l**********n
发帖数: 201 | 1 做成 HTS 一定要有好的非常 robust 的 assay, 比如保证 99% controls 分布
在 3XSD 以内。这样的 assay development 通常需要 years to optimize，所
以应该不太容易被 scoop 掉。
是类似这样的东西，我去见postdoc老板的时候就说了这个idea, 然后他说好，你来慢
慢做。所以自己觉得挺失败的。
high-throughput science, 但愿不要又被scoop... |
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a********k
发帖数: 2273 | 2 我的理解是
LZ做自己的课题，实验室有个assay不work，他搞定了。阿三的课题也要用这个assay，
于是老板让LZ教阿三。LZ不爽，想抢阿三的课题，至少混个并列一作的样子。
总之相当不厚道啦，不过众人一看是阿三就都纷纷鼓动楼主不仁不义。 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 3 谢谢啦 那你觉得从一个assay 到能scale-up的screen系统 一般得多少时间呢？换句话
说就是把assay定量搞好能上高通量外加数据分析blabla这些工作会需要很长时间么？ |
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s******y
发帖数: 28562 | 4 对，是这样没错。主要是我们作生物的，一般对这种问题也不是特别关心。
而且，实话说，统计学里面很多公式是建立在很多假设条件下的，但是很多
这些假设条件对生物学里面的实际情况不适用。一般来说我们要是看到error
bar没有分开的话，并不会试图去重复很多遍然后用这个什么什么test去强辨
这两者有统计上的区别。我们一般是如果觉得一个assay不好用，马上就换另外
能够测出更大区别的assay了。所以我们一向对统计分析这种东西不是很关心。
这次被他们要求写出所有的统计分析过程，立马就把我们弄傻了。而且我们
又胆小，不敢信口开河, 所以只好苦哈哈的真的就要去算这个P value了。 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 5 你这就更极端了 我也说了我本身也不是很信服connectome 但是作为基础研究来说 在一
个东西开始做之前就评估其价值是很不靠谱的。远的例子咱们就不扯了 就说这生物里面
做genetic screen的人有几个对找出什么东西有预期的？无所谓，只要screen assay设
计的对路，生物学问题重要 这就是个有意义的Screen。说回connectome也一样 不管他
们的目的能不能实现（用connectome解释神经系统怎么工作） 但是他们的assay技术上
是靠谱的，目标也是很清楚可靠的 那就是一个值得去做的问题 我没有能力 大家也没有
能力判断几年十几年之后会不会有意想不到的结果。
而且你要想举出其他的好的基础研究的例子 这个太容易了 谁也没有说中国只能做conn
ectome是不是？那你不是无的放矢么？谁阻拦任何人研究面部识别的问题了？事实上就
这个特殊例子而言国内做的还真不是一个两个lab
归根结底 就像你自己说的 你太take it personal了
the |
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s******0
发帖数: 1 | 6 CCC-002
Biochemistry Associate
At sanofi-aventis
We are seeking a highly motivated Scientist for our Biochemistry and
Bioanalytics unit.
SUMMARY
The candidate will work with a Ph.D. scientist to design and execute
appropriate biochemistry and enzymology experiments to understand drug-
target interactions and be responsible for develop biochemical and
biophysical assays, perform compound screening using these assays to support
SAR establishment and development.
RESPONSIBILITIES
• To perf |
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b****n
发帖数: 311 | 7 discussions are interesting...
用behavior做assay可能有个问题：stroke病人在血管阻塞之后几乎是立即出现
behavioral imparement,像不能动，不能说话（不能喊）之类的。这时，neuron还没死
(人一般在stroke 20min之后开始有neuron death),但因为缺氧，缺energy而失去功能.
behavior assay 似乎只能找到能快速打散人工血栓的compound（来恢复供血供氧).
neuron protectant对急性的behavior imparement似乎不会有作用。从保护neuron的角
度来说，cell death reporter似乎更靠谱。 |
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s**********e
发帖数: 2888 | 8 我觉得没有太大的意义，我从硕士开始学这个方向。
第一，就是学术界/工业界已经放弃了这个方法。学术界的几个天然产物分离小组，几
乎都处于半死不活的状态，拿不到经费的支持。工业界很多公司都砍掉了天然产物部门
。毕业的学生找工作也很成为问题，无论是学术界还是工业界。
第二，我觉得从方法学来说，天然产物分离也有太多的局限。
首先，很多天然药物的in vivo effect都很难确定，中药或者植物到底有没有作用，很
难彻底弄清楚。
第二，即使in vivo effects确定了，如果建立相应的in vitro assay来很好的模拟in
vivo,也是一个问题。
第三，即使有很好的assay可以指导分离，除非运气很好，那个植物有一两个活性分子
负责那个植物的活性，很快就可以分离出来。比如Paul Talalay分离sulforaphane，就
是一个分离，就发表了一篇PNAS
很多时候，也许你的活性物质在硅胶上面不稳定，也许需要几种物质的synergistic
effect才有作用，你就傻眼了。似乎synergistic effect是一个很普遍的现象，我最近
就发现两个分子，单个使用对癌细胞没 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 9 定向诱导和我说的条件不矛盾啊 你要做in vitro drug screen肯定得先能定向诱导了
事实上至少诱导个neuron问题不会太大 中胚层内胚层的组织也许会困难点。
等诱导好了 所谓的摸条件建assay的难度不会高于现在五花八门的in vitro assay
说到这个screen出来的东西到底有多有用 这个就没办法了 事实上所有phenotype-
based screen都是一样的问题 解决方案是geneticists' belief,呵呵
问。 |
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a****k
发帖数: 1130 | 10 How to dissect autophagy with biochemical purification approach?? I think
the biggest problem for this field is that they don't have good assays to
measure autophagy. The requirement of an assay which is good enough for
biochemical purification is even higher. |
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a***e
发帖数: 1010 | 11 By using expression assay, a lot of candidate genes will be identified
whose expression levels are regulated by this transcription factor. These
candidate genes should be further verified by real time PCR and western
blot. You can also use ChIP-seq assay to demonstrate the transcription
factor directly binds to the promoter region of some of the target genes.
However, the most important experiment to test whether this gene is the
real target of that transcription factor is a rescue experiment. I |
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y****i
发帖数: 2194 | 12 abi的这套kit对付悬浮细胞基本没办法 尤其是量大的情况
我估计你们要自己重新develop assay了
我们实验室是最早在broad做这套qpcr screen的
别说悬浮细胞了 只要是不贴壁足够牢的细胞
被那个机器洗下来完全就都是七零八落的
broad最近不是在做什么nanostring么？我估计你们换那个assay试试看？
候, |
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a*****g
发帖数: 543 | 13 nanostring 出high throughput了？
我以为他们还是一dozen一dozen的卖呢...
abi的这套kit对付悬浮细胞基本没办法 尤其是量大的情况
我估计你们要自己重新develop assay了
我们实验室是最早在broad做这套qpcr screen的
别说悬浮细胞了 只要是不贴壁足够牢的细胞
被那个机器洗下来完全就都是七零八落的
broad最近不是在做什么nanostring么？我估计你们换那个assay试试看？
候, |
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g********4
发帖数: 4959 | 14 in vitro translation, comparing with the mutation of potential cis-element.
For these assay, you can use reporter constructs.All constructs also can be
used for in vivo assay if necessary. |
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f******s
发帖数: 288 | 15 恩，这就是现实，真的只能接受了。。。有时候是计策不对，有时候真的是没有碰到合
适的时间和人而已。我有篇paper被science，mol cell，embo 等等等拒了一圈，说我
们做的太专（总之是拒信套话）。 然后pnas，一个reviewer说他非常激动的看完，强
烈支持我们。另一个提了一堆变态问题，死活就是要拒，推测，他是大牛，是老板的熟
人／半个对手，完全是有意block 我们的publication（后来我开会时候碰到，他还夸
了半天我的工作，问我想不想毕业去他实验室，出paper会非常的快，被我痛快的拒掉
了，嘿嘿） 要说这个戏剧性的是，其实pnas先把manuscript 给了我们的一个合作者，
肯定是要收的了，但是，但是，这个合作者正好那个礼拜休假，她休假回来后回信说可
以review，可惜ms已经去了那个最后拒了我们的对手手里了。所谓人算不如天算，就是
酱紫。
不过有时候rebuttal是管用的，后来有篇paper（不是牛杂志），也是类似状况，一个
reviewer夸了很多，还说我们是他见过的最清晰明了的研究了，不需要修改。另一个说
我们就是run了一堆assay而已... 阅读全帖 |
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f******s
发帖数: 288 | 16 恩，偶phd基本就是做kinetics的。我觉得楼上的都对，入门要一段时间，但是一旦你
明白了，一切就随心所欲了。优点是出data又快又多＝） 缺点是不好发好paper，毕竟
是很传统的生化领域。还有一点是，很多时候一个学校就那么几个懂你在做什么的人，
所以怎么把复杂的事情一步步讲清楚，是一个挑战，但是也是一个很好的锻炼，对自己
的思维方式还有表达方式都是好的练习。
说实话找工作的话，药厂的话，research 方向的位置应该不少（做screening，找
target之类的），还有后期的assay development，还有再往后的QC assay 都需要懂动
力学的人。 不过感觉具体到phd 的位置，的确是一个萝卜一个坑的说。。。
在学校继续发展的话，可以往宽的方向走，比如多做些相关的in vivo的东西（纯做动
力学最大的问题是，没有坚实的data去讲生物功能意义到底是什么，这也是发paper时
候的障碍）
恩，还有就是做presentation时候很爽，其他人一堆的western 和细胞照片，随便看一
眼就知道是什么。但是你一上去就狂秀一堆公式和曲线，把大家镇住，气势非常不同... 阅读全帖 |
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p****z
发帖数: 31 | 17 是啊，这就是我百思不得其解的地方。一开始用promega的MTS assay，怕因为要算细胞
数目导致误差，后来就采用BrdU proliferation assay,结果还是相差不大。当时买的
shRNA sets里面有5个clone,选了一个效果最好的。郁闷啊！ |
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s***k
发帖数: 31 | 19 其实是我先找了个做pyrosequence的公司，他们设计了三个ASSAY，直接就把150个样本
给测了，
结果其中两个ASSAY不WORK，因为他们说选的是frequency0.4-0.5的，可测出来的基本
是wild
type的，钱也付了。我不知道还要多少个SNP才能把这150个样本都给COVER了，所以现
在只能试下
STR了，谢谢回复哈 |
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d***3
发帖数: 181 | 20 Position: Full-Time Regular
Open date: Jan 18, 2011 10:33:36 PM
Functional area: Scientific
Location: Research Triangle Park, North Carolina
Required degrees: Master's Level Degree
Experience required: 5 years
Relocation: Not Indicated
Basic qualifications:
The ideal Physiologist / Cell Biologist candidate will have experience with
a focus in Enteroendocrine biology.
We are looking for an individual with a PhD in physiology or cell biology
with postdoctoral experience... 阅读全帖 |
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w******e
发帖数: 1187 | 21 the thing is, I'm not measuring the value of the target sample,
instead, I have a fix protein conc. for my target sample, 0 protein
for my control. My purpose is instead to demonstrate that my assay
indeed worked in detecting the protein. hence the headache...
maybe I worried too much. all I need to show is that the assay
worked, anyway.
compare all the data together. |
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w******e
发帖数: 1187 | 22 I'm pretty dumb when it comes to statistics, so you need to take it slow:)
so by retest reliability you mean duplicate in the same experiment?
I actually got those data from totally independent exps. I did duplicate
in one exp and they look similar, though I never bother to check how
similar-_-
I never used Z score b4-_- wiki ing...
in fact the point of my current project is the creation of an affinity
agent pair that "should" be useful in sandwich assay. I just want to have
a quick and dirty as... 阅读全帖 |
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t*m
发帖数: 4414 | 23 找工。生物硕士，希望试验能力强，麻利的。
Dana Fabar Cancer Institute
工资和福利都competitive. 站内联系。
或者直接去dfci网站申请。如果那个弟兄认识在找类似工作的，也帮俺介绍一下。
谢谢
####################
https://peoplesofthr.dfci.harvard.edu/psp/hrprod2/EMPLOYEE/HRMS/c/HRS_HRAM.
HRS_CE.GBL?Page=HRS_CE_JOB_DTL&Action=A&JobOpeningId=20924&SiteId=2&
PostingSeq=1
Job Title: Research Tech - Senior
Job ID: 20924
Location: Boston Longwood Medical Area
Full/Part Time: Full-Time
Regular/Temporary: Regular
Salary Grade: 18
Job Summary
The Be... 阅读全帖 |
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r*******e
发帖数: 48 | 24 Two postdoctoral positions are available immediately to study
epigenetic modifications on breast cancer. Exciting research
environment, state-of-the-art equipment and facilities are available.
Mandatory requirements: One position is expected to have expertise
in epigenetics, transcription, and genomic approaches (e.g.
microarray, ChIP-chip, ChIP-Seq/RNA-Seq, chromatin remodeling
assays, or global DNA methylation analysis with clinical samples),
cell culture, biochemical and standard molecular as... 阅读全帖 |
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n*****n
发帖数: 202 | 25 The candidate will possess a BS/MS with an emphasis in virology or molecular
biology; and has at least 3-5 years related work experience in a drug
discovery organization. The candidates should have track record of assay
development experience and possess extensive experience in cell-based assays
, gene transfection, DNA/RNA purification, hybridization, cloning and PCR
techniques. The candidate will be expected to work in a biosafety level III
laboratory. Prior experience with DNA or RNA viruses ... 阅读全帖 |
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H**********J
发帖数: 351 | 26 上具体工作内容：定位为Group Leader更准确，^_^
Set up bioanalytical lab for biologicals (therapeutic proteins, SiRNA,
peptide and antibodies) to support drug discovery projects
Serve as an internal expert to design, develop and validate assays to
measure biological drugs, their targets, or antidrug antibody (ADA) in blood
samples from nonclinical and clinical studies
Build a quality system for bioanalytical sciences group to generate GLP
compliant data to support preclinical and early clinical development
proje... 阅读全帖 |
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T**********t
发帖数: 1604 | 27 这个可以用biotek的microplate reader，上样量也很小，还可以多个样品同时测，很
方便。
但如果做protein assay
最方便还是大的那种spectrophotometer
一排六个holder，自动的那种
还有一些用比色法测酶活性的assay也是
还是大的好用
不过两者不可互相取代 |
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p*******r
发帖数: 59 | 28 Career Opportunities at JCVI Infectious Disease (8 Positions)
The PIs did not ask me to post here, I did this just in case someone is
looking for similar positions but did not see these, and I would be happy to
see some chinese fellows to come. All the PIs are very nice.
All listed at
https://careers.jcvi.org/careers/Careers.aspx
http://www.jcvi.org/
No. 1 & No. 2 Post-Doctoral Fellows
Job Responsibilities
JCVI is looking for two Post-Doctoral Fellows to join the Infectious Disease
Group in our ... 阅读全帖 |
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y*****h
发帖数: 166 | 29 Position level – Research Associate III or Senior Research Associate –
will be determined based on candidate’s background and experience.
Responsibilities and Duties
Responsible for the set up and performance of both in vitro and in vivo
experiments. The candidate will set up and perform in vitro experiments
using purified primary cells from human blood or mouse tissue. The candidate
will be involved in complex in vitro experiments requiring high technical
skills and precise planning. Addition... 阅读全帖 |
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b**********8
发帖数: 349 | 30 如题，最近做dual luciferase reporter assay，主要是想看在癌细胞中敲除某一基因
A后，对另一基因B启动子活性的影响。（已经证实敲除A后能下调B的mRNA转录和翻译表
达）。我尝试过两种不同的转染顺序，如下：
1）24 well plate铺板，第二天转染A的siRNA,第三天转染B的启动子报告基因质粒，第
四天收细胞assay，发现siControl和siA的renilla的读数相差很大，有时能达到10倍左
右，出来的ratio也经常是千奇百怪，忽高忽低，难以解释，
2）考虑到可能是先转染siRNA会影响后续质粒的转染效率。于是换方案，先在6孔板中
铺板，第二天转染质粒，过夜后换液，转染24小时候胰酶消化，将细胞铺到24孔板中，
24小时后再分别转染siControl和siA，出来的结果漂亮多了，至少data不像前一种方案
那么难看了。
我想问一下，第二种方法是否合理，虽然两种方法我都在文献上看到过，但是私以为第
1中方案似乎更为合理，但是在我们的实验中，它对renilla的影响实在太大。
另外，想问一个lipofectamine2000的转染问题，以6孔板... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 220 | 31 如果不dialyze的话，有别的方法吗？
查了一下，好像sds在的话，浓度高或者低都会影响bradford assay，我们用的这个
assay。
有别的办法吗？
测浓度做定量的WB。
谢谢。 |
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f******s
发帖数: 288 | 32 我继续，包子啊，包子，谢谢～
（4）
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
话说我的两个实验室合作的题目，第一件事其实就是提蛋白，要大量的蛋白（做过
稳态前动力学／用过quench flow的同学都知道呵），但是那个蛋白其实一直是老板的
一大头疼， 虽然我们当时号称是唯一一个能提取表达提取那个重组蛋白的实验室（多
subunit，且不能用e coli表达，又不能加任何tag），其实整个过程很多时候靠运气，
投入大，产量很小，且不好重复，不好控制。不过说来，但凡是大重组蛋白都会有这个
问题，我后来跟老板说，您看就算是大药厂上市20几年的重组蛋白药，头疼的也还是这
些，您就那么几个人，已经很牛了。
但是想想，我当时其实处境很危险，这个题目对大小老板都不是太重要的东东,
成功了锦上添花，不成还可以赖到另一个人头上，而且他们各自都不清楚该对我有多少
指导，毕竟还有另一个pi 在，管得太多也不好，所以我基本处于3不管地段，不去实验
室都没人知道。如果我是个postdoc，那可能会是很理想的状态，但我当时还是个刚知
道怎么拿 pipet 1年的学生。庆幸的是，我还算脸皮厚而且不... 阅读全帖 |
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b**********8
发帖数: 349 | 33 有的问题已经在别的帖子里发过了，但是关注度不够，到现在没得到答复，现在贴到这
里归个总，大家一定要帮帮我，凡是看过这个帖子的都给我点意见吧，特别是艳阳天MM
啊，Oncogene版主啊，给点权威的意见吧，小弟先谢谢你们了
问题1，
最近做dual luciferase reporter assay，主要是想看在癌细胞中敲除某一基因A后，
对另一基因B启动子活性的影响。（已经证实敲除A后能下调B的mRNA转录和翻译表达）
。我尝试过两种不同的转染顺序，如下：
1）24 well plate铺板，第二天转染A的siRNA,第三天转染B的启动子报告基因质粒，第
四天收细胞assay，发现siControl和siA的renilla的读数相差很大，有时能达到10倍左
右，出来的ratio也经常是千奇百怪，忽高忽低，难以解释，
2）考虑到可能是先转染siRNA会影响后续质粒的转染效率。于是换方案，先在6孔板中
铺板，第二天转染质粒，过夜后换液，转染24小时候胰酶消化，将细胞铺到24孔板中，
24小时后再分别转染siControl和siA，出来的结果漂亮多了，至少data不像前一种方案
那么难看了。... 阅读全帖 |
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m******5
发帖数: 1383 | 34 Thank you much for your great contribution to my rookie question^^
I think non-related region negative control is convincing theoretically, if
not taking non- specific DNA precipitation into account: different DNA
region might have different tendencies of non specific precipitation (I also
learned that this issue can be simply avoid by using dynal beads)
A parable phenomenon is that when I was doing invitro protein interaction
assay such like GST pull-down and co-ip, the reviewer did not questi... 阅读全帖 |
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m***r
发帖数: 21 | 35 Senior Research Associate - Target Discovery & Validation Job, Novo Nordisk
Inc.
Location: Seattle, WA, US
Novo Nordisk is a world leader in protein therapeutics. We are determined to
discover and develop superior biologics to control chronic inflammatory
conditions and continue significant innovation in this area.
We have established a research site in Seattle, aiming at employing 80
people by the end of 2011. We are looking for:
Auto req ID 4754BR
Title: Senior Research Associate - Target Disc... 阅读全帖 |
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c******m
发帖数: 884 | 36 最近做了个实验, 关于乙酰胆碱接受酶(acetylcholine receptor, AChR)抑制剂（
antagonists)的药物筛选。
我用的cell-based assay, 利用钙离子流量来监控AChR, 就是add agonist (nicotine)
to trigger Ca2+ release of the cells. If treat cells with nAChR antagonist
first, then the nicotine can not trigger Ca2+ release.
AChR主要分为两种，一种以 nicotine 作为 agonist, 叫做 nAChR；另一种以
muscarine 作为 agonist,叫做 mAChR.
我用这个cell assay试了几种药, 发现 mAChR antagonists 也可以抑制 nicotine 的
作用。我的问题就是，一般的 mAChR antagonists 可不可以当作 nAChR antagonists
来用？它们的作用是不是互通的？
先谢过了。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 37 说到这个mechanistic insight,
昨晚我痛定思痛的想了一下，我大概可以做这几个方面：
１。提供该蛋白和pathway B具体某个蛋白的作用证据，这个我其实很粗的做过一些初
步试验，那个蛋白在被修饰之后貌似增强了pathway B里面一个重要成分的活性。当然
这个实验很粗糙，所以这个数据就没有包含到投才出去的文章去。
我可以好好想想，找一个比较好的assay 来证明一下。这个应该不是特别难做，就是会
费点时间。因为相关蛋白的提取和assay很花时间.
但这个如果做出来的话，应该算是比较直接的证据了吧？
２。提供证据说明为什么那个蛋白被修饰之前不能和pathway B 作用，修饰之后就可以
了。比分说是否修饰之后就对pathway A affinity 低了，对pathway B affinity 高了。
但是这个可能会比较复杂，因为pathway A, B 虽然细胞内定位有区别，但是有好几个
公用的蛋白成分，而且都是很大的complex, 还涉及膜什么的，不太可能用简单的co-IP.
我想对于这篇文章，这个大概是可以先搁着不做的吧？ |
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L******r
发帖数: 141 | 38 This is a scientist position (contract). If you are interested, PM me.
http://www.niaid.nih.gov/labsandresources/labs/aboutlabs/lsb/pa
This individual will computationally analyze diverse data sets from high-
throughput assays, such as micorarrays, RNAi screens, mass spectrometry/
proteomics, high-content imaging, and SNP genotyping. He/she will work
closely with experimentalists to answer biological questions of interest by
performing quality control of the experimentally generated data, releva... 阅读全帖 |
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m********m
发帖数: 263 | 39 An new study from nine labs leads to Partial Retraction of a 2009 Science paper, or even more papers will be retracted:
Failure to Confirm XMRV/MLVs in the Blood of Patients with Chronic Fatigue
Syndrome: A Multi-Laboratory Study
Published Online September 22 2011 Science 11 November 2011:
Vol. 334 no. 6057 pp. 814-817 DOI: 10.1126/science.1213841
Abstract
Murine leukemia viruses (MLVs), including xenotropic-MLV–related virus (
XMRV), have been controversially linked to chronic fatigue syndrome... 阅读全帖 |
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m**********d
发帖数: 137 | 40 做了无数次western，时而还是会遇到这种恶心的问题，好不容易develop出来想看的蛋
白，可一看loading ctrl就傻了。我用BCA protein assay，感觉如果某个样品浓度低
些，按protein assay结果算出来，最后往往还是信号低
请问版上的前辈们，是否也遇到这样的问题，大家都怎么避免的 |
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M*******C
发帖数: 183 | 41 我看了一下网站，兼容的试剂名单里没有SDS，你用它来做SDS的样品好用吗？
你说的蛋白沉淀下来再测是什么意思？就是裂解-离心-取上清？
比如我的细胞，我加了含SDS的去裂解，为了核蛋白，这样lysate很粘，我就去超声，
等离心后经常看不见沉淀，直接就拿去用了。
The RC DC protein assay is compatible with the following reagents and
buffers in addition to those compatible with the DC protein assay:
CHAPS 2% ReadyPrep sequential extraction reagents 2 and 3
DTT, 350 mM Sodium hydroxide, 2.5 M
EDTA, 0.1 M TBP, 2 mM
Imidazole, 0.5 M Tris, pH 8.4, 0.5 M
Laemmli buffer with 5% β-mercaptoethanol ... 阅读全帖 |
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b*******n
发帖数: 605 | 42 半年前我的文章投到一个牛杂志， editor退回要求修改。 全文是关于protein A 调控
一个著名的信号途径B， 在organ C发育中的作用。
本次re-submit,补充了几点，其中最重要的一点是通过luciferase reporter assay 证
实B途径中的调节蛋白m被A调控。结论： A 通过m 调控B途径。
现在editor直接回信要我们解释一个concern： m 从来没有被发现能影响organ C的发
育（by knockout mice), 而且m的调节在B途径中可能是mild的， 因为其他的蛋白o和p
被发现和m有redundant 的作用。
我们的研究其实已经发现knockout A蛋白下调B途径中最重要的C蛋白， 而且knockout
C确实引起organ C defect. 但悲摧的事， luciferase reporter assay没有阳性结果
(当然不排除检测区域不是调控区域）。
现在这种情况下， 你们怎么答复以说服editor呢？ 谢！ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 43 If not only bioinformatics approach to
>现在我们想做一些quality control，去掉一些不靠谱的transcripts
you team should try do bleow step by step:
1)
Chromatin immunoprecipitation (ChIP) and DNA
microarrays (chip)
2)
ChIP-PCR
3)
Expression RT-PCR
4)
Reporter plasmid construction.
5)
Cell culture, transfection, and reporter assay
6)
Western blots
cited from
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2643481/
during above ChIP assay of course you can try below Bioinformatics tools package.
//info.gersteinlab.org/Tools#Ch... 阅读全帖 |
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s**u
发帖数: 9035 | 44 Req Number: L11-177
Location(s): Boston MA
Career Field: Sales/Field Applications Scientist
Education: MS/PhD
Duties and Responsibilities:
Digital PCR Specialist Position
The successful candidate will utilize their knowledge and understanding of
digital PCR technologies to develop and support sales initiatives in the
United States. As part of the QuantaLife team in the Gene Expression
Division, this position will serve as the key liaison between the customer
and QuantaLife. The Specialis... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 45 Y-2-H 用多重标记 做对照和比较
比如以下的 split-luciferase+GST+HA-epitope tagged
三重标记
they found new proteins interaction paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21530591
Protocol details:
>the wheat germ in vitro translation system for use in the splitlu
ciferase
assay and co-purifications with glutathione S transferase
(GST)- and HA-epitope tagged proteins (Fig. 2A).
>
In the split-luciferase assay, proteins of interest are fused to
N- and C-terminal fragments of luciferase. If the proteins interact,
the N... 阅读全帖 |
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m*********e
发帖数: 378 | 46 我真的只会一点点的并没有写上来啊，银染，southern, northern, caspase activity
, pgp activity, phage display, yeast knock out, point mutation, 果蝇酵母的都
没写的
其实是现在掌握的很好：从前掌握的很好（现在不做但是也能很快捡起来）：现在掌握
的一般1：1：1吧。
我本科的training很辛苦很全面，在实验室整整作了两年的intense banch work，提到
的技术大部分都在那两年学的，当然掌握程度不一样是有的。到了这边自己做课题，有
的技术磨的更好，有的也就荒废了
在这边死在了不大考谱的课题上，就转硕了，training也是照着PhD上的。所以不是一
定要比所有的PhD会的技术少呀。
western, protein expression in mammalian cells, flow cytometry of TUNEL
assay, enzyme assay, GFP, cell and small animal handling 是现在经常做的
realtime, PCR... 阅读全帖 |
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m*********e
发帖数: 378 | 47 我在人家那里贴的快要歪楼了，还是在这里自己开个贴吧
今年夏天毕业，刚从thesis里面抽出点身来找工作，想作technician 或者specialist
的工作
本着实事求是的态度在这里老老实实的写写自己会的技术
现在经常做的有 western, GFP-fusion protein expression in mammalian cells,
flow cytometry of TUNEL assay, enzyme assay （proteasom, HDAC，cell
proliferation), cell and small animal handling
近年用到但不是很经常做的有 realtime, PCR array, IFHC, ELISA, coomassie blue
staining, genotyping
曾经完全掌握一天之内捡起来的有 plasmid construction, IP
曾经做过需要点时间上手的有 map-based cloning, expression of recombinant
protein (miRNA) in plants, a... 阅读全帖 |
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n*****n
发帖数: 202 | 48 Pharmaceutical company in North NJ. Temp position available. prefer
candidates with experience in cell based assays, molecular cloning, taqman
assay,DNA/RNA isolation.
H1b visa can be sponsored.
If you are interested, please email me.
Thanks. |
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s******y
发帖数: 28562 | 49 这种细胞实验很难说清楚的，
因为你分离fibroblast的操作就不是一个很consistent 的过程，
而且大部分proliferation assay 的S/N也很低。
最最重要的一点是：你是否都是在scarce culture 里面作的proliferation assay？
如果你的细胞系是在dense culture 里做的话，会引入sensitivity to contact
inhibition 这个因素，会导致非常大的误差。
如果你不同细胞之间的culture density 不一样的话那就更完蛋了，根本就没有
办法直接比较。
cell |
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f*********8
发帖数: 129 | 50 我总是得不到好的 DNA spreading
想请教一些问题。
谢谢 |
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