖数: 1383 | 1 非常感谢！
还有一个问题，挺多人设计knock in allelle，往往并未提及如何添加poly A
sequence，在这种情况下是什么原因 |
|
m******5
发帖数: 1383 | 2 我的desired 序列下游有一段FRT序列
是否有任何现成的polyA harboring line可以和我的老鼠mate，再配个flipase
allelle来使得我想要的这个基因表达呢？(想要的这个基因本身不含有polyA) |
|
g*****n
发帖数: 241 | 3 我能想到的间接证明的方法是 non-allelic non-complimentation test
请问其他有没有什么方法？
谢谢 |
|
s******y
发帖数: 28562 | 4 Sugary' Mutation May Have Led to Humans' Rise
http://www.livescience.com/16480-mutation-led-humans-rise.html
摘要：
动物细胞表面的糖分子的结构通常会介导免疫反应，也常常被细胞寄生虫利用
来感染细胞。
古代非洲猿猴细胞表面的一个糖分子Neu5Gc 会被当地品种的malaria 利用来
感染细胞。在一个突变过程中，有一部分古猿开始表达不同结构的糖分子Neu5Ac
从而获得了减少感染的机会并在进化上出现一定优势。但是同时，这部分古猿因为这个糖分子的结构不同，由于免疫反应原因就和仍然表达这个糖分子的其他个体发生生殖隔离。
于是，这部分古猿就因此成为了一个独立的分支，只能内交不能外交，
这些古猿的后代后来就成为了人类的祖先。
（支持数据：人类不表达Neu5Gc，并对那个特定品种的malaria感染性不高；人类抗体
会杀灭猿的精子）。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 Oct 10. [Epub ahead of print]
Sexual selection ... 阅读全帖 |
|
y******8
发帖数: 1764 | 5 People observed some transposon activation in somatic cells. But for germ
cells in higher mammals, it is hard to believe, though.
,
allele
theory.
specific
rapid |
|
m******5
发帖数: 1383 | 6 I have a question on this:
Thus said, the method proposed by LZ would be a very good strategy to
produce hypolymorphic allele? since most mRNA are subjected into non sense
mediated decay, so the protein level would be reasonably low.
And where to search for EGFP/LACZ trapped ES cell line? I searched around
but found only few available trapped locus, could you recommend some company
making good use of it?
level |
|
b****r
发帖数: 17995 | 7 谢谢
你读得比我更仔细,那个unzip double strand 的步骤确实没看到。
至于最后要多少个coverage，我没有算，你的描述里也没说出来，还是难以作出结论，
也许nanopore的coverage可以做到很高，这个还得花时间仔细算算。不过我觉得这个是
很难蒙混过关的，只要nanopore把数据拿出来，中学生也能算到很清楚，到底最后
coverage 多高，每个碱基精确性多高
你说的PCR even out error，我不太同意。你看看这个图
http://www.nature.com/nmeth/journal/v5/n12/fig_tab/nmeth.1270_F
如果我没搞错，illumina现在仍然是基于这个原理，我理解的PCR是左下最后一个蓝框
，不是右第三个黄框。前面这个amplification仍然是error prone的，特别是对于染色
体的很多区段，可能扩增效率很低，而且还有pcr的error问题和allelic dropoff的问
题（这些缺陷nanopore都应该没有）。实际上你去看illunima 的raw data，错误还是
相当多的，不是你... 阅读全帖 |
|
k****n
发帖数: 42 | 8 就是说cell line 是只表达p53 mutant， 还是既表达mutant p53 , 也表达WT P53,
thanks! |
|
|
|
l**********1
发帖数: 5204 | 11 just for this enquiry:
> 在四倍体中，是不是有两个paralogs, 每个paralog 有两个alleles？
一个单拷贝基因在四倍体中 how much copy or which kind of distribution that
单拷贝 or duplication 单拷贝基因?
Can you let me know the answer? |
|
f******p
发帖数: 178 | 12 一个常染色体上的单拷贝基因在四倍体中 通常最多有四个拷贝
同一个基因本来有两个拷贝（一个父本一个母本），在基因组整体加倍后多了两个拷贝
（一个父本的，一个母本的）
无论基因组加倍是自身加倍还是与关系很近的种杂交（可以从构建的系统树上看出来）
导致的加倍，它们在染色体上的位置应该是一样的，所以也符合allele的定义 |
|
|
o********r
发帖数: 775 | 14 有关系么？
俺一般用minor allele做1。 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 15 rna-seq
知道是啥吗
不清楚的话 维基一下吧
//en.wikipedia.org/wiki/RNA-Seq
RNA-seq, also called "Whole Transcriptome Shotgun Sequencing" [1] ("WTSS")
and dubbed "a revolutionary tool for transcriptomics",[2] refers to the use
of high-throughput sequencing technologies to sequence cDNA in order to get
information about a sample's RNA content, a technique that is quickly
becoming invaluable in the study of diseases like cancer.[3] Thanks to the
deep coverage and base level resolution provided by next-generation
s... 阅读全帖 |
|
m******5
发帖数: 1383 | 16 最近觉得这个东西太好玩了
spontaneously differentiate出很多东西,如果能够合适地score某些phenotype，比如
beating rate of myocadiocyte，mES本身genetic manipulation又很容易（比如大规
模trap, 通过stable transfect搞新的allelle上去)，似乎能像xenoupus一样筛出许多
和早期发育有关的基因。 更妙的是，可以是人(ips)和老鼠(mES) |
|
|
c********r
发帖数: 189 | 18
学术上，现在普遍用NGS来study家族遗传病或者sporadic genetic conditions。以最
近发现了很多新的基因（Autism，RP等）理论基础是（Rare disease, Rare variants;
和 common disease, rare variants）不同于GWAS的（common disease common
variants）现在看来比GWAS和linkage更易于发现disease allele。感觉几年内还会有
很多的新基因被发现。但是技术是比较成熟的，我感觉应用的关键是对基因功能的研究。
Clinical上，有几个方面： 1）产前的诊断：尤其是现在non-invasive的手段，可以在
母亲血液中分离胎儿DNA，通过NGS诊断。不但可以检测Down syndrome之类的，还可以
检测很多单基因疾病。
2）遗传疾病的确诊。同上 3）细菌和病毒感染的诊断；4）食品和药物安全检测（如前
些日子有人发的文章检测中药制剂，直接测序就可以鉴别用了些啥材料）等等。。。
美国很多人都认为不就的将来所有新生儿都会被直接测序，这必然是一个发展趋势。这
将... 阅读全帖 |
|
V***b
发帖数: 3419 | 19 比如SMA (Spinal Muscular Atrophy) 这种疾病是由于一个叫SMN1的隐性基因缺失引起
的，父母都没有病症但是都缺一个allele，结果孩子很不幸，25%的可能性发生了，
SMN1编码的蛋白SMN没有表达，这个蛋白是负责mRNA剪切的，对运动神经元的存活至关
重要，结果孩子终生不能走和运动，以后吃饭呼吸还会有困难。这种一个基因完全没有
的情况用病毒做载体感染可行吗？肯定有人试过了。主要的难关在哪里？转染效率低？
特定细胞表面没有受体？基因整合困难？ |
|
s******s
发帖数: 13035 | 20 一般来说4代表上下游一条pathway, 1代表平行的两条。
不过这都是老传统，实际上调控都是network，所有情况都是可能的
additive) |
|
a*****x
发帖数: 901 | 21 如果是纯independent的话，应该是1-(1-20%)*(1-30%)=44%;高于这个则有synergistic
,低于这个有redundancy (overlap). |
|
D*a
发帖数: 6830 | 22 我理解penetrance的意思是说有的后代表现有的后代 不表现啊？跟knockdown不一样啊
？ |
|
a*****x
发帖数: 901 | 23 是啊，就是突变遗传了以后引起表型的概率。简单的说就是A突变有30%的概率引起表型
，B突变有20%的概率引起表型。 |
|
D*a
发帖数: 6830 | 24 那除了表型有无，也还要看表型严重程度才知道？
还是说30%的penetrance是说30%的后代表型完全突变，70%的完全野生型？
这个叫hypomorph？hypomorph的意思不是说100% 的后代有部分的减弱么？
如果是30%透出来的后代突变程度也不一样，那再加上另一个基因我感觉完全没办法分
析啊。。。 |
|
a*****x
发帖数: 901 | 25 hypomorph一般是指变异后的基因有部分功能，但是不一定就会引起部分表型。
penetrance应该就是我说的意思。 |
|
a*****x
发帖数: 901 | 26 比如HD被认为是95%到100%的penetrance,因为几乎所有病人遗传了mutant HTT就会得病
，而得病的严重程度当然会不一样。 |
|
D*a
发帖数: 6830 | 27 这个只是课本上的理论
越复杂的物种调控机制也越复杂，比如你说的基因如果是两个同一通路的上下游受体的
话，可能你hypomorph一个可以有retro control，本来如果没有retro control可以达
到60%的效果，你现在只有30%。然后你再搞掉一个，retro control被你抑制了，再加
上它自己的作用，就出来了60%的效果。但是它自己因为也会引起retro control，说不
定体现出来的效果也就是30%。但是从数字上来看你是不是会觉得这两个基因不是一个
通路的？其实他们是一个通路。
pathway |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 28 楼主 还有一个 antagonistic 的组合 也可能是同一个sgnalling pathway 哦
one book ite Chapter 11
by Barry Sinervo
title:
"Genetic Cooperation and Conflicts in Mating and Social System"
its web link:
//bio.research.ucsc.edu/~barrylab/classes/CHAPTER_PDFS/Chap_11_Conflict.pdf
推论: Stochastic Monte_carlo or Hiden Markov Modeling might be needed.
details pls refer:
Washington University in St. Louis the School of Medicine online lecture:
title:
Computational Molecular Biology, aka Algorithms for Computational
Biol... 阅读全帖 |
|
a*****x
发帖数: 901 | 29 你们这种回答只会让lz更confuse。
如果A->表型，B->表型，完全独立的话，那么A&B->表型概率应该是44%。独立的意思是
A->表型发生的话不影响B->表型，反之亦然。所以是两个独立的pathway。即使连个
pathway作用在同一个蛋白上（比如同一个C蛋白的不同位点的磷酸化），或者甚至是同
一个作用，比如分别独立的磷酸化蛋白C的同一个位点，并不达到饱和。只要保证 P(A|
B)=P(B),以及P（B|A）= P(A)就行了。
如果A&B->表型概率不是44%，则表示连个pathway是相关的。相关的意思是A->表型发生
的话，会影响B->表型发生的概率，也就是Bayes Formula里所谓条件概率。产生的机制
有各种可能。如果A&B->表型概率大于44%，表示P(A|B)>P(B)或者以及P（B|A）> P(A),
也就是两个pathway之间正相关，生物上叫做"sensitize"。 sensitize往往是同一个
pathway不同层次的作用引起的。如果A&B->表型概率小于44%，那么表示他们也是在一
个pathway，但是附相关，desensitize。den... 阅读全帖 |
|
D*a
发帖数: 6830 | 30 不知道楼主问这个是干嘛啊
期末考试的话当然背书就行了
如果他自己做出来实验结果想知道怎么往下弄，那就复杂了。
A|
), |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 31 无法解答confused bio task, how to Cell ms. submitted and published there?
JBC more one added? |
|
D*a
发帖数: 6830 | 32 还有一种情况是某表型，可能同一个通路抑制一点表型改善，再抑制一点表型恶化。 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 33 LZ PD or PI soon
Not 期末考试的话当然背书就行了 that case. |
|
s******s
发帖数: 13035 | 34 我第二贴就说了。你这种独立只是完全的概率学概念，概率上独立和
pathway不相关只在教科书上存在，随便加点反馈就算不出来了，更不用
说network了。
实际上，我认为没啥两个基因是完全独立的。也许你算概率说independent，
不过，换一个phenotype呢？
A|
), |
|
a*****x
发帖数: 901 | 35 Pathways need to be put in the context of phenotypes. A and B could be in
the same network, but the question is whether they cause the phenotype
independently. |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 36 sunnday 个把月前问 酵母内的 协同致死的叫synthetic lethal factors
而协同延命的叫啥
matrix 无意中搜到一篇nature
Lin YY et al. (2012)
Functional dissection of lysine deacetylases reveals that HDAC1 and p300
regulate AMPK.
Nature. 482: 251-5.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22318606
就回帖她/他
可能叫
synthetic rescue factors
楼主你的原开贴 还有 antagonistic rescue factors 的可能性
当然 antagonistic lethal factors 的话 达尔文演化论中的不适应者 可能就无后了
具体如何定位pathway 0.44 概率以上的经典规则 不一定适用
-----just matrix two cents |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 37 Mulet X et al.
Antagonistic interactions of Pseudomonas aeruginosa antibiotic resistance
mechanisms in planktonic but not biofilm growth.
Antimicrob Agents Chemother. 55: 4560-8.
Abstract
Pseudomonas aeruginosa has an extraordinary capacity to evade the activity
of antibiotics through a complex interplay of intrinsic and mutation-driven
resistance pathways, which are, unfortunately, often additive or synergistic
, leading to multidrug (or even pandrug) resistance. However, we show that
one of th... 阅读全帖 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 38 ps:
LZ those two alle excluded HGT (horizontal gene transfer )acquired its/both
's possibility already?
unless even from 它物种 acquired HST gene that 物种 pathway/network can
control this 物种 ability 哦
Reference:
Chen HD et al. (2011)
Ancestral genes can control the ability of horizontally acquired loci to
confer new traits.
PLoS Genet. 7: e1002184.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22363555
or
Kholodenko BN. (2006)
Cell-signalling dynamics in time and space.
Nat Rev Mol Cell Biol. 7: 165-76.
//www.nc... 阅读全帖 |
|
g*****n
发帖数: 241 | 39 谢谢lotkaeuler11热心的回复和搜索 ：-）非常感激！ |
|
b****r
发帖数: 17995 | 40 假如你真是在讨论实际科研工作的基本思路，而不是辩论赛诡辩吵架，我觉得你的方向
性有点问题
解决实际问题的基本思路，应该首先考虑用最简单的model去拟合，如果行不通，才需
要开始考虑加修正项，或者高阶方程。你上来就扯这些，次序有问题 |
|
D*a
发帖数: 6830 | 41 现在简单模型能发现的都发现得差不多了吧。
细菌虫子啥的应该好点，老鼠搞简单的上位显性model估计够呛。 |
|
D*a
发帖数: 6830 | 42 楼主那个问题，如果要搞简单模型，就是，重合，不重合。
1+1 大于1就说明不（完全）重合，等于1说明重合，然后去看看这两个基因控制什么通
路是正经，不要管什么80%还是40%的，你测量手段有局限，每一代培养条件也不可能完
全一样（比如你培养箱放左边还是放右边），从40%差到70%都有可能，synergistic还
是additive现实中很可能测不出来。你去找找上下游的控制基因，搞几个hypothesis出
来，再用别的手段看他们到底是synergistic还是additive。 |
|
D*a
发帖数: 6830 | 43 现在哪有几个未知基因拉？总能扒拉paper扒拉出假说来。真要是完全未知的基因也不
用搞这么复杂了，发现新基因就够发paper的了，还搞什么上下位。如果是有潜力想攒
大paper发CNS的就不会跑版上来问思路了。
我虽然回了你的帖，但是不知道是否理解对了你的意思哈。。。 |
|
s******s
发帖数: 13035 | 44 我是实话实说。生物实验里面到处都是variation。你搞一个
synthetic lethal的，或者10%+10%突然变成90%的，那么可以
用是不是一条pathway这样的考虑考虑。像你这样把这个当作
数学题，大于A*B是什么，小于A*B是什么，等于A*B是什么，难
到不是纸上谈兵，还说什么实际科研工作的思路，这个纯粹本科
考试思路 |
|
a*****x
发帖数: 901 | 45 在readout足够清晰，样本数目足够大的时候，数学当然能说明问题。很多人就是不注
重生物中的数学，所以弄得很含糊又很难重复。
认识的一个大牛以前记录一个电生理的时候发现电流各种时间参数有些不吻合，用数学
模型拟合了以后断定溶液中参杂了微量的一种pore blocker。然后实验室上一个人果然
用了灌流系统后没有洗，残留了blocker在里面。类似的例子很多，Chris Miller也是
根据平衡电位和理论值差了几毫伏推断出clc是载体而非通道。经典遗传学还不是就是
根据概率推导出来的。
楼主给的信息有限，的确无法得到明确的结论。但并不表示根据概率做出一些初步的结
论不重要。 |
|
l**********1
发帖数: 5204 | 46 所以我估计人家在准备投Cell 吧 密不透风的 询问这类有悖论因素在内的开题 Lol |
|
g*****n
发帖数: 241 | 47 谢谢诸位同僚的探讨，不是我不肯说细节，而是因为这个问题属于经典孟德尔遗传学里
面非常常见的双突变分析（不包括数量遗传学），属于generic question。即使我告诉
你们细节（比如我研究的phenotype属于cell migration defect），对于我问题的解答
帮助并不大。
我知道如何解释其中的一种情况，就是当两个hypomorph导致synergistic effect （
strong phenotype/penetrance），表示这两个基因在同一个pathway。
Ex: http://wormbook.org/chapters/www_geneticenhancers/geneticenhancersfig2.jpg
我这次问这个问题其实是想了解一下如果出现其他情况，该如何解读实验结果。
无论如何，还是很谢谢大家热心的讨论和建议。 |
|
D*a
发帖数: 6830 | 48 可能做模拟的体会不到湿试验的痛苦，想加样本也不是那么简单的啊，两只笼子的一样
基因型的还不一样有木有啊，30只老鼠搞一天还担心早上跟下午不一样有木有啊，搞出
来了elisa只有96个孔有木有啊，没有elisa只能WB，还不能放marker旁边有木有啊，我
样本小我找谁哭去啊 T.T |
|
Z**********g
发帖数: 222 | 49 不是做遗传的，试着我的理解：
1. 由于是hypomorph，如果是synergistic，一种可能是a和b在同一pathway上，双突变
后有synergistic效果，另一种可能是不同pathway上，但两pathway彼此有正调控作用
，故双突变也有synergistic效果。
2. 如果a和b处在完全独立的pathway上，应该是additive效果。
3. 如果a和b处在两条pathway上，但彼此有负调控作用，估计就是40%的情况。
4. 30%的情况？a和b处在两条pathway上，但彼此有更复杂的负调控？估计a pathway能
较强的抑制b pathway？ |
|
a*****x
发帖数: 901 | 50 These are technical hurdles, which should be solved by finding better
conditions, readouts, or animal/cellular models, etc. Technology serves for
testing ideas, not the other way round |
|
